Code Apogée Ancien code Apogée etat Nature element Libellé court Libellé long ects_min ects_max heures_cm heures_td heures_tp heures_prj sem_stage effectif_cm effectif_td effectif_tp anglais distanciel responsable1 responsable2 cnu1 cnu1_prct cnu2 cnu2_prct resp1_alt_email resp1_alt_remplace resp2_alt_email resp2_alt_remplace Prérequis TEXTE Compétences TEXTE Programme TEXTE
BIO_EUR_01+ Création UE Challenges Water Sciences Understand challenge at the world scale for water domain 3 0 15 12 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady
BIO_EUR_02+ Création UE Inter/transdisciplinarity Inter and transdisciplinarity in theory and pratice 3 0 15 12 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady
BIO_EUR_03+ Création UE Disciplinary bases Fundamental disciplinary knowledge for interdisciplinary 6 0 27 27 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady
BIO_EUR_04+ Création UE Cross-disciplinary issues Mixing disciplinary knowledge for solving water issues 3 0 15 12 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady
BIO_EUR_05+ Création UE Mentored project Practice within an interdisciplinary and integrated research 3 0 0 0 27 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady
BIO_EUR_06+ Création UE Technics and methods Technics and methods for understanding socio-hydrosystem 6 0 27 27 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady
BIO_EUR_07+ Création UE Communication&application Communication for research and socio-economical application 6 0 30 24 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady
BIO_EUR_08+ Création UE Internship Internship for answering complex water science problems 30 0 0 0 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady
BIO-AED-SVT+ Création UE Stage-AED-SVT Stage-AED-SVT 6 0 0 5 0 0 6 210 35 18 0 0 marie-helene.segreta 0 0 0 0
Cette UE n'est suivie que par les étudiants bénéficiant d'un contrat de préprofessionalisation AED (Assistant d'Education) avec le rectorat, de l'année de L2 à celle de M1.
Elle correspond à un stage en établissement primaire effectué 2 demi-journées par semaine. Ce stage commencé en L2 se poursuit en L3 dans le même établissement
il s'agit d'un stage d'observation, avec interventions ponctuelles sur des séquences pédagogiques, sous la responsabilité du professeur  et participation à l'aide aux devoirs et aux leçons.

L'UE est évaluée par une soutenance orale
BIO-ENS+ Création UE Prépro enseignement Préprofessionalisation aux métiers de l'enseignement 3 0 3 12 0 0 2 210 35 18 0 0 catherine.bruguiere@univ-lyon1.fr marie-helene.segretain 0 0 0 0
CM: Le métier d'enseignant; connaissances naïves et représentations initiales des élèves; la démarche d'investigation
TD: préparation des stages ; établissement d'une grille d'observation des séquences de classes;
TD: bilan des stages
Stages: une semaine dans le primaire et une semaine dans le secondaire
BIO+1238M Création UE FE Ecologie Fonctionnelle 3 0 26 4 0 0 0 210 35 18 0 0 bjorn.wissel sylvain.doledec 67 100 0 bjoern.wissel@univ-lyon1.fr 0 sylvain.doledec@univ-lyon1.fr 0
L3 Sciences de la diversite
Skills in functional ecology

This teaching unit (UE) aims at the acquisition of theoretical knowledge concerning the functioning of ecosystems and will combine lectures and field work as practical course. The UE should provide the basic ground for students of 1st year master degree in Ecology (BEEB, EEG, urban ecology, environmental genomics). The UE will focus on is ecosystem processes (pathways for energy transfer as well macroscale picture provided by biogeochemical cycles) and their relationships with biodiversity.

Lectures (CM) will allow to develop the following points:

●          Biodiversity - Ecosystem functioning relationships:

○ B-EF studies and theories,

○ Functional diversity (incl. ecosystem engineers), effect and response traits,

○ Trophic ecology: food-web, trophic cascades, top-down/bottom-up controls, (omnivory, IGP); trophic specialisation (niche size), Isotope ecology (trophic structure, trophic level), Subsidies (temporal and spatial), Holobiont concept, functional groups

●          Biogeochemical cycles (across and within ecosystem types) C, N, P by including lectures on ecosystem processes involved into (e.g., methanogenesis, leaf breakdown, nitrification)

○ Linkages between these biogeochemical cycles according to scale

○ Processes at ecotones, terrestrial vs aquatic exchange of organisms (pathway for energy transfer)

○ Stochiometry

●          Role of disturbances and/or climate change on B-EF relationships:

○ Interferences and resource acquisition interactions

○ Effects of invasive species on processes (e.g. grazing or else) and responses to invasive species

 

Practical tutorial (TD)

●          Ecosystem services: for opening students to the importance of biodiversity preservation for ecosystem functioning and thus, the providing of ecosystem services for human well-being.

BIO+2387M Création UE DECT Droit de l'environnement et Concertation Territoriale 6 0 48 12 0 0 0 210 35 18 0 0 sylvain.doledec jean-paul.lena
BIO+2388M Création UE RIE Restauration et Ingénierie Ecologique 6 0 18 12 24 0 0 210 35 18 0 0 fanny.colas sylvain.doledec 67 100 0 0 0
Ecologie générale

Cette UE vise à aborder les concepts théoriques et pratiques de l'écologie de la restauration et à les confronter à des cas concrets d'actions de restauration de milieux naturels. Les enseignements seront articulés autour de cours illustrés à l’aide de nombreuses études de cas et de références scientifiques et, de mises en situation (études de cas concrets et illustration d'un projet de restauration aquatique sur le terrain) au cours desquelles vous évaluerez les objectifs et l'efficacité d'opérations de restauration dans plusieurs biotopes. 

BIO+3016 Création UE Phytobiome La Plante dans le Phytobiome 6 0 15 11 24 0 0 210 35 16 0 0 daniel.muller delphine.melayah 67 50 66 50 0 0
microbiologie 1 et physiologie végétale
  • Mettre en lien physiologie de la plante et microbiologie tant sur les aspects structurels que fonctionnels des 2 acteurs formant l’holobionte plante-microbiote, le tout dans un environnement
  • Savoir mobiliser les connaissances appropriées et utiliser des outils diversifiés adaptés pour appréhender l’holobionte plante-microbiote
  • Mesurer les effets des manipulations du microbiote sur le développement de la plante

-        La définition du phytobiome, les notions de compartimentation de la plante vis-à-vis des microorganismes associés (rhizosphère, phyllosphère, spermosphère - ecto/endosphère) et de transfert entre ces compartiments. Des aspects sur la nature et la diversité microbienne selon la compartimentation, le mode d’acquisition, de sélection et d’héritage des phytosphères (colonisation initiale, transferts horizontaux et verticaux) seront donnés.

-        La perception par les plantes des facteurs biotiques d’origine microbienne et l’importance relatives des facteurs liées à la plante pour l’installation et le maintien de leur microbiote.

-        L’impact des microorganismes sur le fonctionnement de la plante et le management par la plante de son microbiote.

Le phytobiome dans l’écosystème : réponses face à d’autres facteurs biotiques/abiotiques.
BIO+3017 BIO3084L Création UE MVP Monde végétal et pédologie 6 0 19.5 10.5 30 0 0 210 35 12 0 0 sonia.czarnes 67 75 68 25 0 0
Connaissance de base en écologie générale.

L’UE se propose d’aborder les relations entre le monde végétal et la pédologie. Cette UE sera structurée en deux axes : 1- typologies végétales, édaphiques et leurs interactions durables et 2- la préservation de la biodiversité végétale.

L’axe 1 étudiera les liens entre dynamique végétale au sein des écosystèmes et les principaux facteurs édaphiques, biotiques et abiotiques qui conditionnent la typologie des sols.  La dynamique végétale sera abordée à différentes échelles depuis l’organisme en développement jusqu’à la succession écologique (séries de végétation). Si les végétations sont conditionnées par les facteurs édaphiques (comme le pH, les cations, l’oxygénation rhizosphérique, la disponibilité en eau ou en nutriment), les sols sont également marqués par les communautés végétales qu’ils supportent (acidification ou absorption hydro-minérale, rhizodéposition par exemple). Dans ce cadre, les notions d’espèces bioindicatrices de conditions pédologiques seront abordées. L’observation et l’analyse de la végétation et des facteurs édaphiques au cours de travaux pratiques de terrain et en salles illustreront l’imbrication entre sol et végétation dans un ensemble d’interactions nombreuses, complexes et durables.

Dans l’axe 2, la question de la préservation de la biodiversité végétale sera abordée par l’étude 1) de la répartition géographique des espèces végétales (chorologie) et des développements de la biogéographie, notamment avec les apports de la phylogénie moléculaire ; 2) de la syntaxonomie des phytocénoses et ses implications pour les typologies d’habitats ; 3) des implications des deux parties précédentes dans la cartographie et la gestion de la biodiversité. Ces différentes notions seront illustrées par des sorties sur le terrain.

BIO+3143L Création UE ExPA Expérimentation animale 6 0 30 10.5 15.5 0 0 210 32 8 0 0 sylvie.ducreux 66 70 69 30 0 0
UE recommandée : De la cellule à l’organisme
L'UE est une formation diplomante, la validation de l'UE conduira à la délivrance d'un diplome d'expérimentation aninale de niveau 2 "Application des procédures".
Réglementation et éthique animale.
Modèle animal et méthodes alternatives.
Procédures expérimentales et approches statistiques.
Bien-être animal et prise en charge de la souffrance.
Aspects pratiques de l’expérimentation animale.
Evaluation et validation.
BIO+BEE-ADB Création UE ADB Analyse de Données Biologiques 6 0 15 27 12 0 0 210 35 18 0 0 isabelle.amat 0 0 0 0
Statistiques descriptives univariées et bivariées, lois statistiques usuelles, tests classiques

Un des défis posés par l’étude du vivant, notamment en écologie est son extraordinaire variabilité et complexité. Avec le développement rapide de nouvelles méthodes d'acquisition de données dans tous domaines de la biologie (génomique, génétique, écologie.... Cf. UE TAD), la quantité d’information à manipuler explose. Pour comprendre le fonctionnement et l'évolution des systèmes biologiques, il est donc indispensable d’avoir des notions de planification expérimentale pour bien acquérir des données, d’avoir des compétences d’informatique pour pouvoir manipuler efficacement ces données, et de bien maîtriser les outils d’analyse statistique (inférentiel et exploratoire) pour pouvoir les analyser.

Le premier objectif de cette UE est de familiariser les étudiants à la planification expérimentale (i.e. comment réaliser un protocole expérimental pertinent pour une question biologique donnée) et d’approfondir leurs compétences dans l’analyse des données écologiques et évolutives. Pour remplir cet objectif, les connaissances des étudiants relatives aux concepts et à la méthodologie de base en statistique (estimation, test d’hypothèse, vraisemblance d’une hypothèse, risques d’erreur,) seront renforcées. Les notions de robustesse des tests, de puissance et de taille d’effet seront approfondies, et les étudiants seront sensibilisés aux problèmes de pseudo-réplication et de colinéarité. L’analyse des données et le lien avec la planification expérimentale seront mis en pratique en TD (grâce au logiciel R) sur des jeux de données empruntés à différents domaines de la biologie et dont l’analyse relève du modèle linéaire. Les analyses abordées seront étendues au modèle linéaire généralisé pour permettre aux étudiant d’élargir la palette des données qu’ils sont en mesure d’analyser en autonomie (e.g. données binaires ou données de comptage, classique en écologie). Le traitement des tableaux de données par l’analyse en composantes principales (ACP) et l'analyse des correspondances (AFC) posera les premières bases théoriques et interprétatives des méthodes exploratoires. Ces deux méthodes seront également illustrées par des jeux de données écologiques via le logiciel R.

Le second objectif de cette UE est de former les écologues à un langage de programmation afin de leur permettre de traiter en autonomie des jeux de données comprenant des types d’informations diverses ainsi que de très grosses tailles (impossible à manipuler avec un simple tableur) ou de conduire une démarche exploratoire au moyen de simulations. Le langage de programmation est véritablement pensé ici comme un moyen et non pas comme une fin. Le but est de comprendre et être capable d’utiliser des notions de base (variables, tests conditionnels, boucles, fonctions, etc.). Via une approche par projet en R, les étudiants pourront se familiariser avec les bases informatiques qui seront utiles pour le reste de la formation : savoir formaliser des questionnements biologiques et proposer des solutions de manière autonome (écriture de script, exploitation des paquetages R, …).

BIO+BEE-GEE1 Création UE GEE1 Génomique en Ecologie et Evolution 1 3 0 15 0 15 0 0 210 35 18 0 0 cristina.heddi 0 0 0 0

Maîtrise des métriques permettant une bonne analyse de la structure des populations

Maîtrise des concepts et analyse des phylogénies

 

Dans cette UE seront présentés des concepts de bases en génomique évolutive avec des exemples d’application en écologie. Les différents concepts seront illustrés lors de TP dédiés à la thématique.

 

Mesures de diversité et de structuration génétique des populations naturelles à l’ère de la génomique.

Génomique du paysage: Impact des variables environnementales sur la diversité génomique et la variation adaptative. Présentation des méthodes

Introduction à la génomique de la spéciation. Etudes de cas et identification des zones d’hybridation, adaptation.

Effets du stress environnemental sur les individus et les populations – lien avec les réponses génomiques et transcriptomiques.

Introduction à la phylogénie moléculaire. Méthodes, interprétation et mise en œuvre.

 

BIO+BEE-M Création UE PTP Projet Tutoré et Professionnalisation 3 0 0 0 30 0 0 210 35 18 0 0 marie.fablet 0 0 0 0
Cette UE a pour vocation de faire travailler les étudiant.e.s en petits groupes avec une approche professionnelle sur des projets en lien direct avec leur formation.

Les projets sont structurés autour du triptyque : élaboration d'un cahier des charges, développement et rendu des livrables. Ils permettent aux étudiant.e.s de développer les compétences conceptuelles, méthodologiques et pratiques mises en œuvre au cours de leur formation, ainsi que la maîtrise des outils et des approches requis pour le travail en équipe / collaboratif (e.g. cahier de laboratoire, partage de documentation).

Évaluation par un rapport et une soutenance orale.
BIO+BEES2ECBM Création UE BMGE Biologie moléculaire pour la génomique environnementale 3 0 3 4.5 18 0 0 210 35 16 0 0 clementine.francois 0 0 0 0

Dans cette UE, les étudiant.e.s manipulent différents types de matrices et d’échantillons (ex. ADN environnementaux, échantillons d’eau ou de sol) pour développer des approches allant de la génomique à la métagénomique (ex. reconstruction de génomes mitochondriaux ou bactériens, description des communautés piscicoles par eDNA, caractérisation de communautés microbiennes environnementales). Les étudiant.e.s sélectionnent les approches de biologie moléculaire adaptées à leur question biologique / application, et réalisent les extractions, contrôles qualité et préparation de librairies de séquençage (Illumina et Nanopore). Dans le cas des librairies Nanopore, les étudiant.e.s réalisent eux-même le séquençage.

Ces approches seront développées avec une grande part d’autonomie, afin de préparer les étudiant.e.s au développement de protocoles de biologie moléculaire au cours de leurs stages et postes futurs.

Les données de séquençage acquises lors de cette UE seront analysées au S3 dans l’UE Ateliers d'Analyses en Génomique Environnementale.

Cette UE nécessite des prérequis en biologie moléculaire, qui sont enseignés dans l’UE TAD (S1).

BIO+BEES2GGE2 Création UE GEE2 Génomique en Ecologie et Evolution 2 3 0 15 0 15 0 0 210 35 18 0 0 annabelle.haudry 0 0 0 0
Maitrise des concepts en génomique évolutive tels que la recombinaison et de le coalescent.

Dynamique des génomes. Taille des génomes, éléments transposables, duplications.

Contribution des transfert horizontaux à l’évolution des génomes eucaryotes

Recombinaison, sélection et évolution du génome : conséquences de la recombinaison et de l'absence de recombinaison dans l’évolution du génome. Interaction entre recombinaison et sélection.

Reconstruction de l’histoire évolutive des populations, introduction au coalescent, impact de la sélection, tests de détection de sélection.

 

BIO+BEES2GPN Création UE GPN Gestion et protection de la Nature 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 fanny.colas sylvain.doledec 67 100 0 0 0
Ecologie générale
Cette UE vise à décrire l’organisation institutionnelle, les politiques et les outils de préservation de la biodiversité et des espaces naturels à différentes échelles spatiales. Puis, vous analyserez les différents enjeux politiques et les stratégies d’acteurs impliqués dans leur application à des cas concrets de contexte complexe multi-usages (ex. analyse de conflits d’usages). Les enseignements seront articulés autour de cours illustrés, d’étude de cas et d’interventions par des professionnels.
BIO+BEES2MADGT Création UE MADGT Méthodes d'analyse de données génomiques/ transcriptomiques 6 0 9 20 24 0 0 210 35 18 0 0 annabelle.haudry 0 0 0 0

Cette UE nécessite des prérequis en programmation informatique (langage R python et bash) qui sont enseignés dans l’UE ADB (S1) et l’UE “programmation pour la biologie” (S2).

Cette UE a pour objectif de permettre aux étudiants d'acquérir les connaissances théoriques et pratiques pour le traitement de données génomiques et transcriptomiques, et ce pour toutes les étapes allant de l'obtention des séquences brutes à leur analyse et interprétation en termes fonctionnels.

Les différentes technologies d'acquisition de données génomiques et transcriptomiques, ainsi que leurs biais, seront présentées en lien avec des problématiques variées. L'accent sera mis sur les nouvelles technologies de séquençage (e.g. Illumina, Nanopore) et leur utilisation en génomique environnementale.

 

Les aspects technologiques seront mis en lien avec les spécificités biologiques dépendant de la nature des organismes étudiés (procaryotes ou eucaryotes). Seront abordées deux situations classiques d’assemblage de génome : i) un contexte de séquencage de novo (à partir de short et/ou de long reads) et ii) un contexte de reséquencage avec comparaison à un génome de référence (allant du mapping à l'analyse des polymorphismes découverts par SNP calling). Les différents types de contaminations dans les données de séquençage, leurs conséquences et leur détection seront abordées (TP). Les méthodes d’annotation structurale et fonctionnelle des génomes seront présentées et manipulées (e.g. détection de gènes, d'éléments régulateurs).


Les étudiants apprendront également à analyser des données transcriptomiques (assemblage, quantification d'exons, de jonctions, de gènes, estimation des taux d’expression). Le problème de la reconstruction de tous les transcrits alternatifs d'un gène sera étudié. L'analyse comparative des niveaux d'expression entre deux conditions expérimentales (traité / non traité, tissu1 /tissu2) sera l'occasion d'introduire les méthodes statistiques pour décider si un gène est différentiellement exprimé ou épissé.

BIO+BEES2PPB Création UE PPB Programmation pour la biologie 3 0 0 0 25 9 0 210 35 18 0 0 laurent.gueguen 0 0 0 0
Début d'autonomie en programmation de base en Python, pour pouvoir traiter des problématiques
biologiques nécessitant des ressources bioinformatiques spécifiques.
Compétences de structuration & organisation de processus de traitement de données.

L'objectif de cette unité d’enseignement est d’assurer aux biologistes une certaine autonomie en bioinformatique pour le développement d’outils spécifiques à leur problématique biologique et au traitement bioinformatique de leurs données.

L’UE est uniquement sous la forme d’un enseignement pratique devant ordinateur. Aux aspects pratiques de la programmation pour la manipulation de données, un objectif est d'illustrer l’intérêt interdisciplinaire de l’informatique pour traiter des problématiques biologiques complexes.
La problématique biologique traitée sera la génétique des populations, par la conception et la simulation de dynamiques évolutives mettant en jeu des mécanismes aussi réalistes que possible, à confronter avec statistiques connues.

BIO+BEES2PT Création UE Projet Tutoré Projet Tutoré 3 0 0 0 30 0 0 210 35 18 0 0 annabelle.haudry 0 0 0 0

Cette UE a pour vocation de faire travailler les étudiants en petits groupes avec une approche professionnelle sur des projets en lien direct avec leur formation.
Les projets sont structurés autour du triptyque : élaboration d'un cahier des charges, développement et rendu des livrables. Ils permettent aux étudiants de développer les compétences conceptuelles, méthodologiques et pratiques mises en œuvre au cours de leur formation, ainsi que la maîtrise des outils et des approches requis pour le travail en équipe / collaboratif (e.g. cahier de laboratoire, partage de documentation).
Évaluation par un rapport et une soutenance orale.
BIO+BEES2Stage Création UE Stage Stage 6 0 0 18 0 0 8 210 35 18 0 0 bernard.kaufmann
BIO+BEES3ECAR Création UE AAGE Ateliers d'analyses en génomique environnementale 6 0 2 18 30 20 0 210 35 18 0 0 tristan.lefebure 0 0 0 0
Campagne d'échantillonnage (S1)
Biologie moléculaire pour la génomique environnementale (S2)
Programmation pour la biologie (S2)
Méthodes d'analyse de données génomiques/ transcriptomiques (S2)


 
Apprentissage de la réalisation d'un mini-projet de recherche complet (de la collecte d'échantillons, aux analyses bioinformatiques et statistiques à la rédaction d'une synthèse des résultats).
Cette UE organisera l’analyse et la diffusion des données obtenues dans l’UE “Biologie moléculaire pour la génomique environnementale”. L’UE est constituée d’ateliers dont le contenu dépendra des jeux de données produits aux semestres précédents. Les ateliers auront pour objectifs d’organiser l’analyse des jeux de données et seront ponctués d’interventions sur des points méthodologiques (bioinformatiques, statistiques) mais également sur des éléments de communications (archivage, documentation, rapport, présentation orale). Les objectifs attendus de cette UE sont la prise d’autonomie, la mise en place de bonnes pratiques en bioinformatique, le retour vers les questions écologiques et la communication de ces résultats.
BIO+BEES3MGMT Création UE MGMT Metagénomique et métatranscriptomique 6 0 10 10 30 0 0 210 35 16 0 0 mylene.hugoni 0 0 0 0

Cette UE nécessite des prérequis en programmation informatique (langage R python et bash) qui sont enseignés dans l’UE ADB (S1) et l’UE “programmation pour la biologie” (S2).

Cette UE a pour objectif de donner aux étudiants les outils pour comprendre ce que sont les approches de métagénomique et métatranscriptomique (approches non ciblées appliquées à l’ADN et ARN environnemental, respectivement) et quelles sont les méthodologies mises en oeuvre pour traiter ces gros jeux de données issues de séquençage haut-débit. Cette UE leur permettra d’appréhender la diversité des trois domaines du vivant, Archaea, Bactéries et Eucaryotes mais également celle du compartiment Viral. Les différentes étapes de traitement permettront aux étudiants d’aboutir à une analyse biologique et une interprétation tant en terme taxonomique (par l’étude de la fraction ribosomique) que fonctionnelle (par l’étude de la fraction ARN messagers).

Une partie du cours illustrera la puissance de ces approches méta- et la plus-value de l’étude des ADN et ARN environnementaux dont les avantages sont multiples, incluant une application à différents champs d’étude (agriculture, environnement, agroalimentaire, santé), une compréhension intégrée du fonctionnement des écosystèmes ou encore des reconstructions de l’histoire passée de certains écosystèmes. Nous aborderons également la puissance des approches de métagénomique pour la reconstruction de génomes de (micro)organismes dont nous ne disposons pas à l’heure actuelle de représentants cultivés, approche particulièrement pertinente dans des écosystèmes de type milieux extrêmes où la richesse est faible. Un bref rappel sera consacré à la comparaison avec les approches de métabarcoding dispensées en M1. 


Les limites de ces techniques méta-omiques seront abordées, au travers notamment de discussions autour de la puissance de séquençage permettant ou non de décrire l’ensemble de la diversité génétique et fonctionnelle et le transcriptome d’une communauté en mettant l’accent sur de nouvelles technologies de type Illumina ou Nanopore permettant de pallier ces soucis. De la même façon, les difficultés liées à l’identification des (micro)organismes portant différentes fonctions d’intérêt seront abordées et seront mises en relief de la nécessité de mise en œuvre d’approches complémentaires.


Seront abordés les enjeux liés au traitement bioinformatique tels que les notions de contamination des jeux de données, d’assemblage, d’identification de gènes, d’affiliation ou encore d’estimation d’abondance. En lien avec ce qu’ils auront acquis au S2 dans l’UE MADGT, les étudiants apprendront à analyser ces données méta-omiques en TP et TD afin d’estimer des taux d’expression ou encore de conduire des analyses d’expression différentielle dans des designs à plusieurs conditions.
BIO+BEES3NTEB1 Création UE NTEB_1 Nouvelles Technologies pour l'Etude de la Biodiversité I 3 0 15 0 15 0 0 210 35 18 0 0 Sebastien.devillard jean-paul.lena 67 0 0 0 0
connaissance de l'environnement R, connaissance des concepts en écologie et en biologie des populations.

L'objectif de cette UE est de présenter les nouvelles méthodes d'inventaires et d'étude de la biodiversité animales permises par les développements technologiques récents, que ce soit pour la récolte de données ou leur analyse. Plus précisément, ces enseignements s'intéresseront à l'essor des capteurs passifs (acoustiques et visuels) dans le cadre d'inventaires et de suivi, depuis le recensement d'espèces en passant par l'identification individuelle jusqu'à l'estimation de paramètres démographiques et l'utilisation de méthodes automatisées pour le prétraitement informatique des données collectées. Ces aspects seront complétés par des enseignements sur l'utilisation de capteurs passifs embarqués (GPS) pour l'étude du mouvement des organismes dans leur milieu.

Un intérêt particulier est donnée à la formation opérationnelle par le biais de travaux pratiques dans ces enseignements.

BIO+BEES3NTEB2 Création UE NTEB_2 Nouvelles Technologies pour l'étude de la Biodiversité II 3 0 6 0 20 0 0 210 35 8 0 0 Sebastien.devillard Jean-paul.lena 0 0 0 0
connaissance de l'environnement R et QGIS.

Cette UE s’inscrit dans le prolongement de l’UE NTEB1 sur l’utilisation des nouvelles technologies pour l’étude de la biodiversité. L'objectif de cette UE est de présenter les nouvelles méthodes et technologies développées pour la cartographie environnementale et le traitement des informations géo-référencées. Plus précisément, ces enseignements s'intéresseront à l'utilisation des méthodes aériennes et satellitaires pour l'obtention des données brutes de cartographies. L'enseignement intègrera toute la démarche de l'acquisition et du traitement des données brutes (photogrammétrie, LIDAR, index environnementaux type NDVI) à l'analyse des données géo-référencées pour l'analyse du paysage (post-traitement SIG). 

Un intérêt particulier est donnée à la formation opérationnelle par le biais de travaux pratiques dans ces enseignements.

BIO+BEES3PT Création UE Proj Tut S3 Projet Tuteuré S3 pcs BEEB EAUBE GE 3 0 0 0 20 245 0 210 35 18 0 0 jean-paul.lena 0 0 0 0

Le projet tuteuré prépare à l’insertion en milieu professionnel en lien avec son parcours (ex. recherche fondamentale ou appliquée et/ou ingénierie écologique pour le parcours BEEB) et propose à l'étudiant de gérer un projet sous contraintes de temps et de moyens. Dans le cas des apprentis en alternance, le projet tuteuré est individuel et s’inscrit dans l’une des missions proposées par l’organisme d’accueil après concertation avec le tuteur universitaire chargé du suivi de l’apprenti. Dans le cas des étudiants hors contrat, le projet tuteuré est collectif et s’effectue donc dans le cadre d’un travail collaboratif sur une problématique pouvant être proposée par l’équipe pédagogique, un organisme d’accueil ou l’étudiant lui-même (mais toujours en lien et en concertation avec un organisme d’accueil). Le projet tuteuré doit être validé par le responsable de parcours dans ces deux derniers cas.

Le projet comprend une mise au propre du cahier des charges négociées avec l'organisme d'accueil suivant la commande (projet tuteuré collectif) ou de la mission proposée (projet tuteuré individuel), une initiation à la recherche bibliographique, des réunions bilans intermédiaires avec le tuteur universitaire en charge de suivre l’avancement du travail du groupe ou l’apprenti. Le travail fait l'objet d'un compte rendu écrit (poster ou rapport) et donne lieu à une présentation orale. Le tuteur universitaire apporte conseils et expertises, fait le lien avec l'organisme, évalue le travail accompli lors des réunions bilans intermédiaires, note le travail écrit et la présentation orale, et propose des corrections éventuelles avant restitution à l'organisme. De plus, des personnes "ressources" (enseignants-chercheurs ou autres professionnels) apportent, dans leur domaine de compétence, des éléments utiles au bon déroulement du projet (ex. aide intellectuelle ou matérielle, carnet d'adresse).

BIO+EA1 Création UE Biodiversité Anthropocène Biodiversité et Anthropocène 6 0 21 9 30 0 0 210 35 18 1 0 bernard.kaufmann 0 0 0 0

 L’UE Biodiversité et Anthropocène enseigne les connaissances théoriques nécessaires pour comprendre les enjeux, dynamiques et fonctions de la biodiversité de l’anthropocène, à toutes les échelles spatiales et temporelles pertinentes, ainsi que les notions essentielles d’écologie du paysage et d’écologie urbaine.

Dans cette UE, les étudiants acquerront les compétences indispensables à l’échantillonnage, la caractérisation et l’évaluation de la biodiversité. Ils développeront l’approche expérimentale de terrain et en mésocosme, ainsi que l’utilisation des nouvelles technologies d’acquisition de données.

BIO+EA2 Création UE Hydrosystèmes Hydrosystèmes et Anthropocène 6 0 24 12 24 0 0 210 35 18 1 0 laurent.simon 0 0 0 0

L’UE Hydrosystèmes a pour objectif d’appréhender le fonctionnement des bassins versants dans toutes leurs dimensions, depuis la dimension physique et l’étude de la dynamique des écoulements, des flux hydriques et sédimentaires qui façonnent les paysages fluviaux, la dimension biologique avec la compréhension du fonctionnement des écosystèmes fluviaux et de l’impact des aménagements sur la biodiversité, jusqu’aux dimensions sociale et économique de la gestion des ressources en eau.

Les cours aborderont les thematiques suivantes:

  • Hydraulique et hydrologie, gestion quantitative
  • Couplage des transferts hydriques et des transferts sédimentaires dans la compréhension des paysages fluviaux
  • Écologie des milieux aquatiques : fonctionnement des hydrosystèmes, écologie des paysages fluviaux, en étroite relation avec l'UE "Biodiversité" du même parcours
  • Gestion des bassins versants, impacts des aménagements et restauration, transferts de contaminants dans les bassins versants, indicateurs de bon état
  • Dimension sociale et économique des bassins versants (usages de l'eau, représentations et perception, pratiques, controverses)

Les enseignements pratiques (TP et TD), avec une composante importante de travail sur le terrain importante, auront pour objectif d'illustrer, de mettre en pratique, et d'approfondir les enseignements théoriques, par une approche sur projet, multidisciplinaire, d'étude de cas. 

BIO+EA21 Création UE Réponses au stress Réponses de la biodiversité à l'Anthropocène 6 0 21 6 28 0 0 210 35 18 1 0 mondy.nathalie richaume.agn 67 70 68 30 0 0
Aucun

Avec cette UE, les étudiants(es) vont acquérir les notions de biologie des organismes et de physiologie leur permettant d’évaluer l’état global des organismes (microorganismes, végétaux, animaux) soumis à un stress d’origine anthropique.

Les CM aborderont :

- Les différents stress et pollutions liés à l’anthropisation (par exemple perte d’habitat, pollutions chimiques, micro-plastiques, sonore, lumineuse…)

- Les réponses cellulaires, anatomiques, physiologiques et comportementales des organismes et l’adaptation au stress (résistance et résilience)

- L’écotoxicologie (biomarqueurs et bioindicateurs)

- Les conséquences de ces réponses sur les populations et les communautés. Le concept de santé globale sera aussi abordé.

 Les TD permettront de faire le point sur une contrainte particulière en fonction de l’actualité du moment et prendront la forme de la préparation et de l’organisation d’une table ronde. Les TP se dérouleront sous la forme (1) de visites de sites où est réalisée la quantification in situ des niveaux de pollution et d’aménagements mis en place pour réduire les contaminations, mais aussi (2) de travaux en laboratoire afin de concevoir et mettre en œuvre une expérimentation permettant d’analyser la réponse d’organismes modèles à un ou plusieurs types de pollution (par exemple, mesure du stress oxydant ou de la réponse immunitaire…).

 

 

BIO+EA22 Création UE GEE génie écologique et environnemental 6 0 15 20 20 0 0 210 35 18 1 0 vernay.antoine 0 0 0 0
L'UE Génie Ecologique et Environnemental vise à appréhender le génie écologique et environnemental (GEE) via une pratique de la recherche, à l’heure de l’Anthropocène. En se basant sur des recherche en cours, par des cours magistraux et une part importante de pratique (TP, sorties terrain), l’UE donnera une vision large de l’utilisation des fonctions écosystémiques comme moyen d’amélioration du fonctionnement des sociétés humaines et du maintien du bon fonctionnement des écosystèmes. L’objectif est d’utiliser un apprentissage par la recherche pour aborder les problématiques socio-écologiques et faire émerger de nouvelles questions menant à de futurs projets.
BIO+EA23 Création UE Urbain Anthropocène Etudes Urbaines Anthropocènes 6 0 12 38 0 0 0 210 35 18 0 0 bernard.kaufmann michel.lussault
BIO+EA3 Création UE Terrains Ecosystèmes Terrains Interdisciplinaires en Ecologie des Ecosystèmes 3 0 6 6 18 0 0 210 35 18 1 0 bjorn.wissel 0 0 0 0
This UE will focus on anthropocentric impacts on small water bodies (e.g., Etang de la Dombes), combining the disciplines of bio-sciences, ecosystem services, cultural heritage and ecological economics. During the CM students will obtain basic information to understand the principles and connectedness of the different disciplines. The TP will consist of three 6-hour field trips to the Dombes region, which will provide hands-on experience regarding sampling techniques and assessment of aquatic biodiversity (invertebrates and fishes), water quality / chemistry (e.g., Chl a, nutrients, temperature, transparency, pH) and stakeholder interactions (meeting and round table discussions with fishermen, naturalists, tourism groups, etc.). During the TD students (or groups of students) will generate a scientific report and a presentation on a subject of their choice (related to the UE).
BIO+EA4 Création UE Etudes Urbaines Etudes Urbaines 3 0 30 0 0 0 0 210 35 18 0 0 bernard.kaufmann michel.lussault 0 0 0 michel.lussault@ens-lyon.fr 0

Cette UE est consacrée à une mise en situation d’enquête de terrain des étudiants qui aborderont un thème illustrant l’urbanisation des écosystèmes et ses impacts multiformes et multi-échelles (de temps et d’espace). Après une présentation en cours de l’angle thématique choisi et des enjeux scientifiques et méthodologiques afférents, les étudiants seront accompagnés pour conduire une enquête in situ et produire des éléments de restitution, utilisant toutes les ressources (y compris vidéo, photos, sons) des études urbaines. Cette restitution prendra la forme d’une journée d’étude et de débat, où l’on invitera des acteurs politiques et économiques et des habitants des espaces enquêtés. 

BIO+EA5 Création UE Mét. Etudes Urb. Méthodes des Etudes Urbaines 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 0 0 bernard.kaufmann michel.lussault 0 0 0 0

Cette UE est consacrée à une mise en situation d’enquête de terrain des étudiants qui aborderont un thème illustrant l’urbanisation des écosystèmes et ses impacts multiformes et multi-échelles (de temps et d’espace). Après une présentation en cours de l’angle thématique choisi et des enjeux scientifiques et méthodologiques afférents, les étudiants seront accompagnés pour conduire une enquête in situ et produire des éléments de restitution, utilisant toutes les ressources (y compris vidéo, photos, sons) des études urbaines. Cette restitution prendra la forme d’une journée d’étude et de débat, où l’on invitera des acteurs politiques et économiques et des habitants des espaces enquêtés. 

BIO+EEGOH Création UE One Health One Health 3 0 10 0 20 0 0 210 35 18 0 0 david.fouchet 0 0 laurence.mouton@univ-lyon1.fr 0 0

L’UE « One Health » est un programme innovant et transdisciplinaire qui vous permettra de travailler dans plusieurs disciplines afin de relever des défis complexes en matière de santé unique, c’est-à-dire à l'interface entre santé humaine, animale et des écosystèmes. En effet, la population humaine devrait passer de 7,5 à 9,7 milliards d'individus d'ici à 2050. Toutes les sociétés sont donc actuellement confrontées au grand défi de maintenir les populations humaines croissantes bien nourries et en bonne santé (notamment dans les zones urbaines où plus de 5 milliards de personnes vivront d'ici 2030) tout en ne mettant pas en péril la biodiversité et les ressources naturelles de la planète. La question de la santé ne peut plus être réduite aujourd'hui à l'humain. Elle doit être abordée dans une perspective beaucoup plus large face à l'augmentation rapide de l'empreinte humaine dans pratiquement tous les écosystèmes de la planète : influences anthropiques (par exemple, urbanisation, agriculture, pollution des sols, de l'eau et de l'air), réchauffement de la planète (par exemple, augmentation de la fréquence des phénomènes climatiques extrêmes) ou perte de biodiversité (par exemple, dégradation des habitats, propagation des espèces envahissantes et des espèces porteuses d'agents pathogènes).

Cette UE fera intervenir des spécialistes de différentes disciplines allant de l’infectiologie à l’écologie et à l’évolution des interactions, et s’appuiera sur les compétences interdisciplinaires développées au sein du LabEx Ecofect.

BIO001CGG+ Création UE Intro métier conseiller Introduction au métier de conseiller en génétique 3 0 15 12 0 0 0 210 35 18 0 0 charles.edery 47.04 100 0 0 0
Aucun

-        Connaître les objectifs du métier de conseiller en génétique

-        Maîtriser le concept de maladie héréditaire et ses conséquences cliniques

-        Connaître les grands principes réglementaires et éthiques du métier

-        Elaborer des arbres généalogiques et les interpréter

 

Les missions du conseiller en génétique et médecine prédictive

Cadre réglementaire et éthique

Modèles de transmission des maladies héréditaires

Analyse d’arbres généalogiques sur exemples cliniques

Tour d’horizon des grands cadres pathologiques (du fœtus à l’adulte)

Echanges sur la formation et avec les conseillers en exercice

BIO002CGG+ Création UE Bases genet mol Bases de génétique moléculaire 3 0 21 9 0 0 0 210 35 18 0 0 emmanuelle.sarzi-cam jerome.lamartine 0 0 emmanuelle.sarzi@univ-lyon1.fr 0 0
Aucun pré-requis.
- Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en génétique moléculaire
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés en génétique moléculaire appliquée aux maladies génétiques
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées en génétique moléculaire appliquée aux maladies génétiques

Programme :

- Support de l'hérédité 1 : ADN, organisation, réplication,

- Support de l'hérédité 2 : mitose, méiose, gamétogénèse,

- Expression des gènes 1 : transcription, traduction,

- Expression des gènes 2 : mécanismes de régulation.

 

- Origines des mutations,

- Conséquences des mutations : effet sur la fonction,

- Base de la génétique humaine : notions de dominance, récessivité, pedigree,

- Complexité de la relation génotype/phénotype: interaction génique, pénétrance et expressivité.

 

- Rôle et surveillance des ARN en génétique humaine,

- Liaison et recombinaison génétique,

- Cartographie des génomes, annotation, comparaison.

- Évolution des techniques de séquençage et génomique fonctionnelle,

- Empreinte parentale et inactivation de l'X,

- Epigénétique et pathologies.


BIO003CGG+ Création UE Bases cytogenet Bases de cytogénétique 3 0 18 9 0 0 0 210 35 18 0 0 damien.sanlaville 47.4 100 0 0 0
aucun

-        Connaître les différentes phases du cycle cellulaire

-        Maitriser les connaissances sur la structure des chromosomes et leur analyse

-        Connaître les principaux types d’anomalies chromosomiques

-        Approfondir un modèle de maladie associée à une anomalie chromosomique (ex : Trisomie 21)

-        Être capable de résoudre une situation clinique associée à ces anomalies

Rappels sur le cycle cellulaire

La structure des chromosomes et leur classification

Les principales techniques d’analyse chromosomique

Classification des anomalies chromosomiques

Etudes de cas cliniques (pathologies fréquentes)

BIO004CGG+ Création UE Calcul de risque Calcul de risque et conseil génétique 3 0 21 6 0 0 0 210 35 18 0 0 charles.edery 0 0 0 0
niveau d’admission du parcours de Master – L3 – Sciences et Santé

-        Maitriser les modes de transmission mendéliens et non mendéliens des maladies

-        Maîtriser les bases de probabilité pour le calcul de risque

-        Etre capable de calculer un risque de transmission dans les principaux modes

-        Connaître les situations particulières : hétérogénéité allélique, anomalies chromosomiques, hérédité multifactorielle, pénétrance, expressivité

-        Être capable d’appliquer le calcul de risque à une situation clinique concrète

Hérédité mendélienne et non mendélienne

Les maladies multifactorielles

Bases de calcul en probabilité – Théorème de BAYES

Les mutations dynamiques

Néo mutations, pénétrance, expressivité variable

Application en situation clinique concrète (étude de cas)

BIO007CGG+ Création UE Médecine génomique 1 Médecine génomique 1 3 0 21 6 0 0 0 210 35 18 0 0 nicolas.chatron 47.04 100 0 0 0
niveau d’admission du parcours de Master – L3 – Sciences et Santé

-        Connaître les techniques de séquençage SANGER et de haut débit (principes)

-        Maîtriser les notions basiques de qualité du séquençage

-        Maîtriser la notion de variant génique et leur classification

-        Maîtriser les notions de mutation et polymorphisme

-        Connaître les évolutions techniques autour du séquençage haut débit

-        Savoir appliquer ces méthodes à des situations cliniques simples

Description des techniques de séquençage SANGER et du HAUT débit (NGS)

Infrastructure informatique associée au NGS

Des données brutes aux résultats interprétables

Rappel des principaux types de variants géniques (nucléotidiques, expansions, CNV)

Les critères d’interprétation des variants pathogènes (logiciels in silico)

Interprétation d’un EXOME – les concepts de transcriptome et méthylome

Le concept de VSI (variant de signification inconnue) – interprétation en pratique clinique

Cas cliniques en enseignement dirigé

Communication des résultats NGS aux patients

BIO008CGG+ Création UE Oncologie génétique 1 Oncologie génétique 1 3 0 21 6 0 0 0 210 35 18 0 0 alain.calender 47.04 75 65 25 0 0

niveau d’admission du parcours de Master – L3 – Sciences et Santé

 

-        Connaître les grands cadres pathologiques des cancers héréditaires

-        Maîtriser les bases physiopathologiques des cancers héréditaires

-        Comprendre la notion de syndrome

-        Maitriser les critères cliniques évocateurs des cancers héréditaires

-        Connaître le fonctionnement d’une consultation d’oncogénétique et ses objectifs

-        Connaître l’organisation des filières soins en cancérologie

-        Les méthodes de dépistage et prévention adaptées aux cancers les plus fréquents

-        De la clinique au laboratoire : le pré diagnostic moléculaire des cancers

-        Génétique constitutionnelle et somatique des cancers

-        Connaître les principaux syndromes de prédisposition héréditaire aux cancers

-        Être capable d’analyser et gérer des situations cliniques simples

 

Les bases cliniques et physiopathologiques des cancers

Les principales catégories fonctionnelles de gènes impliqués

Mécanismes moléculaires des cancers : le cancer, maladie multifactorielle ?

Les stratégies diagnostiques des cancers héréditaires – le rôle des Conseillers

Interprétation des variants géniques et données incidentes

Aspects psychologiques de la prise en charge des cancers héréditaires

Echange avec des patients et associations de malades

Etude de cas et mise en situation par simulation

BIO010CGG+ Création UE Oncologie génétique 2 Oncologie génétique 2 3 0 18 9 0 0 0 210 35 18 0 0 alain.calender 47.04 100 0 0 0

niveau d’admission du parcours de Master – L3 – Sciences et Santé

 

-        Connaître les syndromes de prédisposition aux cancers fréquents et leur prise en charge

-        Connaître les cancers par classification d’organe dans le cadre des grands syndromes

-        Maîtriser des prises en charge dans le cadre de ces différents syndromes (sein –ovaire, cancers digestifs, tumeurs endocrines etc ..)

 

Syndromes de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire – description et prise en charge

Syndromes de prédisposition aux cancers digestifs

Le cancer du pancréas en oncogénétique

Les tumeurs neuro endocrines familiales

Etude de cas par grands groupes syndromiques

BIO011CGG+ Création UE Neurogénétique Neurogénétique 3 0 19.5 7.5 0 0 0 210 35 18 0 0 gaetan.lesca 47.04 100 0 0 0

-        Maîtriser les bases de la neuro anatomie

-        Connaître les grands cadres sémiologiques en neurologie (central, périphérique)

-        Avoir une vision intégrée des principales maladies neurodégénératives

-        Connaître les principales pathologies musculaires (myopathies)

-        Maîtriser les bases de la prise en charge des maladies neurologiques sévères (aspects psychologiques et communication patient malade)

-        Savoir gérer des cas cliniques dans les pathologies les plus fréquemment rencontrées

 

Neuro anatomie et neuro physiologie : bases

Neuropathies centrales et périphériques

Les syndromes avec ataxie

La chorée de HUNTINGTON

Maladies neurodégénératives

Dystrophies musculaires hors myotonies

Amyotrophie spinale infantile

Myopathies congénitales

Sclérose Tubéreuse de Bourneville

Epilepsies familiales

Le conseil génétique dans les maladies neurologiques héréditaires

Etude cas cliniques

BIO013CGG+ Création UE Oncogénétique 3 Oncogénétique 3 3 0 13.5 13.5 0 0 0 210 35 18 0 0 alain.calender 47.04 100 0 0 0

niveau d’admission du parcours de Master – L3 – Sciences et Santé

 

-        Connaître le Plan France Médecine Génomique 2025

-        Maitriser les grands syndromes de prédisposition aux cancers chez l’enfant

-        Connaître les applications théranostiques des tests génétiques

-        Connaître les stratégies de prise en charge clinique et chirurgicale dans les cancers fréquents (ex : sein ovaire)

-        Maitriser la communication avec les patients et les familles sur des cas cliniques précis

Syndromes de prédisposition aux cancers du rein

Syndromes de prédisposition aux tumeurs cutanées

Les syndromes de prédisposition aux cancers chez l’enfant

Le Plan France Médecine Génomique 2025 – les plateformes de séquençage haut débit

Séminaires thématiques sur des exemples de syndrome

Les phacomatoses (neurofibromatoses)

Applications théranostiques dans les cancers héréditaires – étude de cas

BIO016CGG+ Création UE Anomalies du dev Anomalies du développement 3 0 18 9 0 0 0 210 35 18 0 0 audrey.putoux 47.04 75 65 25 0 0
Aucun

-        Connaître les grands cadres sémiologiques des anomalies du développement

-        Connaître les modes de présentation (âge, sémiologie) des déficits intellectuels

-        Maitriser le cadre clinique des syndromes fréquents (ex : X-FRAGILE)

-        Connaître les principaux syndromes associés aux anomalies des gonosomes

-        Connaître les filières de prise en charge

-        Être capable de gérer des cas cliniques spécifiques et de communiquer avec les associations de patients

 

Sémiologie des syndromes poly malformatifs

Les principaux syndromes (tour d’horizon)

La déficience intellectuelle

Bases de l’examen en neuropsychologie

Education thérapeutique

Syndrome X fragile

Trisomie 21

Maladie de MARFAN et autres collagénopathies

Etude de cas – échanges avec les associations de malades

BIO0210M+ Création UE Mathématiques en biologie Approche mathématique pour les biologistes 6 0 24 12 12 0 0 210 35 18 0 0 julien.derr@ens-lyon.fr franck.picard@ens-lyon.fr 26 50 61 50 0 franck.picard@ens-lyon.fr 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention 

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

Compétences acquises : technique :

- Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention 

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour   un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

Résumé:

Tous les champs de la biologie sont concernés par l'augmentation de la complexité des données collectées: biologie moléculaire et cellulaire, biologie des populations, écologie, évolution, neurosciences. L’approche « quantitative »en biologie devient désormais incontournable.

Dans cette UE nous proposons de vous familiariser avec 3 grandes classes d’outils mathématiques qui font partie intégrante de la « boite à outil » du biologiste quantitatif.

La première partie concerne les systèmes dynamiques qui permettent de formaliser tout système biologique composé d’entités en interaction (couplage au niveau génétique, cellulaire, écologique...) afin de comprendre les phénomènes émergents (régulation, morphogenèse, spéciation…)

La seconde partie donne des concepts de base en traitement du signal : signification des fréquences d’un signal, application au cas d’analyse d’image, et un premier contact avec les notions de  reconnaissance d’image par réseau de neurone (« machine learning »).

La troisième partie propose une introduction aux méthodes avancées d'analyse de données. Les méthodes conventionnelles étant principalement conçues pour des jeux de données de faibles dimensions, il est désormais nécessaire de les adapter à la complexité croissante des données contemporaines.  Nous verrons ces nouveaux concepts d’analyse et d'apprentissage statistique pour représenter, et exploiter tout le potentiel des données biologiques en grande dimension.

 

Programme détaillé

1. Systèmes dynamiques (16h)

                Qu’est ce qu’un système dynamique? introduction à 1D, notions de stabilité, bifurcations, « émergence » (3h cours + 2h TD)

                Le cas des systèmes planaires (2D); couplage entre variables. Systèmes linéaires (2h cours + 1h TD)

                Linéarisation de systèmes réels. (2h cours). Application à des systèmes biologiques  (3h TD)

                Concepts avancés en épidémiologie et écologie (1h cours + 2h TD)

2. Traitement du signal (16h)

                Qu’est ce qu’un signal? exemple à une dimension, décomposition (temps, fréquence), analyse de Fourier (3h cours).  Des exemples tirés de l’acoustique seront étudiés en TD (2h).

                Qu’est ce qu’un signal à 2D ? exemple du traitement d’image (3h cours + 2h TD)

                Comment reconnaître une image ? initiation au concept de « machine learning » (2H). Un TP numérique permettra de coder son algorithme soi même (4h).

3. Analyse de données (16h)

                Rappels d'algèbre linéaire  en lien avec les méthodes d'analyse de données géométriques comme l'analyse en composantes principales ou les méthode de classification, dans leur version classique et parcimonieuse.

                Modèle linéaire (régression, analyse de la variance)

                Modèle linéaire généralisé (régression sur comptages, régression logistique) en grande dimension, et introduira quelques notion de prédiction et de tests multiples.

                 Les cours (10h) seront complétés par des travaux pratiques (6h) sous forme de projets avec application à différents domaines de la biologie (génomique, génétique, écologie).

BIO0210M++ Création UE Physiologie-2 Physiologie : l'organisme intégré à son environnement 6 0 22 26 0 0 0 210 35 18 0 0 deborah.prevot filipe.de_vadder@ens-lyon.fr 66 80 65 20 0 0
Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés :
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale
- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines
- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

2RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances :
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour
documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

Compétences acquises : technique :
RNCP34270BC04 Appui à la transformation en contexte professionnel :
- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion,
évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre
collaboratif
Résumé :

L’UE s’appuie sur les notions de nutrition et d’endocrinologie étudiées dans l’UE « Physiologie et physiopathologie » de la L3 Biosciences. Elle comprend 12h d’enseignements de physiologie végétale, développant des aspects de communication dans la plante et d’interactions plante-environnement et 26h d’enseignements de physiologie animale, sur des thématiques de nutrition, digestion et métabolisme (en lien avec différentes pathologies) ainsi que d’adaptation de l’organisme à l’exercice physique. 10h seront également consacrées à l’étude d’un thème transversal animal/ végétal sous la forme d’un projet bibliographique mené en groupe par les étudiants.

Thèmes couverts :
Physiologie végétale : Communications longue distance dans la plante
Physiologie de la graine
Intégration des facteurs abiotiques
Physiologie animale : Nutrition, diabète et obésité
Nutrition, métabolisme et cancer
Physiologie intestinale
Physiologie de l’exercice physique
Thème transversal : Le microbiote : relation avec la nutrition, le métabolisme, la croissance...
BIO0210M+++ Création UE Biochimie avancée Biochimie structurale des cibles thérapeutiques, drug design 6 0 24 10 14 0 0 210 35 18 0 0 patrice.gouet@ibcp.fr gilles.rautureau 64 100 0 0 0

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

- Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux

- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la   complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

 

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

La conception rationnelle de médicaments permet d'optimiser la procédure de recherche et mise sur le marché de molécules bioactives. Elle représente un enjeu pour la recherche académique, pharmaceutique et médicale. Les étapes in silico et in vitro de cette procédure seront enseignées en priorité dans cette nouvelle UE de Master, qui approfondira l'enseignement de L3 en biochimie des protéines, relations structure-fonction et interactions protéines-ligands. Cette UE permettra également d'aborder de nouveaux concepts dans le parcours "Biosciences", avec l'analyse de chimiothèques et le criblage virtuel contre des cibles thérapeutiques pour identifier des molécules candidates.

 

Cette nouvelle UE est complémentaire de l'UE de M1 de microbiologie de l'axe infectiologie où est enseigné l'architecture des virus et des bactéries. Elle peut intéresser les étudiants suivant un parcours chimie et du CHELS.

 

Thèmes généraux :

-          Détermination des structures de cibles thérapeutiques par approches expérimentales (RMN, cristallographie, cryo-microscopie électronique) et prédictives (Alphafold).

-          Analyse de chimiothèque et concept de molécules "druggable"

-          Criblage virtuel  in silico contre une cible thérapeutique - filtrage et analyse des résultats

-          Mesures in vitro d'interactions protéine-ligand  (utilisation de la nanoDSF et de la thermophorèse en TP); identification des meilleures touches

-          Validation structurale des complexes protéines-ligands (RMN, cristallographie, cryo-microscopie électronique) et optimisation rationnelle des molécules identifiée (utilisation de la réalité virtuelle en TP)

-          Validation in cellulo des meilleures molécules identifiées.

BIO022CGG+ Création UE méthodo recherche Méthodologie de la recherche clinique 3 0 19 6 0 0 0 210 35 18 0 0 charles.edery 47.04 0 0 0 0

-        Connaître les principes de base d’une étude cas témoin

-        Connaître les stratégies de recherche dans les maladies multifactorielles

-        Connaître les règles éthiques et la réglementation RGPD

-        Connaître les règles d’enregistrement d’une étude

-        Maitriser la communication avec les patients inclus dans une étude

-        Maitriser la préparation de dossiers pour une étude clinique

Enregistrement d’une étude et réglementation RGPD

Rappel des notions éthiques en recherche

Analyse cas témoins et méthodologie

Les modalités d’approche d’une étude génétique dans une maladie complexe

Analyse de dossiers recherche

Etude de cas : présentation d’une étude à un patient

 

BIO023CGG+ Création UE Atelier patient soignant Ateliers et séminaires relation patients soignants 3 0 0 27 0 0 0 210 35 18 0 0 charles.edery 47.04 0 0 0 0

-        Maîtriser les différentes phases d’une consultation de conseil génétique

-        Savoir préparer un arbre généalogique et sa nomenclature clinique

-        Se préparer aux questions posées par les patients

-        Maitriser les situations critiques (patient ou prédisposition familiale)

-        Connaître les spécificités d’une consultation de DPN

 

Jeux de rôle dans les différentes situations cliniques : pathologie adulte, de l’enfant, DPN

L’annonce dans le cadre des maladies à évolution péjorative

Rappel de la nomenclature et symboles des arbres familiaux

La représentation de la consanguinité

Analyse de situations critiques (agressivité, gravité clinique)

Rappels des principes et réglementations éthiques (consentement éclairé, droits des patients)

BIO0251+ Création BC Bloc Envir Physiol Master/Biol Integr Physiol/EnvironMusclePhysiol/bloc Envir 12 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 damien.roussel
BIO0252+ Création CHOI S3 UE Homeostasis Master/Biol Integr Physiol/EnvironMusclePhysiol/Choix UE 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 damien.roussel
BIO0253+ Création BC Bloc Muscle Physiol Master/Bio Integr Physiol/Environ Muscle Physiol/Bloc Muscle 12 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 bruno.allard
BIO0254+ Création CHOI M2S3 Choix spécialisation Master/Bio Integr Physiol/Environ Muscle Physiol/Choix Spé 12 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 bruno.allard damien.roussel
BIO025CGG+ Création UE Projet pro Le projet professionel 3 0 15 12 0 0 0 210 35 18 0 0 alain.calender 47.04 0 0 0 0

-        Capacité à proposer un projet personnel d’activité en conseil génétique

-        Maitriser la rédaction d’un projet professionnel

-        Rappel des méthodes d’analyse et recherche bibliographique

-        Connaître les différentes composantes de spécialité de son projet (impact d’activité, DPN, spécialité médicale concernée, contexte de travail)

-        Intégrer les filières de prise en charge dans son projet (ex : filières maladies rares, INCA)

-        Connaître la cartographie nationale des sites d’analyse génétique (laboratoires)

Structure écrite et en présentation orale d’un projet

Notions sur la communication orale (conférences)

Travail personnel de rédaction de projet

Présentation du projet devant un public spécialisé

Jeux de questions réponse

 

BIO1001P BIO1001P Renouvellement UE Culture d'entreprise Culture d'entreprise et communication en anglais 6 0 0 60 0 0 0 210 35 18 0 0 yvan.moenne-loccoz 0 0 0 0
Notions de base en anglais scolaire
Compétences spécifiques:
Connaissance de l'organisation et du fonctionnement des entreprises de biotechnologie et de bioindustries
Connaissance de son champ professionnel
Maîtrise des techniques de recherche d'emploi
Connaissance des techniques comportementales et de communication dans le monde professionnel
Maîtrise de la communication professionnelle et technique en anglais

Organisation et fonctionnement des entreprises du secteur des bioindustries et des biotechnologies sur le plan de l’éthique et de la législation
Connaissance des droits et des devoirs des employés
Elaboration du projet professionnel et de la gestion de projets de carrière
Réseautage et techniques de recherche d'emploi
Techniques comportementales et de communication dans le monde professionnel
Communication professionnelle en anglais
Communication scientifique et technique en anglais
BIO1002L BIO1002L Renouvellement UE De cellule à l'organisme De la Cellule à l'Organisme 6 0 37.5 12 10.5 0 0 210 35 18 0 0 jerome.lafont olga.andrini 0 0 0 0
Niveau Bac général en sciences de la vie.
Compétences méthodologiques :

-Travailler en groupe et communiquer le résultat de son travail d'observation

-Tirer des informations d’une observation afin de réaliser un diagnostique

-Comprendre et choisir une méthodologie adaptée à l’observation d’un objet biologique

Compétences techniques :

-Utiliser l'outil informatique dans le cadre d‘un enseignement à distance

-Acquérir les bases de l'utilisation d'un protocle expérimental

-Observer des lames histologiques au microscope optique et interpréter des observations/clichés de microscopie optique/électronique

-Reconnaitre des structures tissulaires/cellulaires et réaliser des dessins d’observation scientifique

• Théorie cellulaire, niveau d'organisation des êtres vivants, anatomie structurale et ultrastructurale des cellules eucaryotes animales et végétales, les différents tissus animaux (bases de l'histologie).

• Introduction aux grandes fonctions physiologiques (système urinaire, système cardiovasculaire, système digestif, système respiratoire, système nerveux : voies sensorielles et motrices).

Les objectifs de l’unité d’enseignement sont:

-Connaitre et comprendre l’organisation d’une cellule eucaryote

-Connaitre et comprendre les relations entre les différents tissus de l’organisme

-Connaitre et comprendre les grandes fonctions physiologiques de l’organisme

-Apprendre à tirer des informations d’une observation afin de réaliser un diagnostique

BIO1002M BIO1002M Renouvellement UE VMCO Vie et mort cellulaire, oncogenèse 6 0 37.5 16.5 0 0 0 210 35 18 0 0 carole.kretz 65 100 0 0 0

Inscription au M1 BMC

Connaissances de niveau L3 en biologie cellulaire, génétique et biologie moléculaire.

Développer un esprit critique des savoirs dans le domaine de la vie/mort cellulaire

Connaître et maîtriser les techniques de biologie cellulaire utilisées en recherche dans les domaines de la vie/mort cellulaire et de l’oncogenèse.

Mobiliser ses connaissances dans les domaines de la vie/mort cellulaire et faire des liens avec les autres domaines d’apprentissage.

Analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées, interpréter et synthétiser des données/résultats pour les transmettre.

Communiquer, à l’oral, pour transmettre des connaissances et demander des informations.


1. Maintien des cellules et son altération :

  • Cycle cellulaire, oncogenèse, transformation
  • Cellules souches
  • Vieillissement

2. Interaction cellules/environnement et son altération :

  • Transduction du signal
  • Matrice extracellulaire, adhérence, migration cellulaire

3. Maintien/recyclage des composants cellulaires et son altération

  • Contrôle qualité des protéines
  • Autophagie

4. Mort cellulaire et son altération

BIO1002P BIO1002P Renouvellement UE Qualité et risques Qualité et gestion des risques 6 0 15 35 0 0 0 210 35 18 0 0 sabine.favre-bonte 67 50 65 50 0 0
Réaliser un diagnostic et appliquer la réglementation du secteur en matière de : qualité, hygiène, sécurité et environnement : i) Appliquer et faire appliquer les règles de sécurité et les risques biologiques et chimiques et ii) Identifier et analyser des dysfonctionnements et proposer des actions correctives.

L’objectif général de cette UE est d’acquérir des connaissances permettant d'élaborer un cahier des charges, d'identifier les différents risques rencontrés au cours d'une production et d'élaborer une démarche permettant de gérer ces risques afin d'assurer une production de qualité.

Grâce à l’intervention de nombreux industriels, les compétences acquises se situeront au niveau de :

-        la démarche qualité (connaître les outils de la qualité, être capable de les utiliser, être capable d'expliquer les améliorations internes et externes apportées par la mise en place d'une démarche qualité en cours de production, être capable de mettre en œuvre des outils permettant d'évaluer et d'améliorer la qualité, être capable de décrire les différentes étapes d'un audit d'accréditation ou de certification et de définir des objectifs selon le système de normalisation choisi comme référence),

-        la gestion des risques (être capable d'identifier les risques inhérents à une production, être capable de mener une production en toute sécurité, en respectant les bonnes pratiques de fabrication, en maîtrisant les risques biologiques et chimiques, être capable de raisonner et d'appliquer une démarche hygiène et sécurité).

Les secteurs d’activités concernés sont ceux de la microbiologie, la chimie et la biochimie, ainsi que la qualité.

BIO1003L BIO1003L Renouvellement UE Génétique 1 Génétique 1 6 0 27 21 12 0 0 210 35 18 0 0 ludivine.walter marie.paschaki 65 100 0 0 0
Mobiliser les concepts fondamentaux de la transmission de l'information génétique et du fonctionnement cellulaire pour situer les problématiques biologiques.
Identifier, choisir et appliquer une combinaison d'outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les différents niveaux d'organisation de la cellule et d'expression d'un génome.
Manipuler les mécanismes fondamentaux à l'échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.
Identifier les réglementations spécifiques et mettre en œuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité.
Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire et de génétique pour traiter une problématique du domaine.
Identifier les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
Utiliser les appareils et les techniques de mesure en laboratoire les plus courants dans les domaines de la biologie (pipettes, électrophorèse, extraction d'ADN genomique, réaction de polymérisation en chaine, …).
Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
Compétences transversales: recherche documentaire et rédaction scientifique.  
L’Unité d’Enseignement de Génétique 1 vise à harmoniser les connaissances de génétique déjà acquises avant l’entrée à l’Université, à les approfondir et les mettre en perspective dans la biologie d’aujourd’hui.

Les Cours Magistraux (27h) sont composés de cinq chapitres complémentaires. Le premier chapitre concerne les bases moléculaires et cellulaires de l’hérédité dans lequel la structure du gène, la réplication de l’ADN et la division cellulaire seront abordées. Le second chapitre développe les bases moléculaires et cellulaires de l’expression des gènes en abordant les mécanismes de transcription de l’ADN et de traduction des ARN ainsi que la régulation de l’expression génique. Un troisième chapitre s’intéresse aux mutations, à leur origine et nature ainsi qu’à leurs effets phénotypiques ; les mécanismes de transmission des gènes et les interactions entre gènes seront également étudiés. Le quatrième chapitre est consacré à la cartographie des génomes basée sur des cartes génétiques et physiques. Enfin, une dernière partie présente le génie génétique et les différentes méthodes permettant l’analyse et la manipulation des acides nucléiques.

Les Travaux Dirigés organisés sous forme de séances d’exercices viennent approfondir et compléter les différents thèmes abordés dans les cours magistraux. Des supports d’autoévaluation, d’entrainement à la rédaction et un « jeu sérieux » pour appliquer les notions des processus de transcription et de traduction sont mis à disposition des étudiants.

Mise en situation pratique -Travail en autonomie guidé (TAG) : Tout au long du semestre, les étudiants effectuent un travail personnel où ils jouent le rôle d’un conseiller en génétique répondant aux questions d’une famille ayant un enfant atteint d’une maladie génétique. Les enseignants de CM et de TD apportent un soutien aux étudiants pour élaborer leurs réponses aux questions. Les réponses font intervenir les fondamentaux du programme de génétique 1.

Les Travaux Pratiques (12h) s’articulent autour de 4 séances portant sur la question biologique suivante : comment expliquer les phénotypes de couleur des yeux du modèle Drosophila Melanogaster ? La première séance permettra aux étudiants de se familiariser avec le modèle Drosophila Melanogaster et les phénotypes à étudier ; l'analyse de croisements permettra de formuler des hypothèses sur la chaîne de biosynthèse des pigments impliqués dans la couleur des yeux. Les trois séances suivantes permettront par des approches essentiellement de génie génétique (PCR, extraction d'ADNg) d'identifier et d'étudier certains des gènes impliqués dans cette chaîne de pigmentation.
BIO1003P BIO1003P Renouvellement UE Microbio-biotechnologie Microbiologie et Biotechnologie 12 0 50 35 35 0 0 210 35 18 0 0 daniel.muller 67 100 0 0 0

Utiliser des microorganismes à des fins industrielles:

-Identifier et caractériser des micro-organismes par différentes méthodes

-Utiliser des micro-organismes en bio-industries

-Cultiver et conserver les microorganismes

-Modifier par génie génétique des microorganismes efficaces en bio-production

Enseignement ayant pour but de renforcer et d’approfondir les connaissances en termes de microbiologie, biologie cellulaire, génétique et physiologie. Identification des micro-organismes procaryotes et eucaryotes par approches classique et moléculaire. Notions sur les virus. Connaître les souches d’intérêt industriel, savoir les sélectionner et les conserver. Maîtriser les outils de la biologie moléculaire pour la production de microorganismes génétiquement modifiés. Notion de physiologie microbienne et régulation génique.
Découvrir les différentes activités et les différents métiers dans les bio-industries au travers d'exemples concrets.

