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Arqus
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  • Domaine : Licences du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Licence
  • Mention : Sciences de la Vie
  • Parcours : Bio-informatique, statistique et modélisation
  • Unité d'enseignement : Statistique pour la biologie et bioinformatique
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO2049L
UE Libre pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
VENNER MARIE-CLAUDE
 marie-claude.venneruniv-lyon1.fr
04.72.43.29.02
GUEGUEN LAURENT
 laurent.gueguenuniv-lyon1.fr
04.72.44.62.98
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
18 h
Travaux Dirigés (TD)
24 h
Travaux Pratiques (TP)
9 h
Durée de projet en autonomie de l'étudiant (PRJ)
0 h
Durée du stage
0 h
Effectifs Cours magistraux (CM)
210 étudiants
Travaux dirigés (TD)
35 étudiants
Travaux pratiques (TP)
18 étudiants

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Pré-requis :
UE recommandée : Mathématiques pour les Sciences de la Vie , ou équivalent
    Compétences attestées (transversales, spécifiques) :
Méthodologiques :
Formalisation mathématique de questions biologiques simples.
Savoir mettre en oeuvre la démarche statistique appropriée pour répondre à un problème biologique simple.

Techniques :
Acquisition des outils de statistique et de bioinformatique de base pour l’analyse de phénomènes biologiques.
    Programme de l'UE / Thématiques abordées :

Le programme de Biostatistique (environ 80% du volume des enseignements) comprend: rappels sur les statistiques descriptives et l'estimation d'une moyenne, d'une proportion, ponctuelle et par intervalle de confiance - principe d'un test d'hypothèse - risques de 1e et 2e espèce, puissance - tests de conformité (moyenne observée/théorique, fréquence observée/théorique) - tests d'homogénéité (2 moyennes observées, 2 fréquences observées) - tests du khi-deux - Modèles d'analyse de la variance à un et deux facteurs contrôlés- corrélation et régression linéaire simple.

L'objectif est de mettre en place une démarche conceptuelle robuste sous-jacente à la pratique des principaux tests (cours), et d'apprendre à l'utiliser pour résoudre des problématiques simples sur des données biologiques (TD/TP). Les séances de TD sur machine permettent de manipuler des jeux de données conséquents et de s'initier au logiciel R (mise en forme des résultats et tests statistiques). Une mise en situation concrète, en groupes de TP, permet de manipuler les risques de première et de deuxième espèce en statistique, et de comprendre leurs liens, et leur sensibilité à différents paramètres (taille d'échantillon, écart entre H0/Ha).

 

Une initiation à la Bioinformatique présente à la fois d'un point de vue théorique et pratique les outils bioinformatiques les plus utilisés en génomique et leurs applications en santé et écologie : prédiction de gènes, alignement de séquences par BLAST, navigation dans les bases de données Uniprot, Ensembl, KEGG. Les travaux pratiques ont pour but d'initier les étudiants à l'utilisation de logiciels existants, ainsi qu'à l'analyse critique des résultats prédits, avec un accent mis sur les notions de sensibilité et précision.

    Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
SELECT * FROM parcours INNER JOIN ue_parcours ON PAR_ID_FK=PAR_ID INNER JOIN mention ON MEN_ID = PAR_MENTION_FK WHERE PAR_ACTIVATE = 0 AND UE_ID_FK='25994' ORDER BY UE_ID_FK ASC, PAR_ID_FK ASC