Grâce à une équipe pédagogique diversifiée, l'enseignement dispensé permet à l'étudiant d'appréhender les multiples facettes de la microbiologie, des aspects mécanistiques (par exemple étude des mécanismes moléculaires mis en jeu lors d'une interaction hôte-pathogène) à la microbiologie environnementale (par exemple étude d'une communauté fonctionnelle dans un écosystème donné).
Via le fort potentiel des équipes de recherche en microbiologie du pôle lyonnais, les étudiants ont accès à une large offre de stages couvrant des aspects diversifiés (microbiologie moléculaire, écologie microbienne) sur des modèles variés (pathogènes animaux et humains, phytopathogènes, microorganismes bénéfiques pour les plantes, etc..).