Physiologie des microorganismes :

            Les principales voies métaboliques (fermentation alcoolique, lactique…)

 

Comment passer de l’environnement à l’industrie :

            Notion en biologie moléculaire (PCR, dessin d’amorces, restriction)

            Environnement, identification des souches d’intérêt, criblage…

            Plasmides d’expression/Clonage, Recombinaison plasmides promoteurs surexpression mutagenèse, Producteur homologue/hétérologue ?

exemples Escherichia coli/Streptomyces, souris…

 

Industries et biotechnologie :

Les biotechnologies : définition et quelques chiffres

Agroalimentaire, pharmaceutique

Traitement des déchets, Minière…

La production de la vitamine B12

Biocapteurs

Exemple d’utilisation des microorganismes en biotechnologies – Fermenteurs

Les microalgues : intérêts et champs d'application (production de molécules recombinantes « usine cellulaire ») et énergie (production de biocarburants)


Intervenants insdustriels:
- Conservation de microorganismes d'interet;
- Utilisation de la biologie synthétique en industrie
- Mutagenèse de souris
- Production de milieu de culture
- production et emploi d'inoculum
BIO1004L BIO1004L Renouvellement UE Maths SV Mathématiques pour les Sciences de la Vie 6 0 24 27 3 0 0 210 35 18 0 0 raymond.lobry 67 100 0 jean.lobry@univ-lyon1.fr 1 0
  • Formalisation mathématique d'un problème biologique.
  • Interprétation en termes biologiques des résultats d'une analyse mathématique.
  • Utilisation des statistiques descriptives élémentaires.
  • Pratique des tests d'hypothèses.
  1. Analyse : étude de fonctions, calcul intégral, équations différentielles du premier ordre.
  2. Probabilités : probabilités, variables aléatoires,  lois de probabilités.
  3. Statistique: statistiques descriptives, estimation ponctuelle de paramètres, intervalle de confiance, tests d'hypothèse.
  • CM : le cours de mathématiques pour biologistes vous présente les principaux outils méthodologiques nécessaires à l'analyse et à la compréhension de phénomènes biologiques simples. Il comprend une partie «analyse» (1/3) et une partie « probabilités-Statistique» (2/3). Le cours magistral très synthétique s'appuie sur un cours complet disponible en libre accès sur le serveur pédagogique de Lyon 1 http://mathsv.univ-lyon1.fr. Des QCM permettent aux étudiants de contrôler leurs connaissances pour chacun des chapitres du cours. Des exercices corrigés dans le cours permettent de plus d'illustrer les concepts mathématiques par des exemples biologiques empruntés à la dynamique de population, la cinétique enzymatique, la génétique mendélienne, l'analyse morphologique.
  • TD : les travaux dirigés ont pour objectif la résolution de problèmes biologiques. Une part importante de travail personnel est exigée des étudiants dans la mesure où le cours magistral se trouve réduit.
  • TP : construire à partir d'un cas concret un test d'hypothèse pour en comprendre le raisonnement sous-jacent.
BIO1004P BIO1004P Renouvellement UE Biochimie Biochimie appliquée aux bio-productions 6 0 20 20 20 0 0 210 35 18 0 0 guillaume.minard 0 0 0 0
Extraire et purifier les molécules produites en bio-réacteurs : - Etre en capacité de mener des processus de production en suivant chimiquement la production de métabolites; - Appliquer un protocole d'extraction et de purification selon un cahier des charges et participer à la validation de nouveaux protocoles. 

Cette UE est une remise à niveau et un approfondissement en Biochimie. Les objectifs scientifiques de cette UE sont de :

(1) maîtriser les techniques séparatives et analytiques (chromatographies, HPLC, etc…) afin de suivre une production, d’extraire et purifier des métabolites et ceci de façon théorique ainsi que pratique. Différents exemples d’application sont abordés en travaux pratiques permettant ainsi aux étudiants de prendre en main une technique dans un but de bio-production.

(2) Connaître le principe de la Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) et ses applications en microbiologie et biotechnologie (étude du métabolisme, optimisation de procédés, etc…).

(3) Acquérir des connaissances de base en métrologie et savoir valider des résultats (notions de robustesse, répétabilité, reproductibilité…).

 Interventions d’industriels sur différents champs d’applications.

BIO1005P BIO1005P Renouvellement UE ECDE Ecologie, Conservation, Droit de l'Environnement 6 0 18 42 0 0 0 210 35 18 0 0 jean-paul.lena 0 0 0 0

Cette UE vise à former les étudiants d’une part sur des aspects plus conceptuels en ce qui concerne l’écologie des communautés (incluant la phytosociologie), le fonctionnement des écosystèmes et la biologie de la conservation, et d’autre part, à les former en droit de l’environnement et réglementations environnementales centrées sur les espaces naturels (de divers statuts) et les espèces (flore et faune patrimoniales notamment). Ces enseignements sont complétés par une série de conférences faisant intervenir divers acteurs de l’environnement et de la gestion du territoire (services de l’Etat, collectivités territoriales, associations naturalistes, bureaux d’études spécialisés HFF et ingénierie écologique).

 Ecologie des communautés et des écosystèmes

Introduction à l'écologie des communautés, de la niche écologique à la communauté ; Présentation des principales métriques utilisés pour étudier la structuration des communautés, la richesse et la diversité spécifique. Les différentes interactions interspécifiques et leur rôle dans le fonctionnement des communautés. Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes, structuration des réseaux trophiques, des différents compartiments écosystémiques et rôle fonctionnelle des espèces dans les processus écosystémiques.

 Habitats et échantillonage de la végétation

Présupposés et méthodes classiques de la phytosociologie (séries de végétations, phytologie sigmatiste, etc..). Les principales classifications d'habitats (codes Natura 2000, CORINE - biotope, EUNIS, prodrome des végétations de la France). Protocoles d’échantillonnage des espèces et de la végétation en fonction des objectifs visés.

 Biologie de la conservation

Ces enseignements visent à introduire les étudiants aux différentes facettes de la biologie de la conservation : Valeurs de la biodiversité et services écosystémiques ; Principales menaces pesant sur la biodiversité ; paradigme des petites populations et mécanismes impliqués dans le vortex d'extinction ; analyses de viabilité démographiques et génétiques des populations ; réintroduction / renforcement des petites populations.

 Droit de l’environnement et réglementations

Les principes et les sources du droit de l’environnement, utilisation de Légifrance. Les acteurs de la protection de la biodiversité. Le contentieux du droit de l’environnement, l’évaluation environnementale et les procédure d’information du public. Le droit de l’eau, les espaces naturels protégés, la protection du patrimoine naturel et l’autorisation environnementale.

 Conférences d’acteurs de l’environnement :

Agence de l ‘Eau, DREAL, CEN Rhône-Alpes, CNRS, CNR-Suez, Conseil General Dpt. 38, Ecosphère, FNE, LPO, Oxalis, Région Rhône-Alpes, OFB,...

BIO1006L BIO1006L Renouvellement UE Biologie et modélisation Biologie et modélisation 6 0 15 0 40 0 0 210 35 18 0 0 anne-beatrice.dufour christelle.lopes 67 0 0 0 0

« Biologie et Modélisation » est la rencontre entre la modélisation et les données biologiques, d’un point de vue théorique et appliqué, grâce à la pratique du logiciel R. L’UE se décompose en deux parties.

1.  Modélisation statistique de données écologiques :
- visualisation des variabilités : relation entre population et échantillons à travers des simulations variées ; 
 - modèles simples : les statistiques descriptives et leurs visualisations ;
- un modèle plus complexe : corrélation, régression linéaire et relation de causalité.

2. Modélisation mathématique de la dynamique des populations :
- modèles en temps continu (équations différentielles ordinaires, EDO) : modèles de croissance exponentielle et logistiques, modèles de populations exploitées ;
- modèles en temps discrets (équations récurrentes) : suite de Fibonacci, modèle logistique ;
- modèles matriciels de populations structurées en classes.

BIO1006M BIO1006M Renouvellement UE Stage laboratoire Stage laboratoire 6 0 6 15 0 0 0 210 35 18 0 0 s.gobert-gosse 65 0 0 0 0
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de la biologie cellulaire et de la génétique pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche.
- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation

- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

- Développer une argumentation avec esprit critique.

Identifier les différentes étapes d’une démarche expérimentale.

Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

Compétences transversales: recherche documentaire et rédaction scientifique. 

 

- Formuler un raisonnement scientifique à l'oral ou à l'écrit.

Ce stage d’une durée de 7 semaines réalisé dans un laboratoire publique ou privé, en France ou à l’étranger, a pour objectif de faire découvrir aux étudiants le milieu de la recherche et les aider dans leur choix futur d’orientation. Les étudiants doivent mener un petit projet de recherche, en réalisant des protocoles expérimentaux et des recherches bibliographiques pour maîtriser le contexte scientifique de leur travail. Ils apprennent ainsi à planifier, réaliser, mettre en forme et analyser leurs résultats. Ils perçoivent aussi le travail d’équipe et ont la possibilité d’élargir leurs connaissances en participant aux réunions d’équipe et en assistant à différents séminaires scientifiques organisés au sein des unités de recherche d’accueil.

Cette formation par la recherche sera accompagnée d’un enseignement théorique portant sur : 1 / la sécurité et les bonnes pratiques en laboratoire ; 2/ l’aide à la synthèse de leur travail de recherche sous forme d’un article scientifique et sa présentation sous forme de mini-conférences. Cet enseignement s’appuiera aussi sur la mise en place d’un suivi personnalisé et la sensibilisation des étudiants à l’utilisation du Portefeuille d’Expériences et de Compétences (PEC) à l’issue de leur stage, qui constituera une aide précieuse pour leur future insertion professionnelle (en complément de l’UE Formation Humaine).

BIO1006P BIO1006P Renouvellement UE ATDD Acquisition, Traitement et Diffusion des Données 6 0 22 31.5 4 0 0 210 35 4 0 0 sylvain.doledec 67 80 68 20 0 0
- Connaissances de base en bureautique (traitement de texte, diaporama, tableur)
- Connaissance de base en statistique descriptive (moyenne, médiane, variance)
- Communication de résultats d'étude à des auditires variés à lm'écrit et à l'oral.
- Aisance à l'oral et identification des signes non-verbaux parasites
- Rédaction de rapport d'étude basée sur des analyses statistiques

L’interprétation des résultats d’inventaire nécessite des connaissances de base en statistique et en traitement de l’information spatiale afin de comparer différents ensembles de données ou d’apprécier l’évolution temporelle d’un ensemble d’habitats. Cette UE vise donc à fournir aux étudiants les concepts de bases (1) des Systèmes d’Informations Géographiques (combinaison de données spatiales, gestion de base de données, géo-référencement des données, intégration de données de terrain) et (2) de l’analyse statistique (approches univariées et multivariées) des données de terrain. De plus, cette UE vise à maîtriser les savoir-faire techniques (1) sur le logiciel QGIS (SIG) et (2) sur le logiciel de statistique R. En parallèle, les techniques informatiques de communication (TICE) de l’information écologique sont abordées, incluant la communication en langue anglaise.

 

Cartographie Positionnement et SIG (24hTD + 4hTP de terrain par C. Quantin, A.K. Bittebière, E. Dehouck)

L’enseignement se déroule en salle informatique dédiée aux SIG (logiciel QGis) après une sortie sur le terrain.  Plan : Les Systèmes d’Informations Géographiques – Concepts de base des SIG. Création d’un SIG. Sortie terrain. Exploitation des données de terrain. Combinaison des données ponctuelles. Intégration de la topographie. Analyse spatiale. Projet personnel de construction et d’exploitation d’un SIG sur une espèce animale ou végétale dans le Parc de la Vanoise. Didacticiel : http://spiralconnect.univ-lyon1.fr/webapp/website/website.html?id=2600151

Traitement des données écologiques (13hCM + 7.5hTD)

Tri et sélection des données, tableaux dynamiques avec Excel ou les version gratuites (LibreOffice, OpenOffice). Les différents types de données (variables qualitative, quantitative). Test (mobilisation des connaissances acquises en statistique descriptive, moyenne, variance, corrélation). Comparaison de communautés (approches multivariées). Courbe de raréfaction. Logiciel R : http://www.r-project.org

Anglais technique et professionnel (9h CM)

L’objectif est de permettre à l’étudiant de remobiliser des compétences linguistiques réelles en travaillant sur des applications qui le nécessitent (recherche documentaire et Web sciences par exemple). L’anglais est aussi développé par ailleurs en transversal dans la formation (logiciels, articles, documentations et conférences en anglais).
BIO1007M BIO1007M Renouvellement UE Immunopathologie Immunopathologie 6 0 35 15 0 0 0 210 35 18 0 0 christine.delprat 65 100 0 0 0
PrérequisConnaissances de base de l'immunologie fondamentale soit au moins 6 ects.

(T) Communicant - Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère.

(T) Chercheur - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: Travaux dirigés: Rédaction d'article scientifique

Les principes de la rédaction d'un article scientifique sur des exemples concrets d'articles publiés avec un intervenant qui patagera sa propre expérience, dans les domaines de l'immunologie, l'immunopathologie et/ou ses interfaces multidisciplinaires: immuno-infectiologie, onco-immunologie, neuro-immunologie, immuno-métabolisme, avec utilisation indispensable d'une salle informatique reliée au réseau internet. Un travail par groupe sera demandé entre les séances (33% travail personnel).

1. La sélection et la présentation des données brutes
2. La rédaction des parties: matériel et méthodes, résultats
3. La recherche bibliographique pour la rédaction de l'introduction
4. La rédaction de la discussion
5. Comparaison de différents formats dans différents journaux, exemple de réponse de reviewers et remodelage.
Compréhension, analyse critique et interprétation des résultats obtenus avec les techniques utilisées dans les publications actuelles.

Contact : Christine DELPRAT, Professeur
Tél  +33 4 72 68 19 54

mail : christine.delprat@univ-lyon1.fr

Mots clés : immunopathologie (auto-immunité, immunodéficiences, hypersensibilités, immunologie des tumeurs, histiocytoses, infections chroniques et récidivantes, maladies chroniques infammatoires), technique d'écriture d'article scientifique en immunologie-immunopathologie.

Thèmes du cours d'Immunopathologie :

1. auto-immunité
2. immunodéficiences
3. hypersensibilités
4. immunologie des tumeurs
5. histiocytoses
6. relations hôte-pathogène des infections chroniques et récidivantes
7. inflammations stériles

Intervenants :
Equipe pédagogique d’immunologie de l’université de Lyon, UFR Biosciences.
Equipe pédagogique d’immunologie de la faculté de médecine de Lyon.
Des conférences concernant des points d'actualités avec des chercheurs seront organisées. Les conférenciers seront invités sur la base de leur notoriété.

Les travaux dirigés, dont la matière première sera constituée d’articles scientifiques rédigés en anglais dans le domaine de l’immunopathologie, formeront les étudiants à la rédaction d’une publication scientifique.

BIO1007P BIO1007P Renouvellement UE MAH Milieux Aquatiques, Hydrobiologie 9 0 0 50 60 0 0 210 35 4 0 0 emilien.luquet 67 100 0 0 0
écologie générale, notions de naturalisme
Compétences spécifiques:
- écologie aquatique
- identification des organismes aquatiques animaux et végétaux


Compétences transversales:
- techniques d'échantillonnages
- rédaction de synthèses

Cette UE aborde les hydrosystèmes (systèmes aquatiques lotiques et lentiques). Les notions de flux (hydrologie et hydraulique), de dimensions spatiales et temporelles, d’échelles, de processus, d’ensembles fonctionnels et de stratégies adaptatives sont présentées. Les étudiants acquièrent des connaissances théoriques et pratiques sur les mesures de l’habitat physique, sur la flore et la faune aquatiques (échantillonnage avec identification des poissons, des invertébrés benthiques et des macrophytes) ainsi que sur les outils de diagnostic (IPR, IBG-DCE, IBMR, IBML, IBD systèmes experts, modèles d’habitat). L’enseignement se déroule pour une partie importante sur le terrain. L’enseignement conduit à une maîtrise des concepts liés aux milieux aquatiques continentaux et à une bonne pratique des outils classiques et nouveaux (ADNe) d’inventaires et de diagnostic dans ces milieux.

BIO1008P BIO1008P Renouvellement UE MTO Milieux Terrestres Ouverts 9 0 0 26.5 73 0 0 210 35 8 0 0 sonia.czarnes 67 60 68 40 0 0
Connaissance de base en botanique, écologie générale et en zoologie

Compétences théoriques :

1- Mobiliser les principes d'écologie fondamentales et de biologie de la conservation

2- Maîtriser les conceptes de l'échantillonage floristique, faunistique et mésologique

3- Maîtriser l'identification des sols (pédologie) et leurs implications (relation à la flore)

Compétences méthodologiques et techniques : échantillonnage, identification, analyse, présentation des données

1- Concevoir des plans d'échntillonnage floro-faunistique et de mesures mésologiquess

2- Réaliser des mesures (topographie, physico-chimie) afin de caractériser l'habitat physique

3- Mener différentes analyses physiques et chimiques des sols en laboratoire pour les caractériser

4- Utiliser les techniques d'échantillonnage pédologique et floristique à des fins d'inventaire

5- Déterminer les espèces végétales indicatrices de milieux et à enjeux de conservation

6- Utiliser les techniques d'échantillonnage de l'entomofaune (Araignées, abeilles, Orthoptères, fourmis, rhopalocères, ...)

7- Maîtriser un logiciel de calcul statistique et de graphes pour difuser les données

8- Effectuer une interprétation d'inventaire floro-faunistique et de données mésologiques


Cette UE a pour objectif d’acquérir des compétences dans la connaissance des différents habitats terrestres ouverts (prairies, pelouses, agro-systèmes) d’un point de vue pédologique, floristique et faunistique. Elle comprend d’une part un enseignement théorique concernant la caractérisation des habitats grâce à (1) l’identification des sols (en particulier leurs propriétés et leurs diversités), (2) des connaissances floristiques (Bryophytes, Fougères, Angiospermes) et faunistiques (Arthropodes, vertébrés) ainsi que (3) des connaissances des principales espèces à enjeux de conservation. Cette UE comprend d’autre part, un enseignement pratique (sorties terrains et TP d’identification des taxons en salle) ayant comme finalité la caractérisation de certains habitats sélectionnés, en s’appuyant sur des techniques précises d’échantillonnage, en fonction de la nature du terrain et du but de l’étude. Des sorties terrains ont comme thématique les interactions sol-végétation ; elles consistent à réaliser des inventaires floristiques, ainsi que des relevés phytosociologiques et de les relier à des analyses physico-chimiques des échantillons des différents sols (porosité, propriétés hydriques, fertilité, acidité). D’autres sorties terrain sont consacrées aux méthodes d’échantillonnage et d’identification d’arthropodes (p.ex. Hyménoptères, Orthoptères, Rhopalocères).

Caractérisation des habitats et de la flore

1-     Caractérisation écofloristique des habitats ouverts (prairie, pelouse, agrosystèmes) ;

2-     Caractérisation physique et physico-chimique des sols ;

3-     Connaissances floristiques des habitats ouverts ;

4-     TP/TD intégrés : relation sol – végétation .

Caractérisation de la faune 

1-     Les Arthropodes

-        Bases pratiques de systématique et d’écologie des Arthropodes ;

-        Méthodes d’échantillonnage et d’identification en milieux ouverts : Araignées + Abeilles + Orthoptères

2-     Inventaires d’arthropodes en milieu ouvert : fourmis et rhopalocères des pelouses sèches collinéennes.

BIO1011L BIO1011L Renouvellement UE DIVI Diversité du vivant 6 0 30 1.5 27 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.mondy 67 60 68 40 0 0
Aucun

- Observer et décrire de manière claire et structurée à l'écrit notamment sous forme de dessin.

- Faire une synthèse de l'ensemble des parties du cours et décloisonner ces connaissances par rapport aux autres enseignements.

- Mettre en œuvre un protocole expérimental au niveau des TPs.

 

Le but de cette UE est de fournir aux étudiants un aperçu de la Diversité du Vivant (organisation et origine) ainsi qu’une connaissance de base de l'anatomie, du fonctionnement et de la phylogénie des grands groupes d'organismes vivants. L’arbre du vivant est décrit pour montrer la multiplicité des lignées évolutives et positionner les deux clades  qui seront principalement étudiés, les Métazoaires (animaux) et les Embryophytes (plantes). L’objectif est de développer chez les étudiants une vision critique de la discipline.

Le cours s’appuiera sur le tryptique ‘structures, fonctions et évolution’ pour décrire les grandes innovations biologiques des Métazoaires. Celles-ci seront illustrées par l’étude de l’architecture des principaux clades composant les Métazoaires et en les replaçant dans la diversité de chacun d’entre eux. Le cours sur les Embryophytes dans la lignée verte décrira l’architecture des plantes et leur adaptation au milieu terrestre, ainsi que l'organisation et de la croissance de l'appareil végétatif en précisant les notions de tissus et d'organes chez les Trachéophytes.

 Les TPs/TD visent à illustrer de manière concrète la Diversité des Organismes présentés en cours.  Ils ont pour but de développer en particulier la capacité d’observation des étudiants, ainsi que la capacité de formuler ces observations de façon structurée. En particulier, les travaux pratiques comportent une introduction aux techniques d'observation et du dessin scientifique. Les structures sont mises en évidence par l’observation et la dissection d’organismes modèles et l’étude de lames microscopiques.

BIO1015P Renouvellement UE FSG1 Formation scientifique générale 1 6 0 50 5 0 0 0 210 35 18 0 0 jacques.bodennec
BIO1016M BIO1016M Renouvellement UE Cellules souches Cellules souches 6 0 35 15 0 0 0 210 35 18 0 0 edmund.derrington s.gobert-gosse 65 100 0 0 0

Inscription au M1 BMC

Connaissances de niveau L3 en biologie cellulaire, génétique et biologie moléculaire


Développer un esprit critique des savoirs dans le domaine des cellules souches (cellules souches pluripotentes, somatiques (cerveau, peau et système hématopoiétique), reprogrammations cellulaires.

Connaître et maîtriser les techniques de biologie cellulaire utilisées en recherche dans les domaines de cellules souches.

Mobiliser ses connaissances des cellules souches et faire des liens avec les autres domaines d’apprentissage.

Analyser avec un esprit critique diverses ressources spécialisées et synthétiser ces données pour les transmettre à l’oral.

Communiquer, à l’oral et à l’écrit, pour transmettre des connaissances et synthétiser des données de ressources diverses.


  1. Cellules souches pluripotentes : mécanismes d’autorenouvellement, de différenciation, d’induction des iPSC
  2. Cellules souches somatiques : contrôle de l’autorenouvellement par des divisions asymétriques.
  3. Cellules souches hématopoïétiques : homéostasie du système hématopoïétique, thérapie cellulaire et génique, leucémie. 
  4. Cellules souches de la peau, développement de l’épiderme, thérapie cellulaire, cancer de la peau.
  5. Cellules souches du cerveau, développement du cerveau, maladies neurodégénératives et thérapies cellulaires, cancer du cerveau.
  6. Rédaction d'un rapport bibliographique au sujet des cellules souches (contrôle continu)
  7. Présentation critique d'articles de recherche au sujet des cellules souches (contrôle continu)

BIO1016P Renouvellement UE FSG2 Formation scientifique générale 2 6 0 40 15 0 0 0 210 35 18 0 0 jacques.bodennec
BIO1017M+ BIO1017M Création UE Objectifs Professionnels Outils et mises en situation favorisant l'insertion Pro 6 0 0 20 40 0 0 210 35 18 0 0 anne.vianney sandrine.giraud 70 0 0 0 0

- Appréciation et valorisation de ses compétences

- Mise en pratique des techniques de communication verbale et non verbale

- Rédaction de CV et de lettres de motivation

- Démarche réseau

- Techniques de gestion de projet

- Ouverture sur le monde l'entreprise

- Communiquer à l'oral

Les étudiants devront choisir entre trois options :

  • 1- Etre et Agir en Milieu Professionnel (EAMP)

L'étudiant suivra une semaine de formation durant laquelle il travaillera sur son projet professionnel et sur sa mise en œuvre :

- Bilan personnel (savoir-être et savoir-faire, compétences, talents, centres d’intérêt, contraintes…)

- Identification de pistes professionnelles en accord avec le bilan

- Apprentissage des techniques d'écriture de CV et lettres de motivation,

- Simulation d'entretiens d'embauche et  séance sur la communication verbale/non verbale- écoute animée par un professionnel.

- Démarche réseau

Tout au long de l'année les étudiants devront également suivre au moins trois conférences comme celles proposées par le SOIE (service d'orientation et d'insertion des étudiants). Ils devront développer leur réseau professionnel à l’échelle individuelle, mais aussi en groupe en organisant des tables rondes avec des acteurs des domaines professionnels qui les attirent.

  • 2- Gestion de Projet

Les étudiants qui le désirent pourront se regrouper en équipe (de 3 à 5 personnes) et proposer un projet de leur choix qui sera mené sur plusieurs mois. Les propositions de projet seront soumises à validation par l'équipe enseignante en début d'année (septembre). Ce projet doit avoir un objectif précis (par exemple : aider financièrement une association caritative, sensibiliser des jeunes enfants à une cause, créer un site web spécifique ou toute autre idée originale…) et devra inclure la recherche de sponsors et/ou de fonds pour mener à bien l’évènement, l’établissement de partenariats officiels…Les étudiants seront donc en situation réelle de gestion de projet (GP).

Chaque équipe projet sera initiée aux techniques de GP en TD et sera encadrée par un(e) enseignant(e) tut.-eur(trice) qui suivra toute l’évolution du Projet afin de limiter les erreurs et les pertes de temps. Les étudiants devront également faire une présentation orale de l'avancée de leur projet à "mi-parcours" (courant décembre) devant le jury composé des différents tut.-eurs(trices) et rédiger une charte de projet reprenant toutes les étapes de l'avancée du projet.

  • 3- Campus Création

Les étudiants qui le souhaitent pourront rejoindre le programme Campus Création organisé par le PEPITE (Pôle Etudiant Pour l'Innovation, le Transfert et l'Entrepreneuriat) de Lyon/St Etienne, BEELYS. Ils devront alors construire un projet de création d’entreprise virtuelle en équipe-projet pluridisciplinaire et inter-établissements. Pour cela, ils participeront à des ateliers thématiques permettant d’appréhender tous les éléments utiles pour monter le projet et bénéficieront de créneaux de coaching par des entrepreneurs. Ils devront rédiger un business plan et présenter leur projet à l'oral devant un jury d'entrepreneurs

BIO1017P Renouvellement UE MDL Méthodologies de laboratoire 6 0 0 0 80 0 0 210 35 18 0 0 jacques.bodennec
BIO1018P Renouvellement UE ZEL Zootechnie d'espèces de laboratoire 6 0 30 0 30 0 0 210 35 18 0 0 amor.belmeguenai
BIO1019P Renouvellement UE PT Projet tuteuré 6 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 jacques.bodennec amor.belmeguenai
BIO1024P BIO1024P Renouvellement UE Remise à niveau Remise à niveau 0 0 0 0 36 0 0 210 35 8 0 0 guillaume.minard 0 0 0 0

L’objectif général de cette UE est d’estimer le niveau de connaissances des étudiants en biologie, microbiologie, biologie moléculaire et biochimie afin de procéder à une remise à niveau technique et théorique des étudiants en fonction de leur formation initiale.

Les étudiants issus d’une formation universitaire (Licence) seront formés aux techniques de laboratoire à travers de TP portant sur des approches de :

(1)   Microbiologie

(2)   Biologie moléculaire

Les étudiants issus d’un cursus technique (BTS, DUT) suivront des enseignements théoriques (TD) portant sur :

(1)   La microbiologie

(2)   Les techniques de biologie moléculaires

(3)   La biochimie

BIO1053M BIO1053M Renouvellement UE Maladies génétiques Maladies génétiques: approches globales 3 0 19.5 6 0 0 0 210 35 18 0 0 jerome.lamartine 65 100 0 0 0
Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir, dans le domaine des maladies génétiques humaines (bases génétiques, mécanismes moléculaires, physiopathologie)
Développer une conscience critique des savoirs dans le domaine des maladies génétiques
Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées en génétique humaine pour documenter un exemple de mécanisme physiopathologie en génétique humaine
Se servir de façon autonome des outils numériques avancés en génétique humaine(bases de données, outils d'analyse)
L'objectif de l'UE est de présenter l'apport des approches globales (génétiques, génomiques) pour identifier les bases moléculaires des maladies génétiques humaines et de mieux comprendre leur physiopathologie.
L'UE comprend les 3 parties suivantes de cours :
1- Les bases de transmission des maladies génétiques et les méthodes d'identification des facteurs génétiques en cause
2- Génomique et maladies génétiques : analyses génomiques et physiopathologie, outils d'inactivation géniques et physiopathologie, génomique structurale et maladies complexes
3- Thérapie génique et cellulaire
Une séance de TD en salle informatique permettra également aux étudiants de découvrir les bases de données et les outils d'analyse utiles en génétique humaine.
BIO1058M BIO1058M Renouvellement UE Network Physiology of neural network 6 0 37.5 19.5 0 0 0 210 35 18 1 0 corine.amat Philippe bou 69 100 0 0 0

-        Knowledge of the anatomo-functional organization of the nervous system at the molecular and cellular levels

-        Knowledge intracellular communication, electric signal genesis, synaptic communication, brain plasticity…

-        Knowledge of the experimental tools enabling to study the neuronal morphology and activity as single neuronal unit and neuronal networks

Transversales

-        Know how to search bibliographic databases, identify pertinent publications related to a topic and synthetize information (written and oral synthesis)

 

Specifiques

-        Know how to combine and integrate different levels of analysis to identify and characterize the neural bases of a behavior in both physiological and pathological contexts.

-        Know how to critically analyze experimental results originating from these different levels of analysis

-        Know how to use classical and the most recent neurophysiology tools to investigate the cellular mechanisms underlying neuronal activity, synaptic communication and plasticity, in different animal models: know their respective advantages and limits.

-        Being able to describe and critically analyze mechanisms responsible for inter-regional communication, building of neuronal assemblies and brain plasticity.

The aim of the unit is to provide an in-depth description of the mechanisms underlying the functioning of neural networks, specifically in relation to perception and cognitive functions. This entails examining cellular mechanisms at the level of the neuron/synapse, as well as macroscopic processes governing inter-regional communication at the whole brain level. Topics will notably include structural and functional connectivity, information coding, oscillatory dynamics, integration of information, neural assemblies, brain plasticity.  Examples from a broad range of functions (learning, sleep, olfaction, action control, executive functions) will serve to illustrate the main methods (electrophysiology, neuroimaging, cognitive sciences, neuropsychology…) for studying the physiology of neural networks in the human and non human brains and their complementarity. In group works, analysis of scientific articles will allow students to present a review on a topic related to neural networks.

BIO1059M BIO1059M Renouvellement UE PhINT Physiologie intégrative 6 0 30 9 18 0 0 210 35 12 0 0 claude.duchamp 66 66 69 34 0 0
UE Régulations Physiologiques de L3 si possible
18 ects validés en Physiologie animale3 ects validés en neurophysiologie
Maitriser la construction de figures scientifiques,l'interprétation de données expérimentales, la formulation d’hypothèses, l'argumentation d’un raisonnement
Savoir suivre un protocole expérimental pour réaliser une expérimentation in vitro

Sélectionner et analyser les données acquises et bibliographiques pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

Définir des objectifs et le contexte d’une expérimentation, identifier les ressources nécessaires.

Travailler en équipe pour construire un poster et le présenter oralement, élaboration d’une communication orale dans un temps imparti.

L'objectif est de donner une vision très large et intégrative d'une fonction physiologique à différents niveaux d'intégration.La Physiologie de la fonction de nutrition est abordée de façon intégrative en présentant ses composantes neuronales, métaboliques et comportementales. 

Principaux thèmes abordés :

La prise alimentaire et son contrôle endocrine et neuroendocrine, Interactions centrales et périphériques

Le comportement alimentaire et ses déterminants.

Les apports nutritionnels, macro et micro nutriments

Le microbiote intestinal et son impact sur la fonction de nutrition.
L'ontogenèse des processus de régulation de la balance énergétique. 
La nutition périnatale. 

TD : illustration du cours, exploration fonctionnelle, travail sur les résultats expérimentaux, construction de posters

TP : Les étudiants étudieront l’influence du statut nutritionnel et/ou métabolique sur les bilans nutritionnels, l'expression de certains gènes, le comportement alimentaire, les processu cellulaires. Les modèles animaux seront étudiés du comportement jusqu’au gène.

BIO1073M BIO1073M Renouvellement UE Biologie du Comportement Biologie du Comportement 6 0 21 19 20 0 0 210 35 18 0 0 francois-xavier.dech 0 0 0 0
Bases en biologie évolutive et écologie

Le but de cet UE est d'apporter des bases théoriques et pratiques à l'étude de la biologie et de l'écologie du comportement. Le comportement est ici envisagé de manière globale non seulement comme un trait phénotypique soumis à sélection mais aussi comme agent sélectif susceptible d’affecter l’évolution d’autres traits notamment dans le cadre de la sélection sexuelle. Cette UE traite particulièrement des bases mécanistiques du comportement (bases génétiques vs. apprentissage), de l'optimalité des stratégies sous sélection (principe de maximisation de la fitness, approvisionnement optimal, distribution libre et idéale, etc.), des relations proie-prédateur (courses aux armements évolutifs, théorie de la reine rouge, théorie de l'allocation au risque, etc.), de l'évolution de la communication (signal honnête, principe du handicap, cryptisme et aposématisme), de la sélection sexuelle (principe de Bateman, processus d'emballement de Fischer, théorie des bons gènes, paradoxe du lek, etc.), de l'évolution de la socialité (sélection de parentèle, autoorganisation et sagesse des foules, sélection de groupe et niveaux de sélection, etc.). L'UE fait appel à de nombreux concepts vus dans d'autres UE : phylogénie, plasticité phénotypique, sélection sexuelle ou sélection fréquence-dépendante (théorie des jeux évolutifs), ainsi qu'à des approches modélisatrices. Nous insistons beaucoup sur l'importance de la démarche hypothético-déductive, notamment en TP où les étudiants traitent d'une problématique scientifique en définissant un protocole solide et en analysant leur données de manière rigoureuse. Enfin, il ne s'agit pas que d'enseignements théoriques fondamentaux  : à chaque fois qu'un exemple s'y prête, nous discutons des intérêts appliqués de la biologie du comportement pour la gestion des populations et la conservation (Ex. : purge des allèles délétères, ruby in the rubbish effect, amortissement des stresseurs environnementaux, effet Allee, taille efficace de population, etc.). Le cours s’appuiera aussi sur de nombreux exemples concrets et récents issus de la recherche en biologie du comportement. Les travaux dirigés sont focalisés sur la démarche hypothético-déductive et la modélisation. L’objectif des travaux pratiques s’inscrit dans le test d’hypothèse, en particulier en mettant en place des projets de longue durée (sur plusieurs semaines), la conception de protocoles et la conduite d’expériences en autonomie.

BIO1075M BIO1075M Renouvellement UE Biol Cons Biologie de la Conservation 6 0 12 12 36 0 0 210 35 18 0 0 jean-paul.lena 0 0 0 0

Cette UE traite du versant biologique de la conservation de la biodiversité, tant au niveau de la viabilité des populations que de la diversité des stratégies biologiques. L’approche de cette UE est donc plutôt espèce centrée, les approches de conservation et gestion des milieux étant plutôt abordées dans les trois autres UE de semestre 2. Dans le cadre de cette UE, il s’agira donc d’intégrer les acquis de différentes disciplines (démographie, génétique de populations, écologie comportementale, biologie évolutive) pour documenter le statut de conservation des populations et prédire leur altération consécutive de la fragmentation des habitats, de l’introduction d’espèces allochtones, ou de prélèvements abusifs. Les conditions de restauration d’une population sont analysées en particulier à la lumière de l’analyse des structures spatiales des paysages (notion de connectivité).

Les travaux dirigés et les travaux pratiques visent à donner aux étudiants une compétence opérationnelle quant aux outils utilisés en biologie de la conservation : approche intégrative en gestion des milieux et des écosystèmes (indicateurs de changements écologiques, indices de fonctionnement), approche démographique pour l’analyse de viabilité des populations (estimation des paramètres démographiques et modèles de projection) et approche génétique en conservation (hybridation, structuration et diversité génétique des populations, génétique du paysage).

BIO1076M BIO1076M Renouvellement UE PGB Plasticité des Génomes Microbiens et Biosécurité 6 0 20 3 35 0 0 210 35 16 0 0 franck.bertolla 67 0 0 0 0
Compétences transversales :
1) Communiquer et s’exprimer et à l’oral. 2) Analyser, interpréter et exploiter des résultats. 3) Développer son sens de l’analyse critique.
Compétences spécifiques :
Etre capable de construire et mettre en peuvre une démarche scientifique; comprendre le rôle des transfert horizontaux de gènes dans l'adaptation et l'évolution des microorganismes.
L'objectif du module est l'acquisition de concepts théoriques et de  méthodologies sur la stabilité des génomes microbiens, en intégrant (i) la connaissance des mécanismes de transfert de gènes et de leur régulation, (ii) les probabilités de transfert dans l'environnement, (iii) les conséquences évolutives, et (iv) les aspects écologiques et leur signification en terme de biosécurité.
I- Transferts horizontaux de gènes. Mécanismes de transfert horizontal de gènes : transformation, plasmides et conjugaison, virus et transduction. Ilôts de gènes, intégrons. Facteurs du milieu et fréquence des transferts de gènes.
II- De la microévolution à la spéciation. Clonalité et recombinaison. Régulation de la composition du génome. Stress environnemental et mutagénèse. Spéciation chez les procaryotes.
III- Transferts de gènes et biosécurité. Multi-résistance aux antibiotiques chez les microorganismes, pathogènes émergents, réservoirs environnementaux des pathogènes, acquisition par les microorganismes des transgènes des OGM microbiens et végétaux
BIO1078M BIO1078M Renouvellement UE RVE Réponses des Végétaux aux Contraintes de l'Environnement 6 0 30 12 18 0 0 210 35 18 0 0 lemoine.damien 66 50 68 50 0 0
Les objectifs de cette UE sont d’aborder les réponses aux contraintes environnementales à partir de la notion de stress chez les végétaux. 
Une partie importante de cette UE portera sur l'utilisation par l'homme de végétaux présentant des caractéristiques physiologiques particulières notamment pour la dépollution des sols et de l'eau. Le concept de bioindicateur sera défini à partir d’expérimentations de terrain. Les aspects modélisation seront développés.Les principaux thèmes abordés seront : - Réponses physiologiques aux stress environnementaux : notion de stress chez les végétaux, réponses physiologiques aux principales contraintes biotiques (parasites, herbivores) et abiotique (rappels stress hydrique, stress thermique, stress toxique, stress oxique). Concept de bioindicateurs.- Détoxication cellulaire : notion de radical libre et détoxication cellulaire.- Changements globaux et pollution atmosphérique : changements de la composition de l'atmosphère, effet thermique et modification climatique, augmentation du pouvoir oxydant de l'atmosphère (ozone, UV B). 
- Pollution des sols, de l'eau et utilisation des végétaux pour la dépollution. Cas des sols : phytoremédiation, phytoextraction, phytodégradation. Cas des eaux : phytofiltration, lagunage et phytoépuration des effluents domestiques et agricoles avec visites d’infrastructures.
BIO1085M BIO1085M Renouvellement UE MSP Microorganismes et Santé des Plantes 6 0 27 5 28 0 0 210 35 16 0 0 yvan.moenne-loccoz 67 100 0 0 0
connaissance de base en écologie microbienne
Compétences spécifiques : 1) Connaître les mécanismes d’interaction des microorganismes bénéfiques ou pathogènes avec la plante. 2) Connaître les mécanismes de défense des plantes vis-à-vis des pathogènes. 3) Connaître les mécanismes de sélection du microbiote associé aux plantes et la notion de phytobiome. 4) Connaître la contribution du microbiote à la santé des plantes, et la notion de sol résistant aux maladies. 5) Connaître les procédures d’inoculation de microorganismes phytobénéfiques
Programme : 1) Microorganismes associés à la plante, microbiote et phytobiome. 2) Pathogènes et parasites, mécanismes d’infection et de résistance, Agrobacterium et le transfert de gènes aux plantes supérieures. 3) Microorganismes bénéfiques et mécanismes d’interaction : Symbioses (fixation symbiotique de l’azote, mycorhizes), coopérations. 4) Sols résistants aux maladies. 5) Inoculums microbiens en agriculture.
BIO1108M Renouvellement UE UE Libre 6 ECTS UE Libre 6 ECTS 6 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.davoust-nataf@ens-lyon.fr christophe.trehin
BIO1108M+ Création UE UE libre 3 ECTS UE libre 3 ECTS 3 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.davoust-nat christophe.trehin
BIO1108M++ Création UE UE Libre 3 ECTS UE Libre 3 ECTS 3 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.davoust-nat christophe.trehin
BIO1117M+ BIO1117M Création UE CNP Cellule normale et pathologique: oncogénèse et dégénrescence 6 0 34 14 0 0 0 210 35 18 0 0 bertrand.mollereau 64 70 69 30 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

Bloc de compétences n°2 de la fiche 34270

  • Mobiliser des savoirs dans les fonctions cellulaires dont les dysfonctions  (mort cellulaire, senescence, proliferation, réparation de l’ADN) peuvent conduire au cancer.
  • Développer une conscience critique et savoir débattre les origines génétiques et non génétiques du cancer
  • Mobiliser des savoirs méthodologiques pour évaluer les fonctions et dysfonctions  cellulaires pouvant entrainer la neurodégénérescence et la dégénérescence musculaire.

Compétences acquises : technique :

Bloc de compétences n°3 de la fiche 34270

  • Identifier, selectionner et analyser avec un esprit critique les principes et les buts des approches expérimentales de Biologie Cellulaire abordées dans les enseignements et être capable d’y faire référence lors d’analyses de documents.

Savoir : méthodologie :

  • Connaître les fonctions cellulaires dont les dysfonctions  (mort cellulaire, senescence, proliferation, réparation de l’ADN) peuvent conduire au cancer.
  • Savoir débattre les origines génétiques et non génétiques du cancer
  • Connaître les approches méthodologiques pour évaluer les fonctions et dysfonctions  cellulaires pouvant entrainer la neurodégénérescence et la dégénérescence musculaire.

Savoir : technique :

  • Identifier dans chaque cours le mécanisme cellulaire normal abordé et comprendre sa dérégulation dans les pathologies.
  • Connaître le principe et le but des approches expérimentales de Biologie Cellulaire abordées dans les enseignements et être capable d’y faire référence lors d’analyses de documents.
  • Être capable de présenter et confronter plusieurs vues scientifiques sur un sujet donné, développer son esprit critique.

Avec l'augmentation de l'espérance de vie, les maladies associées au vieillissement prennent une importance grandissante dans nos sociétés occidentales. Des maladies telles que le cancer, les maladies neurologiques et musculaires ont pris un poids sociétal et économique très important. Ces dernières décennies de recherche fondamentale ont apporté une meilleure compréhension de la dérégulation des mécanismes cellulaires impliquées dans ces pathologies. Nous sommes entrés dans une nouvelle ère ou les découvertes scientifiques fondamentales permettent le développement de thérapies "intelligentes".  Les intervenants de l'UE présenteront les mécanismes cellulaires essentiels en condition normale, leur dérégulation dans des exemples de pathologie et les perspectives thérapeutiques envisageables. 

La Cellule Normale et Pathologique est une UE de biologie cellulaire qui s'intéresse aux processus cellulaires tels que l'expression des gènes (transcription, stabilité des ARN), maintenance du génome la réparation de l'ADN, la régulation de l'homéostasie protéique (protéasome, autophagie), la régulation du cytosquelette, et les mécanismes cellulaires de réponse au stress cellulaire tels que l'apoptose, la nécrose et la sénescence. Ces processus sont présentés en contexte cellulaire normal mais également pathologique dans des pathologies tels que le cancer, les maladies neurodégénératives (Maladies d'Alzheimer, de Huntington, de Parkinson, de Creutzfeld Jacob), les dégénérescences rétiniennes et la dégénérescence musculaire.

BIO1118M+ BIO1118M Création UE Immunologie Immunologie 6 0 30 18 0 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.davoust-nat 65 75 64 25 0 0

Compétences acquises (techniques et méthodologie) :

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

Compétences acquises (scientifiques) :

Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

Le rôle du système immunitaire est d'assurer l'intégrité de l'organisme en réponse à des agressions externes comme les infections ou interne comme la dégénérescence ou les tumeurs. La mise en place d'une réponse immune nécessite la reconnaissance de signaux de danger, et ou de motifs pathogéniques par les cellules immunitaires innées. Cette première phase de la réponse permet l'activation de la réponse adaptative médiée par les lymphocytes.

 

Le but de l'UE est de permettre aux étudiant.e.s d'appréhender les problématiques étudiées actuellement par les immunologistes d'un point de vue fondamental et dans un contexte physiopathologique et clinique.

Thèmes couverts :

Le système du complément

Les récepteurs du signal de danger : les PRR

Subversion de la réponse immunitaire innée par les pathogènes

Les molécules du CMH et les récepteurs de l'immunité adaptative, BCR et TCR

Le développement des lymphocytes B et T

La réponse immunitaire adaptative : réponse à médiation humorale, à médiation cellulaire et réponse mémoire

Les mécanismes de tolérance centrale et périphérique

L'immunité des muqueuses

Le système immunitaire chez l'individu sain et malade : immunodéficiences, maladies auto-immunes, immunité des cancers, vieillissement du système immunitaire, vaccination et tuberculose

BIO1121M BIO1121M Renouvellement UE Epigénétique Epigénétique 6 0 32 16 0 0 0 210 35 18 0 0 fabien.mongelard@ens-lyon.fr 65 0 64 0 0 0

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

                - Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

RNCP34270BC04 Appui à la transformation en contexte professionnel                 - Gérer des contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui   nécessitent des approches stratégiques nouvelles

                - Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe

                - Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

                - Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer   pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité

                - Respecter les principes   d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale

 

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC01 Usages avancés et spécialisés des outils numériques

- Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention 

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour   un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

 

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

                - Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

                - Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

                - Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux

                - Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la   complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

Les mécanismes épigénétiques sont au cœur de la régulation des réseaux génétiques au cours du développement des organismes puis tout au long de leur vie. Ils occupent aussi une place importante dans des situations pathologiques telles que de nombreux cancers. Leur étude est donc indispensable pour une bonne compréhension de ces domaines. Après avoir ré-exposé des fondamentaux (nature de la chromatine, histones canoniques et variantes, signalisation chromatinienne, méthylation de l’ADN…), divers mécanismes activement étudiés dans la recherche contemporaines seront explorés. Pour cela, des spécialistes sont invité.é.s et présentent leurs sujets et travaux. Seront ainsi traités, par exemple, la régulation de divers mécanismes développementaux chez les plantes,  l’architecture tridimensionnelle du génome et son rôle dans les diverses fonctions nucléaires, la régulation via les petits ARNs et les lncRNAs, la transmission transgénérationnelle, le rôle de l’épigénétique dans les cancers.

BIO1124M+ BIO1124M Création UE Bioinformatique évolutive Evolution Moléculaire, Bioinformatique 6 0 18 24 6 0 0 210 35 18 0 0 helene.badouin nicolas.lartillot 67 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC01 Usages avancés et spécialisés des outils numériques: Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale; Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés: Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances: Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC01 Usages avancés et spécialisés des outils numériques: Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention;

Savoirs méthodologie :

Rappels des outils et concepts utilisés en évolution moléculaire (génétique des populations, bioinformatique, test de neutralité,…)

Savoirs techniques :

Introduction, par des TPs, aux modèles et aux méthodes bioinformatiques utilisées pour analyser les séquences génomiques: détection de transferts horizontaux d’éléments transposables; next-generation sequencing et transcriptomique; méthode comparative moléculaire: évolution des séquences et traits d'histoire de vie; détection de sélection dans les séquences codantes.

L’évolution moléculaire consiste en l’étude des processus évolutifs et de la généalogie du vivant (phylogénie) à l’aide de marqueurs moléculaires. Cette discipline est essentielle à la compréhension de l’organisation des génomes, et à la recherche de régions fonctionnelles. Elle est au coeur de l'analyse bioinformatique des séquences génomiques. Dans ce module, nous nous focaliserons sur les recherches actuelles concernant la dynamique des génomes et en particulier sur les facteurs qui influencent cette dynamique et comment ces facteurs peuvent varier en fonction de l’écologie de l’organisme ou de ses traits d'histoire de vie.  Des applications en bioinformatique seront présentées, portant entre autres sur la caractérisation des régimes sélectifs opérant sur les séquences codantes, ou sur la reconstruction des phénotypes, des paléoenvironnements ou de la paléoécologie des espèces ancestrales le long des phylogénies, à partir des traces laissées par ces facteurs causaux dans les génomes des espèces modernes.

Sujets abordés en cours 

  • Modélisation des processus évolutifs : de la génétique des populations à la divergence inter-spécifique; équilibre mutation/dérive/sélection; modèles d'évolution des séquences.
  • Rôle de la recombinaison dans l'évolution des génomes ; biais de conversion génique; PRDM9
  • Évolution des chromosomes sexuels
  • Modèles d'évolution de la taille des génomes
  • Rôle et impact des éléments transposables dans l'évolution des génomes - régulation épigénétique
  • Relations entre les traits moléculaires (composition en base - taux d'évolution) et traits d'histoire de vie (masse, longévité, durée de génération, système d'appariement) à l'échelle intra et interspécifique.  
BIO1126M+ BIO1126M Création UE Biophysique Biologie Physique de la Cellule 6 0 32 16 0 0 0 210 35 18 0 0 cendrine.moskalenko 28 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines  

Compétences acquises : technique : 

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

 

Savoir : méthodologie : utiliser les outils physiques de modélisation du vivant basés sur des concepts de matière molle, de physique statistique, de rhéologie et de mécanique des milieux continus, pour analyser comment s’auto-organisent les structures du vivant des échelles subcellulaires (nanométriques) aux échelles des tissus (millimétriques).

Savoir : technique : interpréter la majorité des travaux scientifiques réalisés à l’interface physique-biologie utilisant des outils expérimentaux tels que : Microscopie ou mesures de forces AFM, pinces optiques, pinces magnétiques, FRET, …

  • Longueur de persistance d'un biopolymère
  • Energétique de formation d'un nucléosome
  • Packaging de l'ADN dans le bactériophage
  • Force générée par polymérisation par un filament du cytosquelette
  • Boucle de rétroaction de l'expression génétique (motif réseau)
  • Mécanique d'un virus
  • Moteur moléculaire de déplacement
  • Nage de bactérie et chimiotaxie
  • Visco-élasticité cellulaire/tissulaire
  • Migration d’une cellule sur une surface

 

BIO1135M+ BIO1135M Création UE Ecologie Ecologie des Communautés et des Ecosystèmes, Macroécologie 6 0 24 24 0 0 0 210 35 18 0 0 gilles.escarguel 67 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale – Maitrise

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines – Expertise

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines – Maitrise

- Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux – Maitrise

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation – Expertise

 

Compétences acquises : technique :

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère – Expertise

Cette UE vise en premier lieu à caractériser l’organisation, le fonctionnement et l’évolution des communautés et des écosystèmes (comportements et interactions fonctionnelles, flux d’énergie et cycles de matière, contraintes biotiques et abiotiques, biodiversité…). Les principales théories d’organisation des communautés sont analysées de façon critique (niche, facilitation et construction de niche, perturbation, biogéographie insulaire, théorie neutre), ainsi que les concepts d’organisme ingénieur, de stratégie adaptative et biodémographique, de groupe fonctionnel et de redondance fonctionnelle, et finalement d’écosystème (réseau et préférence trophique, production de biomasse, stabilité, succession et perturbation, résistance aux perturbations, résilience, cycle adaptatif…). Sur ces bases, une approche biogéographique et macroécologique amène à discuter deux motifs globaux d’organisation de la biodiversité (le gradient latitudinal de biodiversité et la relation aire-espèce) pour lesquels les bases d’une interprétation neutraliste ou fonctionnelle sont posées (théories d’assemblage, biogéographie insulaire, théorie neutraliste unifiée de la biodiversité). Finalement, l’impact de l’humanité au sein de la biosphère est abordé via le concept multidisciplinaire d’Anthropocène.

BIO1137M Renouvellement UE Anglais M1 Anglais M1 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 0 0 gilles.christoph@ens-lyon.fr veronique.rancurel@ens-lyon.fr
BIO1149M BIO1149M Renouvellement UE TypHTIC Typologie des habitats terrestres 6 0 24 0 36 0 0 210 35 8 0 0 marc.philippe antoine.vernay 67 90 68 10 0 0
Il n'y a pas de pré-requis impératifs, cependant une appétence pour l'expertise naturaliste et le travail de terrain est un plus certain.
Synécologie
Expertise et analyse de la biodiversité, notamment végétale
Etablissement de cartes d'habitats
Phytosociologie et cartographie végétale

Des séries de végétation au code EUNIS en passant par la phytosociologie sigmatiste les plantes sont utilisées pour classer les écosystèmes, les cartographier et les gérer.

Adaptations, accommodation et expression phénotypique en lien avec le milieu

La caractérisation des traits, et de leur plasticité, associés aux différentes espèces et groupes fonctionnels (notamment végétaux, permet d’obtenir des informations sur la qualité du milieu auquel ces espèces ou groupe appartiennent.

Systématique et taxonomie végétale

L'utilisation des plantes pour la bioindication nécessite des bases en systématique pratique et en taxonomie.

BIO1165M BIO1165M Renouvellement UE IF Imagerie fonctionnelle 3 0 0 3 22.5 0 0 210 35 18 0 0 caroline.grangeasse 65 100 0 0 0

- Utiliser les technologies de microscopie (photonique et électronique).

- Conduire un mini-projet de recherche fondamentale dans le domaine de la biologie cellulaire et de la bio-imagerie

- Réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie cellulaire et mettant en œuvre les technologies de la microscopie.

- Maitriser différentes techniques et méthodologies employées en biologie cellulaire et bio-imagerie.

- Se servir des outils numériques pour le traitement et l’analyse d’images.

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Développer une argumentation avec esprit critique.

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit


L’objectif de cette UE est de présenter les nombreuses possibilités d’analyse offertes aux chercheurs par les techniques modernes de microscopie photonique et électronique. Afin de découvrir et pratiquer certaines techniques de microscopie, différentes thématiques biologiques sont abordées : la phagocytose, la forme et la migration des cellules ou encore le développement musculaire. Les expériences sont conduites sur des cellules en culture et sur le poisson zèbre, un organisme modèle vertébré. Lors des TP, les étudiants préparent les échantillons, acquièrent les images sur différents microscopes, traitent/analysent ces images et interprètent les résultats. Les thèmes abordés lors de ces TP permettent d’appréhender des notions essentielles de l’imagerie en biologie : la résolution, les marquages multiples, la co-localisation, la reconstruction tri-dimensionnelle à l’échelle de la cellule et de l’organisme. L’analyse et la mise en forme des résultats permettent aux étudiants de se familiariser avec les concepts de base du traitement et de l’analyse d’image.

Techniques mises en œuvre :

Microinjection d’embryons, transgenèse transitoire, immunomarquages fluorescents.

Microscopie photonique, Biréfringence, Microscopie à épifluorescence, microscopie confocale à balayage LASER, microscopie électronique à balayage, vidéo-microscopie. Cette UE bénéficie de l’accès à des systèmes de microscopies de pointe, situés sur les plateformes du Lymic : le CTµ à la Doua, le CIQLE à Rockfeller et le PLATIM à Gerland. Elle permet donc de visiter ces structures, de rencontrer le personnel et d’utiliser ces appareillages.

BIO1167M BIO1167M Renouvellement UE Strat. d'Infec. microb. Stratégies d'Infection microbiennes 6 0 35 15 0 0 0 210 35 18 0 0 anne.vianney 65 100 0 0 0
Aucun
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, d'écologie, de physiologie, d'immunologie, de classification du vivant, et d'évolution pour traiter une problématique en microbiologie ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Communiquer à l'oral

L’UE «stratégies d’infection microbiennes» est consacrée aux différentes stratégies développées par les  microbes eucaryotes (organismes fongiques) et procaryotes (bactéries) pour infecter leurs hôtes (animaux ou végétaux). Le programme de l’UE est particulièrement orienté sur les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans la mise en place et la réalisation du processus infectieux et également sur le dialogue hôte pathogène (reconnaissance, défense de l’hôte).

L’objectif de l’UE est de révéler aux étudiants les perspectives actuelles de la recherche fondamentale dans ce domaine en s’appuyant sur des travaux de bibliographie récents et en mettant l’accent sur les outils actuels de recherche. L’enseignement est composé de cours et de travaux dirigés, ces derniers étant basés sur l’analyse de résultats bibliographiques récents et faisant l‘objet de présentations orales par les étudiants sur un support informatique.

-Concernant les organismes bactériens (responsable Anne Vianney), l’accent est mis sur les pathogènes humains. A chaque étape du cycle infectieux, les stratégies développées par ces bactéries sont décrites, en particulier les stratégies d’échappement au système immunitaire inné (échappement au complément, à la phagocytose), ou encore de détournement du cytosquelette eucaryote. Enfin, le rôle joué dans l’infection bactérienne par les mécanismes de variation de phase, de quorum sensing ou encore de formation de biofilm est abordé au travers d’exemples.

-Les pathogènes fongiques de l’homme (mycoses systémiques : candidoses, aspergilloses) sont présentés et développés sous l’angle particulier de leur adaptation à l’hôte animal (adaptation à la température, dimorphisme, contournement du système immunitaire). Concernant les organismes fongiques pathogènes des plantes (responsable Pascale Cotton), les stratégies de reconnaissance, de colonisation  et d’infection  (nécrotrophie, hémibiotrophie, biotrophie) sont présentées et illustrées par des exemples tirés de la bibliographie récente et axés sur les stratégies moléculaires et cellulaires. Les moyens de lutte contre les pathogènes fongiques sont  décrits  sous l’angle de la recherche des processus moléculaires et cellulaires pouvant faire l’objet de cibles antifongiques. Les mécanismes moléculaires de la résistance aux antifongiques  sont également présentés.

BIO1171M BIO1171M Renouvellement UE Physiopath.régul.card.vas M1 BIP / Physiopathologie des régulations cardio-vasculaires 3 0 12 18 0 0 0 210 35 18 0 0 delphine.baetz 0 0 0 0

M1 BIP
Licence SVT parcours physiologie validée

Méthodologies d'étude de la fonction cardiovasculaire

Analyse de documents scientifiques

Techniques de communication orale

L’objectif général de cette UE est de renforcer les bases nécessaires à la compréhension de la physiopathologie et de la pharmacologie du système cardio-vasculaire. Elle aborde, notamment, les mécanismes conduisant de la fonction à la dysfonction. Par ailleurs, elle doit permettre de préparer les étudiants de M1 BIP à une des spécialités « recherche » de la mention, intitulée « Régulations Cardiovasculaires, Métaboliques et Nutritionnelles, RCMN ».

L’UE est organisée en cinq journées thématiques, au cours desquelles :

·         le matin, les étudiants présentent devant l’ensemble de la promotion, un exposé oral consistant en l’analyse critique d’une publication scientifique en anglais et reliée au thème de la journée. La présentation se déroule dans les conditions d’une présentation orale à une réunion scientifique, 10 minutes d’exposé puis 10 minutes de questions. Chaque étudiant présente deux exposés dans deux journées thématiques différentes ;

·         l’après-midi, les étudiants assistent à une conférence donnée par un spécialiste du thème abordé dans la journée.

Les thèmes abordés sont : 1) fonction ventriculaire Gauche et concept de cardioprotection ; 2) Régulation de la pression artérielle à court terme ; 3) Contrôle à long terme de la pression artérielle ; 4) Homéostasie Calcique et pathologies cardio-métaboliques ; 5) Nutrition Obésité et risque cardiovasculaires 

L’évaluation des connaissances acquises au cours de cette UE se base :

·         sur les capacités de l’étudiant à répondre par écrit à une question de physiologie ou de physiopathologie cardiovasculaire et reliée à un des thèmes abordés au cours des journées ;

·         sur la qualité des exposés présentés par les étudiants au cours des journées thématiques.

BIO1172M BIO1172M Renouvellement UE MAA Microbiologie Agro-alimentaire 6 0 25 5 25 0 0 210 35 16 0 0 sabine.favre-bonte 0 0 0 0
Connaissances de base en microbiologie

Appliquer un protocole selon un cahier des charges.

Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

Communiquer par oral.

Travailler en équipe.

 

Connaitre les microorganismes d'intérêt en agroalimentaire.

Identifier et caractériser des micro-organismes d’intérêt en agroalimentaire par différentes méthodes.

-Sécurité sanitaire des aliments

-Surveillance sanitaire et microbiologique des eaux

-Les micro-organismes au cœur des biotechnologies

-Métabolisme et fermentation chez la levure

- Les bioréacteurs : procédés, fonctionnement et applications

- Traitement des effluents et déchets agroalimentaires liquides ou solides

- Le contrôle des moisissures en industrie agro-alimentaire

- Prébiotiques et probiotiques

TP :

-critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires / identification d’un agent pathogène responsable d'infection alimentaire

- suivi du process d’un aliment

- quantification et identification de flores microbiennes de produits alimentaires

BIO1178M BIO1178M Renouvellement UE Adaptation Adaptation, développement, évolution 6 0 20 18 10 0 0 210 35 18 0 0 cyril.charles samir.merabet@ens-lyon.fr 65 50 67 50 0 0

Compétences acquises : méthodologie : Savoir expliquer des données issues d'articles scientifiques. Proposer des expériences pour répondre à une problématique de type Eco-Evo-Dévo. Savoir expliquer les liens entre contraintes développementales et sélection naturelle.

Compétences acquises : technique : Pouvoir mener des analyses de QTL avec les outils informatiques associés. Pouvoir réaliser une étude morphométrique en deux ou en trois dimensions.

Au cours de l’évolution, il n’y a pas de passage direct d’un adulte avec un phénotype donné à un autre adulte avec un phénotype différent. Les nouveaux types d’adultes doivent nécessairement résulter d’un changement de la trajectoire développementale. Dans cette UE, l’adaptation sera donc abordée de manière intégrée, du génome au phénotype, via le développement. Les CM ont pour rôle d'apporter les connaissances fondamentales et d'expliciter le contexte des études de type Eco-Evo-Devo étudiant l'adaptation des organismes. Les TP ont pour objectif de familiariser les étudiants avec les méthodes utilisées dans ces études. Outre des illustrations et approfondissements des points vus en cours, les TD mettent l'accent sur le travail collaboratif (en binômes ou en plus grand groupes) avec une progression entre étude de documents existants et proposition de projets de recherche autours de problématiques imposées.

Thèmes couverts : Introduction à l’évo-dévo, fonctionnement et évolution des gènes Hox, contraintes développementales, étude des QTLs, plasticité phénotypiques et adaptabilité, évolution expérimentale, analyse génétique de la domestication, morphométrie.

BIO1179M BIO1179M Renouvellement UE Bio du Dev M1 Biologie du développement : nouveaux concepts et approches 6 0 26 22 0 0 0 210 35 18 0 0 pradeep.das aurelie.vialette@ens-lyon.fr 65 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC01 :

- Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

 

RNCP34270BC02 :

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

 

RNCP34270BC03 :

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

 

RNCP34270BC04 :

- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

- Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité

La biologie du développement étudie les processus remarquables qui mènent d’une cellule unique à un ensemble hautement organisé de cellules, i.e. un organisme multicellulaire, parfois formé de milliards de cellules. Le contrôle spatial et temporel de l’expression des gènes est un élément essentiel dans tous ces processus. Le nombre de données génétiques et moléculaires a augmenté exponentiellement durant la dernière décennie : un grand défi actuel est d’intégrer ces données dans un cadre conceptuel permettant de comprendre le développement d’un organisme. Un tel cadre peut être fourni par la biologie des systèmes, qui apporte un ensemble d’approches expérimentales et théoriques intégratives. En particulier, des modèles mécanistiques peuvent permettre de comprendre l’émergence des propriétés de l’organisme à partir des échelles moléculaire et cellulaire, en fournissant des prédictions testables expérimentalement.

Les cours (i) abordera les concepts fondamentaux et avancés du développement des plantes et des animaux, (ii) présentera les techniques expérimentales classiques et de pointe et (iii) illustrera l’utilité d’approches expérimentales quantitatives ou de modélisation.

 

Liste des thèmes et concepts associés :

- Réseaux de gènes : exemple du développement de la fleur (réseaux, fleur)

- Histoire de l'étude de la fleur (aspects historiques de la biologie du développement, fleur, evo-devo)

- Développement de la vulve chez C. elegans (evo-devo, patterning, lignage cellulaire)

- Evo-devo de l'hermaphrodisme chez les nématodes (evo-devo, réseaux de gènes)

- La métamorphose (cycle de vie)

- Floraison (cycle de vie, intégration de signaux génétiques et environnementaux)

- Arrêt du méristème (fleur, réseaux génétiques et épigénétiques)

- Morphogénèse de l'épithelium (développement à l'échelle cellulaire et tissulaire, cytosquelette)

- La morphogénèse chez la drosophile (développement à l'échelle cellulaire et tissulaire)

- Le développement de la graine (cycle de vie, fleur, dialogues entre tissus)

- Le développement de la racine (développement à l'échelle de l'organe, patterning)

- Signalisation hormonale chez les plantes et les animaux (communication cellulaire)

- Les organoïdes (biotechnologies)

- Les signaux mécaniques dans le développement

- Modélisation en biologie du développement (découverte des outils et apports de la modélisation, dialogue entre biologistes et modélisateurs)

BIO1181M+ BIO1181M Création UE Cerveau Le cerveau: développement-plasticité-cognition 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 0 0 anne.didier frederic.moret 69 50 65 50 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- repérer les questions biologiques ad hoc à la lecture de figures/données brutes d’article.

- savoir faire une recherche bibliographique sur une question donnée.

- proposer des hypothèses pertinentes à partir d’un corpus de données et d’une question biologique.

- décrire les résultats de manière synthétique et concise, en repérant les messages importants

- tirer les conclusions appropriées à partir de ces résultats, avec les nuances pertinentes en terme de degré d’interprétation et de certitude.

- intégrer des résultats dans une synthèse et un modèle mécanistique pertinent.

- connaître les concepts du cours et les termes-clefs pour les intégrer dans le discours de manière appropriée.

- S’inspirer des données du cours pour proposer des questions biologiques en prolongement des documents analysées, et des approches expérimentales pertinentes pour y répondre.

- avoir des qualités rédactionnelles utilisant un style rigoureux, précis et concis, mettant en avant la démarche scientifique.

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la   complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Compétences acquises : technique :

- connaître le principe des approches expérimentales en neurobiologie moléculaire et cellulaire, en neurophysiologie, en neurosciences cognitives vues en cours et être capable d’y faire appel lors d’analyse de document.

