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Arqus
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  • Domaine : Masters du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Master
  • Mention : Bio-informatique
  • Parcours : Bio-informatique moléculaire: méthodes et analyses
  • Unité d'enseignement : Méthodes pour l'analyse de données génomiques
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO1281M
UE Obligatoire pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
HAUDRY ANNABELLE
 annabelle.haudryuniv-lyon1.fr
LACROIX VINCENT
 vincent.lacroixuniv-lyon1.fr
04.72.43.15.52
    Contact scolarité :
BENKADOUR CHRYSTELL
 chrystell.benkadouruniv-lyon1.fr
04.72.43.29.59
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
16 h
Travaux Dirigés (TD)
16 h
Travaux Pratiques (TP)
28 h
Total du volume horaire
60 h

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Programme - Contenu de l'UE :

Objectif :

Cette UE a pour objectif de permettre aux étudiants d’acquérir les connaissances théoriques et pratiques pour le traitement de données génomiques, et ce pour toutes les étapes allant de l’obtention des séquences brutes à leur analyse à l’échelle du génome.

 

Programme :

Le cours se divise en 6 volets :

  1. Algorithmique du texte pour l’analyse de donnés de séquençage en présence d’un génome de référence : techniques d’indexation, algorithmes d’alignement et de recherche de similarités.

  2. Application à l’analyse de donnés de re-séquençage illumina : contrôle qualité, trimming, mapping, SNP calling. Jeu de données : E. coli évolution expérimentale.

  3. Algorithmique des graphes pour l’analyse de données de séquençage sans génome de référence : graphes de Bruijn, graphes d’overlap.

  4. Application à l’assemblage de novo de génomes eucaryotes (hymenoptère, plante) : utilisation de plusieurs assembleurs : multi-k, hybrides, lectures longues et courtes.

  5. Méthodes statistiques pour l’analyse multivariée : ACP, AFC.

  6. Application en santé humaine : recherche de variants, analyse de leur impact fonctionnel.

    Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2020-2021:
TypeLibelléNatureCoef. 
CTContrôle TerminalCT : Method analyse donnees genomiquesEcrit session 1 / Ecrit session 26
    Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Date de la dernière mise-à-jour : 18/03/2021
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