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  • Domaine : Masters du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Master
  • Mention : Biodiversité, écologie et évolution
  • Parcours : Bioévaluation des écosystèmes et expertise de la biodiversité
  • Unité d'enseignement : Bioinformatique et modélisation en écologie
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO1244M
UE Optionnelle pour ce parcours
UE valable pour le semestre 2 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
LOPES CHRISTELLE
 christelle.lopesuniv-lyon1.fr
04.72.44.80.51
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
12.5 h
Travaux Dirigés (TD)
7.5 h
Travaux Pratiques (TP)
40 h
Total du volume horaire
60 h
* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.
    Programme - Contenu de l'UE :

Cette UE constitue une première approche des applications, en biologie, de l’informatique et des mathématiques. Elle est constituée de deux parties distinctes, comptant chacune à part égale pour la validation de l’UE.

 

Bioinformatique : Cette partie vise à enseigner la programmation en mettant l'accent sur l'efficacité des programmes. Pour cela plusieurs concepts et outils seront abordés (complexité algorithmique, profilers). En pratique, la programmation sera effectuée en R et en python, avec un accent sur la comparaison de ces deux langages. Les programmes porteront sur des problématiques en lien avec la partie biomathématique (simulation de systèmes dynamiques, ESS).

 

Biomathématiques : Cette partie porte sur la modélisation de dynamique des populations exposées à différents facteurs de stress environnementaux : introduction à la théorie des jeux, aux systèmes dynamiques en dimension n, à la modélisation en temps discret et à la modélisation des effets d’un facteur de stress sur les traits d’histoire de vie. Cet enseignement sera abordé à la fois de manière théorique et pratique, et se fera en alternance entre cours, travaux dirigés et travaux pratiques où les modèles étudiés seront implémentés et simulés numériquement avec le logiciel R.

    Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2018-2019 :
TypeLibelléNatureCoef. 
CTContrôle TerminalCT : Bioinformatique modelisation ecologEcrit session 1 / Ecrit session 23
CCContrôle ContinuCC : Bioinformatique modelisation ecologContrôle Continu3
Date de la dernière mise-à-jour : 04/07/2017
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