- maîtriser un corpus de concepts dans ces domaines.

"Le cerveau est un organe hypercomplexe. Parmi les caractéristiques originales du cerveau se trouve sa capacité à s’auto-organiser puis à se remodeler, non seulement lors de son développement au cours duquel il acquiert progressivement ses capacités fonctionnelles optimales, mais également tout au long de la vie où il incarne plus que tout autre organe le parcours singulier du sujet, ses acquis, ses affects, son déclin. La compréhension des mécanismes biologiques qui régissent le développement des réseaux de neurones, l’établissement de leur connectivité, la plasticité adaptative des neurones ou ensembles neuronaux, l’émergence des fonctions mentales et leurs éventuelles dysfonctions lors des processus pathologiquesneurologiques ou psychiatriques, est donc un enjeu majeur.

La compréhension de ces processus nécessite le recours à tous les domaines des biosciences.

Cette UE a pour objectif de pointer les apports de la biologie cellulaire et moléculaire, de la génétique, des enregistrements électrophysiologiques, des approches comportementales chez l’humain et les modèles animaux, ainsi que les approches de neuroimagerie et de la modélisation  en neurosciences et de les illustrer par les approches les plus prometteuses.

Seront abordés plus précisément les thèmes suivants:  

Neurodéveloppement et pathologies :

- les processus de régionalisation des aires corticales et de diversification des neurones dans le cortex cérébral

- la modélisation du développement cérébral normal et pathologique par les organoïdes

- Outils génétiques innovants (optogénétique, multicolor cell tracking, variantes de crispr)

- les mécanismes de guidage des projections neuronales et des pathologies associées

- l’asymétrie gauche-droite du cerveau

Plasticité cérébrale, régénération et dégénérescence :

- la plasticité cérébrale : mécanismes et impacts fonctionnels

- la neurogenèse chez l’adulte : mécanismes et implications physio-pathologiques

- la régénération axonale et perspectives thérapeutiques

- les bases neurales d’une maladie de cerveau (maladie d’Alzheimer ou dépression) 

Neurosciences cognitives :

La variété et la complémentarité des outils d'analyse de l'activité cérébrale seront présentées avec l'objectif de révéler les avantages et les limites de chaque technique au regard de la nature des signaux enregistrés. Les possibilités de traitement qu'offrent les différents outils (imagerie moléculaire, métabolique, électromagnétique et débit sanguin) seront illustrées à travers le thème du contrôle exécutif. Ce thème permettra de soulever, en conclusion, un ensemble de problèmes directement associés aux sujets du traitement de la récompense, de l'impulsivité et de l'addiction, qui constituent le fil rouge des enseignements de M2

 

Des travaux dirigés illustreront ces chapitres à travers des analyses de documents, d’articles, ou des mises en situation face à des problématiques de recherche.

BIO1205M+ Création UE Physion Physiologie des Transports Ioniques 6 0 20 15 10 0 0 210 35 5 0 0 maelle.jospin christelle 66 50 69 50 0 0
Notions d'électricité de base (courant, potentiel, résistance, condensateur...)
Techniques de biologie cellulaire de base (immuno, western...)

Le nombre croissant de channelopathies souligne l’importance du rôle des canaux et des transporteurs ioniques dans la physiologie cellulaire et intégrative. L’étude de ces protéines implique des méthodologies spécifiques, largement utilisées dans la communauté scientifique.

L'objectif de cet enseignement est ainsi double:

  • d’une part acquérir de connaissances scientifiques pointues sur les canaux et transporteurs ioniques qui jouent un rôle ubiquiste dans l’organisme 
  • d’autre part se familiariser avec des technique d’étude de ces protéines: électrophysiologie, imagerie fonctionnelle cellulaire, cryoEM.

La partie expérimentale de l’enseignement permettra à l’étudiant.e de pratiquer trois approches expérimentales différentes: le voltage clamp à double électrode, l’imagerie calcique et les enregistrements intracellulaires.

BIO1206M+ Création UE Neuron Properties of neuronal cells 6 0 31.5 10.5 15 0 0 210 35 8 1 0 corine.amat marion.richard 69 100 0 0 0

-        Basic knowledge of the anatomo-functional organization of the nervous system at the molecular and cellular levels

-        Basic knowledge of the cell biology (gene expression, protein synthesis, intracellular communication, electric signal genesis…)

-        Basic knowledge of the principal steps of the development of the nervous system, synaptic communication, brain plasticity.

-        Basic knowledge of the experimental tools enabling to study the neuronal morphology and activity as single neuronal unit and neuronal networks

Transversales

-        Know how to search bibliographic databases, identify pertinent publications related to a topic and synthetize information (written and oral synthesis)

  Specifiques

-        Know how to combine and integrate different levels of analysis to identify and characterize the neural bases of a behavior in both physiological and pathological contexts.

-        Know how to critically analyze experimental results originating from these different levels of analysis

-        Know how to use classical and the most recent neurobiology and neurophysiology tools to investigate the cellular mechanisms underlying neuronal activity, neuronal development, synaptic communication and plasticity, in different animal models: know their respective advantages and limits.

-        Being able to describe and critically analyze molecular mechanisms responsible for neuronal activity (voltage- gated channels, chemo-dependency…) synaptic communication and plasticity, neuronal integration, neuronal metabolism, neuronal differentiation, synaptogenesis, maintenance of the homeostasis of the nervous system thanks to neuron-glia interaction.

-        Know how to implement an empirical process based on electrophysiology recordings and use of computational modeling of neuronal activity (protocol elaboration, data curation and analysis)

Understanding the biochemical and electrical specificities of the neuronal cells is the first step toward understanding brain function and information processing. In this teaching unit, lectures will provide detailed description of the neuronal activity (genesis, firing patterns, propagation…), of the synaptic communication and its plasticity, of neuronal integration, neuronal metabolism, neuronal differentiation and synaptogenesis, maintenance of the homeostasis of the nervous system thanks to neuron-glia interaction. In group works, analysis of scientific articles will allow students to master the concepts underlying the most recent technics in neurobiology and electrophysiology unitary recordings and develop critical reading. In practical courses, students will perform unitary recordings in invertebrate neurons and will develop a scientific protocol to identify the main modulators of neuronal activity. This empirical approach will be complemented by the use of a computational model of neuronal activity.

BIO1207M+ Création UE ModéPhy Modèles d’étude en physiologie 6 0 9 22.5 24 0 0 210 35 8 0 0 christine.berthier 66 0 0 0 0

L'enseignement permettra d'explorer la diversité des modèles utilisés en recherche fondamentale et appliquée en Physiologie, en analysant leurs caractéristiques et leurs atouts conceptuels et expérimentaux. L'UE sera basée sur l'analyse de cas, tirés de la littérature scientifique et des données acquises en travaux pratiques.

Les objectifs sont de permettre une compréhension critique de l'apport des différents modèles expérimentaux utilisés en physiologie, depuis les modèles de cellules en culture simulant tissu, organe ou système physiologique (ex: organoïdes 3D, organ-on-chip) jusqu'aux modèles animaux en passant par la modélisation prédictive intégrative.

Pour répondre à ces objectifs, l’enseignement utilisera largement la pédagogie active en appliquant le processus chronologique suivant : 1- Cours introductif, 2- Réalisation d’un dossier d'analyse de cas, 3 - Présentations orales par les étudiants 4 - Cours récapitulatif.

Thèmes

  • Apports et limites des différents modèles in vitro et in vivo : invertébrés,  culture cellulaire, modèles animaux : animaux de laboratoires (poisson, rongeur, cochon, ...), modèles naturels (ours, rongeur, ...).
  • Physiologie comparée : diversité des caractéristiques fonctionnelles animales.
  • Biologie de synthèse : cas des cellules souches, organoïdes, organ-on a chip, ...
  • Expression de protéines exogènes d'intérêt physiologique, méthodologique ou pathologique : méthodes d'expression hétérologue, CRISPR, optogénétique, ...
  • Des données physiologiques à la prédiction par le modèle : modélisation 3D d’un organe, modèles de dynamique calcique, de flux sanguin et de pharmacocinétique, modélisation de populations.
Travaux dirigés/travaux pratiques:
  • Modèle de cellules musculaires différenciées en culture : comment moduler la différenciation cellulaire dans un modèle in vitro et analyser au cours du temps la distribution d'une protéine fluorescente d'intérêt par microscopie inversée ?
  • Modélisation d'un système biologique simple: comment décrire, analyser et prédire ?
BIO1208M BIO1208M Renouvellement UE NeuroCo Cognitive Neurosciences and Neuroimaging 6 0 30 18 12 0 0 210 35 18 1 0 philippe.boulinguez 69 0 0 0 0

Molecular, cellular, and anatomical bases of the nervous system. 

Inferences on cognitive functionning from behavioural data. 

Principles of mathematical modeling in biology. 

Neuroscientific tools for cognitive modeling. 

Critical appraisal of cognitive modeling methods combining behavioural and brain activity analyses. 

Building empirical studies on cognitive functions based on behavioural analyses.

1- Methodological principles I: Cognitive modeling 

Fonctions vs. Processes 

Psychological tools  

2- Methodological principles II: Brain activity recording 

fMRI, EEG/MEG et PET 

Other tools 

Neurocomputational approach 

3- Illustrations : 

Memory 

Attention  

Objects, concepts et language  

Perception/Action  

Perception/Sensory integration 

Executive control

BIO1209L+ Création UE NEMU Du Neurone au Muscle 6 0 27 13.5 13.5 0 0 210 35 16 0 0 christine.berthier v.pellier-monnin 66 50 69 50 0 0

Avoir suivi l’équivalent du contenu des enseignements dispensés dans les Unités d’Enseignement suivantes : « De la cellule à l’organisme » en L1, "Biologie du développement", Introduction à la Biologie cellulaire et Immunologie" et "Physiologie cellulaire et Excitabilité" en L2.


Compétences spécifiques :

Appréhender les mécanismes cellulaires et moléculaires à l’origine de la fonction motrice humaine en conditions physiologiques et pathologiques

Mobiliser les concepts fondamentaux et les approches expérimentales dans le champ des fonctions motrices afin de traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ; réalisation et interprétation d’électromyogrammes sains et pathologiques chez l’Homme; analyse des mécanismes physiologiques à l'origine des contractions musculaires

Modélisation de la fonction motrice humaine à travers la manipulation d’organismes simplifiés (C-Elegans)

Initiation aux techniques associées à la culture cellulaire de cellules musculaires (Immunomarquage et observation microscopique)

Compétences transversales :

Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle macroscopique et microscopique et faire le lien entre ces deux échelles dans le cadre d’une fonction physiologique

Identifier et exploiter les différentes étapes d’une démarche expérimentale, interpréter des données expérimentales

Identifier, sélectionner et analyser diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation ; Développer une argumentation avec esprit critique

Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.

Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

Programme des cours magistraux :

Les cours porteront sur la fonction motrice humaine, depuis sa mise en place au cours du développement jusqu’aux mécanismes fonctionnels de la motricité chez l’adulte. L'accent sera mis aussi sur les pathologies associées et les thérapies mises en jeu ainsi que sur les effets du vieillissement et de l'entrainement.

Partie 1 : Développement
Myogenèse,
Neurogenèse du système nerveux moteur, Complexes moléculaires de la jonction neuromusculaire.

Partie 2 : Fonction motrice chez l'adulte
Couplage neuromusculaire : conversion du signal électrique en signal chimique.
Mécanisme moléculaire de la contraction : le cycle contractile.
Métabolisme musculaire au repos et lors de l’exercice physique.
Plasticité, exercice et fatigue musculaire - mécanismes de l'entrainement, du dopage et du vieillissement.

Commande centrale du mouvement :  Cortex et voies motrices descendantes.

Contrôle du mouvement : coordination visio-motrice, proprioception, rétrocontrôle du mouvement et plasticité.

Partie 3 : Pathologies et thérapies
Pathologies associées au système neuromusculaire ( ex: Dystrophie de Duchenne, Myasthénie, Myopathie, Syndrome de Guillain Barré,  Amyotrophie latérale spinale, Héminégligence, ...).

Régénération tissulaire et cellules souches (régénération du tissu nerveux en ciblant la moelle épinière et du tissu musculaire; apport des cellules souches)

Programme des travaux pratiques et travaux dirigés:
Thème 1: Une structure optimisée pour la fonction.
  • Études structure-fonction des cellules musculaires striées, du cortex moteur et des motoneurones dans le contexte sain ou pathologique.
  • Histophysiologie et histopathologie d'échantillons normaux et pathologiques par observation microscopique assistée par tablette connectée.
  • Analyse structurale de la maturation de la jonction neuromusculaire sur cellules en culture et tissu adulte.
Thème 2 : Méthodes d'étude de la fonction motrice 
  • Mesure de la motricité à l'aide du modèle animal C. Elegans en conditions expérimentales différentiées.
  • Analyse par électroneuromyogramme : le réflexe myotatique et l'activité motrice volontaire ; analyse des altérations pathologiques des signaux observées dans différentes myopathies.
  • Analyse cellulaire de la contraction musculaire
Thème transversal : Travail tutoré de rédaction d'un article de vulgarisation scientifique sur une thématique neuromusculaire à choisir.

BIO1209M+ Création UE Neuro Internship Neurosciences Internship 6 0 0 10 0 0 6 210 35 18 1 0 corine.amat 69 100 0 0 0

-        Initiation to experimental practice in Neurosciences

-        Scientific report writing

-        Bibliographic research and analysis

-        Oral communication of a scientific project

The aim of this 6 weeks internship is to initiate the students to neuroscience research in the laboratory. The students participate to ongoing projects, contributing to data acquisition and analyses. The writing-up of the internship report and the subsequent oral defense enable the training of key scientific communication skills. The internship is also an excellent opportunity to start making professional contact with the neurosciences research network.

BIO1211+ Création UE Behavior Behavioral Neurosciences 6 0 28.5 15 12 0 0 210 35 9 1 0 anne.didier 69 0 0 0 0

Transversal

-        Know how to search bibliographic databases, identify pertinent publications related to a topic and synthetize information (written and oral synthesis)

 

Specific

-        Know how to combine and integrate different levels of analysis to identify and characterize the neural bases of a behavior in both physiological and pathological contexts.

-        Know how to critically analyze experimental results originating from these different levels of analysis

-        Learn about a variety of behaviors

 

 

This UE addresses the neural bases of behavior through the presentation of animal models and interventional approaches allowing to bring to light the mechanisms underlying cerebral functions. These mechanisms are studied at the scale of a neuron, sets of neurons or cerebral circuits and in connection with the measurement of behavior.

Examples of topics:

 Nervous system functioning and behavior in healthy zebrafish and in models of neurological disorder.

 Functional dissection of the reward circuit and addictive behavior: neuropharmacological and optogenetic approaches in rodents

 Non-human primate contribution to the study of social cognition

 Spatial cognition: behavioral and electrophysiological evidence of the dynamic representation of space by the brain in rodents and primates

 Behavioral and cerebral asymmetries 

 New neurons in the adult brain: a role in memory?

Motivated behavior:  odor-guided behaviors and modulation by optogenetics

 

 

BIO1211M+ Création UE Proskills Professionnal skills 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 1 0 anne.didier 69 0 0 0 0

Use advanced digital tools independently to gather information and make yourself visible on professional networks

Analyze and present one's skills and objectives

Connect people and build-up a network

Knowledge on professions related to neurosciences and cognition, meeting professionals and alumni; Valuing one's career path and skills in order to position yourself; interview’s training; pre-professional skills; 
BIO1212M Renouvellement CHOI Options 1 MBI010S2 Bloc 1 UEs optionnelles MBI010S2 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 corine.amat
BIO1212M+ Création CHOI Options 2 MBI010S2 Bloc 2 UEs Optionnelles MBI010S2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 corine.amat
BIO1213M BIO1213M Renouvellement UE Sensory Sensory measures 3 0 12 10 8 0 0 210 35 18 1 0 irene.cristofori 69 0 0 0 0

Knowledge of the anatomical-functional organization of the nervous system (from neurons to neural networks) 

Knowledge of anatomical and functional neuroimaging methods (MRI, fMRI, EEG, PET…) 

Specific 

  • Know how to rely on neuroscientific knowledge to empirically answer questions related to industrial applications 

  • Initiation to the methodological principles of sensory analysis 

The class will present the set of methods for measuring sensory perceptions (sighthearingsmell, taste, touch), based on: 

  • Sensory analysis databasessensory physiology and psychology of perception 

  • Sensory analysis toolsstatistics 

  • Sensory analysis methods: discriminative and descriptive techniques, sensory profiling techniques, consumer studiespreference mapping 

  • The complementarity of physiology and neuroscience methodselectrodermal conductance, electrocardiogram, EEG, eye movements. 

 

The practical work aims to give students the responsibility of a small study consisting in generating a sensory profile completed by the collection of data (eyetracking) and the writing of a report. 

BIO1214M BIO1214M Renouvellement UE Trace Neural trace of memory 3 0 12 15 0 0 0 210 35 18 1 0 marion.richard 69 100 0 0 0

-        Knowledge of the anatomo-functional organization of the nervous system at the molecular, cellular and network levels.

-        Knowledge of the concepts and investigation tools enabling to study behavior, to record and manipulate neural networks’ activation, and to study synaptic communication and plasticity.

Transversales

-        Know how to search bibliographic databases, identify pertinent publications related to a topic and synthetize information (written and oral synthesis)

Spécifiques

-        Know how to combine and integrate different levels of analysis to identify and characterize the neural bases of a behavior in both physiological and pathological contexts.

-        Know how to critically analyze experimental results originating from these different levels of analysis

Identifying the neural trace of learning and memory i.e. the structural and functional changes happening in the brain to enable learning and memory, is a fundamental question in neurosciences. This teaching unit focuses on one particular form of associative learning called “fear conditioning” and will present the different level of analysis that can be combined to identify the neural traces of memory in both physiological and pathological conditions. In addition to gaining scientific knowledge on this topic, students will practice scientific reasoning and critical analysis of experimental data. Focus is made on the complementarity and specificity inputs brought by each level of analysis to the understanding of learning and memory: going from molecular events to behavioral modifications, and including structural and functional plasticity at the synaptic and network levels. Lectures will provide landmark knowledge in the different levels of analysis applied to fear conditioning. Group works based on flipped classrooms and interactive pedagogy will complete the introductory lectures and increase students’ involvement in their own learning.
BIO1214M+ Création UE Clinical Clinical Neurosciences 6 0 30 16.5 9 0 0 210 35 18 1 0 irene.cristofori marion.richard 69 0 0 0 0

-        Knowledge of the anatomical-functional organization of the nervous system (from neurons to neural networks)

-        Knowledge of anatomical and functional neuroimaging methods (MRI, fMRI, EEG, PET…)

-        Basic knowledge of the cell biology and genetics methods to investigate gene expression, protein synthesis, and intracellular communication.

Transversales

-        Know how to search bibliographic databases, identify relevant publications related to a specific topic and synthetize information (written and oral synthesis)

 

Specifiques

-        Know how to identify and characterize a scientific problem in clinical neurosciences

-        Know how to critically analyze results originating studies in clinical neurosciences

-        Know the tools used in clinical neurosciences

 

This course will present different neurological and psychiatric pathologies (example: head trauma, stroke, brain tumor, addiction, depression, altered states of consciousness, chronic physiological and psychological pain, Parkinson's disease, neurodevelopmental disorders [autism, dyspraxia, disorders with deficit attention with or without hyperactivity…)]. These pathologies will be addressed from the gene (molecular and cellular mechanisms) to the patient (symptoms) and will include the description of the different therapeutic approaches. Group works will focus on training in critical analysis of the results, and will involve the students in an oral presentation. During the practical works, students will implement classic lesion mapping and anatomo-clinical correlation approaches and will deepen their knowledge of neurostimulation techniques used as rehabilitation intervention.
BIO1216M BIO1216M Renouvellement UE Immunité Immunité 3 0 18 7.5 0 0 0 210 35 18 0 0 mathias.faure 65 100 0 0 0

Inscription au M1 BMC

Connaissances de base de niveau Licence en biologie cellulaire, génétique biologie moléculaire et immunologie.

Développer un esprit critique des savoirs dans le domaine de l'immunologie

Connaître les techniques de biologie appliquées à la recherche en immunologie.

Mobiliser ses connaissances dans les domaines de l'immunologie et faire des liens avec les autres domaines d’apprentissage.

Analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées, interpréter et synthétiser des données/résultats pour les transmettre.

Communiquer, à l’oral et à l'écrit, afin de transmettre des connaissances et demander des informations.

1. réponse anti-microbienne : réponse effectrice et échappement
2. réponse anti-tumorale : réponse effectrice et échappement
3. réponse pathologique, immunopathologie : réponses inflammatoire, autoimmune, allergique

TD
application des concepts fondamentaux à l'immunité (réponse immunitaire)

BIO1217M BIO1217M Renouvellement UE EPS Elaboration du projet scientifique 3 0 6 6 15 0 0 210 35 18 0 0 caroline.romestaing karyn.julliard 66 50 69 50 0 0
L3 SVT parcours physiologie ou neurosciences

pratique de la recherche bibliographique (questionnements autour d’une problématique, formulation d'hypothèses)

Exploitation et synthèse de données issues de la bibliographie avec esprit critique, à des fins d’analyse en vue de leur exploitation

Formuler une hypothèse

Développer un projet de recherche  avec esprit critique

La réponse à des appels d’offres et la rédaction de projets scientifiques font maintenant parties à part entière des métiers adossés à la recherche. Afin d’être préparés au mieux, les étudiants seront mis en situation de rédaction d’un projet scientifique de type ANR.

Pour cela ils seront amenés à se regrouper en « consortium » (càd un regroupement d'équipes affectées chaune à une tâche), chaque équipe étant composée de 2 étudiants.

Ces consortiums devront élaborer et rédiger un projet scientifique commun sur un thème donné. An sein du consortium, chaque équipe développera une problématique se rattachant à une démarche expérimentale propre, complémentaire des autres équipes, permettant de répondre par différentes approches expérimentales à une question commune.

TP/TD

Les enseignements se dérouleront principalement sous forme de TP/TD tutoré. Au cours de ces séances, les étudiants pourront rencontrer et échanger avec des professionnels et des scientifiques afin de les conseiller et de les orienter dans l’élaboration de leurs projets.

Cette UE nécessite une importante contribution personnelle de la part des étudiants en termes d’étude bibliographique sur un thème choisi et de rédaction d'un rapport d'activité. 

BIO1220M BIO1220M Renouvellement UE Methodex Méthodologie et Statistiques 6 0 30 15 12 0 0 210 35 18 0 0 claude.duchamp philippe.boulinguez 66 50 69 50 0 0
L3 SVT parcours physiologie ou neurosciences

Savoir utiliser les principaux outils de statistiques descriptives.

Connaître les bases de la démarche statistique inférentielle (probabilités, estimations, intervalles de confiance, régression simple, corrélation)

Connaître les grands principes de la démarche scientifique (approche épistémologique)

Connaître et savoir analyser de façon critique les principes méthodologiques généraux de la démarche empirique.

Savoir utiliser de façon appropriée au problème statistique les principaux tests d’hypothèse (paramétriques, non paramétriques, Anova)

 

Epistémologie:

- Les grands principes de la démarche scientifique.

- Identification et formulation d’un problème scientifique

- La théorie comme réponse au problème

- Vie et mort d’une théorie

- Les éléments de logique du raisonnement scientifique.

 

Méthodologie Générale:

- principes de traduction d’une hypothèse théorique en prédictions factuelles mesurables

- les contraintes et les règles de construction d’un design expérimental.
- le savoir-faire et le faire-savoir

 

Statistiques:

- Savoir utiliser de façon appropriée au problème statistique les tests élémentaires du domaine.

Tests d’hypothèses

Tests paramétriques

Tests non paramétriques

ANOVA 1 facteur

Régression simple, corrélation

Intro à R

BIO1222M+ Création UE TechnEx Techniques for Empirical Research 6 0 12 18 30 0 0 210 35 18 1 0 philippe.boulinguez 69 0 0 0 0

- Fundamentals of empirical research (epistemology) 

- Basic principals of methododology and design buildup. 

- Critical appraisal of neural modeling methods 

Using bibliographic resources to identify open theoretical issues 

- Scientific communication: written and oral skills 

 - Coding and data processing 

Epistémologie: 

- Les grands principes de la démarche scientifique. 

- Identification et formulation d’un problème scientifique 

- La théorie comme réponse au problème 

- Vie et mort d’une théorie 

- Les éléments de logique du raisonnement scientifique. 

 

Méthodologie Générale: 

- principes de traduction d’une hypothèse théorique en prédictions factuelles mesurables 

- les contraintes et les règles de construction d’un design expérimental. 

 

Statistiques: 

- Savoir utiliser de façon appropriée au problème statistique les tests élémentaires du domaine.  

Tests d’hypothèses 

Tests paramétriques 

Tests non paramétriques 

ANOVA 1 facteur 

Régression simple, corrélation 

Intro à R 

BIO1223M+ Création UE PAP Pharmacologie appliquée à la physiologie 6 0 30 12 12 0 0 210 35 12 0 0 bruno.allard christine berthier 66 100 0 0 0
/
- Mobiliser des savoirs dans le domaine de la pharmacologie afin de comprendre le lien entre les propriétés pharmacologiques d’un médicament et ses effets biologiques.
- Développer une conscience critique des savoirs dans le domaine de la pharmacologie afin de concevoir les propriétés pharmacologiques attendues pour un médicament selon l’effet thérapeutique souhaité.
- Identifier les mécanismes d'action et les propriétés agonistes ou antagonistes de médicaments à partir de résultats expérimentaux.

Cours magistraux :

PHARMACOLOGIE MOLÉCULAIRE : les cibles moléculaires des médicaments, étude des interactions ligands-cibles, études fonctionnelles, agonistes, antagonistes, clonage.

PHARMACO–CINETIQUE : les différents types de transport des xénobiotiques, les voies d'administration, distribution, accumulation des médicaments, barrières organiques, processus d'élimination.

BIOTRANSFORMATION DES MEDICAMENTS.

PHARMACOLOGIE DES PRINCIPALES PATHOLOGIES DU SYSTEME CARDIO-VASCULAIRE : fonctions physiologiques impliquées et mécanismes d'action des médicaments prescrits dans l'hypertension artérielle, l'insuffisance cardiaque, l'ischémie cardiaque et l'hyperlipoprotéinémie.

PHARMACOLOGIE DES TROUBLES PSYCHIATRIQUES : voies de signalisation impliquées et mécanismes d’action des médicaments prescrits dans la dépression majeure, la manie et l’anxiété.

TP/TD :
Pharmacologie des récepteurs de l'iléon de rat.
BIO1224M+ Création UE PathoEndoc Pathologies endocrines 6 0 30 12 12 0 0 210 35 18 0 0 claude.duchamp 66 100 0 0 0
L3 SVT parcours physiologie

Compétences Transversales (CT)

CT-1 ; CT-2 (lecture articles Scientifiques en Anglais)

Compétences spécifiques

Approches méthodologiques des perturbations pharmacologiques de la fonction endocrine ;

réalisation d’expérimentation biologique ; études ex vivo des sécrétions endocrines

méthodologies enzymatiques

application pratique des outils statistiques



Techniques :
dosages enzymatiques, RT-PCR
pipettages
pesées de précision
calculs de dilutions

L’UE vise à donner une solide formation en endocrinologie en approfondissant les connaissances sur le fonctionnement moléculaire des interactions hormones/récepteurs et leur impact sur les régulations cellulaires. Ces processus sont ensuite intégrés à l’échelle cellulaire et de l’organisme entier pour mieux comprendre certaines régulations physiologiques et les pathologies endocrines associées.

Parmi les principaux chapitres abordés, on peut citer :

Caractérisation pharmacologique et moléculaire des récepteurs hormonaux.

Principaux récepteurs et modes d’activation

Apports des outils moléculaires en endocrinologie, apports des modèles animaux génétiquement modifiés

Régulations de la croissance animale au niveau cellulaire et moléculaire, technologies utilisées et approches intégratives.

Contrôle cellulaire et moléculaire de l'activité des systèmes nerveux ortho et parasympathique, implication des catécholamines centrales dans la régulation des réponses au stress
Pathologies endocrines

 

TD :

illustration du cours, caractérisation des récepteurs hormonaux, contrôle de leur abondance

méthodes de dosage des hormones

Exploitation des résultats expérimentaux.

 

TP :

Conséquences fonctionnelles d'altération du statut endocrine, sécrétion d’hormones in vitro sur modèles incubés ex vivo, ELISA, RT-PCR

BIO1225M Renouvellement CHOI UE optionnelles S2Bloc2 Master / Biol Integr & Physiologie / M1S2 UE option Bloc 2 12 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 claude.duchamp
BIO1226M Renouvellement CHOI UE optionnelles S2 3ects Master / Biol Integr & Physiologie / M1S2 UE option Bloc3 9 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 claude.duchamp
BIO1227M BIO1227M Renouvellement UE PhyCelMu Physiologie de la cellule musculaire 6 0 27 7.5 10 0 0 210 35 8 0 0 bruno.allard 66 100 0 0 0
/
- S’approprier et maîtriser les concepts les plus récents en physiologie musculaire
- Savoir analyser une démarche expérimentale
Développer une conscience critique des savoirs dans le domaine de la physiologie musculaire

Cours magistraux :

- Aspects moléculaires, physiologiques et pathologiques de la transmission neuro-musculaire
- Aspects moléculaires, physiologiques et pathologiques du couplage excitation-contraction de la fibre musculaire squelettique
- Régénération musculaire squelettique et dopage
- Bioénergétique musculaire
- Adaptations physiologiques à l'exercice musculaire aigü et à l'entraînement

TD/TP :
- Etude du couplage excitation-contraction sur muscle isolé à l’aide de la technique des contractures hyperpotassiques
- Etude de la fatigue musculaire à l’aide de la technique d’enregistrement électromyographique chez l’homme.

BIO1227M+ Création CHOI UE Optionnelles S1 Bloc1 Master/Biol Integ & Physiologie/UE option M1S1 Bloc1 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 claude.duchamp
BIO1228M BIO1228M Renouvellement UE PAE Physiologie des adaptations à l'environnement 6 0 30 12 12 0 0 210 35 18 0 0 christophe.soulage 66 100 0 0 0
L3 SVT parcours physiologie
réalisation de protocoles expérimentaux, acquisition des données, mises en forme et analyse statistique des données expérimentales

Développer une argumentation avec esprit critique

Appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour étudier le fonctionnement de différents sytémes physiologiques (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie).

Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
Interpréter des données expérimentales.
application pratique des outils statistiques

Adaptations aux milieux polaires et désertiques

Tolérance au gel chez les ectothermes

Adaptations cardiorespiratoires à l'hypoxie

Programmation périnatale des maladies cardiovasculaires

Réponses métaboliques à la privation d'oxygène

Les thèmes des travaux pratiques pourront varier d'une année à l'autre et permettront d'illustrer  : 1) les canaux ioniques responsables de la sensation de froid et chaud ; 2) La modulation de l’expression protéique suite à l’adaptation à différents stress environnementaux; 3) les adaptations ventilatoires à l'hypoxie.
BIO1229M BIO1229M Renouvellement UE RAM Régulation des adaptations métaboliques 6 0 30 6 18 0 0 210 35 18 0 0 caroline.romestaing 66 100 0 0 0
Connaissances sur les régulation du métabolisme énergétique d'un organisme en conditions physiologiques et pathologiques.
Vision intégrée des systèmes et des interrelations entre organes.
mise en pratique des notions au travers de TP et de recherches bibliographiques.

Compétences acquises : méthodologie :
pratique de la recherche bibliographique (questionnements autour d’une problématique, expérimentation, traitement de données)
Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires (biochimie, biologie cellulaire, physiologie) pour traiter une problématique de cours et mise en oeuvre en TP ou analyser un document de recherche . 

Exploitation de données avec esprit critique, à des fins d’analyse en vue de leur exploitation
Développer une argumentation avec esprit critique

Appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour étudier le fonctionnement de différents sytémes physiologiques (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie).

Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
Interpréter des données expérimentales.

Compétences acquises : technique :

pratique de la recherche dans un domaine d’intérêt
mise en forme de résultats et rédaction de ceux ci

- Mécanismes de régulation et adaptation du métabolisme de différents tissus 

- Régulation de la balance énergétique

- Pathologies métaboliques (obésité, diabètes...)

- Bioénergétique mitochondriale et stress oxydant 

 

TP :

- capacités oxydatives tissulaires,  interrelations glucides lipides, rendement énergétique.

BIO1230M BIO1230M Renouvellement UE PIM Pathologies immuno-métaboliques 3 0 15 9 4.5 0 0 210 35 18 0 0 claude.duchamp olivier.diaz 66 50 65 50 0 0
réalisation de protocoles expérimentaux, acquisition des données, mises en forme et analyse statistique des données expérimentales

Développer une argumentation avec esprit critique

Appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour étudier le fonctionnement de différents sytémes physiologiques (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie).

Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
Interpréter des données expérimentales.
application pratique des outils statistiques

Les processus inflammatoires chroniques et immunitaires jouent un rôle clé dans la mise en place et le développement de multiples pathologies métaboliques. L’objectif de l’UE est de donner aux étudiants une solide formation sur les processus cellulaires et moléculaires mis en jeu.

Les enseignements de l’UE aborderont notamment les problèmes physiopathologiques de l'obésité, de l'athérosclérose et du diabète dans toute leur complexité immunologique incluant mémoire, régulation du système immunitaire intrinsèque, extrinsèque en relation avec les homéostasies altérées des systèmes physiologiques concernés, pour aborder les modes d'actions de quelques médicaments qui ciblent les deux aspects (immunologiques et métaboliques) comme les statines, les corticoïdes ou des biothérapies à l'étude qui ciblent des compartiments immuno-cellulaires spécifiques (macrophages activés ou lymphocytes activés ou lymphocytes mémoires) et les régulations extrinsèques via le blocage de messagers qui connectent immunologie et métabolisme.

BIO1231M BIO1231M Renouvellement UE Physiologie & Nutrition Physiologie Environnementale: nutrition & anthropisation 3 0 18 12 0 0 0 210 35 18 0 0 damien.roussel 66 100 0 0 0
BIO1232M BIO1232M Renouvellement UE PCV Physiologie comparée du vieillissement 3 0 15 9 6 0 0 210 35 18 0 0 loic.teulier 66 100 0 0 0

Dans le cadre des différentes théories du vieillissement, cette U.E. abordera notamment les thèmes suivant :

-       Relation entre stress oxydatif et senescence

-       Relation entre métabolisme énergétique et longévité,

-       Croissance et reproduction en fonction des stratégies de vie.

 

Ces grandes thématiques seront illustrées par des exemples obtenus au sein d’animaux modèles pour la recherche sur le vieillissement à différents niveaux d’organisations (C.elegansD. melanogaster, souris….) jusqu’à des exemples d’animaux remarquables par leur longévité exceptionnelle, tels que Proteus anguinus ou au contraire leur sénescence accélérée (exemple d’insecte ?).

Cette U.E. comportera des séances de TD et de TP permettant d’illustrer de façon concrète la thématique du vieillissement avec une approche comparative sur différentes espèces animales modèles.

Les TD seront organisés pour amener les étudiants à présenter par eux-mêmes une partie du contenu (présentation orale et/ ou affichée).

BIO1234M BIO1234M Renouvellement UE TAD Technologie d'acquisition de données 6 0 10.5 3 43.5 0 0 210 35 16 0 0 tristan.lefebure 0 0 0 0

Les développements technologiques de ces dernières décennies ont bouleversé l’acquisition de données en biologie. La complexité des jeux de données produits, leur taille, et leur diversité demandent une compréhension de base des techniques qui sous tendent leur production pour mieux les appréhender et les utiliser.


Cette UE a pour but d’initier les étudiant.e.s à quelques avancées technologiques au travers de TP longs, l’objectif étant d’apporter un début d’autonomie avant l’entrée en stage de M1 et M2. Quatre thématiques de TP sont proposées: 

  • Séquençage haut-débit et analyse métabarcoding pour décrire la diversité de communautés naturelles
  • Utilisation des isotopes stables en abondance naturelle et avec marquage pour étudier les préférences trophiques des organismes
  • PCR quantitative pour quantifier la présence d’organismes, de gènes de fonction ou d’expression de gènes
  • Système d’information géographique pour la description de paysages

Les TP favorisent un approche où l’étudiant.e est acteur de l’acquisition des données, depuis le plan expérimental, l’échantillonnage, les préparations en laboratoire, l’utilisation de machines dédiées, l’analyse des sorties brutes et leur contrôle qualité. Les étudiant.e.s suivront 3 TP sur les 4 ci-dessus.

BIO1235M++ Création UE EcoEvo Ecologie et Evolution 3 0 15 9 6 0 0 210 35 18 0 0 samuel.venner 0 0 0 0

Concepts et méthodes vus dans les UEs suivantes de la L3: ‘Evolution’, ‘Génétique et Dynamique des populations’ et ‘Ecologie et Gestion des populations’

Maîtrise des concepts et méthodes pour appréhender la dynamique éco-évolutive de la biodiversité.

Capacité d’analyse critique de la littérature scientifique dans le domaine de l’écologie évolutive.

Maîtrise de différentes méthodes d’analyses statistiques et de modélisation pour étudier l’évolution de traits d’histoire de vie (prise en compte de l’inertie phylogénétique, calcul d’héritabilité, modèle d’optimisation, ESS, évolution in silico, modèles démographiques…)

Cette UE présente les concepts nécessaires pour appréhender la dynamique éco-évolutive de la biodiversité et traitera en particulier de l’évolution des traits phénotypiques dans les populations. Après une présentation des notions centrales de niveaux de sélection et des processus qui sous-tendent la variabilité des traits dans les populations, une partie de l'enseignement traitera des compromis (trade-offs) et des contraintes à considérer dans l’évolution de ces traits. Des interventions mettront l’accent sur leur évolution en environnement fluctuant et leur évolution rapide dans le contexte de changement global en cours. Cet enseignement fournira un socle conceptuel et méthodologique nécessaire pour appréhender l’UE ‘Approches interdisciplinaires en Écologie’.
BIO1236M+ Création UE InterEco Approches interdisciplinaires en ecologie 3 0 16.5 7.5 6 0 0 210 35 18 0 0 aurore.gallot 0 0 0 0

L’objectif de cette UE est de montrer comment faire des ponts entre des disciplines présentées de manière indépendante comme la génomique, l’écologie évolutive, l’écologie des communautés ou l’écologie fonctionnelle afin d’expliciter l’origine et le maintien de la biodiversité ainsi que son rôle sur le fonctionnement des écosystèmes dans un contexte de fluctuations spatio-temporelles d’origines naturelles ou anthropiques. Ces fluctuations peuvent affecter la biodiversité à l’échelle du génome, induire l’évolution rapide des phénotypes dans les populations, avoir des répercussions sur la dynamique et la composition des communautés et sur le fonctionnement des écosystèmes. L'utilisation d’approches interdisciplinaires en écologie, du gène à l’écosystème, illustrée par plusieurs exemples, permettra aux étudiants d’établir des liens entre des connaissances abordées jusqu’ici indépendamment.

 

1- Le concept de la dynamique éco-évolutive

2- Evolution des assemblages d'espèces

3- Trajectoires évolutives des communautés et des ecosystèmes

4- Dynamique éco-évolutive sur le temps long

BIO1239M BIO1239M Renouvellement UE DR Découverte de la recherche 6 0 0 18 0 0 0 210 35 18 0 0 ludovic.vial Céline.lavire 67 100 0 0 0
Compétences spécifiques : identifier, analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation. Développer une argumentation avec un esprit critique. Se servir aisément des différents registres d'expression écrite et orale de la langue française. Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit.

Compétences transversales: Rigueur expérimentale. Suivre un protocole expérimental élaboré. Respecter les règles d'hygiène et sécurité, de traçabilité, de probité intellectuelle et de propriété industrielle. Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale

Cette UE a pour objectif de faire découvrir le monde de la recherche aux étudiants et de les aider à préciser leur projet professionnel et leur choix de parcours de M2. Pour cela l’étudiant réalisera un stage dans un laboratoire de recherche. Le stage pourra être effectué dans un laboratoire académique (laboratoire universitaire ou autre) ou dans le secteur privé (grand groupe industriel, start-up…) sur un sujet directement connecté au master de rattachement de l’étudiant. Il appartient aux étudiants de trouver le laboratoire ou l’entreprise d’accueil.

Les sujets de stage devront être validés par le responsable de l’UE. Ce stage est évalué sur la base d’un rapport et d’une soutenance orale en présence d’un jury constitué d’enseignants de l’équipe pédagogique du master de rattachement de l’étudiant.

Par ailleurs, les étudiants suivront des enseignements sous forme de TD dont les objectifs sont les suivants :

-formation à la recherche de stage

-aide à la rédaction d’un rapport expérimental et à la préparation d’une soutenance orale (support de présentation, réponses aux questions…)

BIO1241M BIO1241M Renouvellement UE BBMA BioIndication BioEvaluation Milieux Aquatiques 6 0 0 12 48 0 0 210 35 4 0 0 emilien.luquet 67 100 0 0 0
écologie générale, écologie aquatique
Compétences spécifiques:
- écologie aquatique
- identification des organismes aquatiques animaux et végétaux

Compétences transversales:
- techniques d'échantillonnages
- application de protocoles normés
- rédaction de rapports

Cette UE  de terrain  vise à présenter le continuum depuis les approches fondamentales jusqu’aux aspects appliqués en matière de bio-évaluation des milieux aquatiques. Vous serez mis en situation de faire un diagnostic écologique à partir d'outils permettant  de  qualifier le bon état écologique des masses d’eau (48h TP dont 20h sur le terrain, 12h TD). L’UE s’organisera autour de deux stages de terrain sur des écosystèmes d'eau courante et d'eau stagnante. 

BIO1242M Renouvellement UE EEQ Ecologie et évolutions quantitatives 6 0 21 0 39 0 0 210 35 18 0 0 laurent.gueguen mousset
BIO1246M Renouvellement UE Régulations des génomes Régulations génétiques et épigénétiques des génomes 6 0 36 16.5 0 0 0 210 35 18 0 0 benedicte.durand
BIO1247M BIO1247M Renouvellement UE Immunologie fondamentale Immunologie fondamentale 3 0 25.5 0 0 0 0 210 35 18 0 0 mathias.faure 65 100 0 0 0

Inscription au M1 BMC

Connaissances de base de niveau Licence en biologie cellulaire, génétique biologie moléculaire et immunologie.

Développer un esprit critique des savoirs dans le domaine de l'immunologie

Connaître les techniques de biologie appliquées à la recherche en immunologie.

Mobiliser ses connaissances dans les domaines de l'immunologie et faire des liens avec les autres domaines d’apprentissage.

1. Immunité Innée

  • Cellules de l'immunité innée
  • Inflammation
  • Complément
  • innate lymphoid cells
  • PRR et signalisation

2. Immunité adaptative

  • Récepteurs spécifiques de l'antigène : génération, structure, fonctions
  • molécules du CMH : génération, structure, fonctions
  • Lymphocytes à réponse rapide
  • Lymphocytes T : lymphopoïèse, activation
  • Lymphocytes B : lymphopoïèse, activation
  • Organes lymphoïdes secondaires: recirculation des lymphocytes
BIO1248M Renouvellement CHOI Choix TP Techno Choix TP Technologie cellulaire (1 UE dans la liste) 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BIO1249M1+ Création UE Différenciation du muscle TP Techno Cell: mécanismes de la différenciation musculaire 6 0 0 0 60 0 0 210 35 18 0 0 sandrine.giraud carole.kretz 65 80 64 20 0 0

Inscription au M1 BMC.

Bonnes connaissances de niveau L3 en biologie cellulaire, biologie moléculaire et génétique.

- Apprentissage de la démarche scientifique : savoir poser une hypothèse sur la base des connaissances disponibles, définir l’approche expérimentale la plus appropriée pour répondre à la question posée, analyse critique, synthèse, représentation et discussion des résultats obtenus.

 

- Mise en œuvre de protocoles expérimentaux : planification et organisation

- Elaboration d’un cahier de laboratoire

- Maîtrise des principales techniques de biologie cellulaire et biologie moléculaire utilisées aujourd’hui dans les laboratoires de recherche.

- Maîtrise de l’utilisation d’appareillages de biologie moléculaire et cellulaire.

- Recherche bibliographique et analyses de banques de données.

- Maitrise des principaux outils bio-informatiques utilisés en biologie moléculaire


- Travail en équipe et travail collectif

- Connaissance des bonnes pratiques de laboratoire.

- Respect des principes éthiques, de déontologie et de responsabilité environnementale.

 

- Auto-évaluation pour améliorer sa pratique.

- Réalisation d’une cinétique de différenciation de myoblastes de souris (cellules C2C12) en myotubes et analyse (par western blot et immunofluorescence) de différents marqueurs de différenciation (myogénine, chaîne lourde de myosine, Hsp70…) .

- Etude du rôle d’un de ces marqueurs par technologie CRISPR-Cas-9 : construction des outils CRISPR, transfection des myoblastes, vérification de l’efficacité de la technique CRISPR, analyse/quantification de la différenciation.

- Elaboration en petit groupe d’un mini-projet de recherche en lien avec le travail réalisé en TP : étude bibliographique, question biologique, stratégie expérimentale, résultats possibles.


BIO1250M BIO1250M Renouvellement UE Dialogue cellules-matrice TP Technologies cellulaires - Dialogue cellules-matrice 6 0 0 0 60 12 0 210 35 18 0 0 cathy.ramos 65 0 0 cathy.ramos@univ-lyon1.fr 0 0

- Utiliser les technologies de biologie cellulaire

- concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie cellulaire

- maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire

- se servir de façon autonome des outils numériques avancés (Pubmed, Fiji) pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

- développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

- identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français

- respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale


Le but de ces TP est de mieux comprendre les interactions cellules-matrice extracellulaire. Pour cela, la fibronectine recombinante est surproduite dans la bactérie E. coli, sous sa forme sauvage ou sous différentes formes mutées, afin d'en obtenir de grandes quantités. Ces différentes protéines sont purifiées, dosées, analysées sur gel SDS-PAGE puis utilisées pour réaliser des tests cellulaires d'adhérence et d'étalement en utilisant des cellules immortalisées en culture.

Puis, afin de caractériser les intégrines impliquées dans l'interaction cellules-fibronectine, un test d'adhérence cellulaire est réalisé en présence d'anticorps anti-intégrines. Enfin, la voie de signalisation déclenchée par les interactions cellules-matrice extracellulaire est étudiée en visualisant la phosphorylation de la protéine FAK, soit par Western-blot, soit par Immunofluorescence en microscopie confocale.

Méthodologies :
Appliquer un protocole de manière rigoureuse, et l'adapter si besoin, durant 2 semaines afin d'étudier un phénomène biologique particulier, l'interaction cellules-matrice. Ce TP se déroule dans le même contexte que dans un laboratoire de recherche. Analyser les résultats et développer un raisonnement scientifique.
Techniques :
Production de protéines recombinantes dans la bactérie E. coli, purification de protéines, dosage de protéines, gels SDS-PAGE, analyse des protéines par Western Blot, culture cellulaire, immunofluorescence, tests d'étalement cellulaire, test d'adhérence cellulaire, microscopie confocale.
BIO1251M BIO1251M Renouvellement UE Levures : mesures&outils TP Technologies cellulaires - Levures : mesures&outils 6 0 0 0 60 0 0 210 35 18 0 0 alexandre.soulard 65 100 0 0 0
Compétences transversales:
- Mettre en place une stratégie expérimentale afin de répondre à une question biologique
- Mettre en oeuvre un protocole expérimental rigoureux (contrôles, répétitions, statistiques, etc.)

- Analyser des résultats et les mettre en perspective
- Synthétiser les résultats et rédiger un "mini" article scientifique 

Compétences spécifiques:
- Appliquer les concepts théoriques de génétique moléculaire des levures
- Manipuler la levure (cultures, repiquage, répliques, sélection, croisements, transformation etc.) 

- Modifier le génome de la levure (Ettiquetage et/ou remplacement de gène par recombinaison homologue)
- Etudier la fonction d'une protéine par des approches transverses de génétique (mutagénèse, délétion, surexpression, phénotypage) de biologie cellulaire (marquage à la GFP, microscopie à fluorescence) et de biochimie (extraction de protéine, Western-blot, etc.)

La levure est un microbe eucaryote qui présente de nombreux avantages comme la disponibilité d’outils génétiques, moléculaires et génomiques particulièrement développés. C’est de ce fait un excellent modèle expérimental pour étudier la biologie de la cellule eucaryote mais aussi une plateforme biotechnologique très utilisée pour des applications industrielles, pharmaceutique et agroalimentaires. 

Ce stage de TP de 2 semaines a pour but de placer les étudiants dans des conditions proches de celles d'un laboratoire de recherche. Pour cela les étudiants devront mettre en place une stratégie expérimentale afin de répondre à une question biologique sur la signalisation glucose chez la levure. Les étudiants manipuleront des concepts de microbiologie (cultures microbiennes, travail stérile, cultures pures), de génétique (complémentation fonctionnelle, recombinaison homologue, sélection et croisement de levures, transformations), de biologie moléculaire (PCR, extraction de plasmides, digestion, séquençage), de biologie cellulaire (marquage à la GFP, microscopie à fluorescence), de biochimie (extraction protéique, SDS-PAGE, Western-blot) et de génomique (séquençage et comparaison à des génomes annotés)

Les résultats obtenus durant ses TP seront alors présentés sous la forme d'un mini article scientifique. 

BIO1252M Renouvellement CHOI Choix TP Génétique Choix TP Génétique (1 UE dans la liste) 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BIO1253M BIO1253M Renouvellement UE Génétique fonctionnelle TP Génétique fonctionnelle chez un organisme invertébré 6 0 0 0 60 20 0 210 35 15 0 0 joelle.thomas kathrin.gieseler 65 0 0 0 0
Au minimum 12 crédits de Génétique et de Biologie Moléculaire.
Transversales:

Méthodologiques

Recherche bibliographique - Communication scientifique à l’oral - Analyse et interprétation de données expérimentales - Mobilisation des concepts fondamentaux et des technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, et de physiologie, pour traiter une question biologique - Démarche expérimentale - Travail en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet - Dévelopement d'une argumentation avec esprit critique

Spécifiques: Culture et manipulation de  nématodes - Inactivation de gènes par interférence à l'ARN chez le nématode - Analyse de phénotypes mutants chez le nématode (macroscopique : animaux entiers, microscopique : marquage de tissus) - Cartographie génétique par PCR à l'aide de marqueurs moléculaires (RFLP/snip-snp) - Analyse de l'expression d'un gène rapporteur chez des nématodes transgéniques -Mise en application de l’approche CRISPRS/Cas9- Techniques de biochimie, de biologie moléculaire et cellulaire- Interrogation de banques de données, analyse de séquences


L’objectif des TP est d’initier l’étudiant aux approches de génétique fonctionnelle chez l’organisme modèle invertébré Caenorhabditis elegans. L’étudiant-e réalisera des expériences de génétique classique, de génétique moléculaire et de biologie cellulaire, analysera des résultats expérimentaux et développera un raisonnement scientifique pour proposer des stratégies et expériences permettant de répondre à une question biologique donnée.

Les manipulations permettront à l’étudiant de s’initier aux méthodes modernes de la génétique fonctionnelle. Les TP sont organisés sous forme d’un projet de recherche tel qu’il peut se présenter dans un laboratoire.

A partir d’une souche de nématodes C. elegans obtenue après mutagenèse aléatoire et présentant un phénotype d’intérêt, le gène muté sera identifié. Différentes approches seront combinées pour étudier et caractériser le gène ainsi identifié : analyse du profile d’expression et de la localisation sub-cellulaire de la protéine correspondante, analyse des interactions génétiques, recherche de partenaires moléculaires de la protéine correspondante.


BIO1254M BIO1254M Renouvellement UE Génétique bactérienne TP Génétique fonctionnelle chez un modèle bactérien 6 0 0 0 60 0 0 210 35 18 0 0 anne.vianney 65 0 0 0 0
- Suivi d’un mini projet de recherche depuis son démarrage, gestion de différentes expériences en parallèle sur 2 semaines et demi, présentation de résultats sous forme d’un poster scientifique, recherche bibliographique, analyse de banque de données
- Utiliser tous les outils techniques courants de biologie: biologie moléculaire, biochimie, biologie cellulaire, génie génétique et les outils bioinformatiques associés , pour résoudre une problématique en microbiologie, de la molécule à la communauté de cellules.
- Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet
Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Communiquer à l'oral
L’objectif est mettre en œuvre des approches de génétique fonctionnelle chez un organisme modèle procaryote (Escherichia coli). Les TP sont organisés sous la forme d’un projet de recherche concernant une voie de signalisation (phosphorelai RcsCB), connue pour contrôler différents processus bactériens (mobilité, formation de biofilm et virulence des bactéries pathogènes). Les étudiants travailleront sur leur propre matériel génétique : ils réaliseront une mutagénèse aléatoire chez une souche d’E. coli portant une première mutation responsable d’un défaut de mobilité flagellaire. La banque de mutants sera criblée afin d’isoler une insertion compensatrice (‘mutant suppresseur’). A partir des mutants originaux ainsi obtenus, les étudiants chercheront à valider le lien entre cette mutation compensatrice et le phénotype obtenu, à tester si elle pourrait affecter la voie de signalisation RcsCB et à identifier le(s) gène(s) mutés (vectorette-PCR et séquençage). Les étudiants devront alors interroger les banques de données afin de proposer une hypothèse de travail permettant d’expliquer le rôle du gène identifié dans la fonction biologique étudiée (la mobilité bactérienne) et le lien éventuel avec le phosphorelai RcsCB ou une autre voie d’intérêt. De plus, le fonctionnement du phosphorelai RcsCB sera exploré grâce à la mutagénèse ciblée du régulateur transcriptionnel RcsB. Les résultats seront restitués sous forme de poster scientifique avec présentation orale. Techniques : Mutagénèses (aléatoire par transposition de gènes chromosomiques, dirigée de gènes plasmidiques), Western blot, extraction d’ADN chromosomique et plasmidique, PCR, vectorette-PCR, CRISPRi ; Interrogation de banques de données, analyse de séquences.
BIO1256M Renouvellement CHOI Optionnelles 1 MBI080S2 Optionnelles 1 à 6 ects MBI080S2 (2 UE dans la liste) 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BIO1257M BIO1257M Renouvellement UE Génomique Génomique fondamentale et appliquée 6 0 0 51 0 0 0 210 35 18 0 0 florence.hommais 65 70 64 30 florence.hommais@univ-lyon1.fr 0 0
Connaissances de niveau Licence en génétique et biologie moléculaire
- Comprendre les technologies de biologie moléculaire omics
- Savoir interpréter les résultats obtenus avec des approches omics
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Concevoir, planifier un projet faisant appel aux approches omics
- Etre capable d'utiliser des outils numériques avancés pour le secteur des omics

L’objectif de cet enseignement est de former les étudiants aux raisonnements et à l’interprétation des données de génomique fonctionnelle. De plus il s’agit également de présenter les applications sociétales de la génomique. 

Pour cela, les technologies de pointe dans le domaine de l’analyse cellulaire globale seront présentées (séquençage, annotation des génome, analyses transcriptomique et protéomique). Sur des exemples choisis –sur base d’analyse d’article- dans différentes thématiques biologiques (microbiologie/vertébrés, métagénomique, cellule unique… ),  les étudiants  seront amenés à interpréter les données de génomique mais également à élaborer des stratégies pour répondre à des questions scientifiques. Il s’agit d’un enseignement intégré (cours magistraux et TD ont lieu conjointement) qui comportera également des conférences pour illustrer par la recherche certaines notions abordées dans l’UE ainsi que des visites de sites dédiés à la génomique.

BIO1258M Renouvellement UE Virologie Virologie fondamentale 6 0 32 12 0 0 0 210 35 18 1 0 viktor.volchkov michele.ottmannviktor.volchkov
BIO1259M Renouvellement UE Ethique en biologie Biologie, éthique et société 6 0 0 50 0 0 0 210 35 18 0 0 sandrine.giraud
BIO1260M Renouvellement CHOI Optionnelles 2 MBI080S2 Optionnelles 2 à 3 ects MBI080S2 (1 UE dans la liste) 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BIO1266M BIO1266M Renouvellement UE TEV Taxonomie et évolution des végétaux 6 0 39 0 21 0 0 210 35 16 0 0 laurence.fraissinet 68 100 0 0 0
Compétences spécifiques : 1) Identifier un certain nombre d'espèces et de familles végétales;
Cette UE porte sur la taxonomie classique et moléculaire des végétaux au sens large et les tendances évolutives des Embryophytes. Les objectifs seront notamment d’étudier : les concepts de classification et de phylogénie moléculaire actuelle, la taxonomie des eucaryotes, en se focalisant surtout sur les grands groupes végétaux, l’évolution et les caractéristiques de l'appareil végétatif des Trachéophytes, les tendances évolutives des appareils reproducteurs et les modalités de reproduction sexuée de l’ensemble des Embryophytes en traitant notamment l’apparition des Angiospermes.
BIO1267M BIO1267M Renouvellement UE DIP Développement intégré des plantes 6 0 36 24 0 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.depege 66 50 65 50 0 0
connaissances de base en génétique

1) Compétences transversales: a) Compétences organisationnelles: Utiliser les technologies de communication, partager des données.- Effectuer une recherche d'information -b) Compétences relationnelles: Rédiger clairement et préparer des supports de communication adaptés, prendre la parole en public et commenter des supports- Travailler en équipe - 2) Compétences scientifiques : a) Compétences scientifiques générales: Respecter l'éthique scientifique -Développer un regard critique vis à vis de la méthode ou/et des résultats.b) Compétences scientifiques spécifiques : Mobiliser des savoirs hautement spécialisés- Mobiliser des concepts fondamentaux de biologie du développement et de génétique- Analyser et synthétiser  des données  en vue de leur exploitation-  Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine.

Cette UE a pour objectif  de comprendre les grandes étapes du développement de la plante (de la graine au fruit), par la compréhension de mécanismes génétiques et moléculaires, ainsi que  l'influence de l'environnement extérieur sur des étapes clés du développement. En premier lieu, les bases génétiques et structurales du développement végétal seront rappelées. Puis l’ensemble des grandes étapes du développement seront présentées, en combinant aspects descriptifs, génétiques et moléculaires.
BIO1269M BIO1269M Renouvellement UE RSPMA Relation Sol-plante-microorganismes et agronomie 6 0 24 12 24 0 0 210 35 16 0 0 sonia.czarnes 67 100 0 0 0
connaissance de base en écologie microbienne

Cette Unité d’Enseignement a pour objectif l’acquisition de connaissances et compétences sur les caractéristiques des sols et le fonctionnement biologique des systèmes sol-plante-microorganismes. Les aspects fondamentaux et les mécanismes mis en œuvre seront abordés, ainsi que leurs principales implications agronomiques.

Partie I. Les sols: constituants, formation/pédogénèse, fonctionnement, fertilité,et classification (application: caractérisation des sols).

Partie II. Nutrition minérale de la plante: les relations physiques entre racine et sol, l’absorption racinaire, la disponibilité des éléments nutritifs, les engrais et la fertilisation minérale (application: utilisation des engrais et gestion des cultures).

Partie III. Fonctionnement hydrique du système sol-plante-microorganismes: circulation et rétention de l’eau dans le sol, absorption racinaire (application: bilan hydrique et irrigation).

Partie IV. Plantes et productivité primaire de matière organique (application: conditions de la production végétale).

Ces différentes notions théoriques sur le fonctionnement biologique des systèmes sol-plante-microorganismes et les implications agronomiques seront illustrées par des travaux pratiques, avec des cultures en mésocosmes de sol et en conditions de croissances contrôlées.

BIO126YM+ BIO1262M Création UE DDR Development, Disease and Regeneration 3 0 19 6 0 0 0 210 35 18 0 0 frederic.moret 65 80 69 20 0 0
Connaissances de bases sur les thémes suivants:
- structure de la cellule et de ces compartiments
- structure des gènes et mécanismes d'expression des gènes (facteur de transcription, promoteur, séquences régulatrices, transcription, maturation des ARN, traduction, modifications post-traductionnelles)
- mutations
- concepts généraux sur la relation génotype/phénotype, et interactions génétiques
- mécanismes généraux de communication intercellulaire et de signalisation intracellulaire
- concepts généraux en embryologie ou développement embryonnaire (prolifération, différenciation, migration, mort cellulaire)
- principes généraux des techniques classiques en biologie moléculaire et cellulaire (transgenèse, Knock-out, interférence à l'ARN, immunomarquage, hybridation in situ, culture cellulaire)
Il n'est pas nécessaire d'avoir suivi des UE de L3 traitant de biologie de développement.

Compétences transversales:

- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, d’immunologie, d’écologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes

macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

- Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.

- Prendre du recul face à une situation

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation

- Développer une argumentation avec esprit critique

- Identifier et choisir une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes).

- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.

- Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.

- Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s'adapter et prendre des initiatives.

- Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.

- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

- Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la

mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder

Compétences spécifiques:
- synthétiser des données d'articles scientifiques, les organiser et les présenter à l'oral de manière didactique pour un public non spécialiste
- identifier les enjeux et perspectives de travaux scientifiques
- proposer des problématiques de recherche fondamentales ou appliquées nouvelles et originales à partir d'un corpus de données.


Les organismes animaux, les organes aussi complexes que le cerveau ou le système musculaire, composés de centaines de types cellulaires différents et organisés dans l’espace de manière sophistiquée, sont générés à partir d’une seule cellule œuf unique. Cela engage des processus variés et bien coordonnés comme la prolifération, la spécification, la différenciation, la migration, la mort cellulaire, la communication intercellulaire etc...

De tels processus sont aussi à l’oeuvre chez l’adulte pour permettre le renouvellement de tissus soit de manière permanente, soit en réponse à des lésions, ou des besoins physiologiques particuliers. Le nombre des cellules, leur position, leur polarité, leur agencement, leur forme, leur dynamique sont contrôlés pour construire ou  préserver une architecture sophistiquée.

Si ces processus sont globalement contrôlés avec une précision fascinante, elles peuvent être perturbées dans des pathologies congénitales (microcéphalie), des cancers, des maladies dégénératives (maladie de Parkinson, myopathies). Il apparaît même aujourd'hui que de nombreuses déficiences observées chez l'enfant ou l'adulte, comme des déficiences cognitives ou psychiatriques (retards mentaux, autisme, schizophrénie) tirent, pour une part, leur origine de perturbations développementales.  Ce qui constitue des enjeux de santé publique majeurs aujourd’hui. 

Comprendre les mécanismes qui président aux processus développementaux et régénératifs est un véritable défi aussi fascinant que gigantesque. Il ouvre des portes à la compréhension des causes de ces perturbations et aux déroulements des processus physio-pathologiques. Il ouvre l’espoir de la maîtrise de la production de tissus passant par la remobilisation de ces mécanismes in vitro ou in vivo, ainsi que l’espoir de progrès dans les thérapies régénératives.

L’UE Development, Disease and Regeneration vous invite à un voyage à travers les concepts majeurs en biologie du développement et en régénération, et surtout explore les avancées récentes ainsi que les perspectives nouvelles qu’elles ouvrent en biologie et en santé. Elle présente les modèles, les approches expérimentales transdisciplinaires les plus marquantes et les plus innovantes, mis en œuvre pour comprendre ces mécanismes aux échelles moléculaires, cellulaires, physiologiques, biophysiques et dans les contextes physio-pathologiques.

Cette UE est ouverte aussi bien :

-aux étudiants en Master BMC désireux de découvrir ou d'élargir leur culture en développement et régénération

-qu'aux étudiants en Master Neurosciences qui souhaitent acquérir un solide bagage en neurobiologie moléculaire et cellulaire, et élargir leurs connaissances en neuro-développement et régénération. Les exemples illustrant ces enseignements sont le plus souvent issus du système nerveux.

Les étudiants ayant suivi les UE Biologie du développement de L2, UE Neige , UE Développement Evolution Pathologies, UE Biologie et médecine régénérative de L3 trouveront ici un terrain pour approfondir leurs connaissances et leur intérêt dans ces disciplines.

L’UE aborde plus précisément :

- la spécialisation des cellules et les pathologies associées : exemple des cellules neurales et du rôle des cils primaires

- l’impact de l’orientation des divisions cellulaires dans l’architecture d’un tissu et des pathologies associées

- la neurogenèse chez l’embryon et des pathologies associées

- la naissance de la polarité structurale et fonctionnelle des cellules (exemple des jeunes neurones)

- la différenciation morphologique des cellules : exemple des neurones et le guidage de leurs axones, et des pathologies associées

- le contrôle de l’asymétrie gauche-droite des animaux et ses pathologies

- les mécanismes de régénération neuronale et thérapies régénératives dans le cerveau

- les mécanismes de régénération musculaire et thérapies

- l’ingénierie tissulaire : apports des micropatterns, et des organoïdes.

Les séances sont articulées autour d’un cours magistral présenté par un chercheur ou enseignant-chercheur expert, combiné à des présentations orales didactiques à partir d’articles scientifiques, portées par les étudiants qui approfondissent le sujet.

Des travaux dirigés complètent ce programme en explorant des approches génétiques innovantes dans la recherche en biologie cellulaire, développement, régénération, physiologie.

- optogénétique

- rapporteurs fluorescents multiplex

- outils de contrôle cellulaire dérivés du crispr-cas9

- stratégies avancés de cre-lox



BIO1270M BIO1270M Renouvellement UE SVFP Substances végétales et fonctionnement des plantes 6 0 45 15 0 0 0 210 35 18 0 0 gilles.comte 64 50 68 50 0 0
connaissances de base en biochimie et en physiologie végétale


compétences spécifiques : 1) connaitre les principales voies du métabolisme primaire et secondaire. 2) Comprendre la signification physiologique et écologique des métabolites secondaires végétaux et microbiens 3) Appréhender les méthodologies d’extraction de purification et de caractérisation des métabolites 4) Appréhender les principales applications industrielles des métabolites secondaires dans les IAA, les secteurs pharmaceutiques, cosmétiques, agro-environnementaux etc…

Cette UE permettra aux étudiants d'acquérir les éléments principaux du métabolisme primaire et secondaire ainsi que des messagers physiologiques de l’organisme végétal. Cela doit permettre d’appréhender la diversité biologique et chimique des substances élaborées par  les plantes pour des utilisations internes à la plantes liées à la physiologie de son développement, mais également pour des utilisations externes c'est à dire la communication avec l'extérieur. De manière complémentaire est ensuite abordée la façon dont l'Homme a su employer cette ressource de molécules qu'est le monde végétal.

 

  • le métabolisme primaire
  • les composés terpéniques
  • les composés polyphénoliques
  • les composés alcaloïdiques
  • les autres classes de composés secondaires
  • les différentes hormones végétales

 

Les substances naturelles végétales. Comment sont-elles élaborées? Quelles sont les relations entre les différents métabolismes primaires et secondaires et quel est l’impact des hormones au niveau du métabolisme. Quel est l’intérêt physiologique des molécules dans la vie de la plante. Valorisation et applications des substances naturelles dans l'industrie (agroalimentaire, cosmétique, pharmaceutique, environnement, …).

