L’UE présente les outils et concepts essentiels à l’étude des variations génétiques existant au sein et entre les populations (polymorphisme). Le développement récent des techniques de séquençages haut-débit donne aujourd’hui une puissance inégalée pour comprendre le fonctionnement des populations. C’est clairement pour l’exploitation de ce type de données « genome-wide » que l’UE est organisée. Notions abordées :
- Le modèle de Hardy-Weinberg
- Déséquilibre gamétique
- mutation, migration, sélection, dérive, indices de différentiation, comparaison marqueurs neutres / selectionnés, taille efficace
- introduction à la théorie du coalescent
- inférence de l’histoire démographique à partir de données de polymorphisme (méthodes ABC)
- détection de sélection et d’hybridation dans les génomes à partir de données de polymorphisme.
- introduction à la notion de conflit génomique.
L’UE est résolument « pratique » à travers des TD et plusieurs TP sur machine, au cours desquels les étudiants partiront des données brutes de séquençage (provenant notamment du projet des « 1000 génomes » humains) pour analyser la structuration des populations, inférer l’histoire démographique des populations ou identifier des régions génomiques sous sélection. Des conférences de chercheurs/chercheuses seront également au programme afin de mobiliser les concepts et outils appris au cours de l’UE dans différents contextes de recherche.
