Université Lyon 1
Université de Lyon
Arqus
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  • Domaine : Licences du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Licence
  • Mention : Sciences de la Vie
  • Parcours : Biosciences
  • Unité d'enseignement : Bio-informatique
Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : BIO3073L
UE Libre pour ce parcours
UE valable pour le semestre 6 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
GUEGUEN LAURENT
 laurent.gueguenuniv-lyon1.fr
04.72.44.62.98
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
0 h
Travaux Dirigés (TD)
30 h
Travaux Pratiques (TP)
0 h
Total du volume horaire
30 h

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Programme - Contenu de l'UE :

L'objectif de cette unité d’enseignement est d’assurer aux biologistes une certaine autonomie en bioinformatique pour le développement d’outils spécifiques à leur problématique biologique. Ceci sera fait par l'initiation à la programmation en python et R.

Cet enseignement ne vise pas simplement à ce que les étudiants maîtrisent la syntaxe de ces langages, mais aussi à ce qu’ils sachent mettre à profit les spécificités de chacun, en particulier dans les structures de données et l’utilisation des structures de contrôle.

En ce qui concerne python, les étudiants apprendront également comment utiliser la programmation orientée-objet pour gérer des informations complexes issues de données hétérogènes, à l’image des données usuelles en biologie. En ce qui concerne R, les étudiants exploreront l’utilité de la programmation vectorielle ainsi que la richesse des représentations graphiques.

L’UE est uniquement sous la forme d’un enseignement pratique devant ordinateur. Pour illustrer l’intérêt interdisciplinaire de l’informatique, ce travail sera une occasion pour les étudiants d’appréhender des problématiques biologiques complexes. En python, il s’agira de génétique des populations, par la conception et la simulation de dynamiques évolutives mettant en jeu des mécanismes aussi réalistes que possible, à confronter avec statistiques connues. En R, il s’agira de mise en compétition de stratégies de partage de ressources entre individus, et de gestion de risques dans l’accès à ces ressources.



    Compétences acquises :
Méthodologiques :

Bloc de compétence n°2 de la fiche n° 24530 – Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires :

• Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.





Techniques :

Bloc de compétence n1 de la fiche n 24530 - Usages digitaux et numériques :

• Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.


    Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2021-2022 :
TypeLibelléNatureCoef. 
CTContrôle TerminalCT : Bio-informatiquePratique - Oral3
    Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Date de la dernière mise-à-jour : 16/11/2021
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