BIO1271M BIO1271M Renouvellement UE GMM Génétique moléculaire des microorganismes 6 0 0 0 60 0 0 210 35 16 0 0 erwan.gueguen 0 0 0 0
Connaissances de base en génétique des microbes.
Compétences transversales:
• Rigueur expérimentale
• Analyse des résultats
• Suivre un protocole expérimental élaboré
• Plannifier plusieurs expériences
• Rédiger un compte rendu et communiquer ses résultats.

Compétences spécifiques:
• Connaître des techniques de clonage et de modification de plasmides.
• • Savoir construire des amorces nucléotidiques pour amplifier par PCR un gène d’intérêt. Savoir comment modifier ces amorces pour ajouter des éléments essentiels à la détection, l’expression et le clonage d’un gène.
• Savoir mettre en œuvre une démarche expérimentale.
• Savoir choisir la méthodologie adéquate en fonction de l’objectif à atteindre et du microorganisme étudié.
Axée sur les travaux pratiques, l'UE vise à décrire et à manipuler les gènes procaryotes et eucaryotes en formant les étudiants aux techniques de biologie et génétique moléculaires employées pour les bactéries, les levures et les champignons filamenteux. Les spécificités génomiques et physiologiques de chacun de ces microbes obligent à utiliser des méthodes de génétique qui différent d’un organisme à un autre. L’objectif de l’UE est donc aussi que les étudiants comprennent ces différences afin de pouvoir choisir les outils de modification génomique adéquats.La construction de mutants chez ces organismes puis la caractérisation génétique et physiologique de ces mutants permettra de former des généticiens moléculaires capables de modifier des génomes à façon (délétion de gènes, insertion, introduction de mutation ponctuelle, modification de promoteur, etc).
BIO1273M BIO1273M Renouvellement UE MENA Microbiologie des écosystèmes naturels et anthropisés 6 0 21 0 39 0 0 210 35 16 0 0 agnes.richaume 67 100 0 0 0
Connaissance de base en écologie microbienne et microbiologie
Etre capable de construire et mettre en peuvre une démarche scientifique; comprendre le rôle des microorganismes, de la diversité taxinomique et fonctionnelle des communautés microbiennes dans le fonctionnement des écosystèmes
L’objectif de l’UE est l’acquisition des concepts théoriques et des méthodologies à l’interface de la microbiologie, de l’écologie, et de l’éco-toxicologie permettant de comprendre le rôle primordial des microorganismes dans le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes naturels ou anthropisés, et de manière symétrique, d’évaluer les conséquences écologiques des perturbations du milieu sur les communautés microbiennes et sur les fonctions dont elles sont responsables.
Le rôle de la diversité taxinomique et fonctionnelle des communautés microbiennes dans le fonctionnement des écosystèmes naturels sera illustré au travers d’exemples dans des écosystèmes terrestres et aquatiques par rôle des microorganismes dans les transformations de différents composés et les conséquences sur les écosystèmes.
Les conséquences écologiques de perturbations d’origine anthropique (pollution, changement globaux) à l’échelle des communautés microbiennes seront présentés, ainsi que l’utilisation des microorganismes et de leurs capacités de dégradation, notamment des xénobiotiques, dans la protection des écosystèmes et la réhabilitation de sites contaminés par les activités industrielles. Les activités microbiennes impliquées dans ces activités de dépollution seront détaillées.
Les travaux pratiques permettront de construire et mettre en œuvre une démarche scientifique en réponse à une problématique, d’illustrer les concepts de résistance et de résilience, d’analyser la biodiversité et les conséquences de perturbation à l’échelle des communautés microbiennes.
BIO1274M BIO1274M Renouvellement UE IMS Interactions microbiennes et sociomicrobiologie 6 0 20 7 28 0 0 210 35 16 0 0 florence.wisniewski 0 0 0 0
Connaissances de base en microbiologie et en biologie moléculaire
Compétences transversales :
1) Communiquer et s’exprimer et à l’oral. 2) Analyser, interpréter et exploiter des résultats. 3) Développer son sens de l’analyse critique.
Compétences spécifiques :
1) Savoir identifier les types d'interactions entre microorganismes et entre bactéries et hôtes eucaryotes. 2) Connaître les acteurs moléculaires et le rôle de la communication cellulaire bactérienne. 3) Mettre en œuvre une démarche expérimentale visant à identifier des signaux bactériens et à isoler des microorganismes capables d'interférer avec la communication bactérienne.
Cette UE est centrée sur les interactions biotiques auxquelles participent les microorganismes. La 1ère partie est axée sur les interactions interspécifiques entre microorganismes (compétition, antagonisme, parasitisme, prédation, successions microbiennes). Une seconde partie se focalise sur les interactions intraspécifiques et le rôle de la sociomicrobiologie (phénomènes de communication cellulaire, ou quorum sensing) dans ces interactions. La 3ième partie se focalise sur les interactions qui s’établissent entre microorganismes et eucaryotes animaux, et aborde la diversité des interactions (du parasitisme à la symbiose mutualiste), ainsi que les mécanismes moléculaires mis en oeuvre par les bactéries pathogènes. Enfin, le rôle du microbiote dans ces interactions et leurs conséquences sur la santé et la reproduction de l’hôte eucaryote (insecte) sont abordés.
BIO1276M BIO1276M Renouvellement UE 3M Mécanismes moléculaires microbiens 6 0 33 18 0 0 0 210 35 18 0 0 christophe.gilbert 65 100 0 0 0

Connaissances de base en microbiologie et en biologie moléculaire

Compétences spécifiques : Compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires chez les microorganismes

Le programme de cette Unité d‘Enseignement exposera aux étudiants les mécanismes moléculaires sous-jacents à des fonctions cellulaires essentielles qui permettent en particulier aux microorganismes de se développer et se multiplier. Ainsi, l’organisation supra-moléculaire des machineries cellulaires qui repose sur des interactions protéine-protéine, protéine-ADN, etc. seront décrites et explicitées quant à leur fonctionnement. Seront spécifiquement traitées les machineries mises en place lors de la réplication de l’ADN, lors de la transcription et de la traduction afin d’appréhender les rôles des molécules impliquées ainsi que les signaux reconnus et l’impact de ces mécanismes sur l’organisation des génomes sera exposé. Le repliement des protéines et les modifications post-traductionnelles feront aussi l’objet d’une attention particulière (sites de modifications, enzymes mises en jeu…). De même, les mécanismes moléculaires permettant la production d’autres composants cellulaires (lipides, acides nucléiques, acides aminés…) seront abordés. Ceci permettra d’exposer les mécanismes mis en jeu lors de la division cellulaire, en particulier lors de la ségrégation/partition des chromosomes. Tous ces mécanismes moléculaires seront présentés dans différents microorganismes (bactéries, levures, moisissures), ce qui permettra de signaler les similitudes et différences dans ces mécanismes mis en œuvre chez ces organismes. Enfin, des exemples de mécanismes moléculaires de régulation impliqués dans la transition de phase, dans le passage d’un état physiologique à un autre ou dans la différenciation feront l’objet d’un dernier chapitre.

 

Travaux dirigés

Les travaux dirigés seront répartis en 6 séances de 3 heures (2 sur les bactéries, 2 sur les levures, 2 sur les moisissures). A partir de publications choisies pour les différents organismes considérés, le travail sera proposé en classe inversée. Les étudiants auront à leur disposition en amont de la séance l’introduction, les matériels et méthodes et les résultats expérimentaux de la publication afin de les analyser et de proposer leurs analyses et conclusions. En séance, la restitution de leur travail permettra d’approfondir la méthodologie expérimentale et le raisonnement scientifique afin de confronter leurs conclusions à la discussion et aux conclusions présentées par les auteurs. Ainsi, ils s’initieront à l’analyse des résultats expérimentaux permettant de proposer des hypothèses et modèles de machineries cellulaires impliquées dans une fonction cellulaire précise.

BIO1277M BIO1277M Renouvellement UE DCM Dynamique cellulaire microbienne 6 0 30 0 30 0 0 210 35 16 0 0 christophe.bruel 65 0 0 0 0
Connaissances de base en microbiologie et en biologie cellulaire.
Connaissance et vision spatio-temporelle des acteurs moléculaires et des compartiments des microbes procaryotes et eucaryotes.
Réflexion et utilisation transversale des connaissances.
Manipulation des champignons filamenteux et techniques de biochimie des protéines.
Synthèse et rédaction scientifique.
Chap 1 - Biologie des protéines chez les microorganismes
Chap 2 - Espaces cellulaires et leurs dynamiques
Chap 3 - Mobilités intra-cellulaires et cellulaires
TP - Sécrétion chez une moisissure phytopathogène
BIO1280M Renouvellement UE Projet Bioinfo. 1 Projet en bioinformatique 1 3 0 0 0 30 150 0 210 35 18 0 0 arnaud.mary2 vincent.lacroix
BIO1281M BIO1281M Renouvellement UE MADG Méthodes pour l'analyse de données génomiques 6 0 16 16 28 0 0 210 35 18 0 0 annabelle.haudry vincent.lacroix 67 0 27 0 0 0

Cette UE a pour objectif de permettre aux étudiants d’acquérir les connaissances théoriques et pratiques pour le traitement de données génomiques, et ce pour toutes les étapes allant de l’obtention des séquences brutes à leur analyse à l’échelle du génome.

Le cours se divise en 6 volets :

  1. Algorithmique du texte pour l’analyse de donnés de séquençage en présence d’un génome de référence : techniques d’indexation, algorithmes d’alignement et de recherche de similarités.

  2. Application à l’analyse de donnés de re-séquençage illumina : contrôle qualité, trimming, mapping, SNP calling. Jeu de données : E. coli évolution expérimentale.

  3. Algorithmique des graphes pour l’analyse de données de séquençage sans génome de référence : graphes de Bruijn, graphes d’overlap.

  4. Application à l’assemblage de novo de génomes eucaryotes (hymenoptère, plante) : utilisation de plusieurs assembleurs : multi-k, hybrides, lectures longues et courtes.

  5. Méthodes statistiques pour l’analyse multivariée : ACP, AFC.

  6. Application en santé humaine : recherche de variants, analyse de leur impact fonctionnel.

BIO1282M Renouvellement UE Projet Bioinfo. 2 Projet en bioinformatique 2 3 0 0 0 30 150 0 210 35 18 0 0 celine.brochier-arm
BIO1286M Renouvellement UE MADT Méthodes pour l'analyse de données transcriptomiques 6 0 30 0 30 0 0 210 35 18 0 0 helene.badouin vincent.lacroix
BIO1287M Renouvellement UE Stage bioinfo 1 Stage entreprise / laboratoire 1 9 0 0 27 0 0 8 210 35 18 0 0 celine.brochier-arm
BIO1289M BIO1289M Renouvellement UE GGP Génétique et génomique des populations 6 0 18 14 16 0 0 210 35 18 0 0 julien.varaldi 67 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

BLOC Communication spécialisée pour le transfert de connaissances :

- Identifier, sélectionner et   analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour   documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation 

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue   étrangère  

Compétences acquises : technique :

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour   un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine     

L’UE présente les outils et concepts essentiels à l’étude des variations génétiques existant au sein et entre les populations (polymorphisme). Le développement récent des techniques de séquençages haut-débit donne aujourd’hui une puissance inégalée pour comprendre le fonctionnement des populations. C’est clairement pour l’exploitation de ce type de données « genome-wide » que l’UE est organisée. Notions abordées :

-  Le modèle de Hardy-Weinberg

-  Déséquilibre gamétique

-  mutation, migration, sélection, dérive, indices de différentiation, comparaison marqueurs neutres / selectionnés, taille efficace

- introduction à la théorie du coalescent

- inférence de l’histoire démographique à partir de données de polymorphisme (méthodes ABC)

- détection de sélection et d’hybridation dans les génomes à partir de données de polymorphisme.

- introduction à la notion de conflit génomique.

L’UE est résolument « pratique » à travers des TD et plusieurs TP sur machine, au cours desquels les étudiants partiront des données brutes de séquençage (provenant notamment du projet des « 1000 génomes » humains) pour analyser la structuration des populations, inférer l’histoire démographique des populations ou identifier des régions génomiques sous sélection. Des conférences de chercheurs/chercheuses seront également au programme afin de mobiliser les concepts et outils appris au cours de l’UE dans différents contextes de recherche.

BIO1290M BIO1290M Renouvellement UE HVST Histoire de la vie sur Terre 6 0 30 0 18 0 0 210 35 18 0 0 laurent.viriot 68 50 36 50 0 Cyril.Langlois@ens-lyon.fr 0

Compétences acquises (techniques et méthodologie) : Savoir synthétiser des données, Savoir confronter des informations tirées de différentes études et issues de différentes méthodes.

Compétences acquises (scientifiques) : Maîtriser les notions de temps en géologie et les notions d'enchaînement des groupes fossiles à travers le temps. Comprendre la structuration passée et actuelle de la biodiversité. Savoir aborder l’histoire des variations de la biodiversité comme la dynamique d’un système en perpétuel recherche d’équilibre, avec ses périodes d’expansion et ses périodes de crise.

L’UE comprend un large éventail d’enseignements fondamentaux et appliqués, visant à donner des connaissances solides et transdisciplinaires entre les Sciences de la Vie et les Sciences de la Terre. La première partie de l’UE aborde les processus de fossilisation et la démarche bio-stratigraphique. Les organismes fossiles sont replacés dans leurs milieux de sédimentation à l'aide d’enseignements de sédimentologie et de paléoécologie. Les environnements anciens sont largement abordés, avec une attention particulière pour les environnements qui n’ont pas d’équivalents actuels et ceux dans lesquels des conditions exceptionnelles ont permis la fossilisation des tissus non-minéralisés et donc l’enregistrement d’une partie importante de la biodiversité passée. La deuxième partie de l’UE documente l’anatomie comparée des grands groupes de plantes et d’animaux qui ont laissé des restes fossiles abondants selon une démarche chronologique, avec un intérêt particulier pour les groupes qui n’ont pas de descendance actuelle. Cette partie fait l’objet de nombreux travaux pratiques portant sur des restes d’organismes fossilisés. La troisième partie de l’UE consiste à prendre du recul afin de considérer les deux premières parties d’un point de vue plus global et avec une perspective évolutive. On y aborde l’histoire de la biodiversité et de ses crises depuis 635 millions d’années et on y étudie les grands types de mécanismes évolutifs à partir de nombreuses lignées fossiles au sein des métazoaires.

BIO1291M+ BIO1291M Création UE Microbiologie avancée Microbiologie moléculaire-biologie cellulaire des infections 6 0 28 16 4 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.alazard-da chloe.journo 65 60 64 40 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC01 Usages avancés et spécialisés des outils numériques

Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour  un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

 

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

 

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

Notamment : projet personnel en binôme.

 

RNCP34270BC04 Appui à la transformation en contexte professionnel

Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

Notamment : projet personnel en binôme.

Cette UE traite de manière approfondie la biologie des virus et des bactéries à l’échelle moléculaire, et la biologie des cellules hôtes avec lesquelles ils interagissent lors de l’infection. Sur des exemples choisis, les principales étapes du cycle viral sont explorées de manière détaillée, en mettant l’accent sur les interactions entre virus et cellule hôte, ainsi que sur la fonction et la structure des protéines virales clés dans ces processus. Les modalités infectieuses des bactéries sont aussi détaillées, ainsi que la structure des protéines bactériennes clés impliquées. Tout au long de l’UE, les étudiants travaillent en binôme à la présentation d’un certain nombre de familles de virus et de bactéries, afin de leur permettre d’appréhender la diversité des microbes et des processus cellulaires avec lesquels ils interfèrent ou qu’ils exploitent. 

 

Thèmes couverts (sous forme de plan ou de liste)

-        Cycles de réplication viraux

-        Stratégies infectieuses bactériennes

-        Détournement des fonctions cellulaires par les microorganismes infectieux

-        Echappement aux défenses antimicrobiennes

-        Structure des protéines virales et bactériennes impliquées dans les interactions microorganismes / cellule hôte

-        Diversité des pathogènes microbiens et de leurs modalités d’interaction avec l’hôte

BIO1292M BIO1292M Renouvellement UE Biosciences et société Biosciences et société 3 0 14 16 0 0 0 210 35 18 0 0 jean-nicolas.volff 70 70 72 30 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la   complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

- Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe

RNCP34270BC04 Appui à la transformation en contexte professionnel

- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

- Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité

- Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale

 

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC01 Usages avancés et spécialisés des outils numériques

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour   un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine.

L’objectif de l’UE Biosciences et Société est d’amener les étudiants à réfléchir sur le sens de la science, à replacer leur pratique scientifique dans un contexte sociétal et à discuter les enjeux soulevés par la science.

 

Les thématiques suivantes seront abordées sous forme de conférences-débats :

- Initiation à l’épistémologie : qu’est-ce que la science ? Placer la biologie dans un paysage multidisciplinaire.

- Bioéthique : responsabilité scientifique par rapport aux applications de la recherche ? Bioéthique et déontologie dans la pratique quotidienne du chercheur.

- Sciences et Société : quel lien entre scientifiques et société ? Fonctionnement concret de la science et articulation avec le reste de la société.

- Communication scientifique : communication de la science et des résultats de la recherche à des non-scientifiques.

Cette UE comprend également un travail de groupe (8 à 10 étudiants) appelé le forum Biosciences, qui consiste en l’organisation d’une demi-journée de forum pédagogique à destination d’élèves d’école primaire, de collège, de lycée ou de centre de formation sportif, généralement en réseau d’éducation prioritaire. En coordination avec les enseignants d’un établissement partenaire, ce forum a pour but, en utilisant des outils pédagogiques adaptés et une approche d’enseignement interactive, d’aborder avec les élèves des questions biologiques d’actualité et/ou en lien avec le programme d’enseignement des classes ciblées, en y abordant des connaissances récentes et en y incorporant des ateliers pratiques et/ou ludiques. Ce projet est effectué en autonomie par les étudiants, sous accompagnement d'un coach (enseignant.e du département).

BIO1293M BIO1293M Renouvellement UE Stage M1 Initiation à la recherche en laboratoire 21 0 0 60 0 0 18 210 35 18 0 0 chloe.journo marie.semon 0 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC01 - Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

 

RNCP34270BC02 - Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

RNCP34270BC02 - Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

RNCP34270BC02 - Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

RNCP34270BC02 - Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux

RNCP34270BC02 - Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC03 - Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

 

RNCP34270BC03 - Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

 

RNCP34270BC04 - Gérer des contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles

RNCP34270BC04 - Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe

RNCP34270BC04 - Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

RNCP34270BC04 - Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale

Les étudiant·e·s connaîtront leur première immersion longue, d’environ 4 mois, dans un laboratoire de recherche. Il est attendu qu’ils mènent, sous la direction de leur encadrant·e, un court projet de recherche. Ils seront capables d’en expliquer le contexte général, grâce à une recherche bibliographique réalisée pendant le stage. Ils pourront en défendre les choix méthodologiques, présenter les résultats et discuter ceux-ci avant de dégager des perspectives pour leur travail. Il n’est pas attendu, dans un délai ci court et à ce stade du parcours, de résultats positifs pour le stage.

Thèmes couverts :

- Projet expérimental construit de la conception à la réalisation, maîtrise de la méthodologie pratique adaptée.

- Veille bibliographique sur le sujet de stage et synthèse succincte dans l’introduction du rapport et de l’oral de stage.

- Réflexion pour confronter les résultats à des modèles établis et connus.

- Écriture d’un rapport sous forme d’article scientifique.

- Oral de stage sous forme d’une présentation courte, en anglais, suivie de questions.

- Travail possible dans un contexte international.

BIO1294M BIO1294M Renouvellement UE Communicat° scientifique Communication scientifique 3 0 6 0 24 0 0 210 35 18 0 0 antoine.corbin 0 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques biologiques et physiologiques.

- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

- Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Développer une argumentation avec esprit critique

- Communiquer par oral et par écrit, de façon claire et non-ambiguë, dans au moins une langue étrangère

Compétences acquises : technique :

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe

L'UE vise à former les étudiants aux différentes compétences concernant le maniement de l'information scientifique qui leur seront nécessaires lors de leurs stages, et de façon plus générale de leurs activités scientifiques futures : auto-formation et analyse de la bibliographie, techniques et outils de la communication scientifique écrite et orale.

Après des séances introductives, les étudiants réalisent un travail collaboratif en groupes consistant en l'analyse d'un dossier composé de données expérimentales issues de la littérature, et de la bibliographie de la thématique en rapport, puis de la restitution de ce travail sous la forme d'un document mimant un article scientifique en anglais. Des séances introductives font appel à des documents de travail, présentant les stratégies, bonnes pratiques, techniques et outils informatiques de l'analyse bibliographique et de la communication scientifique, qui seront exploités dans le cadre d'une stratégie de « pédagogie inversée ». Le reste de l'UE prend la forme de travaux pratiques consacrées au travail d'analyse et d'écriture, encadrés par un enseignant spécialiste du sujet. Un module d'anglais vient en support.

BIO1295M BIO1295M Renouvellement UE Immuno-dynamics LIVE Dynamics of innate and adaptive immunity 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0
Prerequisites: Basic level in immunology, at least 6 ECTS.
(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: The course is intended for the students to achieve an understanding of the essentials of innate and adaptive immune responses and their regulation. 

PART 1 Universitat Autònoma de Barcelona VIDAL Silvia, Associate Professor 
PART 2 Universitat de Barcelona CELADA Antonio, Professor of Immunology
Contact: Antonio CELADA
e-mail: acelada@ub.edu 

Keywords : Natural defences; innate immune cells; innate receptors; innate effector mechanisms; inflammation; adaptive response; effector cells; adaptive effector mechanisms; immune regulation; tolerance; peripheral mechanisms of regulation; cytokines

Aims:
PART 1

1. Introduction: the immune system;
2. Cellular and molecular elements of the innate immune response;
3. From recognition to the effective destruction of pathogens
4. Components and phases of inflammation
5. How an innate immune response induces an adaptive immune response.
6. Cells, molecular elements and effector mechanisms of adaptive immune response
7. First barrier against pathogens: Mucosa as physical, chemical, microbial and immunological defence

PART 2

8. Regulation of the immune response. Overview
9. Cytokines I. General properties
10. Cytokines II. Innate and adaptive immune responses
11. Cytokines III. Th1, Th2, Th17 and friends
12. Treg cells
13. Other levels of regulation. Immunosenescence.
14. Seminars
15. Practical training: basic laboratory skills

Teaching Staff:
- Dr. Silvia Vidal, Head of Part 1, Associate Professor of Immunology, Department of Cell Biology, Physiology and Immunology and Research Group Leader, Institut de Recerca Hosp Sant Pau, UAB
- Prof. Antonio Celada, Head of Part 2, Professor of Immunology, Department of Cell Biology, Physiology and Immunology, UB. Group Leader, Biology of Macrophage Research Group, Parc Scientific of Barcelona
- Other speakers to be announced: tutorials will involve seminars given by experts and discussion with the students.

BIO1296M BIO1296M Renouvellement UE Immuno-anatomy LIVE Functional anatomy of the immune system 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Basic knowledge of immunology at least 6 ects.

(T) Engineer - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés technologiques

Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire.
Utiliser les technologies de biologie moléculaire et cellulaire.
Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

(S) Learning outcomes: The course is intended for the students to achieve a full understanding on the location, distribution, structureand function of the different anatomical components of the immune system and its interconnection with the rest of the body systems.
Universitat Autònoma de Barcelona
Contact: ROURA-MIR Carme, Associate Professor
e-mail : carme.roura@uab.cat 

Keywords : primary and secondary immune organs, cell traffic, homing, lymphocyte development, tolerance induction, adaptive immune response in lymph nodes, spleen, mucosa, immunological memory 

Aims of “Functional anatomy of the immune response” :
1. Anatomy of the immune system; 2. Histology of the immune system
3. Functional anatomy: primary organs. Lymphocyte development, selection, tolerance
4. The immune system and the lymphocyte traffic: homing
5. Functional anatomy: the adaptive immune response. Lymph nodes and spleen
6. Functional anatomy: the immune response in mucosa
7. Histology Laboratory Practicals; 
8. Histology Laboratory Practicals; 
9. Tutorial 

Speakers: 
Dr. Carme Roura-Mir, Head of the Teaching Unit, Senior Lecturer in Immunology, Department of Cell Biology, Physiology and Immunology (BCFI), UAB
Dr. Mercè Martí, Senior Lecturer in Immunology, BCFI, UAB
Dr. Ricardo Pujol-Borrell, Professor of Immunology, BCFI, UAB
Dr. Dolores Jaraquemada, Professor of Immunology, BCFI, UAB
Dr. Martí Pumarola, Professor of Histology, Department of Animal Surgery and Medicine, Faculty of Veterinary Sciences, UAB
Dr. Miguel Vicente-Manzanares, Senior Investigator, CSIC Cancer Centre, Salamanca 

BIO1297M BIO1297M Renouvellement UE Antigen recognition LIVE Antigen recognition 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0
Prerequisites: Bachelor level in molecular and cellular biology, biochemistry and immunology.

(T) Modeler - Usages avancés et spécialisés des outils numériques
Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention.
Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine.
(S) Learning outcomes: Knowing the main structures of antigen recognition in the adaptive immune response and their genetics. Basic bioinformatics applied to the study of immunology.

Universitat Autònoma de Barcelona, Faculty of Biosciences
Contact: Iñaki ALVAREZ, Associate Professor
e-mail: inaki.alvarez@uab.cat
Keywords: MHC, HLA, H-2, T cell receptors, B cell receptors, immunoglobulins, NK receptors, immunobioinformatics

Aims of “Antigen Recognition” :
1. The B cell receptors: immunoglobulins;
2. The T cell receptors
3. The HLA system;
4. The H-2 system and its use in research
5. Antigen processing and presentation;
6. Non classical antigen presenting molecules
7. The KIR family of receptors;

Immunobioinformatics
8.Immunobioinformatics –  Introduction;
9. Immunobioinformatics – practical applications to immunogenetics;
10. Immunobioinformatics – practical applications to vaccine design;
11. Modeling of molecule interactions;
12. Modeling of molecule interactions 

Speakers:
Teaching Staff Immunology from Universitat Autònoma de Barcelona.
Invited speaker: Prof Yaqoub Ashhab, Polytecnic University of Palestine, Hebron
Prof Xavier Daura, Bioinformatics Unit, IBB, UAB

Other speakers will be invited based on their excellence.

The tutorials will focus on the use of bioinformatic tools applied to Immunology and immunogenetics. Resolution of bioinformatics problems will be part of the assessment (25%).

BIO1298M BIO1298M Renouvellement UE Receptor signaling LIVE Receptor signaling 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0
Prerequisites: Bachelor level in molecular and cellular biology, biochemistry and immunology.
(T) Modeler - Usages avancés et spécialisés des outils numériques
Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention.
Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine.
(S) Learning outcomes:
Students should know and understand the cell signalling as a process integrated multiple signals, the molecular mechanisms involved and the basis for its modulation in immune cells.
Universitat de Barcelona
ESPEL, Enric and SOLER Concepció, Senior Lecturers in Immunology
Contact: Concepcio Soler
e-mail : concepciosoler@ub.edu
Enric Espel e-mail :  eespel@ub.edu
Keywords : Signal transduction, transcription factors, immune system


Aims of “Receptor Signalling” :

1. Signal transduction: molecules, pathways and systems
2. Signaling via tyrosine kinases and serine/threonine kinases
3. Adaptor molecules signaling
4. TGFß signaling: SMADs
5. Signaling via NFkB
6. Signaling via NOTCH and WNT
7. Epigenetic regulation
8. TCR dynamics and signaling
9. Basic laboratory training

Speakers:
Teaching Staff from Faculty of Biology and Faculty of Medicine, Universitat de Barcelona (UB). Other speakers will be invited based on their excellence. 

The tutorials will involve the discussion of articles covering various topics of this course.

BIO1299+ 0 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0
BIO1299M BIO1299M Renouvellement UE Immunopat LIVE Mechanisms of immunopathology 3 0 20 0 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Basic level in immunology, at least 6 ECTS.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: The students should be able at the of the course of interpreting the main mechanisms of immune-mediated diseases and situations.i.e., hypersensitivity, Immunodeficiencies including AIDs and autoimmunity in the graft rejection, and response to tumours. The students will be familiar with the main types of immunotherapy.

Universitat Autònoma de Barcelona
Contact : Ricardo PUJOL-BORRELL e-mail: ricardo.pujol@uab.es, Professor of Immunology
Eva M. MARTINEZ-CÁCERES e-mail: emmartinez.germanstrias@gencat.cat
Keywords: Allergy, hypersensitivity, vasculitis, evasion mechanisms, opportunistic infection, AIDS, IVIG, HSTC. 

Aims of “Mechanisms of Immunopathology”: To understand the immune response in the main pathological conditions

1. Mechanisms of Immunopathology;
2. Immune Response to infectious agents, tumours and allogeneic transplantation;
3. Hypersensitivity as cause of disease
4. Immunodeficiencies;
5. HIV: pathogenesis and the quest for a vaccine
6. Autoimmune and autoinflammatory diseases
7. The immune response in transplantation
8. Tumour immunology and immunotherapy
9. Main tools used in experimental immunopathology
10. Seminars of paper interpretation focusing on the above topics 

Speakers:
Immunology Teaching Staff from Universitat Autònoma de Barcelona and the Hospital Vall d’Hebron and Germans Trias i Pujol. Other speakers will be invited based on their excellence.
The seminars will consist in live discussion of articles covering the main topics of the course, with the tutors' guidance. 

BIO1300M BIO1300M Renouvellement UE Autoimmunity LIVE Autoimmunity 3 0 20 0 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Basic level in immunology, at least 6 ECTS.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: 
After the course students will be able to use immunopathology reasoning to understand clinical cases of autoimmunity; know which immunology tests can help in the diagnosis of the main autoimmune diseases; have the capability to discuss research results at a journal club or at a research meeting; be able to design a strategy to approach research in autoimmune diseases.

Universitat Autònoma de Barcelona, Faculty of Medicine, UD Hospital de Sant Pau

Contact : Ricardo PUJOL-BORRELL, Professor of Immunology  e-mail : ricardo.pujol@uab.cat
Cándido JUÁREZ e-mail : CJuarez@santpau.cat
Keywords: immune tolerance, autoimmune diseases, systemic autoimmunity, lupus, liver autoimmunity, bowel inflammatory diseases, skin autoimmunity, myopathies, experimental models, immunotherapy 

Aims:

1. To understand the main mechanisms of tolerance relevant to autoimmune disease
2. To learn the epidemiology and the environmental factors postulated to trigger autoimmune disease
3. To know the main elements of autoimmune response
4. To understand present evidence on the contribution of genetic factors to autoimmune diseases
5. To be able to discuss current pathogenic hypothesis on autoimmunity
6. To Be familiar with the principal autoimmune diseases
7. To learn available tools to diagnose the main autoimmune diseases
8. To understand the principles of immunotherapies applied to autoimmune diseases
9. To be capable of interpret and discuss journal articles focused on autoimmunity, both on experimental models and clinical 

Speakers:
Immunology Teaching Staff and clinicians from two of the UAB major Hospitals: Hospital de la Vall d'Hebron, and Hospital de Sant Pau. The seminars will consist in live discussion with the guidance of the tutors of articles covering the main topics of the course. 

BIO1301M BIO1301M Renouvellement UE Immunodeficiencies LIVE Immunodeficiencies 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0
Prerequisites: Basic level in immunology, at least 6 ECTS.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes:
After the course students will be able to use immunopathology reasoning to understand clinical cases of autoimmunity; know which immunology tests can help in the diagnosis of the main autoimmune diseases; have the capability to discuss research results at a journal club or at a research meeting; be able to design a strategy to approach research in autoimmune diseases.

Universitat Autònoma de Barcelona, Faculty of Medicine, UD Hospital de Sant Pau

Contact : Ricardo PUJOL-BORRELL, Professor of Immunology  e-mail : ricardo.pujol@uab.cat
Cándido JUÁREZ e-mail : CJuarez@santpau.cat
Keywords: immune tolerance, autoimmune diseases, systemic autoimmunity, lupus, liver autoimmunity, bowel inflammatory diseases, skin autoimmunity, myopathies, experimental models, immunotherapy 

Aims:

1. To understand the main mechanisms of tolerance relevant to autoimmune disease
2. To learn the epidemiology and the environmental factors postulated to trigger autoimmune disease
3. To know the main elements of autoimmune response
4. To understand present evidence on the contribution of genetic factors to autoimmune diseases
5. To be able to discuss current pathogenic hypothesis on autoimmunity
6. To Be familiar with the principal autoimmune diseases
7. To learn available tools to diagnose the main autoimmune diseases
8. To understand the principles of immunotherapies applied to autoimmune diseases
9. To be capable of interpret and discuss journal articles focused on autoimmunity, both on experimental models and clinical 

Speakers:
Immunology Teaching Staff and clinicians from two of the UAB major Hospitals: Hospital de la Vall d'Hebron, and Hospital de Sant Pau. The seminars will consist in live discussion with the guidance of the tutors of articles covering the main topics of the course. 

BIO1302M BIO1302M Renouvellement UE Immuno-infectiology LIVE Immune responses to pathogens 6 0 40 10 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Bachelor level in molecular and cellular biology, microbiology-virology and immunology.

(T) Engineer - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés technologiques

Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire
Utiliser les technologies de biologie moléculaire et cellulaire.
Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

(S) 
Learning outcomes: The course is intended for the students to achieve a full understanding of the relationship between the type of immune response and characteristics of the pathogen: the way and the anatomical site of entry, the effector mechanisms of response and evasion. Understanding the relationships between a potential pathogen and its host.
Universitat Autònoma de Barcelona
ContactDolores JARAQUEMADA, Professor of Immunology
e-mail : dolores.jaraquemada@uab.cat
Keywords: mucosa, immune response to bacteria, virus, fungi, parasites, microbial evasion, regulation, vaccines, tuberculosis, malaria, HIV 

Aims of “Immune response to pathogens”:

1. MALT: immune response to pathogens in the mucosal surfaces
2. Immune response to bacteria:
2.1 Bacteria-induced pathology;
2.2 Immune response to S aureus, B anthracis, Salmonella spp;
2.3 Specialist seminars: Infection by Mycobacterium tuberculosis;
2.4 Specialist seminar: From basic research to vaccine development;
2.5 Specialist seminar: Exploitation of the immune responses to Listeria monocytogenes in next generation of cancer immunotherapy
3. Immune response to fungi: Specialist seminar: Immunodeficiencies and infection by Candida spp
4. Immune response to parasites:
4.1 Parasite-induced pathology;
4.2 Specialist seminars: Infection by Plasmodium falciparum;
4.3 Specialist seminars: Infection by Plasmodium falciparum;
4.4 Specialist seminars: Infection by Trypanosoma cruzi;
5. Immune response to virus:
5.1 Virus-induced pathology;
5.2 Infection by Measles virus, Influenza virus, Cytomegalovirus;
5.3 Specialist seminars: Infection by HIV
6. Group presentations by students

Speakers:
Immunology Teaching Staff from Universitat Autònoma de Barcelona. Other speakers will be invited based on their excellence. The tutorials involve review sessions and discussions covering various topics including the latest advances in specific pathogens.

BIO1304M BIO1304M Renouvellement UE Languages 1 LIVE Languages 1 LIVE 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 9 100 0 0 0
Prerequisites: Certified level of language to choose the suitable group level.

(T) Communicating - Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère.

(S) Learning outcomes:

Depending on the initial level of the student: a specific level at the end of the course is monitored by the final exam and attested by certificate of level attained.
Spanish and French will be taught presentially. Students with good level of Spanish and French, can study a different language online, following the Dexway platform.

Universitat Autònoma de Barcelona, Language Service

Contacts: Sònia PRATS, Director of Studies of the University’s Language Service
e-mail: sonia.prats@uab.cat
Keywords : Spanish and French courses, different levels (in accordance with the Common European Framework): A1, A2, B1, B2.1, B2, C1.1, C1.2. 

Access:
The student will be asked to take a placement test on arrival at the Language Service, to be placed in the adequate course, according to his or her level. Aims of “language courses”:

Improving the student’s proficiency level, taking into account his or her previous knowledge of the language. The student is asked to take a placement test on arrival at the Language Service so as to be placed in the adequate course, according to his or her level. 

Aims:
Improving the student’s proficiency level, taking into account his or her previous knowledge of the language.
Promoting language exchanges between native speakers of Spanish and French 

Speakers: experienced teachers at the Language Service.  http://www.uab.cat/servei-llengues/ 

BIO1306M BIO1306M Renouvellement UE Spe Immune systems LIVE Immune system in early life, pregnant women and elderly 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0
Prerequisites: Advanced level in immunology, at least 12 ECTS.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes:

Understand (i) the changing immunology in pregnancy, (ii) the impact of the changing immunology during pregnancy on vaccine responses, (iii) the rationale for vaccination strategies in pregnant women.

Knowledge on (i) ontogeny of the human immune system in general, (ii) specific ontogeny of the innate immune system, in general and in relation to vaccines administered during early life, (ii) specific ontogeny of the adaptive immune system in general and in relation to vaccines administered during early life.

Understand (i) what the future challenges and possible solutions are for immunization in early life, beyond the neonatal period, (ii) the impact of aging on the immune system, (iii) what the challenges and possibilities are for immunisation of the elderly population.
University of Antwerp
LEURIDAN Elke, Associate Professor & VAN DAMME Pierre, Professor
Contact : Elke LEURIDAN
Phone : +32 3 265 2885
e-mail : elke.leuridan@uantwerpen.be
Keywords : ontogeny, early life, pregnancy, aging immune system

Aims of “Immune system in early life, pregnant women and elderly” 
1. Immunological changes during pregnancy, in general and in relation to vaccination and vaccination strategies
2. Ontogeny of the human immune system
2.1 Innate system
2.2 Adaptive immune system
3. Challenges for immunisation in early life
4. Immune changes in elderly
5. Effect of aging of the immune system on specific vaccine responses

Speakers:
Prof Pierre Van Damme , MD, PhD, UA; Prof Arnaud Marchant, MD, PhD, ULB; Prof Fabienne Willems MD, PhD, ULB; Prof Stanislas Goriely, MD, PhD, ULB; Delphine Sauce, MD, PhD/ Prof Victor Appay, PhD, French Institute of Health and Medical Research, Paris, France; Prof Heidi Theeten, MD, PhD, UA; Prof. Elke Leuridan, MD, PhD, UA

BIO1307M BIO1307M Renouvellement UE Pathogens LIVE Description and variability of pathogens 6 0 35 0 15 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Bachelor level in molecular and cellular biology, biochemistry and microbiology-virology.

(T) Engineer - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés technologiques
Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire.
Utiliser les technologies de biologie moléculaire et cellulaire.
Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

(S) Learning outcomes: The student gains theoretical and practical insights in infectious diseases with an emphasis on pathogenesis and diagnostics. The course aims at providing the following skills:
  1. The student can describe the structure and replication strategies of different pathogens.
  2. The student knows the taxonomy of medically relevant viruses and bacteria
  3. The student knows the most important fungi and parasites and their taxonomy.
  4. The student can explain how viruses, bacteria and fungi can cause diseases.
  5. The student has insights in the epidemiology of infectious diseases and can interpret prevention measures in a correct manner.
  6. The student knows the different diagnostic methods and their advantages/disadvantages
  7. The student can grow and identify bacteria.
  8. The student can evaluate the activity of antibiotics and disinfectants.
  9. The student can use a microbiological safety cabinet in a proper manner.
  10. The student can work with cell cultures.
  11. The student can make a primary cell culture.
  12. The student knows how to isolate viruses on a cell culture and how to quantify viruses

Contact : Peter DELPUTTE
e-mail : peter.delputte@uantwerpen.be
Keywords : microbiology, virology, bacteriology, parasitology

Aims of “Description & variability of pathogens”:

This course offers insight into the different types of micro-organisms. A systematic overview of micro-organisms is provided and the course deals successively with virology, bacteriology, parasitology and mycology.
For each type of micro-organism, the following aspects are discussed. The anatomy of micro-organisms, metabolism, reproduction, taxonomy, epidemiology, resistance and pathogenicity.
Next, a detailed overview is given of specific viruses, bacteria, parasites and fungi, with special focus on the epidemiological aspects and pathogenicity of the various genera.

Speakers:
Profs. Peter Delputte, Louis Maes, Paul Cos & guest speakers

BIO1308M BIO1308M Renouvellement UE Host-Pat LIVE Host-pathogen interactions 3 0 10 5 10 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Bachelor level in molecular and cellular biology, biochemistry, microbiology-virology and immunology.

(T) Engineer - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés technologiques
Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire.
Utiliser les technologies de biologie moléculaire et cellulaire.
Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

(S) Learning outcomes: An advanced understanding of the principles and mechanisms of immune protection against (tropical) infectious diseases. Knowledge to predict which immune responses are potentially essential in the defence against a particular pathogen.  Justify the vaccine design against a particular pathogen.  Acquired skill to give a comprehensive overview of the immunity against a particular pathogen.

Contact : Luc KESTENS
e-mail : lkestens@uantwerpen.be
Keywords : immunity, protection, host, pathogen, interaction


Aims of “Host-pathogen interactions” :

1. To predict theoretical potentially protective immune responses to any given pathogen based on life cycle data
2. To analyse the literature on host-pathogen interaction for a particular pathogen
3. To discriminate potential protective immune responses from immunopathology
4. To anticipate which type of vaccines could be potentially protective for a given pathogen

The student has already an advanced understanding of the immune defence and the different type of immune responses against viruses, bacteria, fungi and parasites. In this course each student compiles and presents, from literature, a detailed overview of the immunity, the known and documented immune (protective) effector mechanisms, related immunopathology, and the progress in vaccine development against a particular pathogen

Speakers:
Teaching Staff Immunology & microbiology  from University of Antwerp

BIO1309M BIO1309M Renouvellement UE ClinicalDrugResearchLIVE Clinical drug research 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 50 86 50 0 0
Prerequisites: Bachelor level in biology.

(T) Modeler - Usages avancés et spécialisés des outils numériques
Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention.
Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine.
(S) 
Learning outcomes: 
you will have (i) gathered insight in the complex process of the clinical phase of drug development and vaccine by pharmaceutical and biotechnological companies, (ii) knowledge on the different actors involved in this process, and you are capable of describing their specific roles (CRA, sponsor, research team, investigator, Ethics Committee, Regulatory Agencies, ...), (iii)  thorough knowledge of the structure and the content of a clinical trial protocol and of the other documents involved in performing clinical trials, (iv) gained insight in the registration of (new) drugs, vaccines as well as medical devices.

Contact : Pierre VAN DAMME / Elke LEURIDAN
e-mail : pierre.vandamme@uantwerpen.be; elke.leuridan@uantwerpen.be

Keywords : clinical development, clinical trial

Aims of “Clinical drug research”:

- You get an overview of the whole process of Clinical Drug Research. Using the "standard" drug development as an example, some particular other settings (paediatric clinical trials, medical device studies, vaccine trials) are also discussed. The current rules and regulations are explained and put into a historical perspective.

- You get to know the different actors involved in clinical drug research, their respective roles and the way they interact between one another. Some standard documents and procedures are explained. This thanks to the involvement of guest speakers from the field of clinical trials (CRO-, pharma-, biotech-industry, chairman of the Ethics Committee ...).

- Near the end of the course we look into the role of the regulating bodies, the registration of new drugs, and into some future trends in clinical research.

- You will be allowed to get acquainted with a number of standard documents, to master clinical trial-related information and to report orally and in writing to different target audiences (= permanent evaluation during the semester)    

Speakers: Pierre Van Damme, Elke Leuridan

Conferences concerning news items will be organized. Speakers will be invited based on their excellence.

BIO1309M+ Création UE Stage M1 Stage M1 BIP 6 0 4.5 12 0 0 0 210 35 18 0 0 christine.berthier 66 100 0 0 0
  • Initiation à la pratique expérimentale en Biologie et Physiologie
  • Effectuer une recherche et une analyse bibliographique dans le cadre d'un projet scientifique
  • Compréhension du fonctionnement d'un laboratoire ou d'une entreprise dans le domaine de la recherche et développement, en secteur académique ou privé
  • Respect des consignes données par les encadrants
  • Respect des règles d'hygiène et sécurité
  • Mener à bien les missions confiées.
  • Capacité à communiquer sur les difficultés rencontrées.
  • Autonomie dans les analyses de résultats.
  • Capacité à rapporter à l’oral et à l’écrit les résultats obtenus.
  • Capacité à argumenter sur le projet et à discuter de ses résultats.
  • Rédaction de rapport scientifique.
  • Réalisation d'un support de présentation orale et d'une soutenance.

Le stage constitue une mise en situation professionnelle des étudiants par une initiation à la pratique expérimentale en Physiologie et Biologie intégrative, une analyse de résultats, une recherche et une analyse bibliographique, la rédaction d’un rapport scientifique et une soutenance orale.

Les stages pourront être réalisés aussi bien dans un laboratoire de recherche (public ou privé) que dans une entreprise (secteur pharmaceutique, biomédical, biotechnologies, écophysiologie, ...) ou encore dans des secteurs professionnels autres tels que la gestion de la qualité, la métrologie, etc...

Les étapes de prospection, de réalisation et de valorisation du stage permettront :

  • une meilleure connaissance de la diversité des centres de recherches, laboratoires, équipes, entreprises en lien avec les débouchés professionnels du Master Biologie Intégrative et Physiologie à travers 1) la rencontre avec des représentants de ces structures 2) la recherche individuelle d’information
  • le développement d’un réseau professionnel, dans le secteur académique et/ou privé
  • la prospection à l’aide de lettre de motivation et curriculum vitae adaptés.
  • la participation à des entretiens de recrutement
  • l'utilisation des outils de communication scientifique écrite et orale.

Les étudiants devront ainsi à l’issue du stage rédiger un mémoire réaliser une soutenance orale devant un jury de professionnels.


BIO1310M BIO1310M Renouvellement UE Routes and adjuvants LIVE Novel technologies, vaccine administration 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Bachelor level in molecular and cellular biology, biochemistry, microbiology-virology and immunology.

(T) Engineer - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés technologiques
Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire.
Utiliser les technologies de biologie moléculaire et cellulaire.
Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

(S) Learning outcomes: Strengthen capacity in vaccinology with comprehensive overview of  the field, discuss recent scientific advances contributing to the progress of vaccine development, specifically related to adjuvants, novel technologies and routes of administrations

Contact : Delputte Peter
email : peter.delputte@uantwerpen.be

Keywords : novel technology, adjuvant, immunology, vaccine development, mode of action, toll-like receptor, route of administration, clinical research, vaccine safety
Aims of “Vaccine administration routes & adjuvants”

This course will be designed in close collaboration with our industrial partners

- Adjuvant definition Adjuvant families
- Role of adjuvants: Why do we need adjuvants?
- Matching the right one: Antigens may need help - why and when?
- General adjuvant mode of action (MoA): immunological interpretation, relationship between innate and adaptive immunity
- Pre-clinical and clinical experience using novel adjuvants in vaccine formulations, impact on immune response
- Clinical tolerability, safety considerations and current safety profile of adjuvanted vaccines
- Learning & challenges in developing, manufacturing and licensing AS-containing vaccines
- Considerations for use of adjuvanted vaccines in special populations
- Novel technologies, including routes of administrations
- Advances in Immunology and Vaccine Discovery: Considerations for future applications           

Tutorials: will involve the reading relevant articles covering various topics of this course. Series of didactic presentations and practical exercises through group work.

Speakers:
Marcelle Van Mechelen, Alberta Di Pasquale, Gérald Voss, Arnaud Didierlaurent, Fernanda Tavares Da Silva, Ozzie Berger, Jean Gilliard

BIO1311M BIO1311M Renouvellement UE Industrial vac LIVE Vaccine manufacturing, quality, regulatory approval 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 80 2 20 0 0

Prerequisites: Bachelor level in molecular and cellular biology, microbiology-virology and immunology.

(T) Manager - Appui à la transformation en contexte professionnel

Gérer des contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles.
Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe.
Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif.
Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité.
Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.

(S) Learning outcomes: Explain vaccine manufacturing principles, rules and regulations related to vaccine development, manufacturing, assessment and release, explain regulatory process for vaccine review and approval, explain role of supranational organisation in vaccine registration and surveillance and how the expedited procedure fits into  the existing legal framework for licensing of vaccines

Contact : Peter DELPUTTE
e-mail : peter.delputte@uantwerpen.be

Keywords : Vaccine development, Vaccine manufacturing, Vaccine quality, Vaccine evaluation, Vaccine standards, GMP, Vaccine regulation, Vaccine licensing,  Vaccine prequalification programme, International supply chains

Aims of “Vaccine manufacturing & quality control process”:

This course will be designed in close collaboration with our industrial partners.

Vaccine manufacturing and quality control
- Vaccine manufacturing: from working seed to filling and packaging
- Examples of vaccine production: viral and bacterial vaccines, recombinant protein vaccines
- GMP considerations
- Industry and new technologies: antigen sparing, cell-culture, thermostability
- Quality control and quality assurance: supply chain protection, monitoring and testing

Vaccine regulatory approval processes
- Laws, regulations, guidances
- CTD format: content and review
- From development to licensure: examples of EU, US and international procedures
- Approval, variations and renewals
- Specific requirements: pediatric population, risk management
- Role of supranational organisations in vaccine approval and distribution: WHO prequalification and article 58

The tutorials will involve the study of articles or patents covering various topics of this course. Technological monitoring of different subjects in these areas will be conducted in groups and presented during specific sessions

Speakers:
Karin Hardt, Christophe Saillez, Alberta Di Pasquale.

BIO1312M BIO1312M Renouvellement UE Summer school vac LIVE Summer school on vaccinology 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0
Prerequisites: Advanced level in microbiology-virology and immunology.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: (A) Context and history: Outline the historical impact of vaccine preventable diseases; Discuss the rationale for implementing immunisation programmes; Explain concepts of control, elimination and eradication; (B) Immunology: Explain innate and adaptive immunity, functions of B- and T cells, role of Ab and Ag, impact maternal Ab; Outline the role of immune response to a vaccine, active /passive vaccination, assess the capacity of immune system; (C) Vaccines: Definition, components and function, different types of vaccines and their expected side effects and contraindications; Stages in vaccine development, procedures of safety control and monitoring of efficacy; (D) Vaccines preventable diseases: Pathology, population at risk, available preventive measures for each disease; (E) Policy and schedules: Vaccines in immunisation schedule; Show historical impact of vaccination on epidemiology ; Spread of infections, herd immunity, role of modelling, economic evaluation; Factors informing policy decisions; Role of disease surveillance, vaccination coverage data; (F) Future: List new target diseases; Vaccines in the pipeline, new ways of administration; Current research on components and techniques; Discuss current developments for HIV, dengue, malaria, hepatitis C; (G) Communication: Describe myths and facts relating to immunisation controversies, list common misconceptions, respond to objections of anti-vaccine movements; Critically evaluate media reporting, understand public perception; List key points for responding to parents’ fear; Ethics of communication; how to respond to anti-vaccine lobbies; State advantages and risks that need to be communicated; Direct to other information sources; (H) Practical skills: immunization site, immunization techniques, vaccine reconstitution, cold chain, storage, conditions, prepare and dispose vaccine equipment, avoid needle stick injuries, recognize true contraindications, distinguish anaphylaxis and fainting.

Contact : Pierre VAN DAMME / Elke LEURIDAN
e-mail : pierre.vandamme@uantwerpen.be; elke.leuridan@uantwerpen.be

Keywords : Vaccinology summer course
Aims of “ Summer School on vaccinology”

  1. Rationale, context and history of immunization; 
  2. Key aspects of immunology; 
  3. Key aspects of vaccines; 
  4. Vaccine preventable diseases; 
  5. Immunisation policy and schedules ;
  6. Future perspectives; 
  7. Communication; & Practical skills   

During the training several teaching methods are used including different interactive teaching methods, lectures of experts, individual - and group works, group presentations as well as practical training.
Speakers:

Teaching Staff Vaccinology of the Centre for the Evaluation of Vaccination, University of Antwerp.

An international selected companion of several teachers has been involved in the past in the summer school programme (University of Bristol, University of Padova, University of Athens, University of Florence, Public health England, WHO-Euro…). Speakers are invited based on their excellence.

BIO1314M BIO1314M Renouvellement UE Languages 2 LIVE Languages 2 LIVE 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 9 100 0 0 0
Prerequisites: Certified level of language to choose the suitable group level.

(T) Communicating - Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère.

(S) Learning result and learning pleasure

Our teaching approach offers a framework whereby the constant interaction of learning result and learning pleasure is aimed at. Both objectives are the driving forces that enable students to develop their language skills to the fullest)

Contact: Els Heughebaert (Language Courses Co-ordinator)

email: els.heughebaert@uantwerpen.be
Keywords: English Language Course, trimester course, different levels

Aims of ‘English Language Course’: improving language skills in English, French, German, Italian or Spanish

 

1. Active and communicative

Communicative, interactive and task-oriented, continuous interaction between all the students and we in turn expect them to participate actively in class. We provide maximum speaking opportunities through numerous practice-oriented and functional language tasks, assignments in groups or pairs.

2. Efficient and competency-focused

We train the students in five language skills: reading, listening, writing, speaking and effective communication. The target language of the course is also the language of instruction.

The pace of our language courses is fast: students are required to absorb a lot of information in a short span of time. Consequently, they must process the course material before and after classroom sessions through self-study and distance learning. The students are also expected to train their language skills independently.

3. Formal accuracy

Besides focusing on the communicative aspect of language, we also pay attention to the formal accuracy of the student’s usage: their speech and writing must be grammatically correct, so that their audience is able to understand them without strain or effort.

4. Varied teaching methods: the best approaches from old and new teaching methods to ensure that students are able to study aspects of the target language in the manner that most appeals to them. 

5. Homogeneous groups: All course participants are highly qualified and have a comparable level of proficiency in the target language
BIO1341M BIO1341M Renouvellement UE NeuroComp Intro Introduction to computational Neurosciences 3 0 13.5 7.5 9 0 0 210 35 6 1 0 corine.amat jeremie.mattout 69 80 26 20 0 0

-        Basic knowledge in coding (Matlab or Python)

-        Basic knowledge in neurophysiology and cognitive neurosciences

-        Identify and apply relevant techniques to analyze and quantify a human behavior

-        Develop a multidisciplinary approach in cognitive neurosciences combining applied mathematics, computer sciences, neuroimaging, electrophysiology and behavioral sciences.

-        Build scientific hypotheses, elaborate a protocol, select methodological approaches.

-        Pursue a scientific study in order to model brain functions.

 

Computational neuroscience aims to understand the brain through theoretical, mathematical and computational means. This field is in full expansion leading to new tools to understand and study the brain at different scales, to simulate neuronal and cognitive mechanisms, and to build programs or machines having properties mimicking those of the nervous system.

This course is meant to be accessible to biologists, psychologists, as well as engineers. The aim of this unit is to lay the theorical and methodological foundations for investigation in the field of computational neuroscience. The courses will first discuss the main theorical, historical and philosophical principles of computational modeling, and introduce some applications (robotics, artificial intelligence, expert systems, etc…).

Next, relevant mathematical approaches will be presented, including simple differential equations, Bayesian statistics, neuronal simulations, as well as some introduction to machine learning. Practical courses will target, on the one hand, the modeling of behavioral and cognitive processes and, on the other hand, the modeling of neurons and neuronal networks.

Importantly in this course, we touch upon multiple aspects, including theoretical principles and the rationale of computational modelling, the link with other fields such as robotics and artificial intelligence and the classical mathematical tools used in this area of Neurosciences, building on concrete examples (ex. Behavioral data in decision making task). 
BIO1341M+ Création UE NeuroComp Computational Neurosciences 6 0 30 6 0 0 0 210 35 18 1 0 corine.amat jeremie.mattout 69 80 26 20 0 0

-        Knowledge in coding (Matlab or Python) and applied mathematics (probabilities, statistics, linear algebra)

-        Knowledge in neurophysiology and cognitive neurosciences

Transversales

 -        Know how to chair a scientific discussion

-        Know how to bring innovative contributions within specialized scientific discussions and in an international context.

 

Specifiques

-        Identify and apply relevant techniques to analyze and quantify a human behavior

-        Develop a multidisciplinary approach in cognitive neurosciences combining applied mathematics, computer sciences, neuroimaging, electrophysiology and behavioral sciences.

-        Build scientific hypotheses, elaborate a protocol, select methodological approaches.

-        Pursue a scientific study in order to model brain functions.

-        Mobilize highly specialized knowledge, including cutting-edge technologies and most recent discoveries in computational neurosciences

-        Develop critical reasoning on a topic related to computational neurosciences and/or at the interface between cognitive neurosciences and applied mathematics

Computational neuroscience aims to understand the brain through theoretical, mathematical and computational means. This field is in full expansion leading to new tools to understand and study the brain at different scales, to simulate neuronal and cognitive mechanisms, and to build programs or machines having properties mimicking those of the nervous system.

The aim of this course is to familiarize students with scientific modelling in the field of Neuroscience, as well as with the modern tools underlying this approach. This course is meant to be accessible to biologists, psychologists, engineers, as well as clinicians. This training course shows the generic nature of this approach through heterogeneous examples. It emphasizes the tight link between modelling and empirical work: from the early formulation of hypotheses, with qualitative and quantitative predictions, the challenge of optimizing the experimental design (including simulations), data analysis using mathematical models (model validation, inference, model comparison, parameter estimation, conclusion and report of results). As an extension of the M1 NeuroComp training course, this teaching mixes theoretical courses and group works, covering both physiological and cognitive aspects of brain activity. Conference series are given by national and international experts. Extensive time is dedicated to discussions between the students and the speakers, aiming to develop in-depth scientific reasoning and networking.
BIO1342M Renouvellement UE MPB Modélisation probabiliste en bio-informatique 3 0 10 0 20 0 0 210 35 18 0 0 laurent.gueguen
BIO1346M BIO1346M Renouvellement UE Adv data analysis LIVE Advanced data analysis 3 0 20 5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0
Prerequisites: Basic knowledge in Mathematics and statistics. Bachelor level in molecular and cellular biology, biochemistry, microbiology-virology and immunology.

(T) Modeler - Usages avancés et spécialisés des outils numériques
Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention.
Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine.
(S) 
Learning outcomes:
The student (i) gains insights in various data types and their associated challenges, in the context of the broad biomedical sciences, and more specifically in the context of vaccinology and infectious diseases.(ii) will understand how and which computational techniques can be used to address common challenges in molecular and biomedical data analysis.(iii) will understand the underlying principles of a selection of computational techniques for biomedical data mining, especially in the context of vaccine development. (iv) will be able to select the appropriate technique for a given problem. (v) The student will be able to interpret the results of typical data mining task.

Contact : Kris Laukens / email : kris.laukens@uantwerpen.be

This course offers an introduction to the advanced computational analysis of complex and / or large biomedical datasets. The course addresses the foundations of the partially overlapping fields of multivariate statistics and data mining, both from a theoretical perspective as from an applied and practical hands-on point of view.

THEORY:

I. introduction to different data types and data mining problems: 1. A formal overview of different data types in biology and medicine, and more specifically vaccinology: quantitative data (e.g. coming from ‘omics' platforms), string data (mainly DNA and protein sequences), longitudinal (temporal) data, (biomedical) text, graph data (networks), image data. 2. An introduction to the concepts and challenges of unsupervised and supervised data mining and machine learning.

II. Overview of data mining techniques: 1. Introduction: pre-processing and basic exploratory analysis (univariate statistics) of quantitative data: a revision of statistical concepts (only a revision in the context of the course). Unsupervised learning: clustering, PCA… 2. An introduction to classification methods: overview of classification systems, model validation (e.g. different cross-validation techniques); 3. Biomedical feature selection and dimensionality reduction; 4. Supervised learning techniques (a solid introduction to commonly used techniques and algorithms): regression techniques, discriminant analysis, support vector machines, random forests, ensemble classifiers, decision trees, neural networks, naive Bayes, association rule mining. Visual data mining

III. Biomedical data mining applications: In a number of case studies, and through real research results it will be shown how these techniques can be employed to extract novel insights from real world data in vaccination, immunology, infectious disease and epidemiology studies.

PRACTICE: The practical part will familiarize the students with the statistical programming language R. In the first place, students should be able to correctly read in a dataset, generate graphs and perform elementary data-manipulations. Subsequently, some techniques for statistical data-analysis (linear regression, ANOVA, multivariate techniques,) are illustrated, whereby the students should be able to use the help files and search the internet for the code to solve a particular problem. In the end, programming techniques including for-loops and custom-made functions will be illustrated to facilitate repetitive analyses.

BIO1500M+ Création UE MBM Microbiologie BioMédicale 6 0 27 24 0 0 0 210 35 18 0 0 thibault.meyer 65 50 67 50 0 0
Connaissances de base en microbiologie
Compétences transversales : 1) Communiquer et s’exprimer à l’écrit et à l’oral, 2) Travailler en collaboration, 3) Analyser, interpréter et exploiter des données, 4) Développer son sens de l’analyse critique
Compétences Spécifiques : 1) Mettre en œuvre des méthodes et des outils appliqués au secteur du biomédical, 2) Connaître les principales maladies infectieuses et leur épidémiologie, 3) Comprendre et savoir associer une démarche nécessaire à la prévention ou à la compréhension d’une infection.
-Maladies infectieuses et épidémiologie
-Infections associées aux soins et hygiène hospitalière
-Diagnostic microbiologique des infections
-Approches thérapeutiques anti-infectieuses
-Antibiotiques et résistance.
BIO1501M+ Création UE TIBIO Traitement et Interprétation des données en BIOlogie 6 0 21 25 13 0 0 210 32 16 0 0 guillaume.minard mylene.hugoni 67 100 0 0 0
connaissances de bases en statistiques inférentielles

Compétences spécifiques : 1) Etre capable de concevoir un plan expérimental, 2) Maîtriser les commandes de base du logiciel R, 3) Analyser des données univariées ou multivariées, 4) Comparer l'histoire évolutive des organismes vivants par phylogénie moléculaire.
Cette UE a pour objectif de préparer les étudiants à la planification des travaux expérimentaux ou de terrain en vue de l'interprétation utlérieure des données produites puis de leur fournir les outils de base nécessaires à leur exploitation.
BIO1502M+ Création UE OIP Ouverture à l'Insertion Professionnelle 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 0 0 sabine.favre-bonte nathalie.depege 66 50 67 50 0 0
Etre capable d'organiser sa démarche de recherche d'emploi/stage- Etre capable d'élaborer son projet en lien avec ses valeurs et le marché de l'emploi-Etre capable d'élaborer ses outils de communication écrite et oral-Etre capable de construire et maitriser son identité numérique-Etre sensibilisé aux questions d'éthique et appliquer dans son comportement et ses relations professionnelles, la déontologie propre de sa fonction.
- La recherche de stage/emploi
- Les métiers après un Master
- Le savoir-être en milieu professionnel
- La communication scientifique
BIO1997M+ Création UE Missions pro 1 Missions en milieu professionnel 1 15 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 celine.brochier-arm
BIO1998M+ Création UE Posture pro Posture professionnelle 3 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 celine.brochier-arm vincent.lacroix
BIO1999+ Création UE PMSB Pratique Mathématique et Statistique pour la Bioinformatique 0 0 0 0 0 42 0 210 35 18 0 0 celine.brochier-arm
BIO1A11L BIO1A11L Renouvellement UE Biodiversité (PP) Biodiversité 6 0 30 23 36 0 0 210 35 18 0 0 laurent.simon 67 0 0 0 0

Aucun

-        Observer et décrire de manière claire et structurée à l'écrit notamment sous forme de dessin;

-        Faire une synthèse de l'ensemble des parties du cours et décloisonner ces connaissances par rapport aux autres enseignements;

-        Mettre en œuvre un protocole expérimental et présenter les résultats.


Le but de cette UE est de fournir aux étudiants un aperçu de la biodiversité (organisation et origine) ainsi qu’une connaissance de base de l'anatomie, du fonctionnement et de la phylogénie des grands groupes d'organismes vivants. L’arbre du vivant est décrit pour montrer la multiplicité des lignées évolutives et positionner les deux clades  qui seront principalement étudiés, les Métazoaires (animaux) et les Embryophytes (plantes). L’objectif est de développer chez les étudiants une vision critique de la discipline.

Le cours s’appuiera sur le tryptique ‘structures, fonctions et évolution’ pour décrire les grandes innovations biologiques des Métazoaires. Celles-ci seront illustrées par l’étude de l’architecture des principaux clades composant les Métazoaires et en les replaçant dans la diversité de chacun d’entre eux. Le cours sur les Embryophytes dans la lignée verte, décrira l’architecture des plantes et leur adaptation au milieu terrestre, ainsi que l'organisation et de la croissance de l'appareil végétatif en précisant les notions de tissus et d'organes chez les Trachéophytes.

Au cours des TP et TD, les étudiants :
1) développent une démarche de projet pour étudier et décrire la biodiversité, en s'appuyant sur des jeux sérieux, de l'échantillonnage de terrain, de l'analyse en salle des échantillons, jusqu'à la présentation par les étudiants de la biodiversité de différents écosystèmes;
2)  illustrent de manière concrète la biodiversité présentés en cours.  Ces TP et TD ont pour but de développer en particulier la capacité d’observation des étudiants, ainsi que la capacité de formuler ces observations de façon structurée. En particulier, les travaux pratiques comportent une introduction aux techniques d'observation et du dessin scientifique. Les structures sont mises en évidence par l’observation et la dissection d’organismes modèles et l’étude de lames microscopiques.
BIO2001L BIO2001L Renouvellement UE Agriculture et Agronomie Agriculture et Agronomie 6 0 25 13.5 16.5 0 0 210 35 18 0 0 olivier.raymond 67 100 0 0 0
-    Suivre les différentes étapes d'une démarche expérimentale en s'appuyant sur les instruments du domaine.

-    Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation et identifier les sources d'erreur.

-    Utiliser certains outils statistiques pour les sciences du vivant afin d' apprécier les limites de validité des résultats expérimentaux.

-    Identifier les sources d'erreur pour évaluer l'incertitude sur un résultat expérimental.

-    Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.

-    Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

-    Analyser et synthétiser des donnée s en vue de leur exploitation.

-    Développer une argumentation avec esprit critique.

-    Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

-    Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder.

-    Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

-    Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s’adapter et prendre des initiatives.
L'agriculture et l'agro-alimentaire constituent un enjeu socio-économique et scientifique de première importance. Ils représentent un immense champ d'application pour l'ensemble des disciplines biologiques fondamentales, et de ce fait constituent un important secteur d'insertion professionnel. Sans prétendre apporter une formation en agronomie, l'unité d'enseignement proposée cherche à sensibiliser les étudiants à cette orientation en développant une approche pluridisciplinaire autour de quelques-uns des principaux problèmes agronomiques actuels. L'objectif pédagogique est de s'appuyer sur l'étude de quelques exemples concrets pour mettre en évidence la diversité et l'importance des applications de la biologie moderne, et la nécessité d'une approche interdisciplinaire prenant en compte la dimension socio-économique. Vers une agriculture durable : développement durable et protection des ressources : composantes économique, écologique et sociale, politique agricole. Gestion et Amélioration génétique des ressources végétales : notions de ressources génétiques, bases et stratégies de l'amélioration génétique, critères de sélection, transmission de caractères quantitatifs, sélection artificielle, sélection assistée par marqueurs, manipulation génétique, notion de variétés. Les ennemis des cultures : agents phytopathogènes (virus, bactéries, champignons) et ravageurs (nématodes et insectes) ; notion de dynamique des populations et d'échantillonnage. La protection des cultures : objectifs généraux, stratégies d'intervention (notion de seuils), lutte génétique, lutte chimique, lutte biologique, protection intégrée. Problèmes de résistance et de coévolution. Les problèmes environnementaux : agrosystèmes / écosystèmes, gestion des intrants et pollution, conséquences écologiques des pratiques agricoles, conservation de la biodiversité, gestion de l'espace rural. Contact avec le monde socio-professionnel : visite d'une station expérimentale. Le cours est complété et illustré par des exercices menés en travaux dirigés. Travaux pratiques consacrés à la production végétale, à la protection des cultures et à la biologie florale.

BIO2001P BIO2001P Renouvellement UE Procédés et Bioproduction Génie des procédés et bio-productions 9 0 0 70 50 0 0 210 35 16 0 0 laurence.fraissinet 64 80 85 20 0 0

COMPETENCES ATTESTEES spécifiques :

L’étudiant devra savoir gérer et piloter des processus de production en bioréacteurs, pour cela :

-        Être en capacité de préparer un fermenteur et ses annexes afin de mener à bien des processus de production de biomasse et/ou de métabolites

-        Être capable de piloter des biofermenteurs et de réguler la fermentation en adaptant les paramètres physico-chimiques au type de production selon les microorganismes utilisés

-        Appliquer un protocole selon un cahier des charges pour l'utilisation de bioréacteurs et participer à l'élaboration, à l'optimisation et à la validation de nouveaux protocoles expérimentaux en bioréacteur. 

Assurer de manière autonome la maintenance des matériels, le choix et les commandes des consommables et réactifs

Plusieurs objectifs sont visés au travers de cette UE.

-        D’une part, il s’agit d’apporter aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques indispensables leur permettant de conduire une production au sein de fermenteurs de capacités différentes (fermenteurs de laboratoires et/ou pilotes)

-        D’autre part, il s’agit de leur permettre d’analyser qualitativement et quantitativement des métabolites bactériens à partir de jeux de données de chromatographies (GC, LC) et par comparaison aux jeux des bases de données disponibles sur internet.

De plus, des applications industrielles seront traitées au travers de visites, études de cas et/ou interventions d’industriels.

BIO2002P BIO2002P Renouvellement UE Projet tuteuré Projet tuteuré 6 0 0 35 0 100 0 210 35 18 0 0 ludovic.vial 0 0 0 0

Compétences spécifiques:

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

Développer une argumentation avec un esprit critique

Se servir aisément des différents registres d'expression écrite et orale de la langue française

Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit

L’objectif de cet UE est d’entraîner les étudiants à mener à bien une mission qui leur est assignée, et à en communiquer clairement les résultats à l’écrit et à l’oral, tout en bénéficiant des conseils des enseignants appartenant à l’équipe pédagogique de la licence. Deux projets sont réalisés au cours de l’année. Un premier projet consiste en l’analyse de résultats expérimentaux, et la restitution de ces derniers sous la forme d’un poster scientifique.
Le second projet est une veille scientifique et technique sur un thème donné, et englobe la collecte d’informations (dans la plupart des cas sous forme d’articles scientifiques, de consultation de sites web spécialisés, etc), la lecture et la compréhension de celles-ci, l’analyse critique des informations, et la synthèse de ces travaux sous forme d’un rapport, ainsi que d’une présentation orale.

Des TD permettront aux étudiants d’acquérir des méthodes de rédaction, d’analyser les informations et d’utiliser des outils de recherche d’information.

La partie d’analyse bibliographique, le plus souvent en langue anglaise, contribue à la formation à l’anglais technique en montrant son intérêt pratique. Ces projets, en répondant à des problématiques concrètes, doivent permettre à l’étudiant de se retrouver en situation professionnelle. 

BIO2003L BIO2003L Renouvellement UE BBC Biochimie et Biologie Cellulaire 6 0 33 12 12 0 0 210 35 18 0 0 sophie.richard 65 60 64 40 0 0

-   Connaître la structure de base des glucides, lipides, nucléotides et protéines

-   Connaître et comprendre l’organisation de la cellule animale et végétale

-   Connaître la composition d’une membrane biologique

- Connaître l’ultrastructure et les fonctions des principaux organites intracellulaires

-   Connaître et comprendre les caractéristiques des différents tissus de l’organisme et leurs relations entre eux

-   Notion d’échelle cellule/tissu/organe

-   Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biochimie, de biologie cellulaire pour traiter une problématique du domaine

-   Gestion et résolution des problèmes simples dans le domaine de la biochimie et de la biologie cellulaire

-   Analyser et synthétiser des données scientifiques

-   Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans le domaine de la biologie cellulaire pour présenter un sujet et synthétiser ces données

-   Utiliser les outils numériques de référence pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information

-   Expérimentation en laboratoire

-   Identifier les différentes étapes d’une démarche expérimentale

-   Réalisation de mesures et d’analyses biologiques

-   Interpréter des données expérimentales

-   Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet

Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française (+ maîtrise du vocabulaire de la spécialité)

Biochimie :

CM (18h) : Dans un premier temps plusieurs rappels sur les molécules organiques constitutives des êtres vivants sont réalisés (6h). Une seconde partie permet de faire une introduction à l’enzymologie (3h). Enfin, une troisième partie s’intéresse au métabolisme énergétique (bioénergétique, glycolyse, β-oxydation des acides gras, cycle de Krebs et chaîne respiratoire, fermentations, synthèse et dégradation du glycogène, néoglucogenèse, néolipogenèse) (9h).

TD (4,5h) : Au cours de ces travaux dirigés, différents exercices d’enzymologie et de bioénergétique sont effectués. Les différentes méthodes d’étude des voies métaboliques sont également abordées.

Biologie cellulaire :

CM (15h) : Dans un premier temps la structure, la composition et les propriétés des membranes biologiques des cellules eucaryotes sont rappelés. Les principales fonctions biologiques de la membrane plasmique (perméabilité cellulaire, endocytose et exocytose, adhérences jonctionnelles et non-jonctionnelles, communication et activation cellulaire) sont ensuite détaillées. Enfin, la structure et la fonction des éléments composant le cytosquelette sont présentés. Une dernière partie permet d’aborder l’adressage des protéines et le trafic cellulaire.

TD (7,5h) : L’objectif de ces TDs est de réaliser un exposé, court et pédagogique, à partir de documents concernant des pathologies liées aux notions de biologie cellulaire abordées en cours (6h). Une mise en application à la classe est également réalisée (1,5h).

TP (12 h) : Ces séances de travaux pratiques permettent une initiation à la culture cellulaire afin d’effectuer différents expériences d’immunofluorescence et de réaliser un caryotype. Au niveau histologique, une expérience d’immunohistochimie permet de mettre en évidence des phosphatases acides sur des coupes de thymus réalisées au cryostat.

BIO2003P BIO2003P Renouvellement UE Mission professionnelle Mission en milieu professionnel 15 0 0 5 0 0 0 210 35 18 0 0 hasna.boubakri 0 0 0 0

Pour cela, l’étudiant devra :

- Agir en responsabilité au sein d'une organisation professionnelle

- développer un projet spécifique en lien avec une problématique de l’entreprise

- faire une analyse critique et exposer ses résultats en proposant des améliorations si nécessaires

L’objectif général de cette UE est de permettre à l’étudiant d’acquérir une expérience en milieu professionnel et de compléter sa formation théorique et pratique reçue au sein de cette licence professionnelle par une participation active aux travaux de l’entreprise ou organisme dans laquelle il a été admis. Le thème du projet en milieu professionnel est défini pour chaque étudiant par l’entreprise ou organisme d’accueil. Chaque étudiant est par ailleurs suivi par un tuteur pédagogique.

Au cours de sa mission en milieu professionnel, l’étudiant mettra en œuvre les compétences acquises au sein de la formation afin de traiter le projet. Cette mise en situation professionnelle lui permettra aussi d’évaluer sa capacité d’insertion professionnelle, de travail en équipe et son aptitude à rendre compte d’un travail fourni. Il devra s’organiser dans sa mission pour devenir progressivement autonome.

BIO2004P BIO2004P Renouvellement UE ZHI Zones Humides Intracontinentales 9 0 0 34.5 63 0 0 210 35 8 0 0 anne-kristel.bitteb 67 50 68 50 anne-kristel.bittebiere@univ-lyon1.fr 0 0
Bases en identification de différents taxons (oiseaux, odonates, amphibiens, flore)
Bases en écologie
- Action en responsabilité au sein d’une organisation professionnelle :
· Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.
· Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
- Réalisation d'un diagnostic et/ou d'un audit pour apporter des conseils :
• Diagnostiquer l’état d’un écosystème
• Mobiliser les principes de l’écologie, de la biologie de la conservation
• Maîtriser les outils du diagnostic de l’état et de l’évolution des écosystèmes
- Application de la règlementation du secteur en matière de : qualité, hygiène, sécurité et environnement
• Maitrise des outils législatifs et réglementaires liés à la protection des espaces naturels
Maîtrise des différentes dimensions de la gestion d'une organisation
• Identifier les acteurs et les enjeux de la gestion des espaces naturels
• Assurer le suivi sur le terrain des actions de protection des milieux

L’objectif de cette UE est d’acquérir des connaissances théoriques et des compétences pratiques sur la typologie des Zones Humides (ZH), leur caractérisation par cartographie, critères pédologiques et floristiques, leur fonctionnement (analyse de la connectivité, perturbation) ainsi que sur la réalisation d’inventaires. Ces compétences professionnelles permettront aux étudiants d’identifier et de comprendre la diversité biologique de zones humides. Ces compétences sont essentielles dans le cadre d’études d’impact, de réalisation de dossiers réglementaire, de définition d’enjeux de conservation des habitats ou de mesures compensatoires lors de la destruction de ZH.

Connaissance et fonctionnement des ZH (22hTD par S. Plénet MCU-HDR, A.-K. Bittebiere MCU, C. Czarnes MCU, F. Chambaud (Agence de l’eau), D. Danancher (CEN Rhône-Alpes) + 8hTP dont 8hTP de terrain par R. Quesada (Lo Parvi), N. Biron (CEN 38 AVENIR) )

 

Définition et typologie des ZH, les ZH dans la mise en œuvre de la politique de l'eau, acteurs du territoire, droit de l’environnement, outils règlementaires et contraintes de gestion, biologie de la conservation des ZH, techniques d'inventaire des ZH (pédologie, Corine biotope et directive habitats).

Ecologie des ZH, fonctionnement des ZH, processus écosystémiques (hydromorphie, turbification/humidification, zonation et succession végétale, perturbations, principes de restauration, structure spatiale (effet écotone, effet corridor), stratégies biologiques (faune, flore).

Tourbières acides et alcalines (1hTD + 16hTP dont 16hTP de terrain par M. Philippe MCU-HDR, S. Czarnes MCU

Définition tourbière, outils de gestion, relevés pédologiques, mise en place d'un plan d'échantillonnage, initiation aux techniques d'échantillonnage, relevés topographiques, mesures des variables mésologiques, réalisation de suivis phytosociologiques, inventaires floristiques.

Forêt alluviale (7hTP dont 7hTP de terrain par C. Cognet (SMIRIL))

Définition et gestion forêt alluviale, contraintes liées au fleuve, relevés pédologiques, mesures dendrométriques, faune et flore inféodés.

Avifaune (6hTD + 10hTP dont 10hTP de terrain par T. Lengagne (CNRS) & M. Benmergui (OFB))

Communication acoustique chez les oiseaux, chant et reconnaissance systématique, initiation à la systématique avienne et aux méthodes d'inventaires, méthodes d’identification, «suivi des populations migratrices ou hivernantes » avec dénombrement des rassemblements d’anatidés, monitoring des espèces nicheuses (notions d’enjeux, d’indicateurs), méthodologies de dénombrements acoustiques en milieu hétérogène non forestier.

Amphibiens (14hTP dont 10hTP de terrain par S. Plénet MCU-HDR, J.-P. Léna MCU & C. D’Adamo (LPO Rhône) Biologie et écologie des amphibiens, observation et détermination de larves et d’imagos, détermination au chant, cortèges d’amphibiens, techniques d’inventaire, potentialité d’habitat, plan d’échantillonnage.

Odonates (3hTD + 8hTP dont 4hTP de terrain par R. Krieg-Jacquier (enseignant hors UCBL))

Biologie et écologie des odonates, détermination des larves, exuvies et imagos, techniques d’échantillonnage.

Flore (3hTD par M. Philippe MCU-HDR)

Zonation et succession végétale en ZH, facteurs du biotope en ZH, dynamisme et successions écologiques, écologie de la conservation. Méthodes d’identification de la flore affiliée aux ZH, espèces indicatrices.
BIO2005P BIO2005P Renouvellement UE PTIC Projet Tuteuré Individuel ou Collectif 6 0 3 6 0 0 0 210 35 18 0 0 marc.philippe 0 0 0 0
aucun
suivi de projet
expertise et analyse de la biodiversité
rédaction d'un rapport scientifique
préparation d'un exposé
Mener un projet, le planifier, le réaliser et exposer les résultats.
Au sein de l'entreprise (alternant-e) ou d'une structure proposée par la formation (non alternant-e) l'étudiant prendre en charge un projet d'expertise et d'analyse de la biodiversité. Il-elle planifiera sa réalisation, le réalisera, rédigera un rapport puis exposera ses résultats lors d'un exposé de 20'.
BIO2006L BIO2006L Renouvellement UE Stat2Bio Statistique pour la Biologie et Bioinformatique 6 0 18 24 9 0 0 210 35 18 0 1 marie-claude.venner laurent.gueguen 0 0 0 0
UE recommandée : Mathématiques pour les Sciences de la Vie , ou équivalent
Méthodologiques :
Formalisation mathématique de questions biologiques simples.
Savoir mettre en oeuvre la démarche statistique appropriée pour répondre à un problème biologique simple.

Techniques :
Acquisition des outils de statistique et de bioinformatique de base pour l’analyse de phénomènes biologiques.

Le programme de Biostatistique (environ 80% du volume des enseignements) comprend: rappels sur les statistiques descriptives et l'estimation d'une moyenne, d'une proportion, ponctuelle et par intervalle de confiance - principe d'un test d'hypothèse - risques de 1e et 2e espèce, puissance - tests de conformité (moyenne observée/théorique, fréquence observée/théorique) - tests d'homogénéité (2 moyennes observées, 2 fréquences observées) - tests du khi-deux - Modèles d'analyse de la variance à un et deux facteurs contrôlés- corrélation et régression linéaire simple.

L'objectif est de mettre en place une démarche conceptuelle robuste sous-jacente à la pratique des principaux tests (cours), et d'apprendre à l'utiliser pour résoudre des problématiques simples sur des données biologiques (TD/TP). Les séances de TD sur machine permettent de manipuler des jeux de données conséquents et de s'initier au logiciel R (mise en forme des résultats et tests statistiques). Une mise en situation concrète, en groupes de TP, permet de manipuler les risques de première et de deuxième espèce en statistique, et de comprendre leurs liens, et leur sensibilité à différents paramètres (taille d'échantillon, écart entre H0/Ha).

 

Une initiation à la Bioinformatique présente à la fois d'un point de vue théorique et pratique les outils bioinformatiques les plus utilisés en génomique et leurs applications en santé et écologie : prédiction de gènes, alignement de séquences par BLAST, navigation dans les bases de données Uniprot, Ensembl, KEGG. Les travaux pratiques ont pour but d'initier les étudiants à l'utilisation de logiciels existants, ainsi qu'à l'analyse critique des résultats prédits, avec un accent mis sur les notions de sensibilité et précision.

BIO2006P BIO2006P Renouvellement UE SEMP Stage en Entreprise, Milieu Professionnel 15 0 3 12 0 0 14 210 35 18 0 0 jean-paul.lena 67 0 0 0 0

 Cette UE, comme l’UE Projet Tuteuré Individuel ou Collectif, a pour objectif d’immerger les étudiants dans le monde professionnel et de les ancrer dans la réalité des activités professionnelles. Les thématiques de stage sont donc assez larges, mais doivent dans tous les cas faire appel à la mise en œuvre d’inventaires de biodiversité, s’agissant du cœur de cible de la formation.

La durée du stage est de 14 semaines (fin mai - fin août) ou 33 (pour les étudiants sous contrat d’apprentissage en alternance sur l’année).

Pour les étudiants sous contrat, le choix de la mission qui servira de support pour réaliser le mémoire de stage et sa soutenance de fin d’étude est décidée en concertation avec le tuteur universitaire.

Pour les étudiants hors contrat, l’étudiant doit trouver lui-même son stage. Il reçoit à la rentrée une liste indicative d’entreprises susceptibles de l’accueillir ainsi que des offres de stages proposés par des organismes pour la formation ATIB. Il doit contacter les entreprises afin d’obtenir un engagement pour le stage avant le semestre de printemps. Le stage s’effectue dans une entreprise privée, publique ou parapublique avec laquelle est signée une convention.

Quel que soit le régime (apprentissage ou non), le suivi du stage au quotidien est assuré par le tuteur entreprise (maître de stage ou maître d’apprentissage). Un enseignant de l’équipe pédagogique de la licence (tuteur universitaire) est chargé de veiller au bon déroulement du stage et de maintenir le lien avec l’entreprise et veille aussi à la qualité des rendus écrits. Il peut éventuellement fournir aussi un aide (conseil) sur des aspects plus techniques.

Le déroulement du stage est évalué par le tuteur professionnel (fiche d’évaluation). Un mémoire de fin d’étude est demandé à la fin du stage (fin Aout), évalué par le tuteur universitaire ainsi que le tuteur professionnel. Le stage donne aussi lieu à une soutenance orale (tout début septembre) devant les promotions (sortante et entrante) et un jury (tuteurs universitaires et professionnels qui ont encadré les stages).

BIO2007L BIO2007L Renouvellement UE Botanique Botanique 6 0 25 0 30 0 0 210 35 15 0 0 frederic.thevenard 68 80 67 20 0 0

Les UEs de Diversité du vivant (L1) et de Biologie et diversité des organismes (L2) sans être des prérequis absolus, permettent de mieux intégrer les concepts abordés dans l’UE Botanique.

Compétences spécifiques :

-   Méthodologiques : Apprendre à observer et reconnaitre les caractères végétatifs et reproducteurs des plantes (Embryophytes) afin d’identifier les taxons (taxonomie) et établir leurs relations de parentés (systématique).

-   Techniques : Observation à l’œil nu, à la loupe binoculaire, au microscope optique, et dissection de différentes parties de plantes. Utilisation et conception de clés d’identification (par exemple flore de Bonnier). Réalisation possible d'un herbier de référence réel ou photographique.

- Connaissance des plantes régionales et de leur phylogénie.

- Socle de connaissances pour la poursuite d’étude dans le domaine végétal (écologie,  biochimie, génétique)

 

Compétences transversales :

La Botanique est une science descriptive et expérimentale dédiée aux organismes vivants végétaux. Elle concerne aussi bien les aspects descriptifs (morphologique et histologique), taxonomique, systématique, que les aspects biochimique, génétique, biogéographique, pathologique, etc. Elle aboutit à la connaissance fine des végétaux qui trouve des applications dans les domaines tels que l’écologie, la pharmacologie, l’agriculture, etc. La botanique est par conséquent indispensable pour une meilleure compréhension de notre environnement, une meilleure utilisation des ressources, et une meilleure production et gestion alimentaire.

Dans cette UE, sont abordés la taxonomie, la systématique et la phylogénie des plantes (Embryophytes), en se basant sur les caractères morphologiques végétatifs et reproducteurs. Elles permettent une première connaissance des écosystèmes, associant biocénoses et biotopes, par l’étude de leur composition végétale.
Le cours (45%) présente les plantes à fleurs (Angiospermes), qui de nos jours représentent le clade le plus diversifié des Embryophytes, en suivant la classification phylogénétique APG IV proposée par Angiosperm Phylogeny Group (APG) en reprenant les principaux caractères morpho-anatomiques et les répartitions phyto-géographiques des familles. Un focus est fait sur certaines familles à intérêts écologiques (marqueurs de l'environnement), à intérêts économiques (cultures...), rudérales, adventices... Quelques notions d'espèces protégées locales, régionales, nationales sont évoquées.

Des groupes plus modestes pour leurs diversités mais qui sont primordiaux dans certains écosystèmes sont également détaillés tels que les Bryophytes (Mousses), Lycophytes, Monilophytes (incluant les fougères), Gymnospermes.

Les TP (55%) illustrent les différents clades par des plantes régionales et exotiques (issues du Parc de la Tête d’Or). L’observation de ces plantes a pour objectifs la réalisation de dessins, de schémas, de descriptions détaillées, de création de clés, l’utilisation de flores, qui permettent d’acquérir une connaissance et une identification précise de ces plantes, et de faire leur apprentissage. Aux séances en salle de TP, sont associées deux sorties terrain d’observation et de collecte qui complètent la formation.

BIO2009L BIO2009L Renouvellement UE Ecologie générale Ecologie générale 6 0 28 6 18 0 0 210 35 12 0 0 frederic.hervant 67 100 0 0 0
Compétences spécifiques :
Cette UE permet d’acquérir les connaissances de base et les concepts fondamentaux de l'Écologie. Les TP-TD (incluant plusieurs sorties sur le terrain) correspondent à la fois à une illustration et à une mise en pratique des notions abordées dans les cours magistraux (mettre en relation données zoologiques, pédologiques et botaniques, relier les conditions environnementales et la biodiversité, mettre en évidence l'impact de l'anthropisation...).

Compétences techniques :
- Prélèvements d'organismes.

- Reconnaissance et classification des organismes animaux (faune du sol) et végétaux, sur le terrain et en salle de TP.

Compétences transversales :

- Réalisation d'un rapport scientifique.
- Exploitation/analyse et interprétation des données recueillies sur le terrain.

Cours (M. Philippe, S. Czarnes et F. Hervant) :
Introduction à l'Écologie et à la biodiversité. Organisation générale de la biosphère (facteurs biotiques et abiotiques influant sur la distribution des espèces, principaux biomes terrestres et aquatiques). Écologie des populations (croissance, régulation, stratégies biodémographiques...). Écologie des communautés (groupes fonctionnels, interactions intra- et interspécifiques, réseaux trophiques, perturbations). Écologie des écosystèmes (productions primaire et secondaire, cycles biogéochimiques, action de l'homme, changement global). Pédologie.

TP-TD :

Partie « végétale » (responsable : S. Czarnes) : étude sur le terrain de la structure des sols, de la biodiversité et des types de végétation dans différents milieux. Description et importance des végétaux dans le milieu, comparaison des différents sites étudiés avec implications écologiques. Exploitation des données en salle, puis synthèse des résultats.

Partie « animale » (responsable : B. Kaufmann) : à partir d'échantillonnages de terrain de la faune d'un habitat donné (sol et ses annexes, milieux urbanisés...), aborder les problématiques de plan d’échantillonnage, de tri et d’identification de la faune, d’analyse de la biodiversité, d'impact de l'anthropisation et d’échelle de perception. Une sortie vise à mettre en évidence les dispositifs d'infiltration des eaux pluviales et l'impact de l'urbanisation sur le cycle de l'eau.

BIO2012L BIO2012L Renouvellement UE Neurosciences Neurosciences: Voyage au Centre du Cerveau 6 0 27 15 8 0 0 210 35 10 0 0 v.pellier-monnin brigitte.paulignan 69 100 0 0 0

Avoir suivi l’équivalent du contenu des enseignements dispensés dans les Unités d’Enseignement suivantes : « De la cellule à l’organisme », « Génétique 1 » et « Biomolécules A et B »


Compétences spécifiques :

Appréhender le fonctionnement du système nerveux à l’échelle cellulaire et moléculaire jusqu’aux réseaux de neurones.

Mobiliser les concepts fondamentaux et les approches expérimentales dans le champ des Neurosciences afin de traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche

Compétences transversales :

Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle macroscopique et microscopique et faire le lien entre ces deux échelles dans le cadre d’une fonction physiologique

Identifier et exploiter les différentes étapes d’une démarche expérimentale, interpréter des données expérimentales

Identifier, sélectionner et analyser diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation; Développer une argumentation avec esprit critique

Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.

Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue français


Objectifs pédagogiques

Le fonctionnement du système nerveux est très complexe tant par l’organisation des différentes structures nerveuses qui le composent que par le fonctionnement unitaire et multicellulaire des éléments cellulaires qu'il renferme (cellules neuronales et gliales).

L’objectif de cette UE sera : (1) d’appréhender l’organisation des différentes structures nerveuses, (2) de comprendre à l’échelle cellulaire et moléculaire les signaux responsables de la transmission nerveuse, (3) d’extrapoler à l’échelle des réseaux de neurones, le fonctionnement de régions cérébrales et (4) de révéler la plasticité de ce système au cours du développement et chez l’adulte.

 

En cours magistral, seront abordés les thèmes suivants :

  • Système nerveux (SN) et phylogénie
  • Neurones, Cellules gliales, Synapse (électrique et chimique) et communication nerveuse
  • Les liquides circulants du SN : liquide céphalo-rachidien (LCR), Sang et rôle de la barrière hémato-encéphalique
  • Développement et maturation des réseaux neuronaux
  • Plasticité cérébrale (synaptique et neurogenèse)
  • Fonctions corticales et plasticité corticale
  • Illustration de réponses physiologiques intégrées : le stress et le sommeil

 

En travaux dirigés, l’accent sera mis sur les techniques d’exploration fonctionnelle du système nerveux et ses applications (EEG, IRM, TEP et MAG) ; les séances auront également pour objectif d’approfondir les notions abordées en cours magistral à l’aide d’ateliers interactifs. A l’issue de ces séances, l’étudiant devra être capable de faire le lien entre l’anatomie, les signaux enregistrés et certaines fonctions du système nerveux ; cet objectif pédagogique sera réalisé sous la forme d’une mini-synthèse imagée et présentée à l’oral.

 

Les travaux pratiques illustreront à l’échelle macroscopique et microscopique l’organisation anatomo-fonctionnelle du système nerveux à l’aide de maquettes, de logiciels en 3D et de réalité virtuelle et permettront de mettre en évidence une activité électrique cérébrale à travers l’enregistrement d’EEG.

 


BIO2012P+ Création UE RMaN Remediation, Mise à Niveau 0 0 14.5 7 14 0 0 210 35 18 0 0 Jean-paul.lena 0 0 0 0
L’objectif de cette UE non créditante est de mettre à niveau les étudiants pour suivre confortablement les enseignements de la formation, que ce soit au niveau des UE plus conceptuelles (UE ECDE et ATDD) ou opérationnelles (UE MAH, MTO, ZHI). Les cours, TD et TP dispensés dans cette UE constituent donc des prérequis pour les UE créditantes de la formation et abordent différents aspects conceptuels et/ou techniques (services écosystémiques et biologie de la conservation, cartographie, analyse de données, taxonomie et détermination floristique – faunistique, pédologie) ou transversaux (communication écrite et orale) qui sont abordés plus en détail dans les UE créditantes.
BIO2013L BIO2013L Renouvellement UE Génétique 2A Génétique 2A 6 0 25.5 22.5 9 0 0 210 35 18 0 0 laurence.mouton 0 0 0 0
UE recommandée : Génétique 1
Méthodologiques :
Approche probabiliste de la génétique. Analyse de la transmission des caractères dans une généalogie et dans les populations, épidémiologie et diagnostic des maladies génétiques. Modélisation de l'évolution de la fréquence des gènes dans les populations

Techniques :
Analyse de données et statistiques appliquées à la génétique - simulation sur ordinateur. Méthodes de calcul de l'héritabilité d'un caractère et du coefficient de consanguinité. Technique de base en biologie moléculaire pour l'analyse de la diversité génétique.

Dans cette UE, le déterminisme génétique et la transmission de la variabilité des caractères sont étudiés en considérant les organismes (procaryotes/eucaryotes) dans leur complexité et face à leur environnement réel (naturel ou anthropisé). L’ UE est composée de quatre grandes parties :

 

- Génétique des populations : les modèles de bases de la transmission de l’information génétique des eucaryotes à l’échelle des populations, ainsi que de son évolution sont introduits. Les applications dans les domaines de la santé, de la gestion des ressources génétiques seront présentées, ainsi que les mécanismes génétiques de réponse des organismes aux variations de leur environnement (évolution, adaptation).

 

- Génétique non mendelienne : les écarts aux lois de Mendel sont présentés (hérédité cytoplasmique : organites, hérédité infectieuse), ainsi que les mécanismes susceptibles d’altérer l’expression phénotypique dans les populations (effets maternels, épigénétique et empreinte génomique…).

 

- Génétique quantitative : le déterminisme génétique et environnemental complexe des traits dits « quantitatifs » (tel que la taille) est présenté dans cette partie. Les concepts, outils et méthodes permettant de décomposer la variabilité de ces traits et sa transmission au fil des générations sont décrits. Des exemples dans le domaine de l’amélioration génétique des espèces d’intérêt agronomique illustrent cette partie.

 

-Génétique bactérienne : l'organisation structurale et fonctionnelle des génomes bactériens est décrite en mettant en évidence son impact sur la transmission et sur l'expression de l'information génétique chez les bactéries. Un focus sera fait également sur la plasticité des génomes bactériens et sur les mécanismes de transfert horizontaux de gènes et de transposition à l'origine de cette variabilité, le tout pour éclairer les mécanismes d'évolution des populations d’ organismes haploïdes.

BIO2014L BIO2014L Renouvellement UE Bio Cell & Immuno Biologie Cellulaire et Immunologie 6 0 24 18 12 0 0 210 35 18 0 0 aurore.rozieres ulrich.valcourt 65 100 0 0 0

Connaître et comprendre l’organisation d’une cellule eucaryote animale. 

Connaître l’ultrastructure et les fonctions des principaux organites intracellulaires. 

Connaître et comprendre les caractéristiques des différents tissus de l’organisme et leurs relations entre eux.

Apprendre à tirer des informations d’une observation afin d’élaborer une hypothèse.

Savoir choisir une méthodologie adaptée à l’observation d’un objet biologique.

  • Compétences transversales:

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

- Gestion et résolution des problèmes simples dans les Sciences du Vivant.

- Mobiliser les concepts fondamentaux du fonctionnement cellulaire pour situer les problématiques biologiques.

- Identifier les différentes étapes d’une démarche expérimentale.

- Utiliser les appareils et les techniques de mesure en laboratoire les plus courants dans les domaines de la biologie (pipetage, spectrophotomètre, phmétrie, électrophorèse…).

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

  • Compétences spécifiques:

- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de Biologie Cellulaire et d’Immunologie, mais aussi de Biologie Moléculaire et de Biochimie pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Maîtriser le vocabulaire spécifique de la spécialité. 

Biologie Cellulaire (responsable : U. VALCOURT)

Cours : 

- Les membranes biologiques : organisation moléculaire et propriétés. 

- Présentation de quelques mécanismes fondamentaux de la vie cellulaire : endocytose (pinocytose, phagocytose) et exocytose, communication et activation cellulaire, adhérences jonctionnelles et non-jonctionnelles. 

TD : 

Résolution de problèmes tirés de travaux expérimentaux se rapportant au cours.

TP : 

- Détection histochimique des phosphatases acides dans un organe lymphoïde ; histologie des organes lymphoïdes. 

- Extraction de protéines membranaires de globules rouges et de leucocytes et séparation électrophorétique en SDS-PAGE. 

Immunologie (responsable : A. ROZIERES)

Cours : 

- Organes et cellules de l'immunité. 

- Système immunitaire inné et adaptatif : présentation des acteurs moléculaires et cellulaires.

- Application à la réponse anti-infectieuse.

TD :

Problèmes issus d'expériences princeps de l'immunologie ou de situations cliniques illustrant : 

- La communication cellulaire dans le système immunitaire : signaux moléculaires membranaires et solubles. 

- Un programme de différenciation cellulaire : de la cellule souche au plasmocyte.

- Les réponses immunitaires primaire/secondaire : la vaccination. 

- Les réponses anti-infectieuses.

TP :

Mise en pratique des concepts d'immunologie étudiés pendant les cours (Technique ELISA, Cytométrie en flux et immunomarquage).

BIO2014P Renouvellement UE ECFI Expression, communication, formation industrielle 6 0 100 0 0 0 0 210 35 18 0 0 amor.belmeguenai
BIO2015L BIO2015L Renouvellement UE Microbiologie 1 Microbiologie 1 6 0 36 6 12 0 0 210 35 18 0 0 marc.lemaire5240 65 80 64 20 0 0
Méthodologiques :
Analyse et compréhension du monde microbien. Méthodes d'études et concepts spécifiques à la microbiologie. Place des micro-organismes procaryotes et eucaryotes dans le monde vivant.

Techniques :
Techniques cytologiques et cytochimiques d'études des micro-organismes: bactéries (observations vitales et colorations spécifiques: Gram, spores, capsules, etc...), levures, moisissures (observation d'hyphes, appareils de reproduction végétative, etc...
Techniques de base utilisées en microbiologies: stérilisations, isolement, cultures pures, notions de milieux complexes/électifs/sélectifs, méthodes de dénombrement
L'objectif de ce module est de donner aux étudiants des différentes Licences les bases théoriques et expérimentales particulières à l'étude des micro-organismes. Il permettra d'apporter les connaissances indispensables à la compréhension (ultérieure) de la place des micro-organismes dans les écosystèmes et de montrer l'intérêt du modèle microbien en biologie et génétique des populations, en biologie cellulaire et physiologie, ainsi qu'en génétique microbienne. Le programme des cours magistraux s'organise en 5 chapitres majeurs:
I- Organisation fonctionnelle des procaryotes
II- Croissance microbienne et effet des antibiotiques 
III- Le métabolisme microbien
IV- Organisation fonctionnelle des levures et des champignons filamenteux
V- Les virus: structures et cycles infectieux
BIO2015P Renouvellement UE FTS Formation technique spécialisée 9 0 0 10 70 0 0 210 35 18 0 0 jacques.bodennec
BIO2016P Renouvellement UE SEE Stage en entreprise 15 0 0 0 0 0 34 210 35 18 0 0 jacques.bodennec amor.belmeguenaibelmeguenai
BIO2018L BIO2018L Renouvellement UE Physio Cell Physiologie cellulaire et Excitabilité 6 0 30 4.5 18 0 0 210 32 16 0 0 christophe.chouabe 66 100 0 0 0
UE recommandée " De la cellule à l'organisme "
Méthodologiques :
Acquisition et traitement de données biologiques Sensibilisation aux bonnes pratiques de laboratoire Acquisition informatique des données physiologiques

Techniques :
Micro-manipulation. Interprétation et mise en forme des résultats expérimentaux Bases de l'utilisation des petits matériels de laboratoire (pipettes automatiques, centrifugeuse, spectrophotomètre...)
L'objectif est de donner une bonne formation de base en physiologie générale par une approche intégrée de l'activité physique allant de l'activité cellulaire à la réponse de l'organisme. Enseignement magistral : Bases ioniques de l'excitabilité membranaire, répartition ionique dans les compartiments intra et extracellulaires. Transmission neuro-musculaire. Bases moléculaires de la contraction musculaire. Organisation motrice du système musculaire. Energétique de la contraction. Ajustements physiologiques à l'exercice. Amélioration de la performance et pathologies musculaires. Travaux pratiques et travaux dirigés : Perméabilité membranaire. Détermination expérimentale du compartiment extra-cellulaire. Simulation informatique des signaux électriques cellulaires. Etude d'une préparation nerf-muscle chez la grenouille.
BIO2020L BIO2020L Renouvellement UE PhyV Physiologie végétale 6 0 39 3 18 0 0 210 35 16 0 0 gilles.comte 67 70 66 30 0 0

Les principaux aspects de la physiologie des végétaux supérieurs.

 

1) Photosynthèse : Historique, méthodes de mesure, organismes photosynthétiques. Initiation à la photobiologie, pigments et membrane photosynthétiques. La phase photochimique : transferts électroniques, photophosphorylations, rendement. La phase thermochimique : mécanismes C3/C4/CAM, photorespiration, devenir des assimilats. Facteurs influençant la photosynthèse (lumière, CO2, température, O2, facteurs internes à la plante) et phénomènes adaptatifs (plantes héliophiles/sciaphiles, C3/C4/CAM, photoprotection…).

 

2) Croissance et développement : Aspects cellulaires et régulation du développement des végétaux: croissance, différenciation et morphogenèse. Les régulateurs de croissance, leurs effets et leurs modes d'action. Etude particulière de quelques processus développementaux contrôlés par l’environnement impliquant les phytohormones : contrôle photopériodique de la floraison, maturation et germination des graines, phototropisme, gravitropisme.

 

3) Nutrition hydro-minérale : Nutrition hydrique : Le métabolisme hydrique au niveau de la plante entière et au niveau cellulaire. Nutrition minérale: définition des besoins alimentaires des Végétaux, absorption des éléments minéraux, les transports d'ions dans la plante. Etude détaillée de la nutrition azotée : absorption et assimilation des nitrates et de l'ammonium, la fixation de l'azote atmosphérique et son rôle dans la nutrition des plantes.

 

4) Circulation des sèves chez les végétaux vasculaires.

BIO2020P BIO2020P Renouvellement UE DIV, Biothérapies Diagnostic in vitro et biothérapies 9 0 40 32 32 0 0 210 35 12 0 0 s.gobert-gosse 65 0 64 0 0 0
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de la biologie cellulaire et de la génétique pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche.
- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation

- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

- Développer une argumentation avec esprit critique.

Identifier les différentes étapes d’une démarche expérimentale.

Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l'échelle microscopique, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

Développer une argumentation avec esprit critique.

- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.


Compétences transversales: recherche documentaire et rédaction scientifique. 

 Formuler un raisonnement scientifique à l'oral ou à l'écrit.

 

Compétences acquises :

Méthodologiques :

  • Maitriser les notions théoriques et appliquées à la culture de cellules eucaryotes animales
  • Maîtriser les définitions multiples de cellules souches, de biothérapies et de biomatériaux
  • Connaître la technique de la qPCR
  • Connaître la technique de Cytométrie en Flux

 

Techniques :

  • Savoir mettre en œuvre un protocole expérimental
  • Savoir utiliser les cellules souches comme support d'expérimentation
  • Savoir réaliser une qPCR
  • Comprendre une analyse de cytométrie en Flux
  • Savoir mettre en œuvre un protocole expérimental
  • Réaliser un compte-rendu synthétique, clair et précis de ses activités de laboratoire.
  • Savoir tenir un cahier de laboratoire en respectant les règles des Bonnes Pratiques de Laboratoire
Module 1 : Diagnostics in vitro
  • Techniques en immunodiagnostic - Immunoanalyse
  • Analyses enzymatiques pour le diagnostic in vitro
  • Diagnostic moléculaire en oncologie
  • Diagnostic moléculaire des maladies rares - Séquençage NGS
  • Rôle du laboratoire de diagnostic - Dispositifs médicaux de diagnostic in vitro
  • Enjeux des études cliniques dans le diagnostic in vitro
TP "Analyses enzymatiques et immunoenzymatiques"
Module 2 : Biothérapies
  • Modèles de pathologies génétiques - Thérapies génique et cellulaire
  • Cellules souches
  • Cultures cellulaires
  • Cytométrie en flux : tri cellulaire par fluorescence
  • Sérothérapies
  • Anticorps monoclonaux - Immunothérapies des cancers
  • Biomatériaux
  • Nanomédecine - Nanoparticules pour la délivrance de principes actifs
TP "Culture cellulaire et tri cellulaire par cytométrie en flux"
BIO2023L BIO2023L Renouvellement UE Zoologie Zoologie 6 0 20.5 3 32 0 0 210 35 18 0 0 bernard.kaufmann 0 0 0 0
Méthodologiques :
- Gestion et résolution des problèmes simples dans les des sciences du vivant
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie - Gestion et résolution des problèmes simples dans les des sciences du vivant
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies  de biologie cellulaire, de génétique, de physiologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques
biologiques et physiologiques.


Techniques :
Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).
- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française
- Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder
 de génétique, de physiologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques
biologiques et physiologiques.
- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).
- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française
- Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder
- Gestion et résolution des problèmes simples dans les des sciences du vivant
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie cellulaire, de génétique, de physiologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques
biologiques et physiologiques.
- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).
- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française
- Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder

L’objectif de l’UE Zoologie est de donner aux étudiants, qu’ils se destinent à la recherche ou à la gestion de la biodiversité, les bases nécessaires de phylogénie, de biologie et d’identification morphologiques des principaux groupes animaux. La place des travaux pratiques est prépondérante, afin de permettre de développer les compétences (utilisation de clés d’identification, manipulation des animaux en collection) et les connaissances (morpho-anatomie, caractères des principaux groupes) en zoologie. La moitié des travaux pratiques et les trois-quarts des cours porteront sur les vertébrés, avec une place importante laissée aux mammifères et oiseaux, mais sans oublier les autres « reptiles », les amphibiens et l’ensemble des groupes rassemblés sous le terme aujourd’hui impropre de « poissons ». Les autres travaux pratiques et cours seront consacrés aux arthropodes (p.ex. insectes, arachnides, myriapodes, « crustacés »), qui constituent la majorité des espèces connues et occupent des fonctions écologiques majeures.

Les enseignements de cette UE offrent ainsi de nombreuses illustrations de l’importance de la phylogénie pour comprendre à la fois l’évolution et la biodiversité animale.

BIO2032L BIO2032L Renouvellement UE Microbiologie et société Microbiologie et société 6 0 30 10.5 6 0 0 210 35 18 0 0 anne.vianney 65 55 67 45 0 0
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, d'écologie, de physiologie, d'immunologie, de classification du vivant, et d'évolution pour traiter une problématique en microbiologie ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs
- Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet
- Communiquer à l'oral
L'objectif de cette UE est de présenter les différentes facettes du monde microbien en relation avec la société d’aujourd’hui ou de demain. En effet, les connaissances concernant les microorganismes sont déjà exploitées notamment dans l’industrie agroalimentaire ou la production pharmaceutique, et le seront encore pour la conception de nouvelles molécules thérapeutiques, la recherche de molécules valorisables, le développement durable, les politiques de santé publique etc…

Son contenu se veut accessible, sans formation pré-requise en Microbiologie, et interactif : les étudiants participeront à l’enseignement sous forme d’exposés dont la conception s’appuiera sur 2 séances de TP en salle informatique. Ces exposés seront présentés lors des séances de TD.

Les cours sont des présentations indépendantes les unes des autres sur des thèmes reliant les microorganismes et l'Homme, ils seront assurés par des intervenants spécialistes du domaine.

 Les sujets abordés peuvent être regroupés en 4 grands axes : "Alimentation-agriculture- industrie" / "Biotechnologie-recherche" / "Santé " / "Environnement-développement durable"

BIO2039L BIO2039L Renouvellement UE OMV Organisation du monde vivant 6 0 34 3 21 0 0 210 35 18 0 0 frederic.hervant frederic.thevenard 67 55 68 45 0 0

Compétences spécifiques :
- Reconnaissance et classification des organismes animaux (Vertébrés) et végétaux.

- Comprendre et connaître les structures morpho-anatomiques et le fonctionnement des organismes animaux (Vertébrés) et végétaux.

- Comprendre l'évolution des organismes animaux (Vertébrés) et végétaux.

Compétences transversales :
Techniques et outils de dissection et de dessin/schéma scientifique. Techniques d'observation des tissus et des organes.

1 – Histoire des classifications en biologie et transposition à la classe (en primaire et en secondaire) : cette partie, en lien avec le futur métier d’enseignant, comprend 1,5h de CM et 3h de TD.
 

2 - Partie « Biologie Animale » :

• Le cours de biologie animale débute par une révision des plans d’organisation des Métazoaires et de la phylogénie associée. Dans un deuxième temps, il aborde l’anatomie comparée et l’évolution des Vertébrés au travers des fonctions de protection (téguments), de soutien/mouvement (squelette et musculature), de circulation, d'excrétion, de reproduction et de relation (système nerveux).

• Les TP complètent le cours et l’illustrent (dissections et observations de lames microscopiques et de pièces squelettiques).

Responsables BOA : F. Hervant (CM) et E. Luquet (TP)  

3 - Partie « Biologie Végétale » :

 • Le cours, sous l’angle de la classification des végétaux (algues ou Phycophytes, « mousses » ou Bryophytes, Monilophytes et Lycophytes, Gymnospermes ou Pinophytes, et Angiospermes ou Magnoliophytes) traite de la caractérisation morpho-anatomique et histologique des appareils végétatifs et de leur évolution. Quand cela est réalisable (effectif < 36), nous travaillons en cours inversés.

• Les TP détaillent l'évolution de la structure morpho-histologique de l'appareil végétatif des organismes de la lignée verte en lien avec la conquête du milieu terrestre : (i) organisation des tissus conducteurs, (ii) comparaison des structures caulinaires, foliaires et racinaires, (iii) adaptations.

          
Responsables BOV : F. Thévenard (CM) et A.-K. Bittebière (TP) 

BIO2040L BIO2040L Renouvellement UE Reproduction et dévelop Reproduction et développement 6 0 30 4.5 25.5 0 0 210 35 18 0 0 sandrine.plenet 67 0 0 0 0

- Identifier et caractériser les objets biologiques à toutes échelles (de la molécule à l'écosystème) pour en analyser les rôles et fonctionnements

- Découvrir et utiliser les appareillages scientifiques de terrain et de laboratoire les plus courants dans le domaine des Sciences de la Vie et de la Terre- Mesurer et collecter des données de terrain

- Mener une démarche expérimentale : observer, formuler une problématique, Interpréter des données expérimentales et de terrain pour envisager leur modélisation, valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux, apprécier ses limites de validité

 

- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies des Sciences de la Vie (de la biologie, de la physiologie, et des sciences de la terre) pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche ou de présentation

- Mobiliser les concepts fondamentaux des Sciences de la Vie et de la Terre pour engager une réflexion épistémologique et didactique

 

- Identifier une problématique scientifique à partir de données d'observation, d'analyses, d'expérimentation et de modélisation

- Identifier les réglementations spécifiques en laboratoire et sur le terrain et mettre en œuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité

 

- Développer une argumentation avec esprit critique

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

- Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet


Reproduction et Développement animal (39,5h):    

1. Reproduction sexuée : Les cellules reproductrices, Fécondation, Sexualité

2. Reproduction uniparentale                                       

3. Grossesse, parturition, lactation, Implantation de l’embryon, annexes embryonnaires 

4. Maîtrise de la reproduction & risques liés à la reproduction

5. Embryologie descriptive de la grenouille, Spécification des axes et des feuillets - Morphogènes, Organogenèse des vertèbres, Déterminisme du sexe et différenciation sexuelle (mammifères)

6. Croissance et Développement post embryonnaire  

                                                                        .                                                                                                                                                                                       Reproduction et Développement végétal (20,5h) :  
        
1. Reproduction sexuée : variabilité des cycles de reproduction haplo-diplobiontiques, fécondation

2. La phase gamétophytique, la phase sporophytique                                                                       

3. De l'exoprothallie à l'endoprothallie

4. Gène de la floraison, fabrication des verticilles, régulation

BIO2041L BIO2041L Renouvellement UE Grds Fonctions Animales 1 Grandes Fonctions Animales 1 6 0 28.5 7.5 16 0 0 210 35 16 0 0 nathalie.mondy 0 0 0 0
aucun

- Comprendre et mettre en œuvre un protocole expérimental

- Faire une synthèse des connaissances acquises en cours et en TP pour analyser, exploiter et présenter des résultats à l’écrit.

L’objectif de cette UE est d’acquérir des connaissances sur la structure et le fonctionnement des systèmes respiratoires et cardiovasculaires chez les animaux. Une partie du cours sera consacrée à la fonction de respiration avec une présentation des différentes stratégies respiratoires que l’on retrouve chez les métazoaires en relation avec leur environnement aquatique ou terrestre (structures et fonctionnement des trachées, branchies et poumons). Dans une seconde partie un focus sera porté sur la physiologie de la respiration humaine (lois physiques des gaz ; anatomie fonctionnelle du système neuro-mécanique ventilatoire ; échanges gazeux, transport des gaz par le sang ; propriétés des pigments ; régulation de la respiration ….). Après une présentation de l’organisation du système cardiovasculaire chez les vertébrés, son fonctionnement (compartiments liquidiens et volume sanguin; cœur et volume d'éjection; contrôle du fonctionnement cardiaque; les vaisseaux sanguins) sera détaillé. Une attention particulière sera apportée à l’étude de la mécanique de l'écoulement du fluide sanguin dans les vaisseaux (pression sanguine, débit cardiaque et débits régionaux, résistances périphériques)

Les TD/TP ont pour objectifs d’approfondir les notions vues en cours. Ils traiteront 1) de la diversité des systèmes respiratoires (observations d’organismes, dissections et analyse de microphotographies électroniques), 2) des besoins énergétiques (mesures et contrôle de la ventilation), 3) de la régulation de la pression artérielle et 4) de la mesure et de l’analyse d’un ECG (électrocardiogramme).

BIO2042L BIO2042L Renouvellement UE Bio Cell et Génétique Biologie Cellulaire et Génétique 6 0 36 15 0 3 0 210 35 18 0 0 emilie.delaune s.gobert-gosse 65 0 0 0 0
Avoir suivi l'UE "Biochimie et Biologie Cellulaire" du parcours, ou un programme équivalent en biologie cellulaire
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de la biologie cellulaire et de la génétique pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche.

- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l'échelle microscopique, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation

- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

- Développer une argumentation avec esprit critique.

- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

- Utiliser les outils numériques de référence pour collaborer.

- Formuler un raisonnement scientifique à l'oral ou à l'écrit.

- Analyser ses actions (choix didactiques) en situation professionnelle d'enseignement.


Cours de Biologie Cellulaire (18 heures) :

L’objectif est de donner aux étudiants préparant les concours de l’enseignement des connaissances solides sur les voies de signalisation intracellulaires et les trois destins cellulaires que sont la prolifération, la différenciation et la mort cellulaire.

- Communication intercellulaire et voies de signalisation intracellulaires : Communications directes et indirectes, notion de récepteur, voie des RCPG, voie des facteurs de croissance.

- Le cycle cellulaire : les différentes étapes, les points de contrôle, les facteurs de la régulation du cycle (facteurs externes, contrôle endogène), les complexes cycline/cdk, les inhibiteurs des cdk, p53.

- La cancérisation : caractéristiques des cellules tumorales, oncogènes et oncoprotéines, mécanismes de l’oncogenèse.

- La différenciation cellulaire : notion de cellules souches, de facteurs de différenciation.

- L’apoptose : caractéristiques cellulaires, facteurs inducteur et inhibiteur, méthodes d’étude.

 

Cours de Génétique (18 heures) :

L¹objectif de cette partie de l¹UE est de revoir et d¹approfondir, en relation avec les programmes des concours de l’enseignement, les connaissances en génétique moléculaire et les outils moléculaires utilisés actuellement dans les laboratoires pour répondre à des questions biologique variées. Des notions de génétique des populations seront également abordées.

Seront traités dans cette partie de l'UE :

* L¹information génétique :

- Support (structure de l’ADN, du gène, des chromosomes),

- Conservation (réplication, réparation),

- Transmission (cycle cellulaire, mitose, méïose),

- Expression (transcription, traduction, devenir des protéines),

- Régulation et dérégulation (mutations),

* Génie génétique : clonage, PCR, hybridation, séquençage, transfert de gènes.

* Notions de fréquences alléliques et de polymorphisme. Transmission des gènes et leur variabilité dans les populations, équilibre de Hardy Weinberg.

A cet enseignement disciplinaire s’ajoutera un cours d’épistémologie.

 

Travaux dirigés de biologie cellulaire (9 heures) et de génétique (9 heures) :

Exercices d’application des différentes parties du cours. Problèmes conçus à partir d’articles scientifiques où l’étudiant doit analyser les résultats expérimentaux obtenus par les chercheurs, les analyser et en donner une interprétation.

Pour chaque discipline, un TD permettra de replacer les thématiques étudiées dans le cadre de l’enseignement en collège-lycée. 

BIO2045L BIO2045L Renouvellement UE Biologie du développement Biologie du développement 6 0 19.5 16.5 15 0 0 210 35 18 0 0 frederic.moret 65 100 0 0 0
Connaissances de bases sur
-  les composants moléculaires principaux de la cellule eucaryote ainsi que sur la structure de la cellule et ses compartiments.
- la structure des gènes eucaryotes, leur expression (transcription, maturation des ARN, traduction), la régulation de la transcription (promoteur, séquences régulatrices)
- les mécanismes de transmission de l'information génétique et des caractères héréditaires (réplication, méiose, fécondation, mitose, lois de mendel)
- les mutations et les relations simples entre génotype et phénotype
- le principe des techniques suivantes: la PCR, le clonage, l'immunomarquage, le western blot, la transgenèse
- les bases de la communication inter-cellulaire.
- les bases simples de l'anatomie d'un organisme vertébré (place du système nerveux, des muscles, système digestif, système cardio-vasculaire, système uro-génital)
- les grands embranchements animaux, l'Evolution
 

- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, d’immunologie, d’écologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus, microscopiques.

- Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.

- Prendre du recul face à une situation

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation

- Développer une argumentation avec esprit critique

- Identifier et choisir une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes).

- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.

- Identifier les réglementations spécifiques et mettre en oeuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité.

- Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.

- Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s'adapter et prendre des initiatives.

- Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.

- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

- Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder

Comprendre comment un organisme sophistiqué, composés de milliards de cellules assemblées en organes fonctionnels, peut émerger à partir d'une cellule unique, le zygote, est une des énigmes les plus fascinantes de la biologie. La biologie du développement est un domaine d'étude très actif, à l'interface de la biologie moléculaire et cellulaire, la génétique, la physiologie, l'imagerie.

L'étude du développement est aussi en enjeu majeur pour comprendre des pathologies aussi diverses que les malformations congénitales, les cancers, des déficits cognitifs et des maladies psychiatriques.

De plus, la maîtrise des mécanismes de développement ouvre aujourd'hui la perspective de reconstruire des tissus in vitro et de les greffer chez l'homme: ce sont les thérapies régénératives.

Enfin, la connaissance du développement a permis de résoudre des énigmes importantes sur l'Evolution des espèces. 

L'objectif de l'UE Biologie du développement est d'initier les étudiants aux processus qui construisent un embryon, aux techniques d'études des embryons, aux causes des maladies congénitales, et aux relations entre développement et évolution.

Cours:

1) Quelle est l'origine embryonnaire des principaux organes ? Comment la met-on en évidence ?

2) Comment sont spécifiés les axes embryonnaires ?

3) Comment est spécifié le mésoderme ?

4) Comment se construisent les muscles ?

5) Comment se construit le système nerveux ?

6) Comment est régionalisé l'embryon dans l'axe antéro-postérieur ?

7) Régénération naturelle et thérapie régénérative

8) Comment devenons-nous mâle ou femelle ?

9) La placentation

TD:

- analyse de documents extraits d'articles scientifiques

- présentation orale d'un article scientifique.

TP:

- Recherche des causes d'une malformation congénitale. Mise en œuvre d'une approche expérimentale in vivo pour tester une cause possible sur un modèle d'embryon.

- Démonstration de l'électroporation in ovo sur l'embryon de poulet

BIO2047L BIO2047L Renouvellement UE BDO Biologie et diversité des organismes 6 0 26.5 1.5 24 0 0 210 35 18 0 0 frederic.hervant 67 50 68 50 0 0
Compétences spécifiques :
Apprentissage des méthodes de reconnaissance et de classification des organismes animaux et végétaux. Analyse de la biodiversité.

Compétences transversales :
Techniques et outils de dissection et de dessin/schéma scientifique. Techniques d'observation des tissus et organes. Mobilisation des concepts transversaux de la biologie (biologie des organismes et diversité, biologie cellulaire, écologie...).

1 - Partie “ Biologie des Organismes Animaux ” : anatomie comparée et évolution des Vertébrés.

Cet enseignement aborde la dynamique évolutive des structures anatomiques chez les Vertébrés, au travers de l'étude des fonctions de protection (téguments), de circulation, de soutien et de mouvement (squelette et musculature), d'excrétion, de reproduction, et de relation (système nerveux). 
• Le cours veille à présenter les relations avec les autres enseignements de la Licence, tels que la Paléontologie et la Zoologie. Une partie introductive présentera l’organisation, la phylogénie et l’écologie des principaux groupes de Vertébrés.

• Les TP/TD constituent une illustration et un complément du cours, au travers de dissections et d'observations de lames microscopiques et de pièces squelettiques.


Responsables BOA : Frédéric HERVANT (CM) et Emilien LUQUET (TP).



2 - Partie “ Biologie des Organismes Végétaux ” évolution et expansion terrestre des plantes.

• Le cours présente les différents aspects de la reproduction sexuée dans la série végétale des algues (Phycophytes), des mousses (Bryophytes) et des plantes « supérieures » (Monilophytes, Lycophytes, Gymnospermes, Angiospermes). Il aborde les notions de cycle de reproduction, de fécondation et les relations sporophyte/gamétophyte. Les études comparées des cycles de reproduction sont mises en relation avec la conquête du milieu terrestre. La multiplication végétative est abordée.

• Les TP illustrent et détaillent les notions abordées en cours, au moyen d’observations et de dissections d’échantillons issus des différents groupes de la série végétale. L’accent est mis sur le comparatif évolutif de la reproduction sexuée et sur le lien avec la conquête terrestre.


Responsables BOV : Frédéric THEVENARD (CM) et Delphine Melayah (TP).

BIO2097M BIO2097M Renouvellement UE Affaires reglementaires Juridique et Réglementaire dans le Domaine du Vivant 3 0 15 9 0 0 0 210 35 18 0 0 patricia.doublet 65 50 87 50 p.doublet.dar@gmail.com 0 0
connaissances en biologie

Compétences transversales : compréhension des normes de la qualité et des brevets dans le domaine de la biologie

Cette UE est basée sur des exemples concrets de l’industrie et traite des problèmes de rédaction de brevets, des notions d’assurance qualité et traçabilité dans le secteur industriel lié aux sciences de la vie. Elle comprend une partie de cours (15 h) :
- introduction générale sur les brevets dans le domaine du vivant comme la microbiologie, génétique et autres
l’assurance Qualité/Traçabilité (qu'est-ce ?, les normes...)
- de la découverte au brevet sur un exemple de produit : analyse et détail des étapes avec les résultats intermédiaires explicités, la chronologie etc...
et une partie de travaux dirigés (9 h) qui consiste à ébaucher l'écriture d'un brevet à partir d'un article ad hoc. Par ce travail, les étudiants appréhenderont tout le processus intellectuel et réglementaire à mettre en œuvre pour l’écriture d’un brevet.

Plusieurs intervenants extérieurs compétents dans ces domaines (de l’INPI, des services juridique et qualité de la société Sanofi-Pasteur) interviennent dans cette UE.

BIO2098M BIO2098M Renouvellement UE Culture d'entreprise Culture d'entreprise 3 0 0 27 0 0 0 210 35 18 0 0 christophe.gilbert 65 50 87 50 0 0
Connaissances en biologie
Compétences transversales :
- connaissance du droit du travail
- connaissance des fonctions dans une entreprise
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral
- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.

Cette Unité d‘Enseignement est basée :
- sur un ensemble de conférences majoritairement assurées par des personnes du secteur industriel et du secteur tertiaire (Biomérieux, Boehringer Ingelheim, Sanofi-pasteur, AFSSA…)
- une partie droit du travail
- une partie communication orale : chaque année, des sujets d’actualité dans le domaine de l’infectiologie sont déterminés par l’équipe enseignante et proposés aux étudiants. Par groupe de 2 à 4, ils préparent une présentation orale de 45 minutes devant les autres étudiants sur le sujet choisi. Une aide dans la recherche bibliographique et dans l’élaboration de la présentation orale est apportée par l’équipe enseignante

Les pôles abordés lors des différentes conférences seront :

Spécifiques à la biologie :

  • faire le point sur les techniques de diagnostic des agents pathogènes, en particulier celles utilisées dans les services hospitaliers, labos d'analyse ou dans l'industrie
  • aspects Recherche et Développement dans le domaine des vaccins
  • aspects Recherche et Développement dans le domaine des anti-microbiens (stratégies adoptées, nouvelles molécules, etc…)

Généraux dans l’entreprise :

  • connaissance de l'entreprise dans son fonctionnement : organisation, fonctions, économie…
  • ressources humaines : gestion d'un groupe (équipe), gestion des conflits
BIO2107L+ Création UE Génétique 2B 6 0 25.5 27 3 0 0 210 35 18 0 0 chantal.diaz armelle.corpet 65 70 27 30 0 0
Génétique 1
Identifier les différents mécanismes épigénétiques impliqués dans l'écart aux lois de Mendel pour la transmission des caractères.
Maîtriser les concepts fondamentaux sur les mécanismes épigénétiques de régulation de l'expression des gènes et la transmission des marques épigénétiques.
Maîtriser les concepts fondamentaux de la génétique bactérienne à la base de l'évolution des espèces bactériennes dans un contexte environnemental et infectieux.
Connaître les forces évolutives à l’origine de la variation des fréquences des allèles dans une population. Maîtriser le modèle de Hardy Weinberg et ses conséquences.

Identifier les différentes étapes d'une démarche expérimentale.

Interpréter des données expérimentales avec un esprit critique.

Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire et cellulaire, de biochimie, de génétique, de microbiologie et d'évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Cette UE se situe dans le prolongement de l’UE génétique 1 et s’adresse aux étudiants des trois parcours Génétique/Biologie Cellulaire, Microbiologie et Physiologie.

L’ UE est composée de trois grandes parties :

 -Introduction à la génétique des populations et à la génétique quantitative  : les modèles de base de la transmission de l’information génétique des eucaryotes à l’échelle des populations, ainsi que de son évolution sont introduits. Les applications dans les domaines de la santé (épidémiologie des maladies génétiques, évolution des résistances), ainsi que les mécanismes génétiques de réponse des organismes aux variations de leur environnement (évolution, adaptation). Le déterminisme génétique et environnemental complexe des traits dits « quantitatifs » (tel que la taille) est présenté. Les concepts, outils et méthodes permettant de décomposer la variabilité de ces traits et sa transmission au fil des générations sont décrits.

-Génétique et, épigénétique : Dans une première partie du cours la génétique non mendélienne caractérisée par des écarts aux lois de Mendel est abordée : hérédité des organites, hérédité des gènes à effets maternels, symbiote, hérédité infectieuse. Les mécanismes de régulation de l’expression des gènes eucaryotes sont plus largement développés. Les mécanismes d’hérédité épigénétiques sont introduits à l’appui d’exemples : empreinte génomique parentale, inactivation du chromosome X.

-Génétique bactérienne : L'organisation structurale et fonctionnelle des génomes bactériens est décrite en mettant en évidence son impact sur la transmission et sur l'expression de l'information génétique chez les bactéries. Les mécanismes moléculaires de l’expression des génomes procaryotes (réplication, transcription et traduction) seront développés. Un focus sera fait également sur la plasticité des génomes bactériens et sur les mécanismes de transfert horizontaux de gènes et de transposition à l'origine de cette variabilité, le tout pour éclairer les mécanismes d'évolution des populations d’organismes haploïdes.


BIO2115bM+ Création UE PMI Plant-microorganism interactions 3 0 24 0 0 0 0 210 35 18 1 0 mathias.choquer 65 50 67 50 mathias.choquer@univ-lyon1.fr 0 0
Advanced knowledge in microbiology and basic knowledge in molecular and cellular biology, and in plant biology
 

*Development and integration of highly specialised knowledge (RNCP34151BC02)

- Mobilize highly specialized knowledge, some of which is at the forefront of knowledge in a field of work or study, as a basis for original thinking

- Develop a critical awareness of knowledge in a domain and / or at the interface of several domains

- Carry out a reflective and distanced analysis taking into account the stakes, the problems and the complexity of a request or a situation in order to propose adapted solutions.

A series of lectures are given by researchers exposing to the students the latest developments in their field of research work. These conferences cover the interactions between microorganisms (bacteria, fungi or oomycetes and their host plants. The molecular mechanisms of positive interactions (symbiosis, mutualism) or harmful interactions (pathogenicity) are detailed.
BIO2115M+ Création UE IMHA Interactions micro-organismes - hôte animal 3 0 24 0 0 0 0 210 35 18 0 0 frederic.laurent 65 50 67 50 frederic.laurent@univ-lyon1.fr 0 0
Connaissances de base en bactériologie, virologie et mycologie-parasitologie ainsi qu'en biologie cellulaire
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP34151BC02)
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale
- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines
- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées
L'UE comprend des conférences par des chercheurs du domaine visant à présenter les différents types d'interactions entre des pathogènes type (bactérie, virus, champignons, parasites) et leurs hôtes animaux, les méthodes permettant d'identifier, comprendre et appréhender ces interactions ainsi que les conséquences à court, moyen et long terme de ces interactions (et les adaptations qu'elle peuvent induire) à la fois sur le versant du pathogène mais aussi sur celui de l'hôte.
BIO2193M+ BIO2193M Création UE Advanced Genomics Functional and evolutionary genomics 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 marie.semon francois.roudier 64 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC02- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

RNCP34270BC02- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

RNCP34270BC02- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

RNCP34270BC02- Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC03- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

RNCP34270BC03- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

L’analyse des génomes révolutionne des pans entiers de la biologie, en permettant d’approcher de manière globale les mécanismes à l’origine de la diversité et de l’évolution des génomes, des processus développementaux, des phénotypes, des populations et des espèces.

Cette UE a pour objectif de donner aux étudiants un panorama actuel de la recherche en génomique. Elle fait intervenir des spécialistes français et étrangers de réputation internationale dans le domaine de l’analyse des génomes, qui interagiront fortement avec les étudiants lors de conférences et tables rondes. Une grande partie des conférenciers provient d’institutions étrangères, et l’UE est ouverte, dans la limite des places disponibles, aux étudiants d’autres masters, en particulier étrangers.

Les thèmes couverts incluent les méthodes d’analyse des génomes, les mécanismes responsables de l’évolution des génomes procaryotes et eucaryotes, la phylogénomique, la reconstruction de génomes ancestraux, la métagénomique, la paléogénomique, la génomique des populations, la génomique personnelle et médicale, la génomique des adaptations, l’épigénomique, la génomique fonctionnelle. Les étudiants seront aussi confrontés dans les grandes lignes aux modèles mathématiques en génomique comparée, et devront être critiques sur les modélisations et leurs résultats.

BIO2204M+ BIO2204M Création UE Stage M2 Recherche en laboratoire 24 0 0 60 0 0 20 210 35 18 1 0 chloe.journo marie.semon 0 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC01 - Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

 

RNCP34270BC02 - Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

RNCP34270BC02 - Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

RNCP34270BC02 - Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

RNCP34270BC02 - Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux

RNCP34270BC02 - Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC03 - Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

 

RNCP34270BC03 - Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

 

RNCP34270BC04 - Gérer des contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles

RNCP34270BC04 - Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe

RNCP34270BC04 - Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

RNCP34270BC04 - Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale

Les étudiant·e·s connaîtront leur seconde immersion, d’environ 5 mois, dans un laboratoire de recherche. Il est attendu qu’ils mènent, sous la direction de leur encadrant·e, un projet de recherche dans une relative autonomie. Ils seront capables d’en maîtriser le contexte général, grâce à une recherche bibliographique réalisée avant le stage. Ils pourront en défendre les choix méthodologiques, auxquels idéalement ils auront participé. Ils sauront présenter les résultats de manière structurée, en sélectionnant les aspects du projet les plus appropriés. Ils sauront discuter leurs résultats avant de dégager des perspectives à plus long terme de leur travail.

Thèmes couverts :

- Projet expérimental construit de la conception à la réalisation, maîtrise de la méthodologie pratique adaptée.

- Bonne maîtrise du contexte bibliographique du sujet de stage, avec une synthèse succincte dans l’introduction du rapport et de l’oral de stage.

- Réflexion pour confronter les résultats à des modèles établis et connus.

- Écriture d’un rapport sous forme d’article scientifique accessible à un public large de biologistes.

- Oral de stage sous forme d’une présentation courte, en anglais, suivie de questions.

- Travail possible dans un contexte international.

BIO2224M BIO2224M Renouvellement UE Statistique bayés.& appl Statistique bayésienne et applications 3 0 14 16 0 0 0 210 35 18 0 0 fabien.subtil marie-laure.delignettemuller@vetagro-sup.fr 0 0 0 0
Solides bases en statistiques et en programmation R (lois de probabilités de base, appel de fonctions, boucles for, manipulation de vecteurs, matrices et data.frame).

Objectif :

Initier les étudiants à l’inférence bayésienne, ainsi qu’aux outils techniques nécessaires à son implémentation. A l’issue de ce module, l’étudiant sera capable de comprendre et d’expliciter les différences entre l’inférence bayésienne et l’inférence fréquentiste, ainsi que les forces et limites de chacune, d'interpréter l’estimation des paramètres d’un modèle dans un cadre bayésien et de valider ce modèle.

Programme :

Théorie de l’inférence bayésienne :

  • Principe de l’inférence bayésienne
  • Méthode de l’inférence bayésienne : solution explicite, algorithmes MCMC (Metropolis-Hastings et Gibbs sampling)
  • Choix des lois à priori
  • Estimation des paramètres d’un modèle
  • Validation et comparaison de modèles

Chacune des parties sera illustrée par des applications concrètes.

Mise en œuvre avec les outils de type « BUGS » :

  • Formalisation d’un modèle sous la forme d’un graphe acrylique dirigé
  • Introduction aux outils de type « BUGS » 
  • Prise en main du logiciel JAGS à partir d’exemples simples
BIO2233M+ Création UE Immunotherapy Immunotherapy 3 0 18 6 0 0 0 210 35 18 1 0 karene.mahtouk 65 100 0 0 0
Connaissances en biologie cellulaire, biologie moléculaire, génétique et immunologie
  • To understand how the main immunotherapy strategies work
  • To understand the rationale for the use of immunotherapy in the clinic
  • To know the main indications and strategies for the use of immunotherapy
  • To understand the interest and challenges of immunotherapy
  • To analyze the advantages and drawbacks of the different immunotherapy approaches
  • To apply basic knowledge to the analysis of research articles related to immunotherapy
  • To present experimental results in a comprehensive form
Immunotherapy is the manipulation of the immune system to fight some diseases. This booming approach has revolutionized the treatment of many pathologies, in particular by opening the way to precision medicine. Immunotherapy is an exclusive course in the I3 program, which aims to train students in immunotherapy in the context of immunopathologies (infectious, inflammatory, autoimmune and environmental diseases) and cancer. It is complementary to another exclusive course of the 3I program, Translationnal Research in Immunopathology, which deals with physiopathology and diagnosis. This course will provide the student with an in-depth knowledge of the immunotherapeutic approaches currently being developed will enable him/her to understand the problems and issues related to immunotherapy in different pathological contexts. Built in a translational perspective at the interface between basic and clinical research, the Immunotherapy course is intended for scientific and medical students.
BIO2258M BIO2258M Renouvellement UE Biostat/Bioinfo Biostatistiques/Bioinformatique 3 0 6 0 24 0 0 210 35 18 0 0 cristina.heddi 67 100 0 0 0
Connaissances de bases en statistiques et en biologie.
Compétences techniques
  • Autonomie et capacité de critique des outils statistiques et bioinformatiques de traitement de données biologiques
  • Connaissance des  potentialités et limitations de ces outils.
  • Apprentissage à des analyses de phylogénie moléculaire, l'analyse de données de transcriptome


Compétences  méthodologiques

  • Statistiques: Formulation de questions biologique sous forme d'hypothèses statistiques, Identification des variables, des tests, Etablissement de plans expérimentaux en fonction du type d'analyse statistiques
  •  Bioinfomatique : Extraction d'informations de banques de données biologiques, Recherche, annotations et alignements  de séquences biologiques, outils simples d'analyse de transcriptome et analyse différentielle
Le programme comprend :
  • 6 h de CM ou sont abordés ces principaux outils
  • 24 h de TP axés sur la recherche d'homologies de séquences (blats) d'analyses, la construction d'arbres phylogéniques, l'analyse de données de transcriptome et différentiel d'expression, la mise en situations de plans d'expériences statistiques.
BIO2260M BIO2260M Renouvellement UE Anglais scientifique Anglais scientifique 3 0 0 30 0 0 0 210 24 18 0 0 edmund.derrington 65 100 0 0 0

Inscription au M2 Bio. Mol. & Cellulaire, M2 Biologie de la Peau ou M2 Infectiologie fond.


Maîtrise de la présentation orale de la recherche scientifique, de l'argumentation scientifique et de son propre parcours en anglais.

Appréciation critique de la recherche scientifique présentée oralement en anglais.

La rédaction de textes scientifiques courts (résumés) en anglais et en particulier l'évitement de complications en grammaire et en syntaxe, au profit de solutions claire, non ambigues et concises.


Presque tous les étudiants en M2 ont au moins quelques années d'études de la langue anglaise. Dans cette UE, les étudiants sont encouragés à utiliser le niveau d'anglais dont ils disposent pour faire des présentations orales sur divers sujets scientifiques. Ils doivent présenter des thèmes variés : se présenter eux-mêmes, présenter leur recherche à un public d'experts ou non-experts (vulgarisation), ou à un public qui peut être réticent à leur point de vue (argumentation). Le recours à des jeux de rôles, à une pédagogie positive et constructive et l’instauration d'une atmosphère conviviale, souvent ludique, permet aux étudiants de faire de grands progrès.

Les étudiants sont évalués en contrôle continu à l’oral sur la base de leur participation, leur présentation, leur progression. A l’écrit, ils doivent rédiger un résumé (abstract) en anglais. L’examen terminal est une présentation orale de recherche.


BIO2261M BIO2261M Renouvellement UE Immunology and Cancer Immunology and Cancer 3 0 15 4.5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Advanced knowledge of current concepts of fundamental immunology at least 12 ects.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques 

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.
Scientific animation, oral presentation, scientifc collaborative digital skills: team workshop, wiki contribution, scientific speed reading.

(S) Learning outcomes:
 How to analyse, understand and manipulate interactions between tumor cells and the  immune system to overcome the cancer progression.

Using the knowledge of the students in immunology, immunopathology and infectiology, this unit is developing the concepts issued from fundamental research and leading to clinical and pharmaceutical applications in cancerology.

1.Overview of the multi-hits multi-steps and immunoediting in cancerogenesis.
2. Interactions between malignant tumors and the immune system: cancer immunogenicity, immune activation versus suppression by tumor environment
3. Mechanisms of pathogen-induced oncogenesis
4. Cancers of the immune system and consequences
5. Preventive and therapeutic anti-tumor vaccinology
6. Protection of immune-suppressed patients against secondary oncogenesis

Speakers:
Teaching Staff Immunology, oncology from University Claude Bernard Lyon 1.
Conferences concerning new research development in onco-immunology will be organized. Speakers will be invited based on their excellence. Participation of the CNRS-CRCL Associated Partner.

BIO2267M BIO2267M Renouvellement UE Biosecurité Biosécurité et formation prévention des risques biologiques 3 0 6 0 24 0 0 210 35 16 0 0 michele.ottmann 65 50 87 50 0 0
Bonnes connaissances en biologie et techniques de bases associées.
Bonnes pratiques de laboratoire.
  • Respect des bonnes pratiques de laboratoire et des procédures d'entrée et de sortie d'un échantillon, d'un laboratoire confiné.
  • Elaboration de plans d'expérience incluant la biosécurité
  • Organisation de plans de travail sous Poste de Sécurité Microbiologique pour garantir la sécurité biologique et la validité des résultats.
  • Analyse des risques en laboratoire confiné.
  • Savoir chercher les documentions sur les aspects réglementaires concernant les niveaux de confinements, la classification des pathogènes, les OGM, les MOT, le transport de matières infectieuses.
  • Remplir un dossier OGM du HCB (tableau hote-vecteur-insert)
  • Analyser les pratiques par rapport aux risques biologiques
La partie théorique de l'UE Biosécurité comprend 6h de cours sur la classification des agents pathogènes humains animaux et plantes, les niveaux de confinements correspondant, les bonnes pratiques de laboratoire, ainsi que les aspects réglementaires francais en  termes de :
- Confinements
- Gestion des Micro-organismes et Toxines (MOT)
- Gestion des Organismes Génétiquement Modifiés (OGM),
- d'Agrément de Transfert de Matériel (MTA),
- Règles pour le transport des pathogènes,
- Formation et habilitation des personnels.

La partie pratique comprend 24 h de TP en laboratoire L2-L3 et consiste à intégrer le mode opératoire d'entrée, de sortie et de travail sous Poste de Sécurité Microbiologique en laboratoire de confinement de niveau 3 avec pour mise en application un titrage viral.

Les aspects réglementaires sont abordés avec un travail de recherche documentaire individuel sur un pathogène MOT de niveau 3 ou 4 ou sur un autre pathogène avec une simulation de création d'OGM, ainsi que sur un EPI ou équivalent, le tout concrétisé par une présentation orale.
BIO2270M BIO2270M Renouvellement UE Advanced Virology Advanced Virology 3 0 18 0 0 0 0 210 35 18 1 0 viktor.volchkov 65 100 0 0 0
Connaissances de base en virologie et immunologie.
Compétences spécifiques : 
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés en virologie, comme base d’une pensée originale 
- Développer une conscience critique des savoirs en virologie et dans la relation hôtes/pathogènes

Cette UE sera organisée sous forme 8-10 conférences de 3h30 sous la forme suivantes :
~ 1 h de rappels et d’introduction portant sur la biologie du virus présenté lors de la conférence,
~ 1h30 de conférences réalisées en anglais par un conférencier reconnu au niveau international et
~ 30 min de questions.

Les conférences porteront sur des sujets de pointe et d’actualité en virologie. Ces sujets d’actualité pourront cibler, par exemple :  les virus émergents et ré-émergents (ex. virus Ebola, Lassa), les zoonoses (ex ; grippe aviaire et grippe pandémique), les franchissements de la barrière d’espèce (ex. Co-SARS), les virus à l’origine de problèmes majeurs de santé publique (ex. HIV et SIDA, HCV et hépatites), virus à l’origine de cancers viro-induits (ex. papillomavirus et cancer du col de l’utérus), ainsi que sur des sujets fondamentaux en virologie : entrée du virus, physiopathologie, mutants de résistance ou encore les outils de diagnostic en développement (puces pan-virales, puces de re-séquençage, séquençage à haut débit, détection multi-syndromique en multiplex…)

BIO2271M BIO2271M Renouvellement UE Bactériologie-Parasito. Bactériologie-Parasitologie 3 0 18 0 0 0 0 210 35 18 0 0 anne.vianney 65 100 0 0 0
Connaissances de base en Bactériologie (génétique, physiologie...) et immunologie.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation
- Communiquer à l'oral
 
Cette UE présente différentes facettes de la recherche dans le domaine de la bactériologie et de la parasitologie. Elle fait appel à des chercheurs spécialistes, choisis pour avoir des angles d’approche variés et complémentaires, c’est-à-dire des médecins, chercheurs CNRS/INSERM, vétérinaires, avec des approches pour l’essentiel moléculaires et cellulaires, mais en lien avec des problématiques d’évolution, de structures des molécules, d’épidémiologie, ou encore de thérapeutique.

Elle est organisée sous forme de 9 créneaux de 2 h correspondants à des conférences données par les spécialistes (1h), introduites chacune par des présentations par les étudiants (15 mn) (du pathogène d’intérêt ou du thème de recherche du conférencier). La présentation des étudiants est évaluée, et sert de support, avec la conférence, de discussions avec l’intervenant.

BIO2283M BIO2283M Renouvellement UE Stage M2 RAPC Stage en milieu professionnel 30 0 8 12 0 0 0 210 35 18 0 0 christine.berthier anne.morales-montaro 0 0 0 0
Mise en application professionnelle des concepts, connaissances et compétences acquis par l’étudiant

Le stage s'articule autour d'un projet défini conjointement par l'établissement d'accueil, l'étudiant et l'équipe pédagogique et permet la mise en application des concepts, connaissances et compétences acquis par l’étudiant dans le cadre d’une mission confiée par une structure d’accueil.

De nombreuses structures des secteurs public ou privé évoluant dans les domaines de la recherche et développement et de l'innovation thérapeutique sont des partenaires réguliers de la formation pour accueillir des étudiants en stage.

Grâce à des échanges réguliers, un enseignement tutoré et au travail conjoint avec le CFA, l’UE prépare et encadre les étudiants pour faciliter leur insertion professionnelle : analyse des métiers et des compétences, rencontre de professionnels, mise en relation avec les anciens diplômés grâce au réseau professionnel (réseau d’anciens via Linkedin), préparation aux candidatures et aux entretiens.

Le stage peut se faire en France ou à l’étranger et peut se décliner  de 2 façons différentes selon le choix de l'étudiant :

1- Stage en milieu professionnel (20 à 24 semaines)

Le stage en entreprise a lieu dès Février en immersion dans une des entreprises d'accueil.

2- Stage en milieu professionnel en alternance

Le contrat d’alternance permet de commencer le stage dès le premier semestre, ce qui permet à l’entreprise de proposer un projet sur une durée d’un an. L’étudiant bénéficie d'un stage en immersion professionnelle tout en étant salarié de l’entreprise.
Les avantages pour l'entreprise sont de dispenser une formation spécifique, de participer à la construction des formations, de gérer des besoins en compétences et de bénéficier d'incitations financières (financement par le biais de son OPCA pour l'accord de financement de la formation).  L'alternance est gérée par le CFA du LEEM : https://www.leem-apprentissage.org/formation/developpement-production/master-2-biologie-intgrative-et-physiologie

Le stage est jalonné de plusieurs évènements :

 - rapport bibliographique : l’étudiant rédige un rapport bibliographique permettant de faire le point sur son sujet en début de projet.

- bilan intermédiaire, après les premiers mois de stage, afin d’exposer les objectifs du stage et les missions confiées, les acteurs et services impliqués, les contraintes imposées et les difficultés éventuellement rencontrées.

- mémoire écrit (20 à 25 pages), soumis aux membres du jury après validation du tuteur entreprise.

- soutenance orale devant les membres du jury.

BIO2354M+ Création UE Semestre autre Univ. Semestre dans une autre Université 30 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.davoust-nat christophe.trehin
BIO2355M+ Création UE Stats Statistics 3 0 18 0 9 0 0 210 35 18 1 0 philippe.boulinguez marion.richard 69 0 0 0 0
Fundamentals of elementary statistics (descriptive toolsprobabilities, estimations, confidence intervals, 1 factor ANOVA, regression, corrélation) 
Open source R software. 
  • Understandingchoosing and applying appropriate statistical tests as a function of the design, goal and constraints of the study. 

  • Designing a study as a function of the statistical constraints. 

  • Developing programming skills in an open source environment to implement advanced statistical tests. 

  • Non parametric tests,  

  • ANOVA (>2 factors),  

  • Multiple regressions (linearlogistic, mixed),  

  • PCA/CFA,  

  • Classification,  

  • Survival analyses.  

Practical sessions deal with real neuroscientific data. 

BIO2356M+ Création UE Project Project Management 6 0 12 24 24 0 0 210 35 18 1 0 philippe.boulinguez anne.didier 69 0 0 0 0
  • Literature search 

  • Fundamentals of the scientific approach (epistémologymethods and experimental designs, statistics) 

Applying project management principles in the field of basic science (fundamental and clinical neuroscience) and industry (research & development). 
  • Tools for project buildup (needs, goals, constraints, obstacles...) and planification (contents, delays, budget, resources...) 

  • Project management (workflow organisation, committees, communication, valorisation, amendments…). 

BIO2357M BIO2357M Renouvellement UE NeuroConferences NeuroConferences 6 0 30 6 0 0 0 210 35 18 1 0 marion.richard 69 100 0 0 0

-        Knowledge of the anatomo-functional organization of the nervous system.

-        Knowledge of the concepts and investigation tools of integrative neurosciences.

Transversales

-        Know how to chair a scientific discussion

 
 Specific

-        Know how to critically analyze a hot question in integrative Neurosciences in animal models, human and no-human primates, in an integrated and deepened perspective

-        Know how to solve problems, to develop new knowledge and new procedures in the topic of integrative neurosciences

-        Know how to bring innovative contributions within specialized scientific discussions and in an international context.

Students practice scientific reasoning and critical analysis in the field of integrative neurosciences on various topics linking neuronal network activity to behavior. Topics are renewed each year. The teaching unit is organized as conference series given by national and international experts presenting different levels of analysis covered by integrative neurosciences. A special emphasis is given to cutting-edge methodologies in integrative neurosciences. Students are involved in the conference organization and extensive time is dedicated to discussions between the students and the speakers, aiming to develop in-depth scientific reasoning and networking.
BIO2358M BIO2358M Renouvellement UE Neurobio Molecular and cellular neurosciences 6 0 30 6 0 0 0 210 35 18 1 0 marion.richard 69 80 65 20 0 0

-        Knowledge of the anatomo-functional organization of the nervous system at the molecular and cellular levels.

-        Knowledge of the concepts and investigation tools of neurobiology and neurophysiology used to study (identify and manipulate) the cellular and molecular mechanisms underlying neuronal activity, neuronal differentiation and the development of neural networks, synaptic communication and its plasticity, neuron-glia interactions.

Transversales

-        Know how to chair a scientific discussion

-        Know how to bring innovative contributions within specialized scientific discussions and in an international context.

 

 

Specifiques

-        Know how to critically analyze a hot question in cellular and molecular Neurosciences, in an integrated and deepened perspective

-        Know how to solve problems, to develop new knowledge and new procedures in the topic of cellular and molecular neurosciences

 

Students practice scientific reasoning and critical analysis in the field of molecular and cellular neurosciences, on the topics of brain development and synaptic function, that are investigated both in physiological and pathological contexts.

The teaching unit is organized as conference series given by national and international experts studying the modifications of the brain’s structure and function at the cellular and sub-cellular levels, during brain development, brain plasticity and brain repair. A special emphasis is given to neuron-glia communication and cutting-edge methodologies in neurobiology. Students are involved in the conference organization, notably by introducing the speakers and chairing the discussion. Extensive time is dedicated to discussions between the students and the speakers, aiming to develop in-depth scientific reasoning and networking.
BIO2358M+ Création UE Advanced Clinical Advanced clinical neurosciences 3 0 15 3 0 0 0 210 35 18 1 0 irene.cristofori frederic.haesebaert 69 100 0 0 0
  • Knowledge of the main pathologies associated with brain disorders 

  • Knowledge of the concepts and investigation tools used in clinical neurosciences 

Transversales 

  • Know how to organize a scientific conference and lead a debate discussion  

  • Know how to bring innovative contributions within the framework of high-level exchanges and in international contexts 

 

Specific 

  • Know how to analyze in a critical, in-depth and integrated manner a key question in clinical neurosciences 

  • Know how to solve problemsto develop new knowledge and new procedures in the field of clinical neurosciences 

  • Know how to bring innovative contributions within the framework of high-level exchanges and in international contexts 

Students practice scientific reasoning and critical analysis in the field of clinical neurosciences on various topics. Topics are renewed each year. The teaching unit is organized as conference series given by national and international experts presenting different levels of analysis covered by clinical neurosciencesA special emphasis is given to cutting-edge methodologies used to study the neural underpinning of brain pathologies and dysfunctions. Students are involved in the conference organization and extensive time is dedicated to discussions between the students and the speakers, aiming to develop in-depth scientific reasoning and networking.  
BIO2359M BIO2359M Renouvellement UE Cognition Neural basis of cognition 6 0 30 6 0 0 0 210 35 18 0 0 irene.cristofori 69 0 0 0 0
  • Knowledge of the anatomo-functional organization of the nervous system. 

  • Knowledge of the concepts and investigation tools of cognitive neurosciences. 

Transversales 

  • Know how to organize a scientific conference and lead a debate discussion  

  • Know how to bring innovative contributions within the framework of high-level exchanges and in international contexts 

 

Specific 

  • Know how to analyze in a critical, in-depth and integrated manner a key question in cognitive neuroscience (human and no-human primates)  

  • Know how to solve problemsto develop new knowledge and new procedures in the field of cognitive neurosciences 

Students practice scientific reasoning and critical analysis in the field of cognitive neurosciences on various topics such as brain plasticity, decision-making, social interactions in human and non-human primates. Topics are renewed each year. The teaching unit is organized as conference series given by national and international experts presenting different levels of analysis covered by cognitive neuroscienceA special emphasis is given to cutting-edge methodologies used to study the neural underpinning of cognition. Students are involved in the conference organization and extensive time is dedicated to discussions between the students and the speakers, aiming to develop in-depth scientific reasoning and networking.  
BIO2360M BIO2360M Renouvellement UE Neuro-immuno, A2I Neuro-immunology: autoimmunity, infection and inflammation 3 0 15 3 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat romain.marignier 65 100 0 0 0

Prerequisites: Basic knowledge of immunology at least 6 ects and basic knowledge of neurology at least 6 ects (flipped classroom available).

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: The student gains theoretical and practical insights in inflammatory, infectious and/or autoimmune neuro-immunological disorders with an emphasis on pathogenesis and research development for diagnosis and treatments.

- Neuro-immunology knowledge: the student can describe neuro-infections, immune-mediated neuropathies, neuro-inflammations, has insights in the epidemiology of these diseases, can interpret measures to diagnose or correct these diseases, explain how biological mechanisms cause these diseases and acquire a comprehensive overview of the field.

- Future: the student can discuss recent scientific advances in autoimmunity, infection and inflammation of the central nervous system, analyse and understand the manipulations of various animal models inthis context.

- Practical skills: the student can develop his English proficiency, speed-reading capacities, listening, writing and oral presenting skills, and interactivity in scientific questioning.

Contacts : Romain MARIGNIER, Christine DELPRAT
email : romain.marignier@chu-lyon.fr , email : christine.delprat@univ-lyon1.fr

Program: this teaching unit, in English, builds on students' basic neurology and immunology knowledge to develop fundamental research concepts in neuro-immunology that have applications in clinical and pharmaceutical research in the field of neuro-inflammatory, neuro-degenerative and neuro-infectious diseases. The topics will be:

1) Cellular and molecular biology of the central nervous system immune responses; definitions of neuro-inflammatory, neurodegenerative and neuro-infectious diseases

2) Immuno-pathological mechanisms, animal models and therapeutic strategies in:

- autoimmune neuro-inflammatory pathologies: multiple sclerosis and related pathologies, myasthenia and pathologies of the neuromuscular junction, dysimmune neuropathies
- neurodegenerative diseases with an inflammatory component: Alzheimer, prion diseases, narcolepsy
- the "emerging fields": the contribution of the immune system in Parkinson's disease, stroke, epilepsy

 3) The contribution of the immune system to infectious encephalitis

Speakers:

Pedagogical team of immunology and neurology of the University of Lyon, UFR Biosciences, Faculty of Medicine of Lyon East and South. Conferences on news items will be organized. The speakers will be invited on the basis of their notoriety.

BIO2360M+ 0 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0
BIO2362M BIO2362M Renouvellement UE Neuro lab internship Neurosciences Laboratory Internship 30 0 0 5 0 0 24 210 35 18 1 0 marion.richard 69 100 0 0 0

-        Extended experimental practice in Neurosciences laboratory

-        Scientific report writing

-        Oral communication of a scientific project

-        Bibliographic research and analysis

The second semester of the M2 NFC is fully dedicated to an internship (5 to 6 months) in a Neuroscience research laboratory. The students develop a new neuroscientific project or participate to ongoing projects, acquire data and perform data analyses. Students can do their internship in Lyon or abroad. The writing-up of the internship report and the subsequent oral defense enable the training of bibliographic search and synthesis writing, as well as key scientific communication skills. The internship is also an excellent opportunity to start making professional contact with the neurosciences research network.

BIO2363M2+ Création UE Psychophy Psychophysiology of perception 6 0 30 25 5 0 0 210 35 18 1 0 irene.cristofori anne.didier 69 80 16 20 0 0

- Knowledge of sensory systems (vision, taste, olfaction, hearing, balance, somesthesia)

- Knowledge of the operating principles of sensory methods (detection threshold, recognition threshold, differential)

-Transversal

- Adopt a transversal approach in the design of experimental protocols in neuroscience (molecular, cellularintegrative, cognitive, and/or ethology), by integrating differentapproaches
- Carry out a scientific study, with a view to an evaluation, a development, design, application, or in order to test or develop a model.
- Formulate working hypotheses, develop protocols,recommend methodological choices, analyze experimental data and produce representative diagrams of observed phenomena

- develop a critical awareness of knowledge in the field

- Solve problems to develop new new knowledge and new procedures

Specific

Mobilize knowledge highly specialized knowledge, at the the forefront of knowledge in the field, as the

basis of an original original thought

- search for information in the appropriate databases

- reformulate an industrial application question into a neuroscientific problem

- master the physiological measurement tools of perception and emotions (eyetracking, EEG, RED, ECG...)

 

The first objective is to consolidate knowledge about the neurobiological bases of sensory processing and cognitive mechanisms underlying perception. The second objective is to train students in the use of measurement and quantification tools essential to neurosensory and perceptual analysis.

 - Senses and Perception (Sensory/perceptual dissociation; Vision; Olfaction; Hearing; Touch; Taste and Flavor; Somesthesia and sensorimotor control; Sensory integration and intermodal interactions; Conscious and non-conscious perception)

- Memory and perception (Role of memory in perceptual construction; encoding, recall and recognition)

- Emotion and perception (Neural bases of emotion, neuromediators and structures; Human ethology and social emotions, social cognition)

 The following measures will be covered:

 Measurement of physiological responses

- High temporal resolution measurements: (EEG, MEG)

- High spatial resolution measurements: (PET, fMRI)

- PNS measurements: (respiration, RED, EKG, temperature)

-Measures of motor activations: (EMG, kinematics)

 Measurement of behavioral responses

- Chronometry (reaction time)

- Sensory psychophysics (taste and smell thresholds, psychoacoustics)

- Psychophysics of emotions (influence of emotion on perception)

- Psychophysics of consciousness (influence of subliminal stimuli on perception)          

 Methods of analysis of spontaneous behavior

- Observation of spontaneous behavior and tools for the analysis of this behavior (time sequences)

 In connection with the theoretical courses, practical work will propose an initiation to the techniques of control and measurement of stimuli, but also to the recording of physiological and behavioral responses to these stimuli

BIO2363M3+ Création UE Data Data Processing 3 0 15 10 5 0 0 210 35 18 1 0 anne.didier irene.cristofori 69 0 0 0 0

Transversal

Choose, justify and apply the appropriate statistical analysis

Data formatting

Data reporting

Managing professional contexts and complex studies

 

Specific

Master the main statistical tools used in the field

Analyze mutidimenstional data sets

Specific statistical issues and softwares for sensory & perception data

Practical sessions on sets of data from different types of experiments (sensory profiles, consumer studies, …)

BIO2364M BIO2364M Renouvellement UE Sensory Analysis Sensory Analysis and consumer studies 6 0 30 25 5 0 0 210 35 18 1 0 irene.cristofori anne.didier 0 0 0 0

Basic knowledge in sensory neurosciences

Transversal

-solve problems to develop new knowledge and new procedures and integrate knowledge from different fields

-make contributions in the context of high-level exchanges, in international contexts

--Search, interpret and synthetize the litterature

Search and choose the appropriate methodology

 

Specific

-sensory analysis know-how (the various available tools and their applications)

-propose appropriate hypothesis and experiments to solve a scientific question

Sensory analysis

After a quick overview of the different existing discriminative and descriptive techniques, the teaching will focus on the sensory profiling technique, the set-up and training of a panel of experts and collection, analyzes and interpretation of the results.

Quantitative consumer research

The objective and principle and interpretation of product testing

Recruitment of consumers, uses of response scales and statistical processing of results

Qualitative consumer research

The main qualitative methods will be covered (objectives, principle, method, processing): focus groups, individual interviews and in situ observations.

During the practical work (supervised by professionals), students will be conducting a study on product areas. They will generate a sensory profile, a consumer survey, a preference mapping and qualitative surveys.

BIO2365M BIO2365M Renouvellement UE Business App Business Applications 3 0 15 10 5 0 0 210 35 18 0 0 anne.didier irene.cristofori 0 0 0 0

Transversal

Corporate knowledge: company operations, project management and areas of expertise required, knowledge of the regulations and specific rules (ethics, confidentiality, patents...).

Creation of a company

Personal knowledge: refine the professional trajectory, networking

Specific

Knowledges applied to the field of sensory evaluation and perception

 

-The main functions of the company, the missions of each department; The functions of a sensory analysis project leader.  External contributors are responsible for illustrating the aims, methods and constraints of their work in companies by presenting typical missions and projects in various domains: Cosmetics; Food; Environment; Transport, Automobile; Textile and clothing, sports…

-Regulations, confidentiality, patents; Ethics, CPP, Test protocols; Regulations in cosmetics; Quality Safety, AFNOR standards, ISO 2000.

-Writing a professional book, professional presentation training, interviewing professionals, setting up a digital identity on professional networks

 

BIO2366M BIO2366M Renouvellement UE Internship Professional internship 30 0 0 5 0 0 24 210 35 18 1 0 anne.didier 69 80 16 20 0 0

- Conduct a project (design, steering, team coordination implementation and management, evaluation, dissemination) that can mobilize multidisciplinary skills in a collaborative framework

- Identify, select and analyze with a critical mind various specialized resources to document a subject and synthesize these data for data for their exploitation

- Communicate orally and in writing for training purposes or for the transfer of knowledge, orally and in writing, in French and in at least one foreign language

- Manage complex professional or study contexts and take responsibility for contributing to professional knowledge and professional practices

- Analyze one's actions in a professional situation, evaluate oneself in order to improve one's practice within the framework of a quality approach

- Respect the principles of ethics, deontology and environmental responsibility

Apply the skils acquired during the master's program in a professional context

BIO2367L+ Création UE SIS Sensibilisation à l'intégrité Scientifique 3 0 9 12 4.5 0 0 210 35 18 0 0 claude.duchamp 66 100 0 0 0

Compétences Transversales (CT)

savoir présenter un raisonnement argumentée
savoir analyser une situation et apprécier l'intégrité de la démarche scientifique 

Compétences spécifiques

Sensibilisation à l’intégrité de la pratique scientifique ;

réflexions sur les règles et difficultés/limites associées à la formulation d’un problème scientifique et à sa valorisation,

 

Contenu :

Descriptif : L'intégrité scientifique rassemble les valeurs et règles garantissant l'honnêteté et la rigueur de la recherche et de l'enseignement supérieur. Ces valeurs prennent une importance accrue pour renforcer la confiance que la société accorde à la science, pour assurer le fonctionnement des institutions de recherche et pour permettre l'avancée des connaissances scientifiques. 

Objectif : L'UE vise à sensibiliser l'étudiant aux concepts d'intégrité scientifique qui doivent nécessairement s'appuyer sur une méthodologie scientifique solide et des dispositifs renforçant la transparence de l'activité de recherche scientifique.

 Organisation 

CM : 9h (Définitions, problématiques, dispositifs en place, moyens de contrôle, exemples de dérives méthodologiques récentes ou passée et d'atteintes à l'intégrité scientifique, plagiat)

TD : 12h (sensibilisation aux difficultés de la reproductibilité et de la falsification des données scientifiques, systèmes de dépôt de données (Dryad ou Figshare par exemple), des gold open access, exemples de fraudes (Lonnstedt ou Pruitt), soucis pour les « whistleblowers »  (Sundin and Jutfelt, 2018), Tables rondes), notion d’  « Open data » et d’ « Open sciences » comme moyens de promouvoir la vérification et l’intégrité scientifique.

TP : 4,5h

Les TD et TP permettent l'encadrement d'un projet d'étude développé par l'étudiant en travail personnel sur une problématique d'intégrité scientifique.
BIO2367M BIO2367M Renouvellement UE Statistiques M2 Statistiques M2 3 0 0 12 6 0 0 210 35 18 0 0 emmanuel.desouhant damien.roussel 67 80 66 20 0 0

savoir maîtriser les outils statistiques

Techniques :
techniques statistiques
maîtrise d'outils bureautiques
Statistiques avancées pour l'expérimentation physiologique
BIO2369M+ Création UE Comparative physiology Comparative physiology in extreme environment 6 0 55 0 0 0 0 210 35 18 1 0 damien.roussel claude.duchamp 66 100 0 0 0

Recherche fondamentale / clinique

Définir une problématique scientifique

expert

Elaborer des protocoles expérimentaux

expert

Analyser, interpréter et discuter des résultats expérimentaux

expert

Evaluation de manière critique des données expérimentales, et/ou numériques

approfondi

Avoir une connaissance large des approches multidisciplinaires en physiologie et biochimie

approfondi

Connaissance large des méthodes d'analyses quantitatives et statistiques et utilisation dans un contexte de recherche fondamentale et appliquée

approfondi

Planifier, organiser et adapter son temps de travail

approfondi

Travailler en équipe

expert

Bibliographie

Mener une recherche documentaire efficace

approfondi

Rédiger une synthèse bibliographique

approfondi

Anglais

Maîtrise d'une langue étrangère, essentiellement l'anglais

B1/B2

Présenter une étude scientifique en anglais

basique

Discuter des résultats scientifiques en anglais

basique

Communication

Présenter et discuter oralement des résultats scientifiques en français

expert

Rédiger un document dans les règles de présentation scientifique

expert

Information

Maîtriser les outils de bureautique, logiciels de traitement de texte et de présentation

expert

L'enseignement de cette spécialité vise à former des cadres de haut niveau de connaissances dans le domaine de la physiologie des adaptations aux conditions extrêmes afin d’intégrer des équipes de recherche dans ces domaines pour une poursuite en doctorat. Les milieux extrêmes naturels sont caractérisés par l'importance d'un ou plusieurs facteurs environnementaux qui limitent fortement la survie et la reproduction des organismes (e.g. température, pH, oligotrophie, pression, salinité...) mais dans lesquels les organismes ont su développer des adaptations remarquables. Ils constituent des laboratoires naturels de l'évolution avec des modèles animaux originaux et un très fort potentiel pour caractériser les mécanismes physiologiques activés en réponse aux variations de l’environnement. A une échelle organisationnelle et temporelle moindre, ces mécanismes physiologiques peuvent aussi se développer après une modification brutale du microenvironnement cellulaire survenant lors de situations vitales critiques (exercice physique, choc, ischémie, accident vasculaire, etc…).

Cette spécialité est originale puisqu'il n'existe pas en France de formation équivalente avec une telle approche multidisciplinaire. Elle correspond à une forte demande sociétale qui vise à mieux caractériser l’impact de l’environnement et ses modifications prévisibles du fait des pressions anthropiques sur le fonctionnement et la survie des organismes vivants.

L’étude des mécanismes fonctionnels intégrés, cellulaires et géniques responsables ou régulateurs de la plasticité morpho-fonctionnelle des organismes face aux contraintes environnementales et leur évolution constitue le thème général le l'option « Physiologie intégrée en conditions extrêmes » du parcours "Environmental and muscle physiology".

Les objectifs spécifiques sont les suivants :

- définir les mécanismes cellulaires et moléculaires responsables de la plasticité morpho-fonctionnelle qui sous-tend les processus adaptatifs aux contraintes environnementales.

- définir les facteurs qui modulent la plasticité morpho-fonctionnelle

- définir les modalités d'interactions entre ces facteurs et leurs contributions relatives dans la mise en place des réponses intégrées adaptatives.

BIO2370M BIO2370M Renouvellement UE Internship M2 Physiology Internship in Environmental and muscle physiology 30 0 0 10 0 0 0 210 35 18 0 0 damien.roussel bruno.allard 66 0 0 0 0
Travailler dans une équipe de recherches.
Stage de recherches. Apprentissage  par la recherche.
BIO2371M BIO2371M Renouvellement UE ComSci Communication scientifique 3 0 0 12 6 0 0 210 35 18 0 0 bruno.allard damien.roussel 66 0 0 0 0
/
- Communiquer à des fins de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère
-  Analyser et traiter des données biologiques, physiologiques, génomiques, génétiques pour comprendre le fonctionnement d’un processus biologique
- Réaliser une recherche bibiliographique sur une sujet de recherche et élaborer un projet d'étude
- Présenter, critiquer et discuter un article de recherche sous forme de poster
BIO2372M BIO2372M Renouvellement UE MGND Molecular genetics of neuromuscular disorders 3 0 12 6 0 24 0 210 35 18 1 1 kathrin.gieseler 65 0 0 0 0
Bonnes connaissances en génétique, biologie moléculaire, biologie cellulaire, biologie du développement ou physiologie animale
- Interprétation de données expérimentales pour envisager leur modélisation.
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, et de biologie du développement pour traiter une problématique du domaine.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses données et ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Développer une argumentation avec esprit critique

A large panel of genetic diseases affecting the nervous system and/or muscles has been identified to date. Commonly these disorders have a high impact on health and affect many people worldwide. As a consequence, important efforts are spent in research aiming at characterizing the function of the nervous and muscular system and to understand the mechanisms involved in these different diseases in order to develop efficient treatments.

This teaching unit will provide an introduction of the nervous and neuromuscular system with a particular focus on the biology of (moto)neurons and muscles, in human and model organisms. Recent discoveries of molecular and cellular mechanisms involved in disorders will be discussed along with the development of efficient therapies. Part of the courses will be based on scientific seminars given in English by scientists working on neuronal and/or muscular functions and pathologies in institutes of Lyon.

Each seminar will be followed by a discussion so as to stimulate exchanges between students and scientists, and encourage students to ask scientific questions. This teaching unit will require a significant amount of personal work to produce a small research project.


BIO2373M+ Création UE FCM Fundamental and Clinical Myology 6 0 36 0 0 0 0 210 35 18 1 0 bruno.allard 66 0 0 0 0
/
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés dans le domaine de la myologie, comme base d’une pensée originale
- Prendre appui sur la recherche fondamentale pour enrichir sa pratique clinique 
Série de conférences de recherche fondamentale et clinique en myologie sur les thématiques telles que :
jonction neuro-musculaire - canaux ioniques - couplage excitation-contraction - matrice – contrôle de la masse musculaire - différenciation - cytosquelette - cellules souches - régénération et inflammation - myopathies: aspects génétiques, cellulaires et cliniques.
BIO2375M BIO2375M Renouvellement UE FunIn Functional investigation: from gene to patient 6 0 5 10 15 0 0 210 35 18 0 0 christine.berthier bruno.allard 66 0 0 0 0
/
- Maitriser les méthodes et outils technologiques qui sont mis en oeuvre dans la recherche fondamentale en myologie dans les domaines de la physiologie, pharmacologie, génétique, biologie moléculaire et biologie cellulaire.
-  Analyser et traiter des données biologiques, physiologiques, génomiques, génétiques pour comprendre le fonctionnement d’un processus biologique
Présentation théorique, démonstration et pratique de techniques d'expérimentation en électrophysiologie - mesure de calcium intracellulaire - biologie cellulaire - expression génique - histologie et histopathologie
BIO2377M BIO2377M Renouvellement UE Physiopatho.Cardiovasc. Physiopathologie Cardiovasculaire 6 0 24 12 0 0 0 210 35 18 0 0 fabien.van-coppenol 66 100 0 0 0

Il s’agit d’une UE d’une semaine, à orientation cardiovasculaire, au cours de laquelle les enseignements sont délivrés chaque jour, sous forme de conférences. Dans la mesure du possible (disponibilité des intervenants), ces enseignements seront organisés sous la forme de journées thématiques, au cours desquelles, pour une fonction cardiovasculaire donnée, des éléments de physiologie, de physiopathologie et de pharmacologie seront abordés. Certains cours et TD seront réalisés en anglais, notamment les présentations d’articles par les étudiants.

 

A titre d’exemple, en 2020/2021, ont été organisées cinq journées qui ont successivement abordé les thèmes suivants :

 La fonction ventriculaire gauche avec des conférences réparties en demi-journées sur 1/ la fonction contractile du myocarde et, 2/ l’ischémie-reperfusion myocardique.

 

 Le rythme cardiaque avec des conférences réparties en demi-journées sur 1/ la physiopathologie des canaux calciques du système cardiovasculaire et, 2/ l’électrogenèse cardiaque et les troubles du rythme.

 

 La fonction vasculaire avec des conférences réparties en demi-journées sur 1/ la physiologie des vaisseaux de résistance et, 2/ la physiologie des vaisseaux de compliance.

 

 Le contrôle neurohumoral de la pression artérielle avec des conférences réparties en demi-journées sur 1/ le contrôle nerveux de la pression artérielle et, 2/ le rôle du rein dans le contrôle à long terme de la pression artérielle.

 

 Les dysrégulations tensionnelles avec des conférences réparties en demi-journées sur 1/ l’hypertension artérielle et en particulier ses formes monogéniques et, 2/ la physiologie et la pharmacologie de la variabilité tensionnelle.

 

Biostatistiques

 

Communication scientifique réalisée par les étudiants :

Durant ces journées thématiques les étudiants pourront présenter oralement un exposé, dans des conditions similaires à celles rencontrées lors des réunions scientifiques (Mise en situation avec : temps limité de présentation, utilisation d’un support informatisé de présentation graphique, réponses aux questions…). Cet exposé consistera en la présentation et l’analyse d’une publication scientifique en anglais, issue d’une revue scientifique de haut niveau, proposée par un des intervenants. Cet exposé se déroulera soit avant soit après la présentation de l’intervenant.

 

Cet enseignement tentera d’illustrer le chemin qui mène des données les plus fondamentales à la recherche clinique. En conséquence, une alternance entre des intervenants issus de la recherche fondamentale et de la recherche clinique sera privilégiée.

Enfin, à l’issue de la semaine, l’évaluation de l’UE par les étudiants sera réalisée par le biais d’un questionnaire anonyme.

L’évaluation des étudiants est réalisée sous la forme d’un examen écrit
BIO2378M BIO2378M Renouvellement UE Physiopatho.Nutritionnel. Physiopathologies nutritionnelles 6 0 24 12 0 0 0 210 35 18 0 0 noel.peretti 66 100 0 0 0

Il s’agit d’une UE d’une semaine, à orientation métabolique et nutritionnelle, au cours de laquelle les enseignements sont délivrés, chaque jour, sous forme de conférences. Ces enseignements sont organisés sous la forme de journées thématiques, au cours desquelles, pour une fonction donnée, des éléments de physiologie, de physiopathologie et de pharmacologie seront abordés. Un bref rappel des connaissances de base est réalisé en début de conférence.

Certains cours et TD seront réalisés en anglais, notamment les présentations d’articles par les étudiants.

A titre d’exemple, le programme des demi-journées de conférences en 2021 était :

 

  • Le Métabolisme glucidique avec les conférences suivantes : 1/ Le glucose : signal intégrateur du métabolisme et 2/ Bases moléculaires de la régulation glycémique.

 

  • Métabolisme lipidique et conséquences cardiovasculaires avec les conférences suivantes : 1/ Voie endogène : Régulation du métabolisme des lipoprotéines et 2/ Voie exogène : Absorption intestinale du cholestérol et des triglycérides.

 

  • Métabolisme de l’obésité et du diabète de type 2 avec les conférences suivantes : 1/ Syndrome métabolique, obésité et diabète de type 2 et 2/ Adipocyte : fonction endocrine et rôle dans l’inflammation systémique.

 

  • Métabolisme de l’exercice physique – NASH (hépatite stéatosique non alcoolique) avec les conférences suivantes : 1/ Entraînement physique et adaptation métabolique à l’exercice et 2/ Stéatose hépatique et NASH.

 

  • Stress oxydant et insulinorésistance avec une conférence sur : Mécanismes et conséquences du stress oxydant durant le vieillissement et les états d’insulinorésistance.

 

  • Biostatistiques

 

  • Communication scientifique : comme dans l’UE cardiovasculaire, c’est durant ces journées thématiques que les étudiants pourront présenter oralement un exposé, dans des conditions similaires à celles rencontrées lors des réunions scientifiques (temps limité de présentation, utilisation d’un support informatisé de présentation graphique, réponses aux questions…). Cet exposé consiste en la présentation et l’analyse d’une publication scientifique en anglais, issue d’une revue scientifique de haut niveau, proposée par l’intervenant de la demi-journée. Cet exposé se déroulera soit après la présentation de l’intervenant.

 

 

Lors de ces journées, une alternance entre des intervenants issus de la recherche fondamentale et de la recherche clinique sera privilégiée.

Enfin, comme pour toutes les UE de la spécialité, à l’issue de la semaine, l’évaluation de l’UE par les étudiants sera réalisée par le biais d’un questionnaire anonyme.

L’évaluation des étudiants est réalisée sous la forme d’un examen écrit.
BIO2379M BIO2379M Renouvellement UE Physio&PharmacoPré&Cliniq De la physiologie à la pharmacologie pré-clinique & clinique 6 0 24 12 0 0 0 210 35 18 0 0 fabien.van-coppenol 66 100 0 0 0

Il s’agit d’une UE d’une semaine, à orientation cardiovasculaire, au cours de laquelle les enseignements sont délivrés chaque jour sous forme de conférences. L’objectif de cet enseignement est de faire le lien, dans le contexte de pathologies associées au stress oxydant, à l’athérothrombose et à l’hypertension, entre des données physiopathologiques expérimentales et les résultats obtenus chez l’Homme. En conséquence, afin d’illustrer le chemin qui conduit de la fonction à la dysfonction puis au traitement pharmacologique, une alternance entre des intervenants issus de la recherche fondamentale et de la recherche clinique sera privilégiée.

 

Dans ce cadre, et à titre d’exemple, voici les thèmes des conférences qui ont été données durant cette UE lors l’année 2021 :

Influences cardio-métaboliques à long terme de la surnutrition postnatale.

Les protections métaboliques et fonctionnelles : place du stress oxydant en physiopathologie cardiovasculaire

Calcium et fonctions cardiaques normales et pathologiques

Les nouveaux marqueurs circulants du risque cardiovasculaire.

Approches cliniques de la protection myocardique

Vingt-sept ans de cardioprotection : quel bilan ?

Lipoprotéines, transferts de lipides et athérogénèse

Mécanismes de développement de la plaque d'athérome

Les microparticules : une signature du dysfonctionnement vasculaire

Epaisseur intima-média et dysfonction endothéliale

Angiogenèse ischémique et interactions avec le système rénine-angiotensine-aldostérone

Microcirculation et hypertension

 

Compte tenu de la présence, à l’UMR Inserm 866, à l’Université de Bourgogne et sur le Centre Hospitalo-Universitaire de Dijon de diverses compétences spécifiques, cette UE est organisée en collaboration avec des chercheurs et enseignants-chercheurs dijonnais au sein de l’l’UFR des Sciences de Santé.

 

Une évaluation de l’UE par les étudiants est réalisée à la fin de la semaine.

BIO2380M BIO2380M Renouvellement UE MECN Méthodes d'explorations cardiovasculaires et nutritionnelles 6 0 24 12 0 0 0 210 35 18 0 0 noel.peretti 66 100 0 0 0

Cette UE est organisée sur une semaine et elle a une orientation méthodologique. Elle a comme principal objectif de familiariser les étudiants avec quelques uns des principaux outils d’exploration et quelques uns des principaux modèles (in vivo et in vitro), utilisés en physiologie et en pharmacologie cardiovasculaire, métabolique et endocrinienne. A titre d’exemple, sont présentés ci-dessous les différents aspects méthodologiques qui peuvent être abordés :

 Présentation en anglais de projet sous forme de poster

. Méthodes d'étude des artères de conductance

. Méthodes d’étude de la fonction endothéliale

. Imagerie du petit animal

 Evaluation de la fonction endothéliale chez l'Homme

. Méthodes d’étude de la mitochondrie

. Modèles expérimentaux en nutrition

 Modèles Infarctus, insuffisance cardiaque, troubles du rythme, HTA

. Conférences autour des techniques innovantes d’investigation

 

Compte tenu de la présence, sur le Centre Hospitalo-Universitaire de Grenoble, de diverses compétences spécifiques au domaine cardio-métabolique, cette UE est organisée en collaboration avec des enseignants-chercheurs de l’Université Joseph Fourier et, elle se déroule dans les locaux de cette Université. La possibilité de la mise en place d’une convention de partenariat entre l’Université Lyon I et l’Université Joseph Fourier sera examinée. Une évaluation de l’UE par les étudiants est réalisée à la fin de la semaine
BIO2381M BIO2381M Renouvellement UE Stage M2 RCMN Stage en laboratoire de recherche RCMN 30 0 0 10 0 0 0 210 35 18 0 0 fabien.van-coppenol noel.peretti 66 100 0 0 0

Dans la mesure où il s'agit d'une formation à la recherche par la recherche, ce stage de recherche en laboratoire revêt une très grande importance dans le déroulement de la spécialité RCMN. Ainsi, l’accès à cette spécialité recherche est conditionné par l’accueil de l’étudiant en stage de recherche.

Ce stage doit être réalisé sous la responsabilité d’un chercheur ou d’un enseignant-chercheur habilité à diriger des recherches et exerçant ses activités au sein d’une équipe de recherche, à orientation cardiovasculaire et/ou métabolique et/ou nutritionnelle, internationalement reconnue et contractualisée pour la recherche publique française ou dans un laboratoire privé. Il est également possible d’effectuer ce stage à l’étranger, là encore, dans une équipe internationalement reconnue. L’étudiant doit lui-même recherché son terrain de stage. A titre d’exemple, une liste des laboratoires ayant accueilli des étudiants en stage durant les deux années universitaires précédentes est fournie ci-après.

 

Ce stage de recherche dure environ 24 semaines et il est à réaliser entre septembre et juin de l’année universitaire.

Au cours de ce stage, grâce à l’encadrement de son maître de stage, l’étudiant doit apprendre, pour répondre à une question posée à :

1. maitriser la bibliographie pertinente sur le sujet qui lui aura été confié,

2. poser une ou des hypothèses devant permettre de répondre à cette question,

3. élaborer les protocoles expérimentaux permettant de vérifier cette ou ces hypothèses,

4. réaliser expérimentalement, dans les règles (notamment celles relevant de l’éthique animale ; l’avis d’un comité d’éthique animale sera demandé) les protocoles précédemment établis,

5. présenter, analyser et interpréter les résultats obtenus,

6. proposer des conclusions.

 

En fin de stage, l’étudiant est amené à écrire un mémoire de stage, rédigé sous la forme d’une publication scientifique et à préparer une soutenance orale de son travail dans des conditions similaires à celles d’une présentation orale à une réunion scientifique (10 minutes de présentation, suivie de questions posée par un Jury).

La qualité du travail effectué, du mémoire de stage et de la soutenance orale, sera évaluée par un Jury composé, des responsables de la spécialité, des responsables des UE de la spécialité et de l’ensemble des chercheurs et enseignants-chercheurs qui auront accepté d’encadrer des étudiants en stage.

BIO2382M BIO2382M Renouvellement UE R et D in vivo Recherche et développement in vivo 6 0 4.5 22.5 33 33 0 210 35 8 0 0 christine.berthier 0 0 0 0
  • Gérer un projet et planifier une étude.
  • Se conformer aux contraintes réglementaires et aux normes qualité.
  • Réaliser veille scientifique et analyses de faisabilité.
  • Justifier le protocole
  • Établir un plan d'étude, un design expérimental et une analyse statistique appropriés.
  • Réaliser des devis et suivre un budget
  • Maîtriser les principales techniques opératoires et connaitre les méthodes thérapeutiques.
  • Gérer les audits qualité.
  • Rédiger des procédures expérimentales et des modes opératoires.
  • Vérifier, exploiter et interpréter les résultats.
  • Rédiger en anglais le rapport final d'une étude préclinique normée dans le respect de la charte qualité

L'enseignement consiste en un travail tuteuré en groupe qui a pour objectif une mise en situation professionnelle pendant 14 semaines autour d'un projet d'étude préclinique in vivo. Une stratégie de recherche est élaborée en vue de réaliser une véritable étude préclinique de A à Z en respectant le cadre réglementaire et éthique. Les étudiants s'organisent, conçoivent et planifient l'étude selon les règles BPL, et dans le respect des 3R et de la prise en compte du bien-être animal. Après un apprentissage des gestes techniques, les étudiants effectuent les manipulations, collectent et analysent les données brutes et présentent les résultats sous la forme d'un rapport final en anglais et d'un poster.

BIO2383M BIO2383M Renouvellement UE PharToxMod Pharmacologie, toxicologie et modèles d'études 6 0 34.5 25.5 0 18 0 210 35 18 0 0 christine.berthier 66 0 0 0 0
  • Être capable d’analyser des données de pharmacodynamie, pharmacocinétique et pharmacologie de sécurité
  • Comprendre les méthodologies et leurs limites
  • Être capable d’appliquer les principaux tests statistiques.
  • Analyse et recherche bibliographique
  • Lecture critique des études scientifiques, confronter les interprétations, discuter des résultats et présentation scientifique à l’oral
  • Rédaction scientifique
  • Communication scientifique orale et écrite en Anglais

L'UE comprend 4 modules d'enseignement :

1-     Initiation à la pharmaco- et à la toxico-cinétique

  Les enseignements traitent de principes pharmacologiques et toxicologiques, des méthodes et outils d’analyse de la pharmacocinétique. Les étudiants seront amenés à analyser des cas de médicaments humain et vétérinaire afin de développer leur capacité à analyser les données, choisir les modèles appropriés et appliquer les méthodes d’analyse.
Supports de cours en Anglais

 2-      Drug design safety pharmacology and toxicology

  Les cours permettent de mieux comprendre comment les études de pharmacologie de sécurité caractérisent les effets pharmacodynamiques d’une molécule et détectent les effets secondaires potentiels à un stade précoce du développement d’un candidat médicament.       
 L’accent est mis sur l’analyse de cas pratiques afin de mieux comprendre comment les données non-cliniques et les méthodes de modélisation conduisent à l’analyse appropriée des effets observés et à la détermination de la marge de sécurité et du rapport bénéfice/risque, paramètres indispensables à tout développement clinique chez l’Homme ou l’animal.
Supports de cours en Anglais

 3-    Preclinical models and methods : what’s new and noteworthy? (course in English)

 Une revue des approches innovantes représentatives sera réalisée à l’aide d’un travail par petits groupes grâce à :

  • la lecture critique d’article de revue, d’articles scientifiques et la rédaction de synthèses en anglais.
  • la rédaction d’une recherche bibliographique et d’un argumentaire sur une thématique innovante donnée.
4-    Statistiques en recherche préclinique : module 1 (Concepts de base en statistiques et initiation à  l'utilisation du logiciel R)

Après une phase de remise à niveau sur les concepts fondamentaux, les enseignements alterneront des cours théoriques et des séances d’exercices consacrées, grâce à l’étude de cas concrets tirés de la littérature, à la présentation des données, aux tests d’hypothèse, aux comparaisons, aux corrélations. L’enseignement a pour but de permettre l’utilisation appropriée des différentes méthodes d’analyse paramétriques et non paramétriques, des modèles et plans d’expérience, des méthodes d’analyse de variance à un ou plusieurs facteurs et des analyses de covariance.

BIO2384M BIO2384M Renouvellement UE MDEAQ Management de projet, Direction d'étude et Assurance Qualité 6 0 45 15 0 29 0 210 35 18 0 0 christine.berthier 0 0 0 0
- Maitrise d'outils de planification, de gestion de projet et de gestion d'équipe
- Connaissance des risques professionnels
- Connaissances des normes qualité dans le cadre des études pharmacologiques et des études pré-cliniques
- Savoir rédiger des procédures expérimentales et des modes opératoires normalisés.
L'UE comprend 2 modules d'enseignement:

- Le module 1 « Gestion de projet en R&D et Marketing opérationnel » consiste en des enseignements portant sur la gestion d'un projet et d’une équipe, à savoir, la définition des besoins, l'identification des tâches et des ressources humaines et en matériel, la communication professionnelle, la planification et l'élaboration du budget. Des travaux d'étude à l'aide de logiciels de planification permettent de planifier un projet en détail en identifiant tâches, ressources et temps nécessaires. L’enseignement comprend également une initiation à la gestion des risques professionnels et au marketing opérationnel et à la relation clients.

- Le module 2 " Management de la Qualité " porte sur les principes de mise en œuvre d'une démarche qualité d’entreprise, dans le contexte plus particulièrement des études pharmacologiques et des études pré-cliniques : normes ISO, normes de Bonnes Pratiques Cliniques et Bonnes Pratiques de Laboratoire, normes appliquées aux dispositifs médicaux, rédaction des procédures  et de modes opératoires normalisés.

BIO2385M BIO2385M Renouvellement UE Concept et Chir Conception de projet en recherche animale et Chirurgie 9 0 57 21 12 22 0 210 35 8 0 0 christine.berthier 0 0 0 0
  • Concevoir, encadrer et réaliser des projets de recherche scientifique utilisant des animaux dans le respect 1/de la réglementation, 2/ de l'éthique et du bien-être animal 3/des règles des 3R 4/des principes de bonnes pratiques pour maximiser la qualité, la pertinence et la fiabilité des études de recherche utilisant les animaux.
  • Maitriser les règles d'asepsie et les principales voies d'abord chirurgicales.
  • Savoir pratiquer techniques de prélèvement, de conservation et d'analyse histologiques.


 

L'UE comprend 3 modules d'enseignement :

-   Le module "Concepteur de projet scientifique utilisant les animaux" correspond à la formation de Niveau 1/fonction B prévue par l'arrêté du 1er février 2013 pour les personnes conceptrices de projets utilisant les animaux à des fins scientifiques. L'enseignement combine des cours théoriques et des travaux dirigés ainsi que des séances d'e-learning.

-   Le module "Chirurgie expérimentale" correspond à la formation prévue par l'arrêté du 1er février 2013 pour les personnes réalisant des procédures chirurgicales.

-   Le module "Autopsie et anatomie-pathologie" offre des enseignements théoriques et pratiques pour la réalisation d'une autopsie dans le cadre des études précliniques ainsi qu'une initiation aux techniques de prélèvement, de conservation et d'analyse histologiques.

BIO2390M Renouvellement UE Projet tutoré Projet tutoré pour insertion professionnelle 6 0 0 36 0 245 0 210 35 18 0 0 laurence.mouton
BIO2392M BIO2392M Renouvellement UE TE Trajectoires évolutives 3 0 0 24 0 0 0 210 35 18 0 0 emmanuel.desouhant 0 0 0 0

Comprendre comment la sélection écologique génère des changements dans les traits phénotypiques est un objectif majeur de la biologie de l'évolution. Ces changements sont le résultat de facteurs externes (par exemple, des changements dans les conditions environnementales) et de facteurs internes (par exemple, les changements dans les corrélations génétiques ou l'architecture génétique sous-jacente aux traits phénotypiques).

Dans ce contexte, seront abordés dans cette UE les concepts qui sous-tendent les trajectoires évolutives à différents niveaux d’organisation du vivant ainsi que les méthodes permettant d’analyser et de prédire ces trajectoires :

1-      Architecture génétique et génomique et trajectoire évolutive

2-      Plasticité phénotypique transgénérationnelle

3-      ‘Early life conditions’ et leurs conséquences, personnalité animale

4-      Adaptation locale sous différents régimes de sélection

5-      Modélisation : dynamique adaptative

BIO2393M BIO2393M Renouvellement UE BFE Biologie et Fonctionnement des Ecosystèmes 3 0 18 0 0 0 0 210 35 18 1 0 laurent.simon 67 0 0 0 0

L’UE « Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes » a pour objectif d’apporter des connaissances essentielles pour comprendre les mécanismes impliqués dans la dynamique de la biodiversité aux différentes échelles spatiales, ainsi que le rôle de la biodiversité dans le fonctionnement des écosystèmes. Le contenu de cette UE abordera de manière approfondie les points suivants :

Dynamique de la biodiversité

  • Mesure et analyse de la biodiversité aux différents niveaux hiérarchiques (du gène à la communauté),

  • Les différentes échelles spatiales de la biodiversité : gradients latitudinaux et altitudinaux, taille de niche

  • Liens entre biodiversité, perturbations et dynamique des écosystèmes

  • Impact des changements climatiques et conséquences des invasions biologiques

 

Rôle de la biodiversité sur le fonctionnement des écosystèmes

  • Liens biodiversité-fonction : cadre théorique

  • Rôle de la biodiversité dans les cycles des éléments et les flux de matière : organismes ingénieurs, construction de niche

  • Groupes fonctionnels

  • Interactions trophiques : cascades trophiques, régulation des ressources par les consommateurs (« top-down »), rétroactions des ressources sur les consommateurs (« bottom-up »)

  • Traits fonctionnels dans les communautés

BIO2394M Renouvellement UE MSB Modèles statistiques pour la biologie 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 0 0 anne-beatrice.dufour
BIO2395M BIO2395M Renouvellement UE GEE3 Génomique en Ecologie et Evolution 3 3 0 12 0 12 0 0 210 35 18 0 0 marie.fablet 0 0 0 0

Approfondissement des concepts en génomique évolutive, approches multi-échelle

Génomique comparative, évolution des séquences codantes et non codantes
Relation Genotype/Phénotype/Environnement
Epigénomique populationnelle et hérédité non génétique, étude de cas avec des données ChiPseq, epiRIL
Evolution des systèmes de reproduction
Etude des pangénomes, core genomes
BIO2396M Renouvellement UE SIG Système d'information géographique et données spatiales 3 0 0 0 30 0 0 210 35 18 0 0 cathy.quantin
BIO2398M Renouvellement UE PEM Phylogénomique et évolution moléculaire 3 0 6 0 15 0 0 210 35 18 0 0 celine.brochier-arm
BIO2399M BIO2399M Renouvellement UE Stage Stage professionnalisant longue durée 30 0 0 30 0 0 30 210 35 18 0 0 jean-paul.lena laurence.mouton 0 0 0 0

Stage professionnalisant longue durée

L’objectif de stage professionnalisant de longue durée est de confronter les étudiants à une activité professionnelle faisant suite à leur formation. Selon le parcours de l’étudiant, le stage d'une durée de 4-6 mois sur une thématique en lien avec son parcours (recherche ou application) s'effectue dans une entreprise (privée, publique ou parapublique) avec laquelle est signée une convention. Chaque stagiaire recherche son lieu de stage à partir d’une liste d’entreprises présélectionnées ou de sujets proposés par les structures de recherche et/ou la formation.

Lorsque le stage est effectué dans une entreprise, il est encadré par un tuteur universitaire (parmi les intervenants dans la formation ou les participants à l’Ecole Doctorale E2M2) et un professionnel de l'organisme d'accueil. Les stages dans les laboratoires de recherche sont encadrés par des chercheurs ou enseignants-chercheurs ayant proposé le sujet de recherche.

Le stage donne lieu à un rapport écrit et une soutenance orale. Les soutenances orales ont lieu tout début juin pour les stages de 4 mois et tout début septembre pour les stages de plus longue durée (uniquement BEEB et apprentis pour les autres parcours). Les soutenances orales sont publiques (sauf mention contraire) et obligatoires pour tous les candidats afin qu’ils bénéficient des retours critiques.

BIO2399MBEEB+ Création UE Stage Stage professionnalisation longue durée 30 0 0 20 0 0 20 210 35 18 0 0 jean-paul.lena
BIO2400M BIO2400M Renouvellement UE AI2EC Approche interdisciplinaire en écologie&évolution: concepts 6 0 32 8 0 0 0 210 35 18 0 0 emmanuel.desouhant laurence.mouton 0 0 0 0
Les étudiant.e.s seront confronté.e.s, au cours de 4 cycles de conférences à des approches trans- et inter-disciplinaires sur des questions majeures et actuelles en écologie, évolution et génomique. Lors des conférences seront présentées comment, dans un même cadre conceptuel (et sur une même thématique), la prise en compte de différents niveaux d’organisations, de diverses approches (disciplinaires et méthodologiques) augmente notre compréhension du vivant et font émerger des axes de recherche pour le futur.
BIO2402M BIO2402M Renouvellement UE Scientific Com & Biblio Scientific communication and litterature 6 0 4 50 0 0 0 210 35 18 1 0 beatrice.horard ludivine.walter 65 100 0 0 0
Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour la veille scientifique
Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir de la biologie, comme base d’une pensée originale 
Développer une conscience critique des savoirs en biologie
Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
Communiquer par écrit de façon claire et non ambiguë
Connaitre le processus de production et de diffusion des savoirs scientifiques.
L’UE « Scientific Communication and Bibliography » a pour objectif de former les étudiants à la communication écrite de résultats scientifiques selon les standards couramment utilisés en recherche en biologie. Cet enseignement apportera les éléments nécessaires à :
i)   la recherche bibliographique : effectuer une recherche bibliographique et une veille technologique exhaustive, en utilisant les outils de recherche appropriés (Pubmed, Zotéro) et présenter les résultats de la recherche. La recherche bibliographique réalisée donnera lieu à la rédaction d’un rapport synthétique. 
ii) la rédaction scientifique : avec notamment l’étude décortiquée de la structure classique d’un article avec présentation des grandes parties (titre-résumé-résultats-discussion-références). Une partie sera consacrée aux règles de la rédaction scientifique en anglais
iii)  la communication scientifique : préparer des supports de communication en utilisant diverses techniques (rapport, projet,…). Les étudiants seront formés à la mise en forme des idées et au développement d’un esprit synthétique et structuré.
L’UE « Scientific Communication and Bibliography » sera le plus appliquée possible aux disciplines de recherche couvertes par le Master et les étudiants seront encouragés à mener une approche réflexive et synthétique sur les thématiques de leur choix. De plus, cette UE favorisera le travail en petits groupes, en groupes tutorés ainsi que l’autoévaluation.
BIO2403M Renouvellement CHOI Optionnelles MBI081S3 Optionnelles à 3 ects MBI081S3 (6 UE dans la liste) 18 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 carole.kretz
BIO2404M BIO2404M Renouvellement UE Cell signalling Molecular mechanisms of cell signalling 3 0 10 8 0 0 0 210 35 18 1 0 alexandre.soulard 65 100 0 0 0
Compétences transversales:
- Analyser un article scientifique
- Comprendre la démarche scientifique utilisée pour répondre à une question biologique
- Rechercher des références bibliographiques sur un sujet donné
- Synthétiser des connaissances scientifiques via la rédaction d'une revue 

Compétences spécifiques:
- Comprendre les concepts avancés de la signalisation cellulaire
- Appréhender les méthodologies propres à l'étude de la signalisation
- Faire le lien entre signalisation cellulaire et pathologies 

OBJECTIFS :
Tous les organismes vivants, eucaryotes ou procaryotes, sont soumis à des variations importantes de leur environnement qu’il soit nutritionnel, physico-chimique ou encore hormonal. Les cellules doivent ainsi être capables de détecter ces changements et de transmettre ces signaux à l’intérieur de la cellule de manière coordonnée et dynamique afin que celle-ci puisse s’adapter rapidement et donc survivre. Les mécanismes de détection et de transmission de l’information, appelés signalisation cellulaire, varient en fonction du type de signal et des organismes. La dérégulation de ces voies de signalisation provoque souvent des situations pathologiques pouvant conduire à la mort cellulaire voire de l’organisme entier. La compréhension des mécanismes de signalisation cellulaire est donc fondamentale pour comprendre comment les organismes vivants interagissent avec leur environnement afin de s’y adapter de manière optimale.

  L’objectif de cette UE enseignée en anglais est de permettre aux étudiants d’appréhender les grandes questions actuelles sur la signalisation cellulaire et ses implications biologiques et pathologiques.  L’illustration via des cours/conférences de six exemples de signalisation permettra de discuter de plusieurs concepts majeurs de la signalisation cellulaire tels que:

-       La machinerie de signalisation cellulaire: des signaux aux cibles.

-       Les différents mécanismes de transmission du signal.

-       Dynamique et rétrocontrôle de la transduction du signal.

-       Plusieurs signaux mais une seule réponse adaptée: les réseaux de signalisation.

-       Signalisation cellulaire, pathologies et cibles thérapeutiques.

  Les aspects théoriques seront renforcés par des discussions sur des travaux de recherche récents afin de permettre aux étudiants de mieux comprendre la démarche scientifique ainsi que les outils et stratégies expérimentales nécessaires pour répondre aux questions biologiques actuelles sur les voies de signalisation.


ORGANISATION DE l’UNITE D’ENSEIGNEMENT :
L’enseignement de cette UE de 3 ECTS (18h) sera dispensé sous la forme de 6 cours/conférences de 3h donnés par 6 intervenants du monde académique, spécialistes de l’étude des voies de signalisation. Chaque cours s'articulera en partie autour de l'analyse intercative et d'une discussion à propos d'un article scientifique.


 CONTROLE DES CONNAISSANCE:
L’évaluation des étudiants sera basée sur la réalisation d’un « mini » rapport bibliographique sur une question biologique précise concernant une des voies de signalisation présentée par les différents intervenants.

BIO2405M BIO2405M Renouvellement UE Aging & Death Aging and cell death 3 0 13 5 0 0 0 210 35 18 1 0 carole.kretz ingrid.masse 65 90 64 10 0 0

Prerequisites: M1 knowledge in molecular and cellular biology, genetics and basal biochemistry.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques 

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: 

In-depth knowledge in the fields of aging and cell death.

Mobilizing prior knowledge in the field and making connections with other learning areas.
Critical analysis of specialized resources and synthesis of these data.
Oral communication to convey knowledge and request information.
Scientific discussion with peers.
Drafting of research projects.
Scientific English.

The goal of this UE is to provide an overview and recent advances on cell death and cellular aging fields. During this teaching program the emphasis will be put on how both fields are critical to understand the aging process.

Lectures on different topics of cell death and cellular aging will be given in English, by expert professors and researchers of the French scientific community; the scientists will present overviews and recent advances of those rapidly growing fields. The conferences will be followed by round table discussions with the experts.

Then, choosing one of the lectures as starting point, students will go deeper into it and propose a research project including: a short “state of the art”, biological questions to be answered, experimental strategies to be performed and expected results.

The following topics will be addressed:

- Biology of cell death: necrosis, necroptosis, apoptosis and autophagy and their relationship to aging
- Cellular senescence: molecular mechanisms of control and escaping
- Cellular aging and damage to the molecules: reactive oxygen species, protein aggregation, telomere shortening
- Cellular aging and metabolism: theories of caloric restriction, metabolic signalling pathways
- Physiopathology of aging: organisms’ longevity, aging diseases and neurodegenerative diseases

BIO2408M BIO2408M Renouvellement UE Systems Biology Systems Biology 3 0 0 18 0 0 0 210 35 18 1 0 olivier.gandrillon 65 50 64 50 0 0
Master 1 en biologie

Identify a biological question that is relevant for Systems Biology approaches

Identify the relevant modeling formalism 

Identify the relevant dataset

Being able of explaining to a mathematician or computer scientist why and how the biological question is amenable to modelling

The aim of the UE is to provide the basics needed to adopt a systems biology approach, and a coarse view of the field. 

 This UE is intended to be accessible to any biology student, with a strong desire to explore more formal approaches (mainly mathematics and computer science)

This is by essence an interdisciplinary approach. Courses will be given by computer scientists, mathematicians, physicists, bio-informaticians and biologists.

 Both methodological aspects as well as examples of application of Systems Biology approaches to biological questions will be given.

BIO2409M BIO2409M Renouvellement UE Mitoc. Physiopath. Mitochondria in physiopathology 3 0 15 3 0 0 0 210 35 18 1 0 ludivine.walter 65 100 0 0 0

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans le domaine de la biologie mitochondriale, comme base d’une pensée originale.

Développer une conscience critique des savoirs dans la biologie mitochondriale en mobilisantdes connaissances de biologie moléculaire, cellulaire, bioénergétique et physiologie.

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation


L’UE « Mitochondria twists in physiopathology » a pour objectif de présenter  les différentes facettes de la mitochondrie et son importance dans la physiologie et la physiopathologie animale.

Des cours magistraux sous forme de conférences scientifiques seront dispensés par des spécialistes du domaine en couvrant des sujets divers qui varient selon les conférenciers invités :

-        maladies mitochondriales (avec présentation de l’Association contre les Maladies Mitochondriales)

-        mitochondrie et cancer

-        mitochondrie et métabolisme (syndrome métabolique, diabète, obésité)

-        mitochondries, stress, vieillissement et maladies neuro-dégénératives

-        dynamique mitochondriale et techniques d’imagerie

-        mitochondrie et évolution

Les étudiants seront amenés à étudier des articles scientifiques récents en lien avec la mitochondrie pour produire un document de synthèse sur le sujet de leur choix. 


BIO2410M BIO2410M Renouvellement UE Functional Genomics Emerging concepts in functional genomics 3 0 12 5 0 0 0 210 35 18 1 0 jerome.lamartine 65 100 0 0 0
Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en génomique fonctionnelle
Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir, en génomique fonctionelle 
Développer une conscience critique des savoirs en génomique fonctionnelle
Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour rédiger un projet de recherche en génomique fonctionnelle
Communiquer par oral en anglais avec un scientifique du domaine
L'UE a pour objectif de permettre aux étudiants de se confronter aux plus récentes problématiques de recherche en génomique fonctionnelle. Elle se compose de cours et séminaires de recherche donnés en anglais par des chercheurs français ou étrangers, ainsi que de débats avec les étudiants. Le thème de l'UE change chaque année pour épouser les concepts émergents en génomique fonctionnelle. Ces dernières années, les thèmes suivants ont notamment été abordés : métagénomique, organoïdes, génomique à l'échelle de la cellule unique, éléments génétiques mobiles, ARNs non-codants. 
BIO2411M2+ BIO2411M Création UE Epigenetics & pathol Epigenetics and Pathologies 3 0 6 12 0 0 0 210 35 18 1 0 armelle.corpet beatrice.horard 65 0 0 0

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes
-Acquire fundamental knowledge of epigenome structure involving DNA methylation, histones and histone variants, non-coding RNAs.
-Understand the importance of epigenetics alteration in health and disease.
- Acquire knowledge of how epigenomics is currently applied in the diagnosis, treatment of disease including cancers.
- Be able to synthetize and present a research article.
- Develop a critical analysis of scientific papers through discussion of the significance and limits of the published research data.

Over the past decades, epigenetics has emerged as a key mechanism for the regulation of gene expression all along our life and it has become evident that aberrant epigenetic control contributes to disease.

The course aims to give a comprehensive introduction to the fundamentals mechanisms of epigenetic control of gene expression as well as how they contribute to disease development, with a particular focus on cancer.

This 18-hours course consists of:

-       formal lectures on epigenetics mechanisms in health and disease (~6h),

-       seminars by guest lecturers illustrating recent developments in epigenetics linked to disease (~3h).

-       student-group work to present recent research articles (~9h).


BIO2412M BIO2412M Renouvellement UE Neuro-immuno, IPB Neuro-immunology: immune privilege and biotherapies 3 0 15 4.5 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat virginie.desestret 65 100 0 0 0

Prerequisites: Basic knowledge of immunology at least 6 ects and basic knowledge of neurology at least 6 ects (flipped classroom available).

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: The student gains theoretical and practical insights in neuro-immunological structures and diseases with an emphasis on pathogenesis and research development for diagnosis and biotherapy treatments.
- Neuro-immunology knowledge: the student can describe central nervous system cells and structure interacting with the immune system and involved in several neuro-immunological diseases, has insights in the epidemiology of these diseases, can interpret measures to diagnose or correct these diseases, explain how biological mechanisms cause these diseases and acquire a comprehensive overview of the field.
- Future: the student can discuss recent scientific advances contributing to the progress of biotherapy treatments, analyse, understand and manipulate interactions between central nervous system and the immune system, specifically related to the context of the immune privilege sites, paraneoplastic disorders and cancers of the central nervous system.
- Practical skills: the student can develop his English proficiency, speed-reading capacities, listening, writing and oral presenting skills, and interactivity in scientific questioning.

To gain insight on neuroimmunological structures and diseases, paraneoplastic disorders and central nervous system cancers, with emphasis on research for pathogenesis, diagnosis and biotherapy treatments; to understand interactions of cells from the central nervous system and the immune system; to study recent scientific advances in biotherapy treatments; to develop written and oral communication in English, to present and to discuss research results at a journal club or at a research meeting; to develop speed-reading skills.

Contacts : Christine DELPRAT, Virginie DESESTRET
email : christine.delprat@univ-lyon1.fr , email : virginiedesestret@gmail.com

Program: this teaching unit, in English, builds on students' basic neurology and immunology knowledge to develop fundamental research concepts in neuro-immunology that have applications in clinical and pharmaceutical research in the field of oncology and neurology. The topics will be:

1) The nervous system, definition of an immuno-privileged site; migration of immune system cells into the nervous system; role of cerebrospinal fluid in blood / brain exchanges; neuro-immunology detected by the neuropathologist.
2) Interactions between cancer, immune system and nervous system; Anti-tumor immunity and paraneoplastic neurological syndromes
3) Innate neuro-immunity and stress
4) Biotherapies: treatments based on the use of cytokines or antibodies; immuno-targeted therapeutics in neurodegenerative diseases; immunotherapies in multiple sclerosis and related diseases: mechanisms and strategies. 

Speakers: Pedagogical team of immunology and neurology of the University of Lyon, UFR Biosciences, Faculty of Medicine of Lyon East and South. Conferences on news items will be organized. The speakers will be invited on the basis of their notoriety.

BIO2413M BIO2413M Renouvellement UE Immuno-infectio anti-microbial and vaccine therapeutic innovations 3 0 25.5 0 0 0 0 210 35 18 1 0 olivier.diaz 65 100 0 0 0
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale
- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral en anglais

This teaching unit will cover all antimicrobial therapeutic innovations targeting either the components of infectious agents or host immunity. The different aspects of vaccination will be covered with emphasis on the latest innovations in humans (and more particularly for the anti-COVID vaccination). The use of anti-infective serotherapies will also be discussed.

Lectures (25.5h): (lectures will be given either in the form of CM or in the form of conferences on the following topics)

Reminder in Immunology: from the activation of innate immunity to the development of the anti-infectious effector response.

History and success of vaccines

What are the different forms of vaccines.

Use of adjuvants and modulation of the adaptive response.

Research in anti-infectious vaccinology.

Development of anti-infective serotherapies.

Use of chemical modulators of innate immunity to control infections.

Immunometabolism and antiviral immunity, state of knowledge.

Biomimicry to discover and develop new antiviral drugs.

BIO2414M+ BIO2415M Création UE Advanced Imaging Advanced Imaging 3 0 12 7.5 6 4.5 0 210 35 18 1 0 emilie.delaune 65 100 0 0 0
- Connaître les principes de base de la microscopie optique (notamment champs clair, épifluorescence, microscopie confocale), et de la microscopie électronique (à transmission et à balayage). Des films et documents peuvent être mis à disposition pour rattraper ces notions avant le démarrage de l'UE
- Maîtriser les concepts fondamentaux de la biologie moléculaire et cellulaire (niveau "Essential Cell Biology, Alberts et coll. 5th edition)
- Maitriser les différentes techniques et méthodologies d'imagerie spécifiquement employées en biologie cellulaire
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale
- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.
- Communiquer en anglais à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit
- Mobiliser des connaissances pluridisciplinaires
- Rechercher et analyser la littérature scientifique
L’UE brosse un tour d’horizon des techniques de bioimagerie de pointe, au travers de cours, analyse d’articles, séminaires de recherche, et ateliers de démonstrations techniques sur différentes plateformes de microscopie lyonnaises. L'objectif est de réfléchir sur les principes, les domaines d'applications et les limitations de ces techniques, afin de choisir des approches d’imagerie adaptées à une question biologique et à un modèle d'étude donné.

Principales thématiques abordées : rapporteurs fluorescents, optogénétique, cryomicroscopie électronique, tomographie électronique, microscopie corrélative, superrésolution, microscopie à feuillet de lumière, microscopie multiphoton, clarification d'échantillons épais, microscopie intravitale, imagerie du petit animal.

NB : L'UE est enseignée en anglais. L’UE ne prévoit pas de manipulation de microscopes (sauf exception), et n'aborde pas le traitement d’image.

BIO2416M BIO2416M Renouvellement UE Stage Labo Stage en laboratoire de recherche 30 0 0 10 0 0 23 210 35 18 0 0 carole.kretz kathrin.gieseler 65 90 64 10 0 0

Validation d’un M1 avec un bon niveau en biologie cellulaire et génétique.

Intégration dans une équipe de recherche et travail en équipe.

Veille et analyse bibliographique, synthèse de données dans le but de les transmettre.

Tenue d’un cahier de laboratoire.

Maîtrise des bonnes pratiques de laboratoire.

Respect des principes éthiques, de déontologie et de responsabilité environnementale.

Utilisation de techniques de biologie moléculaire et cellulaire et de génétique.

Conception, planification et réalisation de protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire et de la génétique.

Utilisation autonome des outils numériques de la recherche en biologie moléculaire et cellulaire et en génétique.

Gestion d’études complexes qui nécessitent de proposer des hypothèses, des approches stratégiques nouvelles.

Restitution de résultats expérimentaux et analyse de leur significativité.

Echange, en français et anglais, lors de discussions scientifiques avec ses paires.

Communication scientifique, à l’écrit et à l’oral, en français et anglais.

Cette UE propose un stage en équipe d’accueil sur une durée de 6 mois, sur l’ensemble du second semestre. Au préalable les étudiants auront eu une préparation à leur insertion professionnelle incluant une description des objectifs scientifiques mais aussi comportementaux ainsi que des modalités pratiques, administratives et pédagogiques de l’UE.

Lors de ce stage, les étudiants approfondissent leur formation à la recherche fondamentale en s’intégrant dans une équipe de recherche et en y menant leur propre projet de recherche. Les thématiques de stages sont en rapport avec le périmètre thématique du Master 2 parcours Génétique de la cellule et Pathologies et les équipes d’accueil peuvent être localisées en région Rhône-Alpes, en France ou à l’étranger.

Cette UE de stage est une période de professionnalisation. Par le type d’évaluation proposée, elle permettra à l’étudiant d’approfondir aussi sa capacité à rédiger un rapport à la façon d’un article scientifique ainsi qu’à présenter oralement et en anglais ses résultats et à les défendre devant un jury scientifique.

BIO2417M+ Création UE Skin Immunity Skin and Mucosal Immune System 3 0 18 0 6 0 0 210 35 18 1 0 aurore.rozieres 65 100 0 0 0
Connaissances en biologie cellulaire, biologie moléculaire, génétique et immunologie
  • To apply basic knowledge to the analysis of research articles related to skin and mucosal immunity
  • To develop a critical awareness of knowledge in a domain and / or at the interface of several domains.
  • To identify, select and critically analyze various specialized resources to document a subject and synthesize these data for their use.
  • To communicate for training or knowledge transfer in English (oral and written).

The skin and more generally the mucous membranes, in addition to their roles as a protective barrier, play a fundamental defense role thanks to thier ability to generate controlled inflammatory responses. This function, called mucosal immune system, relies on the activity of several types of cells, some of which are resident cells in the tissue while others are recruited.

This course will provide the student with an in-depth knowledge of the cutaneous and mucosal immune system, allowing him/her to understand the problems and issues related to this theme in different pathological contexts.

BIO2417M++ Création UE Peau et physiopathologie Physiopathologie des maladies cutanées 3 0 18 0 0 0 0 210 35 18 0 0 aurore.rozieres 65 100 0 0 0
Connaissances en biologie cellulaire, biologie moléculaire, génétique et immunologie

-       Connaître les mécanismes mis en jeu lors du développement des pathologies cutanées

-       Connaitre les différentes stratégies thérapeutiques et les enjeux associées au développement de nouvelles cibles thérapeutiques

-       Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

-       Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale

-       Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

Les maladies cutanées couvrent un large spectre de pathologies allant de réactions bégnines à des pathologies extrêmement sévères. L’objectif de l’UE « physiopathologie des maladies cutanées » sera d’analyser la physiopathologie de différentes maladies cutanées en couvrant des pathologies inflammatoires, infectieuses et cancéreuses. Une attention particulière sera portée au développement des nouvelles thérapies et en particulier aux immunothérapies.

Ce cours se place ainsi à l’interface entre recherche fondamentale et recherche translationnelle, afin d’apporter de solides connaissances sur les mécanismes mis en jeu dans le développement ces maladies cutanées apportant les outils nécessaires pour appréhender les problématiques et enjeux liés aux différents contextes des pathologies cutanées.

BIO24181new+ Création UE Découverte modèle cut Découverte du modèle cutané 3 0 12 0 12 0 0 210 35 18 0 0 jerome.lamartine 65 80 50 20 0 0
Pas de pre-requis spécifique, en dehors d'une formation de base en biologie cellulaire et moléculaire.
Mobiliser des savoirs de base et spécialisés sur le modèle cutané
Développer une conscience critique des savoirs dans le domaine de la biologie de la peau
Maitriser les techniques de base de culture cellulaire des cellules cutanées (fibroblastes, kératinocytes)
L'UE "découverte du modèle cutané" a pour objectif de donner une formation de base sur l'organisation, la composition cellulaire et biochimique du tissu cutané ainsi que sur les fonctions de la peau. C'est une UE introductive pour des étudiants qui ont choisi une spécialisation en biologie cutanée. Elle comprend une partie de cours magistraux sur les différentes structures cutanées (épiderme, derme, hypoderme, jonction dermo-épidermique, annexe pilo-sébacée) et leurs fonctions (fonction barrière, fonction sensitive, fonction neuro-vasculaire notamment) sous forme de cours/conférences donnés par des enseignant-chercheurs et chercheurs spécialistes du domaine. De plus, l'UE comprend une partie de travaux pratiques destinée à donner les bonnes pratiques de culture cellulaire des types cellulaires cutanés les plus couramment étudiés dans les laboratoires de recherche (fibroblastes et kératinocytes).
BIO2419M BIO2419M Renouvellement UE Imagerie de la peau Imagerie de la peau 3 0 12 6 3.5 0 0 210 35 18 0 0 bidaud-bonod 65 100 0 0 0
Avoir des connaissances sur l'organisation générales des cellules, des tissus et des organes
- Analyser des clichés de peau en microscopie optique et électronique
- Connaître les différentes techniques de pointe permettant l'étude de la peau
- Connaître les méthodes d'anlyse d'images et de quantification du signal
L’objectif de l’UE Imagerie de la peau est de présenter en parallèle les techniques d’imagerie disponibles pour l’analyse ex-vivo et l’analyse in vivo des structures cutanées et de leurs applications possibles
L’UE comprendra deux parties :
(i) Analyses ex-vivo des structures de la peau:
Cette partie aura pour objectif grâce à des enseignements théoriques et pratiques de faire la synthèse sur les outils disponibles pour l’analyse ex vivo de la peau : histologie, immunohistochimie, microscopie électronique, microscopie confocale, techniques moléculaires, etc..). Cet enseignement sera associé à l’étude des méthodes d’analyse d’image et de quantification du signal.
(ii) Analyses in vivo:
Pendant de nombreuses années la peau est restée comme l’unique organe humain ne bénéficiant pas d’une technique d’imagerie in vivo. Ceci s’explique par le fait que l’épaisseur de la peau est de l’ordre du millimètre et nécessite donc un fort niveau de résolution. Les progrès technologiques ont permis l’émergence de nouvelles technologies telles que l'échographie 3D, la  tomographie par cohérence optique, la microscopie confocale, la spectrophotométrie, etc.... L’objectif de cette partie sera donc de faire le point sur les différentes technologies disponibles, de leurs contraintes, limites et applications dans le domaine de la recherche et de la clinique.
BIO2420M BIO2420M Renouvellement UE Cicatrisation & aging Cicatrisation et vieillissement cutané 3 0 15 3 0 0 0 210 35 18 0 0 audrey.nosbaum 47-03 0 0 audrey.nosbaum@chu-lyon.fr 0 0
Mobiliser des savoirs de base et spécialisés sur le modèle cutané
Développer une conscience critique des savoirs dans le domaine de la cicatrisation et du vieillissement cutané
Maîtriser des techniques de base d'expérimentation dans la cicatrisation et le viellissement cutané
1.Cicatrisation normale et pathologique 
2.Mécanismes de réépithélialisation cutanée 
3.Immunologie de la cicatrisation 
4.La reconstruction du derme: exemple des brûlures 
5.Matrice Extracellulaire: homéostasie et régénération 
6.Cellules souches et régénération cutanée 
7.Vieillissement cutané: Aspects cliniques, physiopathologie et biomarqueurs 
8.Modèles de vieillissement cutané in vitro 
9.Chronoviellissement 
10.Photovieillissement et cancer 
BIO2421M Renouvellement CHOI Optionnelles MBI082S3 Optionnelles MBI082S3 (1 UE dans la liste) 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BIO2422M BIO2422M Renouvellement UE Actualités Actualités en biologie cutanée 3 0 18 0 0 0 0 210 35 18 0 0 ingrid.masse 65 100 0 0 0

Enseignements de biologie moléculaire, cellulaire, génétique et biochimie de niveau Master 1.

Mobiliser des savoirs de base et spécialisés en biologie de la peau.
Développer une conscience critique des savoirs dans le domaine de la biologie cutanée.
Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Concevoir un projet de recherche basé sur une analyse réflexive, proposer des protocoles expérimentaux pour répondre à des objectifs scientifiques précis et savoir communiquer l’ensemble par écrit et par oral.

Le but de cette UE est d’apporter aux étudiants une vue d’ensemble des dernières avancées réalisées dans les différents domaines de recherche en biologie de la peau.

Des cours seront donnés aux étudiants par des experts, chercheurs ou enseignants-chercheurs, sous forme de cours introductifs généraux de la discipline, suivis de séminaires scientifiques et porteront sur des aspects aussi variés que :
-        structure de la peau, follicules pileux et pigmentation cutanée
-        modèles d’étude de la peau
-        cellules souches, différenciation et barrière épidermique
-        cicatrisation et réparation du tissu cutané
-        immunologie de la peau
-        vieillissement cutané
-        pathologies de la peau
-        rayonnements divers et cancers cutanés
L’interaction entre les étudiants et les conférenciers sera favorisée.

A la suite de ces séminaires, les étudiants seront évalués sur leur capacité à effectuer une recherche bibliographique et à construire un projet de recherche à partir de la présentation d’un des conférenciers, présenté sous forme de poster à l’ensemble des étudiants de la promotion.

BIO2424M BIO2424M Renouvellement UE Stage en biologie cutanée Stage de recherche en biologie de la peau 30 0 0 10 0 0 0 210 35 18 0 0 bidaud-bonod jerome.lamartine 65 100 0 0 0
- Conduire un projet de recherche fondamental ou appliqué dans le domaine de la biologie cutanée
- Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie cutanée
- Se servir de façon autonome des outils numériques
- Développer un sens critique sur ses résultats expérimentaux
- Résoudre de problèmes pour développer de nouveaux savoirs
- Communiquer à l'écrit et à l'oral en français et en anglais
- Analyser ses actions en milieu professionnel
- Respecter les principes d'éthiques
Au semestre 4, le parcours Biologie de la peau propose un stage en laboratoire, en France ou à l’étranger, réalisé sur les 6 derniers mois de l’année (janvier à juin). Ce stage permet aux étudiants :
- d’acquérir une véritable expérience professionnelle au sein d'un laboratoire de recherche public ou d'une entreprise privée et ce, dans le domaine de la biologie cutanée.
- de mettre en pratique et compléter ses acquis et ses compétences et de se spécialiser dans l'un des domaines de la biologie de la peau.
Le stage aboutira à la rédaction d'un article scientifique en anglais basé sur les résultats obtenus suivi d'une soutenance orale en anglais (avec réponses aux questions en français).
BIO2425M BIO2425M Renouvellement UE Image processing Image processing 3 0 0 0 24 0 0 210 35 18 1 0 caroline.grangeasse 65 100 0 0 0

- Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire et imagerie.

- Identifier les usages numériques.

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés.

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés.

- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert des connaissances, par oral et par écrit.

L’analyse d’images de microscopie est un besoin croissant dans le domaine de la biologie cellulaire et tissulaire. L’objectif de cette UE est de donner aux étudiants les connaissances et les outils nécessaires au traitement des images après acquisition et à leur interprétation sous forme de données quantitatives. Le cours comprendra deux parties : 1- Traitement d’images (Généralités sur les images, Les images en noir et blanc et en couleurs, Transformations utilisées en traitement d’image, Amélioration de l’image, Filtre spatial et fréquentiel, Transformations géométriques d’une image) ; 2- Analyse d’image (Segmentation : Binarisation, Filtrage de formes, Etiquetages en composantes connexes ; Extraction de mesures et paramétrisations : Morphométrie, Fluorométrie ; Automatisation de tâches d’analyse par programmation). Les notions théoriques sont mises en œuvre dans des mini-projets de traitement et d’analyse d’image, à l’aide des logiciels du domaine tels que FIJI ou Matlab. A l’issu de cet enseignement, les étudiants seront capables de résoudre les problèmes d’identification d’objets et de quantification rencontrés avec les images de microscopie photonique et électronique.


BIO2426M+ Création UE Biosensing Biosensing the microenvironment 3 0 7.5 10.5 0 0 0 210 35 18 1 0 sophie.richard 65 100 0 0 0

- Maîtriser les concepts fondamentaux de la biologie cellulaire et tissulaire

- Connaitre les bases des principes d’imagerie cellulaire et corps entier

-Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire, tissulaire et en imagerie.

- Identifier les usages numériques

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés.

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés.

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert des connaissances, par oral et par écrit

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

- Développer une conscience critique des savoirs du domaine.

- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif.

L’UE s’organisera autour de plusieurs séminaires donnés par des intervenants venant du secteur public ou privé. L’objectif sera d’étudier la mise en place de la réponse cellulaire face à son environnement en abordant différentes notions (mécano-transduction, signalisation, matrice extracellulaire, shear stress, hypoxie, cancer, biomatériaux, ingénierie tissulaire, médecine régénérative…) pour lesquelles les étudiants réaliseront une présentation orale à partir de l’étude d’articles scientifiques. Ces présentations serviront également à introduire les différents intervenants et leurs travaux. A travers les conférences, l’ensemble des outils d’imagerie seront présentés et permettront aux étudiants de mesurer les enjeux et limites liés à l’utilisation de ces techniques d’imagerie en recherche fondamentale comme appliquée.

Les cours magistraux prendront principalement la forme de séminaires de recherche, tandis que les travaux dirigés se composeront des présentations des étudiants ainsi que des discussions avec les différents intervenants des séminaires.

A l’issu de cet enseignement, les étudiants auront acquis une connaissance générale sur les différentes réponses mises en place par la cellule pour s’adapter à son environnement, aussi bien dans un contexte sain que pathologique. Ils auront également approfondi leurs connaissances des différentes techniques d’imagerie essentielles dans le secteur de la recherche. Les étudiants seront ainsi capables d’adapter la technique d’imagerie en fonction de la question biologique. Enfin, cette UE permettra aussi de développer les compétences des étudiants concernant l’analyse d’articles et la présentation de concepts biologiques de façon didactique.

BIO2427M+ Création UE Morphogenesis and repair Tissue morphogenesis and repair 3 0 7.5 10.5 0 30 0 210 35 18 1 0 jerome.lafont@univ-lyon1.fr 65 100 0 0 0
Niveau licence en sciences de la vie comportant une UE de biologie cellulaire et physiologie: concepts fondamentaux de biologie cellulaire, bonnes connaissances de la communication cellulaire, de la signalisation intracellulaire et de la matrice extracellulaire, ainsi que des notions de biologie du développement.
-Identifier les enjeux scientifiques (défis, verrous technologiques etc...) du domaine de l'ingénierie tissulaire
-Connaître les grands principes de l'étude d'organes in vitro, leur suivi par imagerie ainsi que les techniques permettant la l'étude ou la production de cellules organisées en tissus/organes en vue d'une utilisation en médecine réparatrice
-Préparer et organiser des séminaires scientifiques
-Faire de la veille scientifique sur un domaine précis
-Animer une réunion scientifique
-Synthétiser des informations scientifiques
-Connaitre le milieu professionnel de la médecine régénérative
-Communiquer en langue anglaise
Le programme de l'UE traitera des processus de régénération/dégénérescence et des techniques de réparation tissulaire, appliqués notamment aux tissus du système musculosquelettique (stratégies d'ingénierie tissulaire pour le traitement des pathologies dégénératives et reconstructions d'organes): les thèmes abordés toucheront l’ «architecture tissulaire», le remodelage tissulaire, l’organisation macromoléculaire et les conséquences sur le destin cellulaire (cellules souches et reprogrammation), l'organisation tridimensionnelle des cellules, l'utilisation de biomatériaux et de bioréacteurs pour la médecine régénérative. Le voies de signalisation intracellulaire, les facteurs de croissance/morphogénétiques et leurs influences sur la morphogénèse et l'organisation des cellules en tissu (notamment des cellules souches) occuperont une place importante (organoïdes et modèles d'études pour l'ingénierie tissulaire).
BIO2428M+ Création UE Scientific project Scientific project 9 0 0 0 60 15 0 210 35 18 1 0 caroline.grangeasse violaine.see 65 100 0 0 0
- Utiliser les technologies de biologie cellulaire.
- Conduire un projet de recherche fondamental ou finalisé dans le domaine de la biologie cellulaire et tissulaire.
- Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux.
- Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire.
- Identifier les usages numériques.
- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés.
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés.
- Développer une conscience critique des savoirs du domaine.
- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
- Communiquer à des fins de formation ou de transfert des connaissances, par oral et par écrit.
- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif.

L’U.E. vise à donner aux étudiants une expérience dans la conception, la gestion et la réalisation d’un mini-projet sur une thématique en lien avec le parcours (Biologie Tissulaire et Imagerie). Des techniques d’ingénierie tissulaire et d’imagerie sont appliquées à la résolution d’une question scientifique ciblée, proposée par l’étudiant et validée par les enseignants (elle peut être en lien avec le stage de l’étudiant).

Le début du semestre est consacré à la préparation du projet par les étudiants : état de l’art et définition de la question, pertinence de la stratégie proposée, faisabilité des expériences dans le temps imparti et avec les moyens techniques disponibles, estimation du coût du projet. Les étudiants doivent ensuite planifier leurs expériences et rédiger les fiches techniques nécessaires. Enfin, ils réalisent les expériences et analysent leurs résultats. Par ailleurs, des séances spécifiques permettent de familiariser les étudiants avec différentes technologies telles que la culture cellulaire 3D ou la bio-imagerie (microscopie plein champs, microscopie confocale, microscopie électronique en transmission). Enfin, pour préparer l’état de l’art, des séances sont dédiées à la présentation des outils et usages pour la recherche et la rédaction d’une synthèse bibliographique


BIO2432M BIO2432M Renouvellement UE Research internship Research internship 30 0 0 9 0 0 25 210 35 18 1 0 caroline.grangeasse 65 100 0 0 0

- Utiliser les technologies de biologie cellulaire.

- Conduire un projet de recherche fondamental ou finalisé dans le domaine de la biologie cellulaire et tissulaire.

- Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux.

- Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire.

- Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le domaine.

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés.

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés.

- Développer une conscience critique des savoirs du domaine.

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.

- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert des connaissances, par oral et par écrit.

- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif.

- Analyser des actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d’une démarche qualité. - Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.


Les étudiants effectuent un stage dans un laboratoire de recherche et/ou développement du secteur privé ou public, ou au sein d’une plateforme de microscopie, d’une durée de 4 à 6 mois (minimum 4 mois), en France ou à l’étranger. Ce stage permet à l'étudiant de mettre en pratique et de compléter ses acquis et ses compétences dans les domaines de l’ingénierie tissulaire et/ou de la bio-imagerie.

Ce stage professionnel a pour objectif de réaliser un projet concret défini par la structure d'accueil et en accord avec l'équipe pédagogique. Le déroulement du stage est accompagné par un tuteur de l’équipe enseignante du master. Il aboutit à la rédaction d'un mémoire suivi d'une soutenance orale en présence de l’ensemble de la promotion, sous forme de mini-conférence.

Lors des TD, des ateliers proposés par un spécialiste des ressources humaines permettent d’accompagner les étudiants à la recherche de stage et d’emploi, ainsi qu’à la valorisation de leurs expériences et compétences. Ils sont également sensibilisés aux réseaux sociaux comme outil dans la démarche de recherche d’emploi.

BIO2433M BIO2433M Renouvellement UE SEV GFP Stratégies d'étude des végétaux:Gènes-Fonctions-Phénotypes 6 0 24 12 0 0 0 210 35 18 0 0 christophe.trehin 65 100 0 0 0

Compétences acquises méthodologie :

- Mobiliser les concepts fondamentaux de la transmission de l'information génétique et du fonctionnement cellulaire pour situer les problématiques biologiques.

- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d'outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les différents niveaux d'organisation de la cellule et d'expression d'un génome

- Mobiliser les concepts fondamentaux de biologie moléculaire, de biologie cellulaire, de génétique, de biologie du développement et d’imagerie pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Mobiliser les concepts fondamentaux d'analyse d'expression de gènes in situ.

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation

- Développer une argumentation avec esprit critique

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

Compétences transversales :

- Communiquer : préparer des supports de communication, prendre la parole en public

- Analyser la pertinence de l’information, l’expliquer et la transmettre

Cette UE méthodologique présente les grandes stratégies de biologie moléculaire, de génétique et d’imagerie, utilisées pour caractériser le fonctionnement des plantes. Elle abordera les outils d’investigation liés au phénotypage des plantes entières et à la caractérisation des gènes et des protéines :

 

- Création de mutants (EMS, agrobactérium, TALENs, CRISPR) et de collection de mutants.

- Phénotypage, phénotypage haut débit et association de QTL.

- Mécanismes du contrôle de l’expression de gènes (méthylation de l’ADN et modification des histones).

- Expression des protéines.

- Interaction protéine / ADN.

- Interaction protéine / protéine et mouvement de protéine.

- Imagerie.

- Analyse d’images de microscopie – quantification du signal et de la croissance

BIO2436M BIO2436M Renouvellement UE IVI Ingénierie végétale intégrée 6 0 0 0 60 0 0 210 35 10 0 0 olivier.raymond 64 50 68 50 0 0
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP31802BC02)
L’UE est organisée en deux semaines de Travaux Pratiques au cours desquelles sont mises en oeuvre des techniques de base et avancées de la biologie moléculaire et de la phytochimie en vue de caractériser des lignées végétales participant à des programmes de recherche en cours. A titre d’exemple, lors des dernières années, il s’agissait de comparer, sur le plan des phénotypes floraux, de l’expression des gènes et du métabolisme secondaire floral, des lignées transgéniques de rosiers dont l’expression d’un gène candidat important pour le contrôle du nombre de pétales par fleur était affectée. L’intégration des données acquises devait permettre de mieux comprendre le déterminisme du nombre de pétales et les co-régulations possibles entre le développement de la fleur et le métabolisme secondaire floral. D’autres thématiques et d’autres matériels végétaux pourront être étudiés, en fonction de l’avancée des programmes de recherche auxquels participent les enseignant•e•s de l’UE. Une restitution orale par groupe de travail portant sur cette intégration constitue la base de l’évaluation.
BIO2437M BIO2437M Renouvellement UE IE Insertion en entreprise 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 0 0 timothy.vogel 67 50 65 50 0 0
Comprendre les rôles des professionels non scientifiques dans le fonctionnement de la science et technologie industrielles tel que le loi, la comptabilité, les ressources humaines, le marketing, la propriété industrielle. Analyser soi-même et construire les documents de communication sur ses compétences, formations et motivations (ex cv, lettre de motivation, ....)
Les intervenants extérieurs présentent les apercus dans leur métier de ressources humaines, loi du travail, propriété industrielle, comptabilité. Cours sur l'écriture d'un CV et des lettres de motivation ainsi que les entretiens avec suivi individuel.
BIO2440M+ Création UE SCO Scientific Communication 6 0 6 30 0 0 0 210 35 18 1 0 frederic.laurent florence.hommais 65 50 67 50 frederic.laurent@univ-lyon1.fr 0 florence.hommais@univ-lyon1.fr 0
- Basic knowledge of digital bibliographic research tools
- Basic knowledge of software used to create slides and slide shows.

*Acquire the essential bases for carrying out bibliographic research, for the critical analysis of scientific documents, for the preparation of different forms of oral or written scientific communications.

*Advanced and specialized uses of digital tools:

- Autonomously use advanced digital tools for one or more trades or research sectors in the Specialized Communication domain for knowledge transfer (RNCP34151BC03)

- Identify, select and critically analyze various specialized resources to document a subject and synthesize these data for their use

- Communicate for training or knowledge transfer purposes, orally and in writing.

This teaching unit includes lectures and tutorials allowing a theoretical and practical understanding of the different dimensions of oral, poster and written scientific communication. Based on examples, it aims to allow students to understand the different stages of the processes allowing to design, prepare, carry out a relevant and impactful scientific communication according to the various supports. This teaching unit constitutes a preparation for the bibliographical and experimental reports which are requested within the framework of the master 2 as well as the oral defense of the experimental work at the end of the master 2.

BIO2441M BIO2441M Renouvellement UE RTM Recent topics in microbiology 3 0 0 18 0 0 0 210 35 18 0 0 marc.lemaire5240 65 50 67 50 marc.lemaire.bio@univ-lyon1.fr 0 0
Advanced knowledge in microbiology
Usages avancés et spécialisés des outils numériques (RNCP34151BC01):
- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine
Communication spécialisée pour le transfert de connaissances (RNCP34151BC03):
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit.
Le but de l'UE est de former les étudiants à 1) la veille scientifique et à l'intégration des nouvelles connaissances dans les modèles en cours, 2) la critique des expériences scientifiques et 3) la présentation orale d'un travail de synthèse. De plus, l'UE permettra d'illustrer les dernières avancées et découvertes dans le domaine de la microbiologie, en considérant les aspects fondamentaux et/ou appliqués, tant au niveau moléculaire et cellulaire qu'au niveau des interactions de différents microorganismes avec leur environnement. Organisée exclusivement sous forme de TD, des publications scientifiques récentes, validées par un spécialiste du domaine, serviront de support au travail de synthèse et de présentation demandé. L'identification des questions biologiques posées, de leur importance relative, ainsi que des faiblesses éventuelles des démonstrations seront enfin enseignées.
BIO2442M+ Création UE CMEM Concepts et méthodologies en écologie microbienne 3 0 21 0 0 0 0 210 35 18 0 0 yvan.moenne-loccoz 67 100 0 yvan.moenne-loccoz@univ-lyon1.fr 0 0
Connaissances avancées en microbiologie et écologie microbienne
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP34151BC02)
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale
- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines
- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées
L’UE traite de concepts majeurs et de méthodologies en microbiologie et en écologie microbienne, et notamment de leurs utilisations dans le cadre des démarches de recherche scientifique. Après des rappels d’écologie microbienne, nous aborderons la notion d’écosystème microbien et conséquences pratiques, la notion de populations microbiennes et l'utilité des concepts associés (aspects taxonomiques, niche écologique, migrations et métapopulations), la signification des éléments génétiques mobiles et génomique évolutive microbienne, la diversité microbienne (définitions, évaluations, significations), les interactionshôte-microorganismes ainsi que les outils moléculaires d’analyse de ces interactions, la relation entre populations microbiennes et fonctionnement des écosystèmes/hôtes. Nous terminerons avec les concepts de microbiomes et métagénomique.
BIO2443M BIO2443M Renouvellement UE IM Ingénierie microbienne 6 0 10 0 50 0 0 210 35 16 0 0 erwan.gueguen 65 100 0 erwan.gueguen@univ-lyon1.fr 0 agnès.rodrigue@insa-lyon.fr 0
Connaissances avancées en génétique et biologie moléculaire bactérienne (en particulier les techniques de clonages de gènes dans des vecteurs plasmidiques et les mécanismes d'expression génique)
- Analyser les situations complexes en microbiologie, émettre des hypothèses de travail en fonction des domaines d'application et proposer des stratégies expérimentales permettant de valider celles-ci.
- Appliquer les méthodologies récentes permettant l'étude des microorganismes, de leur activité, de leur diversité et de leur évolution, afin de conduire en autonomie un protocole expérimental.
- Concevoir et réaliser en autonomie une démarche expérimentale pour répondre à une problématique où les microorganismes sont au coeur des réactions et transformations biologiques en lien avec leurs environnement (biotique ou abiotique).
- Respecter les règles d'hygiène et sécurité, de traçabilité, de probité intellectuelle et de propriété industrielle

Appui à la transformation en contexte professionnel (RNCP34151BC04) :
- Conduire un projet (conception, pilotage, mise en oeuvre et gestion, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif
- Analyser ses actions en situation professionnelle
- Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale
Cette UE à forte composante technologique vise à présenter les concepts, outils et applications de la Biologie de Synthèse pour la production de molécules d’intérêt économique ou pour le développement de procédés « verts » (bio-remédiation, chimie verte, …). Avec une partie importante de la formation dispensée sous forme de TP, cette UE permettra de mettre en œuvre les concepts théoriques et méthodologiques (écologie, microbiologie, génétique, régulation, biologie moléculaire, physiologie) vus précédemment par les étudiants chez les micro-organismes procaryotes et eucaryotes. Ainsi, les machineries enzymatiques, les notions de "scaffolding" et de "channeling", mais aussi la dégradation de molécules organiques ou la dépollution des métaux seront abordés.L'enseignement intègrera la dimension éthique des questions soulevées par la biologie de synthèse et la biotechnologie. Il intègrera aussi la mise en application concrète des outils de bio-informatique nécessaires aux analyses de séquences, aux constructions génétiques virtuelles et aux propositions de réseaux de régulation.
BIO2445M+ Création UE OHISEM One Health et Impacts sanitaires des écosystèmes microbiens 3 0 21 0 0 0 0 210 35 18 0 0 estelle.loukiadis florence.wisniewski 67 90 65 10 estelle.loukiadis@vetagro-sup.fr 0 florence.wisniewski@univ-lyon1.fr 0
Connaissances avancées en microbiologie et écologie microbienne
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP34151BC02) :
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale
- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines
- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées
L’objectif de cette UE sera d’illustrer l’importance grandissante des écosystèmes microbiens sur la santé ainsi que l’influence de l’environnement sur l’évolution des écosystèmes et leur impact sur l’évolution des maladies. Cette UE abordera le concept OneHealth (ou Santé Globale) qui intègre l'existence de liens étroits entre la santé humaine, la santé animal ou la santé de l'environnement. Ce concept promeut les approches pluridisciplinaires.
BIO2446bM+ Création UE AIB Applied Integrative Biology 3 0 0 0 21 0 0 210 35 18 1 0 cecile.ribot 65 80 67 20 cecile.ribot@univ-lyon1.fr 0 0
Advanced knowledge in microbial genetics, molecular and cellular biology / Basic knowledge in biochemistry (metabolism) in "omics" approaches

*Development and integration of highly specialised knowledge (RNCP34151BC02)

-Mobilize highly specialized knowledge, some of which is at the forefront of knowledge in a field of work or study, as a basis for original thinking

- Develop a critical awareness of knowledge in a domain and / or at the interface of several domains-

- Carry out a reflective and distanced analysis taking into account the stakes, the problems and the complexity of a request or a situation in order to propose adapted solutions

- Analyze complex situations in microbiology, make working hypotheses according to the fields of application and propose experimental strategies to validate them.

*Communicate for training or knowledge transfer purposes, orally and in writing (RNCP34151BC03).

Training courses dedicated to the integrative analysis of multi-omics datasets obtained by different scientific experts working in the area of plant-microbe interactions.
BIO2446M+ Création UE IMINT Introduction à la Microbiologie intégrative 3 0 21 0 0 0 0 210 35 18 0 0 cecile.ribot 65 100 0 cecile.ribot@univ-lyon1.fr 0 0
Connaissances avancées en génétique microbienne, biologie moléculaire et cellulaire / Bases de biochimie (métabolisme)
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP34151BC02) :
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale
- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines
- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées
Depuis l'avènement des données « omiques », la compréhension de l'acclimatation cellulaire des microorganismes à des changements d'environnement mise sur la possibilité de pouvoir analyser l'ensemble des modifications déclenchées par ces changements dans la cellule. Toutefois, cette analyse demande l'intégration de ces données à celles issues de la biologie moléculaire et cellulaire, et cela constitue un ensemble complexe parfois difficile à appréhender. Sur la base de données "omiques", l'objectif de l'UE est d'aborder la microbiologie intégrative en reliant les voies métaboliques à leurs localisations dans la cellule et à leurs systèmes de régulation. Les notions d'inter-connexion entre les voies métaboliques et de réseaux de régulation seront également abordées pour comprendre comment la modulation de la quantité de quelques métabolites ou de l'expression de quelques gènes engendre des cascades d'ajustements cellulaires.
BIO2447M BIO2447M Renouvellement UE STAR Stage recherche 24 0 0 24 0 0 20 210 35 18 0 0 florence.wisniewski 65 50 67 50 Florence.Wisniewski@univ-lyon1.fr 0 0
- Connaissances avancées en microbiologie
- Etre capable d'organiser sa démarche de recherche de stage
- Se situer dans un environnement hiérarchique et professionnel
- Savoir respecter les procédures de sécurité et les normes de sécurité inhérentes à un laboratoire de recherche
- Etre sensibilisé aux règles d'éthique et de déontologie de la recherche
- Appliquer les méthodologies récentes permettant l'étude des microorganismes, de leur activité, de leur diversité et de leur évolution, afin de conduire en autonomie un protocole expérimental.
- Concevoir et réaliser en autonomie une démarche expérimentale pour répondre à une problématique où les microorganismes sont au coeur des réactions et transformations biologiques en lien avec leurs environnement (biotique ou abiotique).
- Respecter les règles d'hygiène et sécurité, de traçabilité, de probité intellectuelle et de propriété industrielle

Usages avancés et spécialisés des outils numériques (RNCP34151BC01):
- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine
Communication spécialisée pour le transfert de connaissances (RNCP34151BC03):
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit.
Appui à la transformation en contexte professionnel (RNCP34151BC04): 
- Conduire un projet (conception, pilotage, mise en oeuvre et gestion, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif
- Analyser ses actions en situation professionnelle
- Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale
Le stage Recherche d’une durée de 5 mois a lieu au second semestre sous la responsabilité d’un maître de stage dont la désignation est validée par la commission pédagogique du master. L'étudiant est intégré à une équipe d'accueil dans laquelle il développe la problématique de recherche en microbiologie / écologie microbienne qui lui a été confiée. Le stage de recherche est évalué sur la base d’un rapport expérimental rédigé sous forme d’article scientifique et d’une soutenance orale. Une part importante de l’évaluation est basée sur la pertinence des réponses fournies aux questions du jury : maîtrise des concepts et des méthodes utilisées, justification de la démarche scientifique, capacités d’analyse des résultats expérimentaux, perspectives envisagées, honnêteté des résultats. En amont du stage, les étudiants font une présentation orale du sujet de recherche qui leur est confié ; cette présentation est réalisée en présence de tous les candidats et de chercheurs / enseignants-chercheurs qui animent des discussions sur les choix stratégiques, la validation des hypothèses, et les réorientations éventuelles des travaux.
BIO2448M BIO2448M Renouvellement UE MEGR Microorganismes et environnement, gestion des risques 6 0 24 12 0 0 0 210 35 18 0 0 timothy.vogel 65 50 67 50 0 0
Connaissances en microbiologie environnementale
Analyser et synthétiser des informations techniques, organisationnelles et réglementaires. Effectuer de la veille technologique. Développer un regard critique. Communiquer à l’oral et à l’écrit . Respecter les règles d’hygiène et sécurité, et environnement. Travailler en équipe.
Gérer, coordonner et gérer un projet positive pour l'environnement en utilisant l'expertise microbiologique.
Le programme inclut les études de veille technologique sur les technologies environnementales et les analyses des capacités microbiennes en environnement. Ce travail est ensuite présenté par les étudiants. Les méthodes d'analyses de biologie moléculaire, les méthodes normées des études de risques sont expliquées par les industriels du domaine. Les projets sont définis par les groupes : planning, gestion de projet et gestion du budget. Une présentation finale à des professionnels des secteurs concernés cloture le projet.
BIO2449M BIO2449M Renouvellement UE PIGM Projets industriels en génie microbiologique 6 0 12 24 0 0 0 210 35 18 0 0 timothy.vogel 67 50 65 50 0 0
Connaissances en microbiologie ou biochimie fondamentale
Coordonner, animer et gérer un projet de création d'une start-up. Négocier les achats, les locations et définir le business plan. Innover les nouvelles technologies. Mettre en œuvre son savoir-faire et son savoir être en situation professionnelle.  Communiquer ses travaux par divers moyens de diffusion (rapports, exposés oraux). Respecter des règles d’hygiène et sécurité, de traçabilité, de probité intellectuelle et de propriété industrielle.
Développer un regard critique vis-à-vis des applications de microbiologie dans le monde industriel.
L'objectif est de mettre en place une activité professionelle basée sur l'innovation microbiologique appliquée avec tous les éléments d'une société tel que la R&D, le marketing, la production, et la PI. Les intervenants extérieurs fournissent l'expertise en comptabilité, et création d'entreprise.

BIO2450M BIO2450M Renouvellement UE MBVP Microbiologie biomédicale, vétérinaire et pharmaceutique 6 0 24 12 0 0 0 210 35 18 0 0 sabine.favre-bonte 67 50 65 50 0 0
Connaissances en microbiologie médicale

Gérer, coordonner et animer un projet. Analyser et synthétiser des informations. Effectuer de la veille scientifique. Développer un regard critique. Communiquer à l’oral et à l’écrit auprès d’un public expert. Travailler en équipe.
Maitriser les aspects fondamentaux de la microbiologie. Maitriser les méthodologies récentes pour l’étude des microorganismes. Appliquer la microbiologie dans les domaines de la santé et des biotechnologies.

Les étudiants se voient confier par groupe, un projet de recherche bibliographique sur une thématique d’actualité en microbiologie appliquée au secteur biomédical, pharmaceutique, cosmétique ou vétérinaire. Ce travail donne lieu à un mémoire et une soutenance devant des industriels et des universitaires.
Par ailleurs, des interventions d’industriels des secteurs concernés permettent de renforcer les connaissances.

BIO2451M BIO2451M Renouvellement UE GMAS Génie microbiologique agro-alimentaire et sécurité sanitaire 6 0 24 12 0 0 0 210 35 18 0 0 sabine.favre-bonte 67 50 65 50 0 0
Connaissances en microbiologie agroalimentaire

Gérer, coordonner et animer un projet. Analyser et synthétiser des informations techniques, organisationnelles et réglementaires. Effectuer de la veille technologique. Développer un regard critique. Communiquer à l’oral et à l’écrit auprès d’interlocuteurs de formations différentes. Respecter les règles d’hygiène et sécurité, de traçabilité. Analyser et synthétiser des informations techniques et organisationnelles. Travailler en équipe.

Maitriser les aspects fondamentaux de la microbiologie. Maitriser les méthodologies récentes pour l’étude des microorganismes utilisés ou rencontrés en industrie agroalimentaire. Appliquer la microbiologie dans les domaines de l’agroalimentaire.

Le programme est en lien direct avec les questionnements industriels. Il comprend : l’étude des groupements microbiens colonisant les matières premières et les environnements industriels mais également les microflores technologiques, les méthodes d’identification des microorganismes, l’impact des modifications du process industriel sur les aliments mis sur le marché. En complément des industriels du secteur agroalimentaire interviennent pour amener des connaissances complémentaires sur des questionnements d’actualité dans les entreprises (ex : la Food defense, l’utilisation de l’huile de palme et la réglementation associée, …).

 

BIO2452M+ Création UE Stage Industriel Stage en milieu industriel 30 0 0 30 0 0 0 210 35 18 0 0 sabine.favre-bonte 67 50 65 50 0 0
Mettre en œuvre son savoir-faire et son savoir être en situation professionnelle.
Réaliser un projet de recherche, de développement ou d’innovation en microbiologie, mettre en place des référentiels qualité, mettre en place un suivi d’unités de production.
-Le stage réalisé en milieu industriel a pour objectif la professionnalisation de l’étudiant sur la base des acquis du M1 et du premier semestre du M2. Les entreprises concernées sont situées dans les domaines agroalimentaire, biomédical, pharmaceutique, cosmétique et de l’environnement. Cette période en entreprise se conclue par la rédaction d’un mémoire et une soutenance.
-Les etudiants seront au préalable formés à la recherche bibliographique ainsi qu’à la gestion des références bibliographiques. Ils seront également formés et accompagnés dans la recherche de leur stage.
BIO2453M Renouvellement CHOI Optionnelles MBI011S3 UE Optionnelles MBI011S3 (12 ects au choix) 12 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BIO2460M BIO2460M Renouvellement UE E2JSEB Enjeux éthiques-juridiques-sociaux-écologiques en bioinfo 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 vincent.lacroix 72 0 67 0 0 0
Cette UE vise à aider les étudiants à formuler les questions éthiques sous-jacentes aux travaux dans lesquels ils sont ou seront impliqués en tant que jeune bionformaticiens.
Les étudiants sont également initiés au droit logiciel et à la propriété intellectuelle.
Liste des cours donnés dans cette UE:
1- pourquoi faire de l'éthique en bioinformatique ?
2- intégrité scientifique en pratique: de l'erreur à la fraude
3- intelligence artificielle et santé
4- enjeux éthiques et sociaux en sciences de données
5- empreinte environnementale du numérique
6- questions éthiques en bioinformatique: étude de cas réels
7- droit logiciel
8- propriété intellectuelle


BIO2461M Renouvellement UE Stage bioinfo 2 Stage entreprise / laboratoire 2 27 0 0 27 0 0 24 210 35 18 0 0 celine.brochier-arm
BIO2462M+ BIO2462M Renouvellement UE Advanced immunology Advanced immunology and health 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 yann.leverrier 65 100 0 0 0

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisé :

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

L'enseignement apporte une vision intégrée du fonctionnement du système immunitaire, en condition homéostatique ou pathologique. Le système immunitaire est un système multicellulaire et biochimique complexe, diversifié, dynamique et très organisé qui nous protège contre les infections et les cancers. Sa dérégulation est source de nombreuses pathologies (auto-immunité, maladies inflammatoires...). Les sujets abordés seront : la biologie du système immunitaire et son fonctionnement spatio-temporel, la chrono-immunologie, les réponses immunitaires contre les microbes et le rôle du microbiome, la communication au sein du système immunitaire, les maladies auto-immunes, les immunodéficiences, les allergies, l'immunologie des cancers, les immuno-thérapies et la vaccination...

Les cours sont structurés pour permettre d'aborder selon plusieurs angles les différents domaines de l'immunologie, de la recherche fondamentale à la recherche translationnelle en réunissant au cours de l’UE des scientifiques universitaires, du monde industriel et des cliniciens.

Les objectifs du cours sont de présenter les questions actuelles ainsi que les avancées récentes en Immunologie et leurs applications en santé humaine. Ainsi les étudiants acquerront une compréhension globale de la façon dont le système immunitaire se développe, fonctionne ou dysfonctionne et dont il peut être manipulé au bénéfice de la santé.

BIO2463M+ BIO2463M Renouvellement UE Energy homeostasis Physiology of energy homeostasis 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 claude.duchamp gilles.mithieux 66 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

L’UE aborde les régulations physiologiques de l’homéostasie énergétique des organismes et ses dérèglements dans les pathologies métaboliques. Le contrôle de l’équilibre énergétique des organismes en réponse aux contraintes environnementales requiert une régulation coordonnée de l’énergie ingérée et dépensée grâce à la détection des ressources énergétiques disponibles, l’intégration centrale des informations et le contrôle des mécanismes métaboliques et thermogènes. L’enseignement aborde ces aspects aux niveaux moléculaires, cellulaires et des organismes dans leur environnement et présente les plus récentes découvertes dans le domaine de l’homéostasie énergétique grâce à des conférences / débats avec des spécialistes internationaux reconnus.

Les thèmes varient d’une année à l’autre selon les conférenciers invités mais couvrent notamment : physiology of glucose and energy homeostasis ; mitochondrial and cellular plasticity of bioenergetics ; endocrine and biochemical modulation of energy balance ; nutrient sensing ; contribution of the digestive tract and microbiota, the various shades of adipose tissue, the liver and skeletal muscles ; inter-organ communications, from periphery to brain and reverse ; hypothalamic regulation of energy balance ; contribution of the reward circuits and endocannabinoids in energy balance ; thermoregulation and energy homeostasis, adaptations to ecological constraints ; Comparative and integrated approaches, from molecular to ecological levels - lessons from various biological models ; From normal nutrition to complex behavioral or metabolic pathologies ; pharmacological modulation of energy balance and new therapeutic developments

BIO2464M+ BIO2464M Création UE Paleobiology Paleobiology 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 cyril.charles laurent.viriot 68 50 36 50 0 0

Compétences acquises (méthodologie) : Savoir expliciter un état de l'art, Savoir présenter une synthèse de travaux de recherche, Savoir confronter des informations tirées de différentes études.

Compétences acquises (technique) : Savoir prendre la parole en anglais après un temps de préparation (présentation d'un intervenant et synthèse finale) ou spontanément (questions).

Forte de multiples avancées techniques et méthodologiques récentes, la paléobiologie est devenue un domaine de recherche radicalement transdisciplinaire. La Paléobiologie contemporaine se nourrit des avancées biologiques le plus récentes et elle s’appuie également sur la Physique, la Chimie, et la modélisation mathématique pour mieux appréhender (1) les traits de vie des espèces éteintes ; (2) la dynamique évolutive des espèces au cours du temps ; (3) les environnements et les climats du passé ; et (4) les réponses des communautés anciennes confrontées à des période de crise de la Biosphère.

En invitant des spécialistes les plus pointus, ainsi que des paléontologues de terrain et des responsables de collections dans les plus grands musées internationaux, cette UE explore les différents aspects du métier de paléontologue et les diverses facettes de la paléobiologie évolutionniste moderne, permettant ainsi aux étudiants d’intégrer les défis scientifiques de cette discipline.

Les conférences (en anglais) retracent l’histoire évolutive des grands domaines du vivant (e.g. plantes, invertébrés, vertébrés, dynamique des domaines marins et continentaux, impacts des crises). Des séminaires méthodologiques insistent sur certaines méthodes clés en paléobiologie (e.g. géochimie isotopique, microtomographie, paléo-ADN). Toutes les conférences sont précédées de présentations des conférenciers (par un étudiant) et suivies de séances de questions et/ou de tables rondes.

BIO2465M BIO2465M Renouvellement UE Host and microbes Host and microbes 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 francois.vandenesch chloe.journo 65 60 64 40 0 0

Compétences acquises : méthodologie : 

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux

 

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC01 Usages avancés et spécialisés des outils numériques

Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour  un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

 

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

This course aims to provide students with an interdisciplinary understanding of the field of microbe / host interactions. Recent conceptual advances as well as innovative methodological approaches will be discussed and illustrated on specific examples from the bacteriology and virology disciplines. The program is designed to satisfy the scientific curiosity of students with molecular and cellular biology backgrounds, as well as students with evolution and ecology backgrounds. The program should allow rich interactions among students and between students and speakers.  

Thèmes couverts (sous forme de plan ou de liste)

Themes may vary from year to year.

Host / microbes interactions at the molecular and cellular levels

  • Mechanisms of microbial entry into host cells
  • Mechanisms of intracellular trafficking of microbes
  • Infections in the central nervous system 
  • Microbes & immunity

Host / microbiota interactions

Microbial evolution; modelling and predictions in microbiology 

  • Microbial evolution and emergence
  • Microbe / host coevolution
  • Paleomicrobiology
  • Systems biology of antimicrobial resistance

Host / microbes interactions and ecology

Impact of global changes in host / microbes interactions 

BIO2466M+ BIO2466M Création UE Supramolecular machines Supramolecular machines and therapeutic targets 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 patrice.gouet gilles.rautureau 64 100 0 0 0

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

- Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux

- Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la   complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

 

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

Les approches génomiques et post-génomiques à haut débit apportent une masse formidable de données sur les génomes de nombreux organismes. Un défi majeur proposé désormais aux biologistes consiste à comprendre ces données au niveau moléculaire, c’est-à-dire à déterminer la structure et les mécanismes biochimiques d’action des différents acteurs : protéines, acides nucléiques, cofacteurs, et les complexes supramoléculaires dynamiques que tous ensemble ils composent.

 

Relever ce défi est indispensable pour la compréhension fine du vivant, et pour le développement rationnel de moyens thérapeutiques, diagnostiques et industriels nouveaux. A ces fins, les outils et approches de la biologie structurale sont essentiels et incontournables. Ils acquièrent continuellement plus de puissance et de facilité d’utilisation, et les résultats qu’ils fournissent sont présents dans une proportion sans cesse croissante des publications.

 

Cette UE, qui s’appuie sur l’excellence internationale des ressources scientifiques régionales avec le Centre de Résonance Magnétique Nucléaire à très haut champs (CRMN) à Lyon et le synchrotron européen (ESRF) à Grenoble. Il présente les techniques les plus modernes de la biologie structurale (RMN, cristallographie, cryo-microscopie électronique, microscopie super-résolution), dont la connaissance des pouvoirs et des limites est désormais indispensable à tout biologiste soucieux de comprendre en profondeur les mécanismes du vivant.

BIO2468M+ BIO2468M Création UE Neurosciences Cellular and cognitive neurosciences 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 bertrand.mollereau jean-claude.dreher 69 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

Les compétences méthodologiques sont définies autour des thèmatiques de neurosciences cellulaires et de neurosciences des systèmes.

Neurosciences cellulaires

Bloc de compétences n°1 de la fiche 34270

  • Mobiliser des savoirs  dans les approches méthodologiques pour évaluer les fonctions et dysfonctions neuronales aux niveaux cellulaires et moléculaires au cours du processus de neurodégéneresence.
  • Mobiliser des savoirs  sur les modèles animaux pour étudier les projections et la régénération neuronale
  • Mobiliser des savoirs  pour être capable de comprendre et illustrer les approches pour étudier la différentiation neuronale à l’échelle cellulaire et de l’organisme

Neurosciences cognitives

Bloc de compétences n°2 de la fiche 34270

  • Mobiliser des savoirs  dans les méthodes d’imagerie par résonance magnétique fonctionnelle et d’electrophysiologie pour étudier les fonctions cognitives chez l’homme et l’animal.

Bloc de compétences n°1 de la fiche 34270

  • Identifier les usages numériques  sur les principes de traitements des données informatiques pour modéliser les fonctions cognitives

Compétences acquises : technique :

Bloc de compétences n°3 de la fiche 34270

  • Identifier, sélectionner et anaylyser avec un esprit critique des expériences dans les domaines des neurosciences cellulaires et cognitives.
  • Identifier, sélectionner et anaylyser avec un esprit critique les méthodologies standards d’article scientifiques dans ces domaines.
  • Communiquer à des fins de formation ou de transfert sur des sujets de neurosciences cognitives et cellulaires par oral et par écrit en français et en anglais.

Savoir : méthodologie :

Les compétences méthodologiques sont définies autour des thèmatiques de neurosciences cellulaires et de neurosciences des systèmes.

Neurosciences cellulaires

  • Connaître les approches méthodologiques pour évaluer les fonctions et dysfonctions neuronales aux niveaux cellulaires et moléculaires au cours du processus de neurodégéneresence.
  • Connaitre les modèles animaux pour étudier les projections et la régénération neuronale
  • Etre capable de comprendre et illustrer les approches pour étudier la différentiation neuronale à l’échelle cellulaire et de l’organisme

Neurosciences cognitives

  • Connaître les méthodes d’imagerie par résonance magnétique fonctionnelle et d’electrophysiologie pour étudier les fonctions cognitives chez l’homme et l’animal.
  • Connaitre les principes de traitements des données informatiques pour modéliser les fonctions cognitives

Savoir : technique :

  • Avoir des compétences pour proposer et analyser des expériences dans les domaines des neurosciences cellulaires et cognitives.
  • Connaitre les méthodologies standards pour être un lecteur critque d’article scientifiques dans ces domaines.
  • Etre capables d’écrire et débattre sur des sujets de neurosciences cognitives et cellulaires.

Cette UE effectuera un pont entre les domaines de neurosciences cellulaires et cognitives. Pour cela, sera développé dans une partie transversale de l’UE le thème transversal entre les neurosciences cellulaires et cognitives sur le système de récompense de prise de décision du système dopaminergique. Ces thèmes seront couverts en décrivant des résultats moléculaires, cellulaires, pharmacologiques, des neurosciences cognitives et computationnelles ainsi que des perspectives cliniques. L’ensemble des ces présentations permettront permettront de comprendre le système dopaminergique de récompense  du moléculaire, cellulaire jusqu’au fonctions cognitives. En addition à ce thème transversal, des intervenants couvriront par leurs interventions les champs du développement du système nerveux, la différenciation neuronale et la mise en place des réseaux de projection neuronales. Des exemples de pathologies du système nerveux seront également abordés.

Thèmes couverts dans l’UE :

Neurosciences cellulaires :

  • Les fonctions normales du système dopaminergique de récompense dans l’apprentissage et la mémoire
  • Les dysfonction neuronales conduisant à la neurodégénérescence avec le rôle du métabolisme et des mitochondries
  • Les thérapies actuelles et futures dans les maladies neurodégénératives (modèle des lésions neuronales et la régénération et la thérapie génique).
  • Mécanismes de projection neuronale et régénération
  • Neurodéveloppement de la rétine

Neurosciences cognitives :

  • Rôle du cortex préfrontal dans les fonctions exécutiveset l’organisation du comportement
  • Bases neurocomputationnelles de l’apprentissage par renforcement : rôle du système dopaminergique
  • Approches neurocomputationnelles de la prise de décision perceptiveroduction au modèle de  diffusion
  • Le cerveau prédictif : introduction aux modèles Bayésiens du cerveau
  • Prise de decision basée sur les valeurs.
  • Introduction aux neurosciences sociales
BIO2469M+ BIO2469M Renouvellement UE Trends in ecology Trends in ecological research 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.douady nicolas.goudemand 67 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Compétences acquises : technique :

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

L’écologie cherche à comprendre les causes et les conséquences de la dynamique de la biodiversité. Cette discipline s’intéresse à la fois aux mécanismes de l’évolution des êtres vivants en réponse à leur environnement (et à ses modifications) mais également au rôle qu’ont ces organismes dans le fonctionnement des écosystèmes. L’objectif de cette UE est de couvrir les points chauds, les concepts novateurs et les approches originales des recherches actuelles en écologie. Cet enseignement reposera sur des interventions de spécialistes français et étrangers de réputation internationale dans le domaine.

Nous aborderons cette discipline aux différents niveaux d’organisation biologique. Nous nous attacherons plus particulièrement à décrire les mécanismes clés qui modèlent et structurent la biosphère (e.g. relations entre être vivants, dynamique des écosystèmes, relations diversité/écosystème) au niveau génomique, populationnel et écosystémique.

Enfin, nous replacerons l’écologie dans un point du vue sociétal, économique et politique en abordant par exemple les thématiques liées aux ressources écosystémiques et leurs enjeux géopolitiques dans le cadre de la crise actuelle.

BIO2470.1M+ Création ENS Practicals in imaging Practicals in imaging: from samples to quantification 0 0 0 0 30 0 0 210 35 18 1 0 dominique.baas pradeep.das
BIO2470M+ Création UE Practicals in imaging Practicals in imaging: from samples to quantification 3 0 0 0 36 0 0 210 35 18 1 0 dominique.baas pradeep.das
BIO2471M Renouvellement UE UE pratique libre S3 UE pratique libre S3 3 0 0 0 0 0 0 210 35 18 1 0 nathalie.davoust-nat christophe.trehin
BIO2472.1M+ Création ENS Pratique des collections Pratique des collections muséologiques 0 0 0 0 30 0 0 210 35 18 1 0 nicolas.goudemand
BIO2472M+ Création UE Pratique des collections Pratique des collections muséologiques 3 0 0 0 36 0 0 210 35 18 1 0 nicolas.goudemand
BIO2473.1M+ Création ENS Practicals in NGS Practicals in next generation sequencing 0 0 0 0 30 0 0 210 35 18 1 0 marie.semon@ens-lyon.fr
BIO2473M+ Création UE Practicals in NGS Practicals in next generation sequencing 3 0 0 0 36 0 0 210 35 18 1 0 marie.semon@ens-lyon.fr carine.rey@ens-lyon.fr
BIO2474.1M+ Création ENS Bio-modelling Practicals in bio-modelling 0 0 0 0 30 0 0 210 35 18 1 0 nicolas.goudemand
BIO2474M+ BIO2474M Création UE Bio-modelling Practicals in bio-modelling 3 0 0 0 36 0 0 210 35 18 1 0 nicolas.goudemand julien.derr@ens-lyon.fr 0 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Compétences acquises : technique :

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

- Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe

L’objectif de cette UE est de permettre aux étudiant.e.s de développer concrètement un projet de modélisation dans un domaine de leur choix en Biologie. Les étudiant.e.s, organisé.e.s en petits groupes, sont encouragé.e.s à explorer un sujet qui les intéresse. Tous les sujets sont à priori possibles, mais étant donnée le temps limité disponible, leur pertinence et leur faisabilité seront discutées avec les enseignants en début d’UE. Les outils jugés nécessaires seront introduits par les enseignants ou par des intervenants extérieurs invités à accompagner les différents groupes. Seront privilégiés les outils qui permettent relativement facilement de produire des simulations qui permettent d’explorer diverses hypothèses biologiques (par exemple Netlogo, Morpheus). A la fin de l’UE, chaque groupe présentera et discutera ses résultats en détail devant la classe et les enseignants.

Pas de prérequis. Un bon niveau en mathématiques ou en programmation n’est pas nécessaire. Il s’agit avant tout de savoir expliciter les hypothèses liées au sujet.

BIO2475M Renouvellement UE Anglais M2 Anglais M2 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 0 0 gilles.christoph@ens-lyon.fr veronique.rancurel@ens-lyon.fr
BIO2477M BIO2477M Renouvellement UE Bibliographic analysis Bibliographic analysis 6 0 0 60 0 0 0 210 35 18 1 0 francois.roudier 0 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

Bloc de compétence n°1 de la fiche n° 24530 – Usages digitaux et numériques

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.

Bloc de compétence n°2 de la fiche n° 24530 – Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires

• Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

Bloc de compétence n°3 de la fiche n° 24530 - Exploitation de données à des fins d’analyse

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Développer une argumentation avec esprit critique.

Bloc de compétence n°4 de la fiche n° 24530 - Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire

• Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques biologiques et physiologiques.

• Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).

• Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

 

Bloc de compétence n°5 de la fiche n° 24530 - Expression et communication écrites et orales

- Communiquer par oral et par écrit, de façon claire et non-ambiguë, dans au moins une langue étrangère.

 

Bloc de compétence n°6 de la fiche n° 24530 - Mise en oeuvre de méthodes et d'outils du champ disciplinaire

• Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

• Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique.

 

Bloc de compétence n°7 de la fiche n° 24530 - Positionnement vis à vis d’un champ professionnel

- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

L'UE a pour but d'entrainer l’étudiant au travail bibliographique et à la communication scientifique par la réalisation individuelle et autonome d'un projet à « taille réelle », tout en préparant son stage de M2 en laboratoire par une exploration détaillée de la littérature sur le sujet de stage.

 

L’étudiant rédige en anglais une revue scientifique en suivant un format et des consignes professionnelles. Le projet de l'étudiant, nécessitant un travail personnel conséquent, est soutenu par l’encadrement d’un tuteur dédié.

BIO2478M+ Création UE Stage de recherche Stage de recherche 30 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 nathalie.davoust-nat christophe.trehin
BIO2479M Renouvellement UE Stage SV-STU Stage de Recherche en laboratoire SV-STU 12 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 Deborah Prevot
BIO2481M+ Création UE Systèmes complexes Modélisation des systèmes complexes et données complexes 18 0 0 0 0 0 0 210 35 18 1 0 pierre.borgnat
BIO2482M BIO2482M Renouvellement UE TECHNO-WATCH TECHNOLOGY WATCH 3 0 0 27 0 0 0 210 35 18 0 0 patricia.doublet 65 50 87 50 0 0
Connaissances en biologie moléculaire, microbiologie, immunologie et biologie cellulaire
Compétences transversales :
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral

Ce module d’enseignement fait appel à travail personnel de l’étudiant et permet aux étudiants d’appréhender l’aspect veille technologique en étant eux-mêmes confrontés à la réalisation d’un rapport d’« état de l’art » sur un sujet précis (par exemple l’utilisation de la spectrométrie dans la recherche des multi-résistances, l’apport des nouvelles techniques de séquençage dans l’étude du microbiome, les modèles de cultures cellulaires 3D, la métagénomique et le diagnostic, les nouvelles voies d’administration de vaccins, les tests rapides de diagnostic par chromatographie….). Dans le cadre de partenariats avec les industriels, les sujets soumis et choisis par les étudiants sont proposés par les services recherche, développement ou veille technologique des sociétés Sanofi-Pasteur et bioMérieux. Les rapports de synthèse sont rédigés en anglais et sont diffusés ensuite transmis aux entreprises après leur évaluation (écrite et orale) par l’équipe enseignante.

Afin de mener à bien ce projet, l’étudiant est encadré par un enseignant lors de séances de TD pour le guider dans la définition de son sujet d’étude, dans la recherche bibliographique à effectuer et dans la mise en forme du rapport final et de la présentation orale.

BIO2484M BIO2484M Renouvellement UE Anti-Infectieux Lutte anti-Infectieuse 3 0 15 3 0 0 0 210 35 18 0 0 christophe.gilbert 65 100 0 0 0
Connaissances de base en Microbiologie et immunologie
Compétences spécifiques :
- connaissance des mécanismes d'action des biocides et antibiotiques
- connaissance des mécanismes d'action des anti-viraux
- connaissance des mécanismes bactériens de résistances aux antibiotiques

Cette Unité d’Enseignement traite des mécanismes moléculaires d'action des agents anti-microbiens, et des phénomènes de résistance.
Les cours comprendront les connaissances générales sur  les antibiotiques et les biocides sur les antifongiques et les fongicides et sur les anti-viraux : définitions, classification, mécanismes d’action, production, ainsi que des connaissances sur les mécanismes moléculaires impliqués dans la résistance à ces molécules (en particulier chez les bactéries).
Un TD de 3 heures permettra aux étudiants de travailler sur des publications récentes liées à la lutte anti-infectieuse.

BIO2486M BIO2486M Renouvellement UE Vaccinology (TP) Vaccinology (TP) 3 0 0 0 30 0 0 210 35 18 1 0 olivier.diaz 65 100 0 0 0
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Conduire une analyse réflexive   et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation    
This teaching unit aims, through a one week practical training, to analyze the development of the antiviral immune response following different immunization protocols. A concrete example of measles immunization will be studied.

Throughout the course, students will be reminded of various theoretical concepts to allow them to understand and interpret their results: Brief reminders of the immunological principles of vaccination. Vaccine strategies (objectives and principles). Use of adjuvants. GLP in a level 2 safety laboratory.

The practical work will consist of determining the efficacy of different measles vaccine strategies and measuring the quality and permanence of immunization. Preparation and titration of measles virus vaccine strain, quantification of specific measles antibodies and monitoring of immunoglobulin serotype. Evaluation of antiviral neutralization.

Tutorial (3 h): Adjuvant use and vaccine strategy against Influenza. 
BIO2487M BIO2487M Renouvellement UE Virology (TP) Virology (TP) 3 0 0 0 30 0 0 210 35 18 1 0 viktor.volchkov 65 100 0 0 0
Bonnes connaissances en virologie et des bonnes pratiques de laboratoire

Compétences transversales:
 • Rigueur expérimentale
• Analyse des résultats
• Suivre un protocole expérimental élaboré
• Plannifier plusieurs expériences
• Rédiger un compte rendu et communiquer ses résultats.

Compétences spécifiques :
- techniques de diagnostic et d'étude des virus

This teaching unit is a full-time practical courses in virology, using standard and recent protocols in use in public and private laboratories such as:
-       Isolation and titration of virus
-       Diagnosis/characterization using immunofluorescence and western blotting
-       qPCR analysis
BIO2489M BIO2489M Renouvellement UE Communication Scientific communication 6 0 0 25.5 25.5 0 0 210 35 18 1 0 mathias.faure 65 100 0 0 0

Connaissances de niveau M1 en biologie cellulaire, génétique, biologie moléculaire, immunologie, infectiologie

Capacité à travailler en équipe et individuellement
Synthèse de la littérature : organisation et structure pour la rédaction de revues de synthèse.
Capacité à communiquer oralement : présentation d'affiches/poster. 
Capacité à communiquer oralement : présentation orale devant un auditoire de spécialistes 
Rédaction d'une revue scientifique sur un thème d'actualité.
Faire, présenter et défendre des données scientifiques sous la forme d'une affiche/poster.
Faire, présenter et défendre des données scientifiques sous la forme d'une présentation plénière.   
BIO2490+ 0 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0
BIO2492M BIO2492M Renouvellement UE Vaccine formulation LIVE Vaccine formulation 3 0 18 0 20 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Advanced knowledge of fundamental immunology at least 12 ects.

(T) Engineer - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés technologiques
Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire.
Utiliser les technologies de biologie moléculaire et cellulaire.
Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

(S) Learning outcomes: Different types of formulated vaccines, type of vaccines, choice of the antigen, practical approach of the formulation.

Contact : Stéphane PAUL  Phone : +33 4 77 82 89 75
e-mail : stephane.paul@chu-st-etienne.fr

Keywords : vaccine, formulation, antigen

Aims of “Vaccine formulation” :
1. Description of the different types of vaccine (lived, inactivated, killed, recombinant)
2. Particulated or nanoparticulated vaccines
3. Recombinant vaccines
4. Viral-based vaccines (poxvirus, adenovirus, HSV, lentivirus)
5. DNA-formulated vaccines
6. Targeted-specific vaccines
7. Antigen identification and optimisation (epitopes, antigen structure, reverse vaccinology), Vaccinomics and Personalized Vaccinology
8. Practical approach for vaccine formulation

Speakers:
Teaching Staff Immunology from University of Jean Monnet Saint- Etienne directed by J. Lisfranc.
Conferences concerning news items will be organized. Speakers will be invited based on their excellence.
Practical training for vaccine formulation will be organized by the University of Lausanne (N. Collin)

BIO2493M BIO2493M Renouvellement UE Clin Vac Dev LIVE Clinical vaccine development 3 0 18 0 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 50 86 50 0 0

Prerequisites: Advanced knowledge of current concepts of fundamental immunology at least 12 ects.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes: To know how to develop a vaccine, regulatory methodology and monitoring of patients.

Contact : Frédéric LUCHT  Phone : +33 4 77 12 77 89
e-mail : Frederic.lucht@univ-st-etienne.fr

Keywords : trial, development, vaccine, evaluation


Aims of “Clinical vaccine development”:


1. Overview of clinical vaccine development
2. Regulatory affairs
3. Statistical methodology for clinical vaccine trials
4. Clinical data management
5. Clinical trials operations
6. Safety?

Speakers:
Teaching Staff Immunology from University of Jean Monnet Saint-Etienne and from the Sanofi-Pasteur and REIVAC associated partners.

Conferences concerning news items will be organized. Speakers will be invited based on their excellence.

BIO2494M BIO2494M Renouvellement UE Immunomonitoring LIVE Immunomonitoring of preclinical and clinical vaccine trials 3 0 10 0 30 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Advanced knowledge of fundamental immunology at least 12 ects.

(T) Engineer - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés technologiques
Concevoir, planifier et réaliser des protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en biologie cellulaire.
Utiliser les technologies de biologie moléculaire et cellulaire.
Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation.

(S) Learning outcomes: To know how to monitor and to practice monitoring of vaccine efficiency in animal models and in humans.

Contact : Nicolas ROCHEREAU  Phone : +33 4 77 42 14 67
e-mail : rochereau.nicolas@gmail.com
Keywords : animal models, immunomonitoring, preclinical, clinical
Aims of “Immuno-monitoring of preclinical and clinical vaccine trial”:

Practical work will teach the students how to monitor humoral and cellular immune response in mice, how to measure immune diversity. Practical immunology includes multi-parameter flow cytometry analysis, elispot assay, elisa, route of administration in mice, mouse immunology.

1. Methods of immunisation in mice, uptake of organs and secretions
2. Multiparameter flow cytometry
3. In vivo imaging
4. Monitoring of B cell responses (elispot, antibody titers)
5. Monitoring of T cells (cytometry, polyfunctionality, elispot)
6. Transcriptomic, Proteomic and Glyconomics tools of the measure of vaccine efficiency
7. New methods as the measure of immune diversity
8. Management of samples for vaccine trial (AQ)
9. Choice of the good animal model and correlate of protection or efficiency

Speakers:
Teaching Staff Immunology from University of Jean Monnet Saint-Etienne directed by J. Lisfranc.
Conferences concerning news items will be organized. Speakers will be invited based on their excellence.
Practical training for preclinical immunomonitoring will be done with the CEA in Fontenay aux Roses (2 days) and University of Jean Monnet Saint-Etienne.

BIO2495M BIO2495M Renouvellement UE Vac Spe LIVE Vaccine specific applications 3 0 30 0 0 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat 65 100 0 0 0

Prerequisites: Advanced knowledge of current concepts of fundamental immunology at least 12 ects.

(T) Researcher - Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés théoriques

Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale.
Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines.
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines.
Conduire des projets de recherche fondamentaux ou finalisés dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire.
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux.

(S) Learning outcomes:
To study specific application of the vaccination in the prophylactic and therapeutic ways against pathogens.

Contact : Stéphane PAUL  Phone : +33 4 77 82 89 75
e-mail : stephane.paul@chu-st-etienne.fr

Keywords : infectious disease, cancer, allergy, immunocompromised

Aims of “Vaccine-specific applications”:

1. Infectious diseases-specific vaccines (Flu, Pneumococcal, TB, HPV, HIV)
2. Cancer-specific vaccines
3. Parasite-specific vaccines (Malaria, Schistosomiasis, Leishmaniasis.)
4. Allergy-based vaccines/immunotherapy
5. Veterinary-specific vaccines
6. Immunization routes
7. Vaccines for other diseases (neurological, autoimmunity.)

Speakers:
Teaching Staff Immunology from University of Jean Monnet Saint-Etienne directed by J. Lisfranc.
Conferences concerning news items will be organized. Speakers will be invited based on their excellence.
Two days’ session on Veterinary vaccines will be organized in Boehringer Ingelheim facility (Lyon)

BIO2496M BIO2496M Renouvellement UE Com LIVE Communicating on vaccines and public health 6 0 30 5 25 0 0 210 35 18 1 0 christine.delprat emilie.bourdonnay 72 50 19 50 0 0
Prerequisites: Advanced knowledge in microbiology-virology and immunology.

(T) Communicating - Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère.

(S) Learning outcomes: How to collect information and communicate on vaccination and vaccines, and elaborate recommendations to authorities for education, information of the public.

Contact: Stéphane PAUL, Professor (PU-PH) Phone : +33 4 77 82 89 75
e-mail : stephane.paul@chu-st-etienne.fr
Christine DELPRAT, Professor (PU1), Emilie BOURDONNAY, Assistant-Professor

Keywords: perception, health, communication, epidemiology

Aims of “Advertising on vaccines and public health”: Vaccines have been and remain a major tool for public health strategies. But the growing complexity of current vaccine agendas for children, the ongoing introduction of new vaccines (conjugate vaccines, programs targeting adults or the aging, addressing chronic or non-infectious diseases) have made decision-making more complex for vaccine producers and authorities in public health and blurred the meanings and purposes of vaccination for the general public. Accordingly, it appears important to provide all apprentices and professionals dealing with vaccines with knowledge pertaining to social sciences as well as biomedical sciences.(1) History of vaccination and vaccines; (2) Epidemiology and vaccination; (3) The place of vaccination in public health decisions; (4) Social factors influencing vaccine policies and strategies in different countries; (5) Anthropology of vaccine acceptance and rejection; (6) Public and media perception of vaccination and vaccines; (7) Health economics and vaccines; (8) The future of vaccinology.

Practices: students will build a Massive Open Online Course (MOOC) related to vaccination, being managed by the MOOC managers of the TU “Project management” developing digital skills and networking capacities

Speakers:
Teaching Staff Immunology from University of Jean Monnet Saint-Etienne, University of Claude Bernard Lyon 1 and from the CNRS supporting partner “SPHERE”.
Conferences concerning news items will be organized. Speakers will be invited on specific subjects, selected for their excellence.

BIO2497M BIO2497M Renouvellement UE Management LIVE Project management 3 0 30 15 15 0 0 210 35 18 0 0 christophe.gilbert 65 50 87 50 0 0

Prerequisites: Advanced knowledge in biology, especially microbiology, host-pathogens interaction and immunology.

(T) Manager - Appui à la transformation en contexte professionnel

Gérer des contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles.
Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe.
Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif.
Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité.
Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.

(S) Learning outcomes: How to analyse, plan, execute and control a scientific and multidisciplinary project linked to vaccinology.

Contact : Christophe GILBERT
e-mail : christophe.gilbert.bio@univ-lyon1.fr
Keywords : analyse, plan, organize, motivate, execute and control
Aims of “Project management” :
Learning and experimenting the benefits to manage a project to achieve specific goals in the international context of a scientific and multidisciplinary challenge in vaccinology.

  1. Life of a project: from the initiation to the closing including all the planning and executing processes related to the project and the risk analysis
  2. Specific project management expertise e.g. Managing a project in a P4 laboratory
  3. Risk management, case-studies
  4. Virtual international project development: e.g. "Streptoccus pneumoniae and pneumococcal vaccines", recommendations, research aims, research development, regulations, scale-up, GMP production, pre-clinical safety and toxicity studies in animal models, clinical phase I-II-III, industrial production, cost-effectiveness analysis, commercialization
  5. Project management Methods: Five W's, brainstorming, Ishikawa diagram, SWOT, SMART, GANTT, PERT, DESC, PDCA…
  6. Practices corresponds to reality international projects such as vaccinology MOOC production or annual Research Instructive Workshop or of the VaxInLive Symposium or… other reality projects decided by the teaching team each year. Groups of (student) managers are organized either horizontally or vertically in a mini-enterprise to lead the project… innovative project pedagogy: enjoy your project progress sheets from one week to another!

Speakers:
Teaching Staff from UCBL : Viktor Vochkov for P4 pathogens infectious problem  in laboratory and in the natural environment, Emilie Bourdonnay, Mathias Faure and Christine Delprat to frame the practices. Conferences concerning real past project management on infectious problems and vaccines will be illustrated by industrial staff from LIVE Associated partners: Sanofi Pasteur, Boehringer Ingelheim/Merial, Butantan Institute…

BIO2498M BIO2498M Renouvellement UE Languages 3 LIVE Languages 3 LIVE 3 0 20 0 20 0 0 210 35 18 1 0 angeline.durand-val christine.delprat 9 100 0 0 0
Prerequisites: Certified level of language to choose the suitable group level.

(T) Communicating - Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère.

(S) Learning outcomes: The student will be placed in the adequate course, according to the level he/she reached to improve language skills in accordance with the Common European Framework of Reference for Languages.

Contact for French: Solange Talavera-Goy

e-mail : solange.talavera-goy@univ-lyon1.fr  TU email: angeline.durand-vallot@univ-lyon1.fr
Keywords : language courses, different levels: A1, A2, B1, B2.1, B2, C1.1, C1.2.

Aims of “language courses”:

Improving the student’s proficiency level, taking into account his or her previous knowledge of the language in English, French, Spanish, Italian

Aims: The student will be placed in the adequate course, according to the level he/she reached after the first two semesters in Barcelona and Antwerp.

The language level is defined in accordance with the Common European Framework)

A language user at A1 level: Can understand and use familiar everyday expressions and very basic phrases aimed at the satisfaction of needs of a concrete type. Can introduce himself/herself and others and can ask and answer questions about personal details.

A language user at A2 level: Can understand sentences and frequently used expressions related to areas of most immediate relevance (e.g. very basic personal and family information, shopping, local geography and employment). Can communicate in simple and routine tasks requiring a simple and direct exchange of information on familiar and routine matters.

A language user at B1 level: Can understand the main points of clear standard input on familiar matters regularly encountered in work, school, leisure, etc. Can deal with most situations likely to arise whilst travelling in an area where the language is spoken. Can produce simple connected text on topics which are familiar or of personal interest.

A language user at B2 level: Can understand the main ideas of complex text on both concrete and abstract topics, including technical discussions in his/her field of specialisation. Can interact with a degree of fluency and spontaneity that makes regular interaction with native speakers quite possible without strain for either party.

A language user at C1 level: Can understand a wide range of demanding, longer texts, and recognise implicit meaning. Can express fluently and spontaneously without much obvious searching for expressions. Can use language flexibly and effectively for social, academic and professional purposes.

Speakers: experienced teachers at the UCBL Service Commun des Enseignements de Langues

BIO2499M BIO2499M Renouvellement UE Languages 4 LIVE Languages 4 LIVE 3 0 30 0 30 0 0 210 35 18 1 0 angeline.durand-val christine.delprat 9 100 0 0 0
Prerequisites: Certified level of language to choose the suitable group level.

(T) Communicating - Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère.

(S) Learning outcomes: 

The student will be placed in the adequate course, according to the level he/she reached to improve language skills in accordance with the Common European Framework of Reference for Languages.

Contact for French: Solange Talavera-Goy

e-mail : solange.talavera-goy@univ-lyon1.fr  TU email: angeline.durand-vallot@univ-lyon1.fr
Keywords : language courses, different levels: A1, A2, B1, B2.1, B2, C1.1, C1.2.

Aims of “language courses”:

Improving the student’s proficiency level, taking into account his or her previous knowledge of the language in English, French, Spanish, Italian

Aims: The student will be placed in the adequate course, according to the level he/she reached after the first two semesters in Barcelona and Antwerp.

The language level is defined in accordance with the Common European Framework)

A language user at A1 level: Can understand and use familiar everyday expressions and very basic phrases aimed at the satisfaction of needs of a concrete type. Can introduce himself/herself and others and can ask and answer questions about personal details.

A language user at A2 level: Can understand sentences and frequently used expressions related to areas of most immediate relevance (e.g. very basic personal and family information, shopping, local geography and employment). Can communicate in simple and routine tasks requiring a simple and direct exchange of information on familiar and routine matters.

A language user at B1 level: Can understand the main points of clear standard input on familiar matters regularly encountered in work, school, leisure, etc. Can deal with most situations likely to arise whilst travelling in an area where the language is spoken. Can produce simple connected text on topics which are familiar or of personal interest.

A language user at B2 level: Can understand the main ideas of complex text on both concrete and abstract topics, including technical discussions in his/her field of specialisation. Can interact with a degree of fluency and spontaneity that makes regular interaction with native speakers quite possible without strain for either party.

A language user at C1 level: Can understand a wide range of demanding, longer texts, and recognise implicit meaning. Can express fluently and spontaneously without much obvious searching for expressions. Can use language flexibly and effectively for social, academic and professional purposes.

Speakers: experienced teachers at the UCBL Service Commun des Enseignements de Langues

BIO2500M BIO2500M Renouvellement UE Master thesis LIVE Master thesis 27 0 0 27 0 0 24 210 35 18 1 0 christine.delprat emilie.bourdonnay 65 100 0 0 0

Prerequisites: Advanced level in Immunology, infectiology, research, clinical and industrial vaccinology, public health, communication and project management.

(T) Manager - Appui à la transformation en contexte professionnel

Gérer des contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles.
Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe.
Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif.
Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité.
Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.

(S) Learning outcomes: How to be productive in a professional environment and communicate his/her production and conclusions in written and oral international context.

Contact (Barcelona UAB): Dolores JARAQUEMADA  Phone: +34 93 5812804
e-mail : Dolores.Jaraquemada@uab.cat

Contact (Barcelona UB): Thomas STRATMANN  Phone: +34 93 4021533
e-mail : thomas.stratmann@ub.edu

Contact (Antwerp): Peter DELPUTTE  Phone : +32 3 265 26 21
e-mail : peter.delputte@uantwerpen.be

Contact (Saint-Etienne): Stéphane PAUL  Phone : +33 4 77 82 89 75
e-mail : stephane.paul@chu-st-etienne.fr

Contact (Lyon): Christine DELPRAT  Phone : +33 4 72 68 19 54
e-mail : christine.delprat@univ-lyon1.fr

Keywords : knowledge review, practical skills, professional expertise

Aims of “Master thesis” :

The students will have the chance to investigate research or clinical or industrial or public health environment in vaccinology at the forefront of current knowledge and expertise.

1.Overview of specific knowledge through a bibliography report
2. Acquire professional experience in labour environment
3. Learn how to conduct experimental research or industrial project or clinical trials or health policy
4. Write a practical professional report
5. Acquire  the ability to present and report his/her own professional work, in front of an international specialized audience

Supervisors:
Internship tutor and master teaching staff from Barcelona, Antwerp, Saint-Etienne or Lyon

BIO2502M+ Création UE VaccInfodemio Vaccinology and infodemiology 3 0 15 3 0 0 0 210 35 18 1 1 emilie.bourdonnay christine.delprat 65 100 0 0 0
Prerequisites: Bachelor level in biology.

(T) Communicating - Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère.

(S) Learning outcomes: To acquire knowledge about Infodemiology and Infoveillance, as well as vaccines. The TU will also allow you to assess how skilled you are at making safe decisions for public health management.

 

Contact: Emilie BOURDONNAY – Christine DELPRAT
e-mail: emilie.bourdonnay@inserm.fr – christine.delprat@univ-lyon1.fr

Keywords: vaccine (efficacy/safety/access), communication (mis/information), public health, decision process,

Aims of “Vaccinology and infodemiology”:

Using the knowledge of the students in immunology and infectiology, vaccine calendar, oral and written communication, this unit is developing the ability to grasp the context of a vaccine-preventable disease to make decision for communication and public health management.

1. Videoconference Module: Infodemiology and infoveillance
Infodemiology (or epidemiology of information) refers to a rapid and far-reaching spread of (mis)information during epidemic or pandemic.

Infoveillance refers to public health-related concerns to analyse online behavior by collecting, analyzing, and visualizing data from various sources on the Internet in real time during epidemic or pandemic.

2. MOOC Decision making in vaccinology
2.1.MOOC Module A: Vaccines, lessons from the past
2.2.MOOC Module B: Vaccine efficacy and safety
2.3.MOOC Module C: Overview of global vaccine access
2.4.MOOC Module D: Vaccines for children, pregnant women, travelers and seniors
2.5.MOOC Module E: Perception, monitoring and impact of immunization on Public Health

Speakers:

Teaching Staff Immunology, from University Claude Bernard Lyon 1.
Conferences concerning new concepts about Infodemiology and Infoveillance will be organized. Speakers will be invited based on their excellence, supported by the World Health organization.
BIO2527M+ BIO2527M Création UE Advanced Development Development and stem cells in plants and animals 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 pradeep.das stephane.vincent 65 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif

- Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité

 

 

Compétences acquises : technique :

- Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère

Grâce à l'arrivée de nouvelles méthodes de biologie cellulaire, d'imagerie, de génétique, de biophysique et a l'utilisation de nouveaux organismes modèles, la biologie des cellules souches et du développement en général ont connu ces dernières années des avancées considérables et un profond renouvellement conceptuel. Cette UE Europe explorera ces nouveaux territoires de la biologie en analysant chez les plantes et chez les animaux les mécanismes et les concepts émergents. L'enseignement sera organisé autour de présentations données par une quinzaine de conférenciers qui feront chacun une introduction de leur sujet ainsi qu'un séminaire de recherche. Ces interventions seront complétées en fin de journée par une table ronde qui permettra aux étudiants de poser des questions variées (métier de chercheur, parcours international, etc…)

BIO2528M BIO2528M Renouvellement UE Shaping the cell Shaping the cell : from architecture to function 3 0 14 2 0 0 0 210 35 18 1 0 benedicte.durand 0 0 0 0
This course will address the cellular mechanisms that govern cell architecture and dynamics and how their disruption leads to a wide range of human diseases. It will develop knowledge in the field of advanced imaging, functional genetics and cell biology with applications in developmental biology and human genetics. It will illustrate how interdisciplinary approaches using diverse model systems cooperate to understand how cell architecture is controlled. In particular, topics will cover aspects related to the role of centrosomes in the organization of the cell architecture and dynamics and how disturbances in the physiology of these organelles can have dramatic cellular and physiological consequences...
Students will be evaluated on their contribution to scientific questions during seminars and by proposing a research project as a follow up of the proposed lectures.
BIO2528M+ Création UE UE S1 M1 SV-STU en STU Choix d'UEs S1 M1 prcs SV-STU en STU 0 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 Deborah Prevot
BIO2528M++ Création UE UE S2 M1 SV-STU en STU Choix d'UEs S2 M1 prcs SV-STU en STU 0 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 Deborah Prevot
BIO2529M Renouvellement UE Algorithmique avancée Algorithmique avancée pour la bio-informatique 3 0 15 15 0 0 0 210 35 18 0 0 arnaud.mary2
BIO2530M Renouvellement UE Visualisation données bio Visualisation de données biologiques 3 0 10.5 10.5 9 10 0 210 35 18 0 0 guillaume.launay
BIO2541M+ Création UE Exercise Physiology Exercise Physiology 6 0 36 0 0 0 0 210 35 18 1 0 damien.roussel bruno.allard 66 0 74 0 0 0

Recherche fondamentale / clinique

Définir une problématique scientifique

expert

Elaborer des protocoles expérimentaux

expert

Analyser, interpréter et discuter des résultats expérimentaux

expert

Evaluation de manière critique des données expérimentales, et/ou numériques

approfondi

Avoir une connaissance large des approches multidisciplinaires en physiologie et biochimie

approfondi

Connaissance large des méthodes d'analyses quantitatives et statistiques et utilisation dans un contexte de recherche fondamentale et appliquée

approfondi

Planifier, organiser et adapter son temps de travail

approfondi

Travailler en équipe

expert

Bibliographie

Mener une recherche documentaire efficace

approfondi

Rédiger une synthèse bibliographique

approfondi

Anglais

Maîtrise d'une langue étrangère, essentiellement l'anglais

B1/B2

Présenter une étude scientifique en anglais

basique

Discuter des résultats scientifiques en anglais

basique

L’étude des mécanismes fonctionnels intégrés, cellulaires et géniques responsables ou régulateurs de la plasticité musculaire des organismes face aux contraintes énergétiques et leur évolution constitue un thème tranversale du parcours « Environmental and muscle physiology » et STAPS.

Les objectifs spécifiques sont les suivants :

- définir les mécanismes cellulaires et moléculaires responsables de la plasticité morpho-fonctionnelle du muscle squelettique dans des conditions environnementales difficiles (altitude, froid) ou lors de contraintes énergétiques extrêmes (ultra-endurance, hypoxie, physio-pathologie).

- définir les facteurs qui modulent la plasticité morpho-fonctionnelle.

- définir les modalités d'interactions entre ces facteurs et leurs contributions relatives dans la mise en place des réponses intégrées adaptatives.

BIO2542M+ Création UE Metabolic homeostasis Physiology of metabolic homeostasis 6 0 36 0 0 0 0 210 35 18 1 1 damien.roussel claude.duchamp 66 0 0 0 0

Activité

Compétences attendues

Niveau

Recherche fondamentale / clinique

Définir une problématique scientifique

expert

Elaborer des protocoles expérimentaux

expert

Analyser, interpréter et discuter des résultats expérimentaux

expert

Evaluation de manière critique des données expérimentales, et/ou numériques

approfondi

Avoir une connaissance large des approches multidisciplinaires en physiologie et biochimie

approfondi

Connaissance large des méthodes d'analyses quantitatives et statistiques et utilisation dans un contexte de recherche fondamentale et appliquée

approfondi

Planifier, organiser et adapter son temps de travail

approfondi

Travailler en équipe

expert

Bibliographie

Mener une recherche documentaire efficace

approfondi

Rédiger une synthèse bibliographique

approfondi

Anglais

Maîtrise d'une langue étrangère, essentiellement l'anglais

B1/B2

Présenter une étude scientifique en anglais

basique

Discuter des résultats scientifiques en anglais

basique


L’étude des mécanismes fonctionnels intégrés, cellulaires et géniques responsables ou régulateurs de l'homéostasie métabolique des organismes face aux contraintes énergétiques et leur évolution constitue un thème complémentaire indispensable à l'option « Physiologie intégrée en conditions extrêmes » du parcours "Environmental and muscle physiology".

Les objectifs spécifiques sont les suivants :

- définir les mécanismes cellulaires et moléculaires responsables du maintien de l'homéostasie métabolique et énergétique des organismes et qui sous-tend les processus adaptatifs aux contraintes environnementales et nutritionnelles.

- définir les facteurs qui modulent la plasticité du phénotype métabolique et énergétique des organismes.

- définir les modalités d'interactions entre ces facteurs et leurs contributions relatives dans la mise en place des réponses intégrées adaptatives.

BIO2543M+ Création UE News in physiology News in Physiology 3 0 15 0 0 0 0 210 35 18 1 0 damien.roussel bruno.allard
BIO2551M+ Création UE Stage de recherche Stage en laboratoire de recherche 30 0 0 15 0 0 0 210 35 18 0 0 aurore.rozieres fabienne.venet 65 100 0 0 0
  • To conduct a fundamental or applied research project in the field of Immunology
  • To design, plan and carry out experimental protocols 
  • To analyze and present experimental results in a comprehensive for form
  • To solve problems to develop new knowledge
  • To communicate in French and English (oral and written)
  • To respect ethical rules

3i (immunology, immunopathology, immunotherapy)  program offers an internship in a laboratory carried out over the last 6 months of the year (January to June). This internship allows students:

  • To acquire professional experience in a public research laboratory or a private company in the field of immunology.
  • To supplement their acquired knowledge and skills and to specialize in one of the fields of immunology.

The internship will lead to the writing of a scientific article in English based on the results obtained, followed by an oral defense in English.

BIO2600M+ Création UE Infectious bacteriology Infectious bacteriology (TP) 3 0 0 0 30 0 0 210 35 30 1 0 christophe.gilbert 65 100 0 0 0
Bonnes connaissances en microbiologie et techniques de bases associées.
Bonnes pratiques de laboratoire.
Compétences transversales:
• Rigueur expérimentale
• Analyse des résultats
• Suivre un protocole expérimental élaboré
• Plannifier plusieurs expériences
• Rédiger un compte rendu et communiquer ses résultats.

Compétences spécifiques :
- techniques d'étude du cycle infectieux bactérien.

This teaching unit aims, through a one week practical training, to form the students to laboratory practices working in a level 2 laboratory (including the use of safety cabinet unit).
The practical work objectives will consist of studying infectious parameters of a pathogen bacteria infecting different host cells.

BIO2601M+ Création UE Immunopathology Translationnal Research in Immunopathology 3 0 18 6 0 0 0 210 35 18 1 0 audrey.nosbaum 65 100 0 audrey.nosbaum@chu-lyon.fr 0 0
Connaissances en biologie cellulaire, biologie moléculaire, génétique et immunologie

-        Connaître les bases immunopathologiques des pathologies abordées

-        Savoir expliquer les stratégies diagnostiques qui en découlent

-        Comprendre l’intérêt et les challenges de la médecine de précision

-        Mobiliser ses connaissances au service de l’analyse d’articles dans le domaine de l’immunopathologie

-        Présenter de manière didactique des résultats expérimentaux

Les progrès en immunopathologie ont permis de révolutionner le diagnostic et la prise en charge de nombreuses pathologies en ouvrant la voie à la médecine de précision. L’UE Translationnal Research in Immunopathology, UE exclusive du parcours I3, a pour but de former des étudiants à l’Immunopathologie, sur le versant physiopathologique et diagnostique. Cette UE est complémentaire à l’UE Immunotherapy qui est une autre UE exclusive du parcours 3I, explorant le versant thérapeutique.

Les buts pédagogiques sont d’aborder, après une session introductive, les bases immunopathologiques ayant permis de mieux comprendre les mécanismes pathologiques, jusqu’à la définition de nouveaux biomarqueurs diagnostiques, dans le champ des pathologies infectieuses, inflammatoires, auto-immunes, cancéreuses et environnementales. 

Cette UE est destinée aux étudiants scientifiques, médecins, biologistes, dans une optique translationnelle.

BIO2700M+ Création UE Projet Recherche Projet de Recherche - Master Thesis 30 0 0 30 0 0 0 210 35 18 1 0 c.legras-lachuer 65 100 0 0 0
Connaissances des bonnes pratiques de laboratoire.
Compétences techniques pour les manipulations expérimentales de base en laboratoire de recherche (pipetage, dosage, etc.)
Compétences transversales :
- Rigueur expérimentale. Suivre un protocole expérimental élaboré.
- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit.

Compétences spécifiques :
- Compétences techniques de manipulation expérimentale dans le domaine de la biologie, et plus particulièrement de la virologie, microbiologie, immunologie, incluant la manipulation en laboratoire de sécurité (L2, L3).

Cette UE a pour objectif de faire acquérir aux étudiants, à travers la réalisation d’un stage en laboratoire de 24 semaines, l’intégralité de la méthodologie à mettre en œuvre pour mener un projet de recherche. Au cours de son stage, l’étudiant devra, (i) répondre à une question scientifique du laboratoire via la conception des plans d’expérience, l’apprentissage des protocoles expérimentaux, la manipulation du matériel, de la réalisation des expériences, et (ii) acquérir la connaissance scientifique via la bibliographie, l’analyse et la synthèse de cette bibliographie de façon à pouvoir replacer son sujet dans un contexte international et à pouvoir défendre ses propres résultats. 

Cette formation par la recherche sera accompagnée par un enseignement théorique sur l’analyse des données expérimentales, par la rédaction d'un mémoire sous forme d’un article de recherche et une présentation orale des résultats obtnenus, en anglais sous forme d'une conférence de 10-15 min, suivies d'échanges avec référents enseignants chercheurs de la spécialité (virologistes  microbiologistes, immunologistes).

BIO2800M+ Création UE Mission appliquée Mission de Recherche Appliquée 30 0 0 30 0 0 0 210 35 18 1 0 florence.hommais 65 50 87 50 0 0
Connaissances des bonnes pratiques de laboratoire.
Compétences techniques pour la manipulation expérimentale de base en biologie.
Compétences transversales :
- Rigueur expérimentale. Suivre un protocole expérimental élaboré.
- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit.
-Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Respecter les règles d'hygiène et sécurité, de traçabilité, de probité intellectuelle et de propriété industrielle

Compétences spécifiques :
- compétences techniques de manipulation expérimentale dans le domaine de la biologie (microbiologie, biologie cellulaire, biologie moléculaire, immunologie).
Cette UE est un stage professionnel de longue durée (25 semaines) qui conduit les étudiants à compléter leurs acquis et compétences au sein d’une entreprise ou dans le cadre d'un projet appliqué. Il constitue l'intégralité du semestre 4 du master BMC parcours infectiologie et en cela est un stage de fin d'étude, équivalent d'une mission de 6 mois en entreprise. Les stages professionnels font l’objet d’un projet concret défini par l’entreprise en accord avec l’équipe pédagogique du Master. Ils aboutissent à la rédaction d’un mémoire et à une soutenance orale devant un jury dans le but d'une validation du dernier semestre de master et du diplôme final.
BIO2809L+ Création UE InnoV Innovations Végétales 6 0 30 25.5 0 0 0 210 35 18 0 0 christophe.trehin gilles.comte 0 0 0 0

Compétences acquises méthodologie :

- Mobiliser les concepts transversaux de la biologie (biologie cellulaire, physiologie, métabolisme, de biologie du développement, …) pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.


- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Développer une argumentation avec esprit critique.

- Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder.

- Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie.

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

L’objectif de cet enseignement est multiple. Il s’agit, chaque année, d’aborder une série de thèmes transversaux illustrant des innovations végétales (architecture ; couleur ; proprioception ; gestion du stress ; production de molécules bioactives ; communication ; etc) en montrant comment ils font intervenir des champs disciplinaires différents (biologie cellulaire - développement/génétique - substances bioactives - mécanique - etc). Chaque thème introduira les notions disciplinaires fondamentales associées aux processus impliqués et illustrera leurs imbrications. Mais, pour certains des thèmes abordés, il s’agit également d’illustrer comment ces connaissances peuvent être remobilisées dans différents domaines d’application allant de la cosmétique et la pharmacie jusqu’à l’architecture en passant par l'agroalimentaire ou encore l’environnement.

Les différents thèmes seront développés à travers des enseignements disciplinaires magistraux et/ou des travaux encadrés et/ou des travaux personnels qui feront l’objet de présentations orales.

 

Quelques exemples de thèmes (liste non-exhaustive et évolutive d’une année sur l’autre) :

Communication / Paroi / Photosynthèse / Molécules produites / Trafficking / Architecture / Couleur / Gravitropisme et proprioception / Perception de la lumière / Développement coordonné / Gestion du stress

BIO2900M+ Création UE Infections Virales Stratégies d'infections virales 3 0 18 0 0 0 0 210 35 18 0 0 c.legras-lachuer 65 100 0 0 0
Connaissances de base en microbiologie et biologie moléculaire
Connaissances pointues en virologie moléculaire, relations hôtes pathogènes et vectorologie :  classes de virus (virus à ADN et ARN),  stratégies d'infection et de réplication lors d'une infection virale, cycles viraux (chroniques, lytiques, aigüs, etc), détournement des réponses cellulaires, etc. Vectorologie.

L’objectif de cette UE Stratégie d’infections virales est de donner les bases des différentes stratégies de réplication des différentes classes de virus en support basique et introductif de l’UE de conférences « Advanced Virology ». Les notions de virologie générale et de stratégies d’infections virales seront revues, et quelques familles virales (Retroviridae, Orthoviridae, Paramyxovirridae, etc) sont étudiées plus en détails, tant au niveau des génomes, cycles réplicatifs, diagnostics, thérapies, restriction d’hôtes, franchissement de barrière d’espèces, etc. Un point particulier est également donné par rapport aux virus émergents à l'origine des dernières pandémies : Influenza, Cororavirus (SARS, mERS, CoV2, etc.);

Les notions de diagnostics, en particulier des méthodes diagnostiques récentes et innovantes (SeqNGS, qPCR) sont abordées et en termes de vectorologie, les principes de vecteurs vaccinaux vecteurs de thérapie génique ( vecteurs rétroviraux, adénoviraux, AAV, Herpes vecteurs, Pox sont également abordés dans un contexte de vaccinologie et thérapie génique, avec des exemples récents de succès.

BIO2950M+ Création UE PPI Plant-pest interactions 3 0 21 0 0 0 0 210 35 18 1 0 francois-xavier.gill 65 50 67 50 franCois-xavier.gillet@univ-lyon1.fr 0 0
Advanced knowledge in microbiology and basic knowledge in molecular and cellular biology and in plant biology

*Development and integration of highly specialised knowledge (RNCP34151BC02)

- Mobilize highly specialized knowledge, some of which is at the forefront of knowledge in a field of work or study, as a basis for original thinking

- Develop a critical awareness of knowledge in a domain and / or at the interface of several domains

- Carry out a reflective and distanced analysis taking into account the stakes, the problems and the complexity of a request or a situation in order to propose adapted solutions.

A series of lectures are given by researchers exposing to the students the latest developments in their field of research work. These conferences cover the interactions between plants and different pests (insects, nematodes, viruses and parasitic plants).
BIO2998M+ Création UE Mod. Res. Metaboliques Modélisation des réseaux métaboliques 3 0 9 0 21 0 0 210 35 18 0 0 sabine.peres
BIO2999M+ Création UE Missions pro 2 Missions en milieu professionnel 2 27 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 celine.brochier-arm
BIO2A03L Renouvellement UE Génétique 1 (PP1) Génétique 1 3 0 0 45 0 0 0 210 35 18 0 0 francois.bonneton
BIO2A10L BIO2A10L Renouvellement UE CAO - Bio Cellulaire (PP) CAO - Biologie Cellulaire 3 0 15 19.5 10.5 0 0 210 35 18 0 0 dominique.baas 65 100 0 0 0
Compétences méthodologiques :

-Travailler en groupe et communiquer le résultat de son travail d'observation

-Tirer des informations d’une observation afin de réaliser un diagnostique
-Comprendre et choisir une méthodologie adaptée à l’observation d’un objet biologique
Compétences techniques :

-Utiliser l'outil informatique dans le cadre d‘un enseignement à distance
-Acquérir les bases de l'utilisation d'un protocle expérimental-Observer
des lames histologiques au microscope optique et interpréter des
observations/clichés de microscopie optique/électronique
-Reconnaitre des structures tissulaires/cellulaires et réaliser des dessins d’observation scientifique
• Théorie cellulaire, niveau
d'organisation des êtres vivants, anatomie structurale et
ultrastructurale des cellules eucaryotes animales et végétales, les
différents tissus animaux (bases de l'histologie).

Les objectifs de l’unité d’enseignement sont:
-Connaitre et comprendre l’organisation d’une cellule eucaryote
-Connaitre et comprendre les relations entre les différents tissus de l’organisme

-Apprendre à tirer des informations d’une observation afin de réaliser un diagnostique
BIO2P03L Renouvellement UE Génétique 1 (PP2) Génétique 1 3 0 12 21 12 0 0 210 35 18 0 0 francois.bonneton
BIO2P09L BIO2P09L Renouvellement UE CAO - Physiologie (PP) CAO - Physiologie 3 0 22.5 21 1.5 0 0 210 35 18 0 0 olga.andrini 0 0 0 0
Niveau Bac général en sciences de la vie.
Compétences méthodologiques :

-Travailler en groupe et communiquer le résultat de son travail d'observation

-Tirer des informations d’une observation afin de réaliser un diagnostique

Compétences techniques :

-Utiliser l'outil informatique dans le cadre d‘un enseignement à distance

-Reconnaitre des structures tissulaires/cellulaires et réaliser des dessins d’observation scientifique

• Introduction aux grandes fonctions physiologiques (système urinaire, système cardiovasculaire, système digestif, système respiratoire, système nerveux : voies sensorielles et motrices).

Les objectifs de l’unité d’enseignement sont:

-Connaitre et comprendre les grandes fonctions physiologiques de l’organisme

-Apprendre à tirer des informations d’une observation afin de réaliser un diagnostique

BIO3000L+ Création UE SI2A Statistique Impliquée : de l'Acquisition à l'Analyse 3 0 3 15 0 30 0 210 35 18 0 1 jean.lobry marie-claude.venner 67 100 0 0 0
  • Mettre en oeuvre une démarche appropriée en vue d'acquérir des données et de les analyser conformément à un objectif fixé.
  • Choisir une méthode d'échantillonnage et pouvoir la justifier.
  • Choisir les méthodes statistiques ad hoc pour l'analyse de ses données (test de comparaison de proportions, ANOVA1 et 2, régression non-linéaire)
  • Rédiger un rapport scientifique incluant des résultats reproductibles (programmation littéraire)
Les étudiants doivent produire in fine un rapport scientifique analysant leur propre jeu de données. L'objectif est de réaliser une expérience de croissance de graines de lentilles (Lens culinaris) avec deux facteurs contrôlés : la variété de lentilles et l'exposition ou non à la lumière ambiante. Les données de croissance sont collectées via un tableur puis importées dans le logiciel statistique R pour procéder à leur analyse (pré-traitement des données, calcul du taux de germination, résumé des courbes de croissance par régression non-linéaire, impact des facteurs contrôlés sur ces statistiques). Des outils de programmation littéraire (knitr, RMarkdown) sont utilisés pour assurer la parfaite reproductibilité des analyses présentées dans le rapport.
BIO3000M+ Création UE Infections bactériennes Stratégies d'infections bactériennes 3 0 18 0 0 0 0 210 35 18 0 0 patricia.doublet 65 100 0 p.doublet.dar@gmail.com 0 0
Connaissances de base en microbiologie.
Connaissances des différentes stratégies d'infection développées par les bactéries lors d'une infection, en incluant le contexte de l'infection, les différentes étapes de ces stratégies et les facteurs de virulence associés. 

L’objectif de cette UE Stratégie d’infections bactériennes est de donner les bases des différentes stratégies de réplication mises en place par différentes bactéries pathogènes lors d’un cycle infectieux, plus particulièrement chez l’homme. Cette UE est aussi un support essentiel de connaissances de base nécessaires en introduction à l’UE de conférences « Bactériologie – Parasitologie ». Elle permet d’aborder les aspects de la relation hôtes pathogènes, en particulier chez l’Homme. Les notions de stratégie d’infection bactérienne seront revues, et quelques familles bactériennes (Mycobacterium, Legionella, etc.) seront étudiées plus en détails, tant au niveau des génomes, cycles réplicatifs, diagnostics, thérapies, restriction d’hôtes, franchissement de barrière d’espèces, etc.

BIO3001L BIO3001L Renouvellement UE ASBIV Approches statistiques et bioinformatique du vivant 6 0 18 4.5 30 0 0 210 35 18 0 0 annabelle.haudry 0 0 0 0
Formalisation mathématique de questions biologiques simples.
Mis en oeuvre  d'une démarche statistique appropriée à la question biologique.
Acquisition des outils de statistique et de bioinformatique de base pour l’analyse de phénomènes biologiques.
L'objectif du programme de Biostatistique est de mettre en place une démarche conceptuelle robuste sous-jacente à la pratique des principaux tests (cours), et d'apprendre à l'utiliser pour résoudre des problématiques simples sur des données biologiques (TD/TP). Les séances de TD sur machine permettent de manipuler des jeux de données conséquents et de s'initier au logiciel R (mise en forme des résultats et tests statistiques).
Une initiation à la Bioinformatique présente à la fois d'un point de vue théorique et pratique les outils bioinformatiques les plus utilisés en génomique et leurs applications en santé et écologie : prédiction de gènes, comparaison de séquences et recherches d'homologues, navigation dans les bases de données, reconstruction d'arbres phylogénétiques utilisés afin de tester différentes hypothèses biologiques.
BIO3001M+ 0 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0
BIO3002M+ BIO2462M Renouvellement UE Immunology Leading edge immunology 6 0 36 12 0 0 0 210 35 18 1 0 mathias.faure aurore.rozieres 65 100 0 0 0
Basic notion of fundamental immunology, genetic, cellular and molecular biology
To understand how the immune system work at the physiological, cellular and molecular levels
To have a deep understanding of current immunology concepts at the physiological, cellular and molecular levels
To face current litterature on advanced immunology concepts and approaches
To discuss with specialist of current advances in immunology and future challenges
To have a keen view of immunology, through conceptual model study
Immunology is a highly complex system in wich are interconnected molecules, cells, organs and tissues to protect orgnisms from what can disorganised it. Thus, the immune system protects from microorganisms and tumor developpement, but also contributes to the correct functionning of most organs of the body.
The "Leading edge Immunology" course will focus on current cutting edge concepts of immunology by depicting, among others:  
Advanced Innate Immunity : presentation and discussion of the most current topics in the filed
Advanced Adaptive immunity : presentation and discussion of the most current topics in the filed
Involvement and interface of immunology in/with physiological processes
Conferences with specialists of immunological fields for deep discussion
To present historic, current and challenging aproaches for understanding immunology actors and functions in health and diseases.
BIO3003L BIO3003L Renouvellement UE Biologie cellulaire Biologie cellulaire 6 0 25.5 9 20 0 0 210 35 12 0 0 bidaud-bonod 65 100 0 0 0
Connaître l'organisation structurale d'une cellule (membrane plasmique, cytoplasme, noyau, organites etc...)
-Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie cellulaire pour traiter une problématique du domaine
-Identifier les différentes étapes d'une démarche expérimental
-Mener en autonomie une démarche expérimentale
-Développer une argumentation avec esprit critique
-Analyser et synthétiser des données
-Se servir aisément des différents registres d'expression écrite et oral de la langue française
-Travailler en équipe
-Utiliser les outils numériques

 

2 grands thèmes sont abordés en cours :

- Les voies de signalisation intracellulaire

- Le cycle cellulaire

Sur les bases de ce cours, 20 h de TP seront réalisés dans le but de :

- s'initier à la pratique de la culture cellulaire : acquisition des gestes utiles à la manipulation des cellules en condition stérile sous PSM, trypsination cellulaire, comptage cellulaire, ensemencement de cellules etc...

- réaliser des expériences d'immunohistochimie et d'immunofluorescence dans le but de localiser une protéine dans un tissu ou dans une cellule.

Ces TP permettent l’acquisition de connaissances en culture cellulaire, immuno-localisation, microscopies à fond clair et d'épifluorescence.

Les exercices proposés en TD sont des problèmes conçus à partir d’articles scientifiques, en application directe avec les 2 thèmes abordés en cours.


 


BIO3007L+ Création UE FITS Fitness, Traits et Stratégies chez les végétaux 9 0 39 21 12 18 0 210 35 18 0 0 florence.piola amelie.cantarel 67 80 66 20 0 0
Connaissances en biologie végétale
Tranversales: 1) Expression et communications écrites et orales et 2) Usages digitaux et numériques 
Spécifiques: 1) Identification d'un questionnement au sein du champ disciplinaire, 2)  Exploitation de données à des fins d’analyse et 3) Mise en oeuvre de méthodes et d'outils du champ disciplinaire

La fitness ou valeur sélective des végétaux sera abordée au travers de l’étude des traits fonctionnels et des stratégies végétales (ou syndrome de traits) acquis par les plantes en réponses aux contraintes biotiques et abiotiques. Dans ce cadre, les notions de compromis et de plasticité seront abordées. Le concept de construction de niche, processus particulièrement important pour les organismes fixés que sont les plantes, sera également étudié. 

Les modèles d’étude seront issus en grande majorité des milieux tempérés. Enfin, les fonctions écologiques découlant des stratégies des individus et de leurs interactions avec le milieu abiotique et biotique seront abordées à l’échelle plus vaste des systèmes socio-écologiques, à l’aune des notions de propriétés, de services écosystémiques et de socio-écosystèmes.

Cette UE reposera sur des CM afin de présenter (1) les théories et concepts en lien avec les performances des végétaux avec deux cas d’études, l’écosystème aquatique et l’écosystème forestier, et (2) les enjeux économiques et sociaux qui sous-tendent les relations entre l’humanité et les plantes. Ces CM seront accompagnés par un ensemble de TD permettant un accompagnement pédagogique des étudiants dans l’analyse et la réflexion autour de données publiées. Cet ensemble donnera lieu à la production d’une synthèse au travers d’un projet personnel des étudiants (projet tutoré) en lien avec les thématiques de l’UE. Cette UE sera complétée par des TP illustrant les propos des CM.

BIO3008L Renouvellement UE Stages Conduite de projet Stages en Conduite de projet 6 0 6 0 0 0 7 210 35 18 0 0 Yann Voituron
BIO3009L Renouvellement UE Dynamique de la cellule Dynamique de la cellule 6 0 30 10.5 15 0 0 210 35 18 0 0 sandrine.bretaud
BIO3011L Renouvellement UE Ecologie des communautés Ecologie des communautés 6 0 25 12 18 0 0 210 35 18 0 0 bernard.kaufmann
BIO3012L BIO3012L Renouvellement UE Ecologie microbienne Ecologie microbienne 6 0 22.5 8 24.5 0 0 210 35 16 0 0 daniel.muller 0 0 0 0
UE recommandée : Microbiologie Générale
Méthodologiques :
Analyse et compréhension de la diversité microbienne, de l'évolution et des interactions au sein du monde microbien.

Techniques :
Techniques d'observation, d'identification et caractérisation taxonomique des micro-organismes: méthodes phénotypiques (morphologie, données métaboliques,  etc...), moléculaires (PCR, RT-PCR, etc..), et de dénombrement. Mesure d'activités microbiennes
L'objectif du module est l'acquisition de concepts théoriques et de méthodologies en écologie des micro-organismes dans les domaines suivants :
I- Acclimatation et adaptation des micro-organismes aux contraintes environnementales, régulation de l'homéostasie. -pH -température - Aw -salinité...
II-Relations interspécifiques - Compétition - Amensalisme- Commensalisme - Parasistisme - Symbiose - Prédation
BIO3013L BIO3013L Renouvellement UE EVME Ecophysiologie : vie en milieux extrêmes 6 0 32 1.5 20 0 0 210 35 9 0 0 frederic.hervant 67 50 66 50 0 0
Programme et objectifs pédagogiques :
Les réponses comportementales, physiologiques et métaboliques des organismes aux variations des conditions environnementales seront présentées chez les animaux, tout d'abord selon une logique comparative (écophysiologie générale), puis sous la forme d'une étude des adaptations aux conditions extrêmes les plus couramment rencontrées dans la nature. Cette UE permettra aux étudiants : (1) d'acquérir des connaissances concernant l'adaptation des animaux en milieu extrême ou tout simplement perturbé, (2) d'aborder tous les problèmes d'ordre écologique traitant de la survie dans un biotope donné, et (3) d'intégrer les Masters comportant de l'Écologie, de l'Écophysiologie et/ou de la Physiologie comparative.

Cours :
1 - Ecophysiologie générale : excrétion, respiration, thermorégulation et osmorégulation chez les animaux (N. Mondy).
2 - Adaptation aux environnements et aux situations extrêmes chez les animaux : milieux souterrain, polaire, abyssal, désertique, sursalé, acide, hyperbarie, hypoxie, jeûne alimentaire, plongée profonde, altitude et espace (F. Hervant).
3 - Gestion du stress oxydant en conditions hostiles (Y. Voituron).
4 - Thermorégulation (échanges de chaleur, mécanismes...), thermogenèse et adaptations au froid chez les endothermes (hibernation, manchot empereur...) (D. Roussel).
5 - La vie en milieu contaminé : pollutions chimiques, sonore et lumineuse (N. Mondy).

Travaux Dirigés :
Exploitation des résultats obtenus en TP, utilisation de la bibliographie et acquisition des techniques de rédaction d'un rapport scientifique.

Travaux Pratiques :
Ils permettront aux étudiants de travailler sur des animaux vivants et d'acquérir les techniques de base de l'Écophysiologie. Thèmes traités :
- Réponses respiratoires et métaboliques aux variations de la teneur en oxygène et de la salinité (milieux hypoxiques, sursalés et désalés).
- Réponses au froid, cryprotection, mécanismes de lutte contre le stress oxydant.
Compétences spécifiques :
- Principaux concepts de l'écophysiologie.
- Stratégies mises en oeuvre par les animaux dans des conditions environnementales stressantes ou extrêmes.
- Analyse de la relation unissant un organisme ou une population à son environnement.
Apprentissage de plusieurs techniques et outils utilisés en écophysiologie (dosage de molécules cryoprotectrices, respirométrie, mesure de paramètres physiologiques, ExAO...).
- Expérimentations sur animaux vivants.


Compétences transversales :
- Réalisation d'un protocole expérimental.
- Rédaction de rapports scientifiques et utilisation de la bibliographie.
- Analyse de résultats expérimentaux.
BIO3019L BIO3019L Renouvellement UE Génét et dynam des pop Génétique et dynamique des populations 6 0 22.5 19.5 12 0 0 210 35 18 0 0 julien.varaldi 67 0 0 0 0
Bases de Génétique des populations (UE Génétique 2).
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).
- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

L’UE a pour objectif de donner aux étudiants une maîtrise des concepts théoriques et des outils d'analyse de la Génétique et de la Dynamique des Populations : étudier comment les populations s'organisent dans la nature et analyser l'évolution de leurs structures, de leurs effectifs et de la fréquence des allèles au cours du temps. Le fonctionnement des populations est étudié en prenant en compte la complexité de l'environnement dans lequel elles évoluent (structuration spatiale et temporelle, structure des communautés, effets et variations des facteurs abiotiques et anthropiques). Fournir les bases conceptuelles nécessaires à la compréhension de l'écologie évolutive et à la gestion des populations (contrôle, conservation). 


Génétique des populations : rappels sur le modèle de Hardy-Weinberg, mutation, migration, dérive, consanguinité, sélection, notion de taille efficace, de structuration (Fst, Fis , Fit). Analyse de plusieurs loci simultanée (notion de déséquilibre gamétique, D, D/Dmax). Genome Wide Association Studies (GWAS). Introduction aux méthodes de séquençage haut-débit pour l'étude du polymorphisme et à la génomique des populations. Introduction à la détection de sélection dans les génomes (comparaison marqueurs neutres/selectionnés, utilisation du déséquilibre gamétique).  Introgressions et histoires évolutives et démographiques complexes. Notion de conflits génétiques.

9h CM (adossé à 5 séances de TD de GDP 3h + 3h TP génomique des populations + 3h interface génétique / dynamique).


Dynamique des populations / Biologie des populations: Approche par dénombrement : modèles de croissance de population, densité-dépendance, estimation d'effectifs, suivi de population par méthode de Capture Marquage Recapture (CMR), approche par indicateurs de changement écologiques. Approche par modèles démographiques : définition des paramètres démographiques et tables de vie, modèle de projection de population, analyse de sensibilité, structure d'âge, durée de génération et valeurs reproductives. Les processus opérant dans les populations sont étudiés (effet cohorte, effet famille, hétérogénéité individuelle).  Introduction à la Biologie des populations, c'est-à-dire l'étude des populations in natura. Nécessité de connaître les structures des populations (structure spatiale, structure temporelle, structure sociale, structures génétique et de parenté) et les interactions génétique et dynamique des populations pour comprendre la dynamique éco-évolutive des populations dans leur milieu naturel.

9h CM Dynamique + 4.5h Biologie des populations (adossé à 3 séances de TD 1h30 + 6h de TP CMR + 3h interface génétique / dynamique).


BIO3021L Renouvellement UE Grds fonctions animales 2 Grandes fonctions animales 2 6 0 39 10.5 9 0 0 210 35 18 0 0 loic.teulier
BIO3025L BIO3025L Renouvellement UE Maths appliquées Biologie Mathématiques appliquées à la biologie 6 0 24 30 0 0 0 210 35 18 0 0 isabelle.amat 67 0 0 0 0

UE recommandées : Mathématiques pour les Sciences de la Vie 1 (L1), Bio-statistiques et Bio-informatique (L2)

De par la complexité des processus impliqués et la quantité des données récoltées, l’étude des problématiques d’écologie et d’évolution est indissociable d’approches quantitatives de modélisation mathématique et d’analyse de données.

L’objectif de l’UE est de permettre l’acquisition des méthodes mathématiques et statistiques adaptées pour la formalisation, l'analyse et la compréhension de phénomènes biologiques variés (croissance de populations, interactions entre populations, dynamique des génomes…).    .
L’UE abordera 3 thèmes, chacun basé sur des CM où les concepts théoriques sont présentés et des TD durant lesquels ils seront appliqués sur des problématiques concrètes d’écologie et d’évolution :

-        Algèbre linéaire - Présentation des concepts théoriques de base (vecteurs, applications linéaires, base et changement de base, produit matriciel, diagonalisation) appliqués à :

  • Etude de la dynamique des systèmes biologiques déterministes structurés en plusieurs classes (classes d’âge, génotypes, localités géographiques, … voir aussi l’UE GDP), et des processus stochastiques (introduction aux chaînes de markov).
  • Analyse de la structuration des jeux de données multivariés : initiation à l’ACP

-        Modélisation mathématique - Analyse de systèmes d’équations différentielles ordinaires (EDO) pour modéliser une variable biologique (e.g. une densité de population) ou deux variables en interaction (e.g. pour modéliser les interactions entre deux espèces) au cours du temps (typologie des systèmes linéaires, isoclines zéros, portrait de phase en dimension 2).

-        Statistique - Les objectifs sont: (i) acquérir un raisonnement commun aux tests paramétriques usuels (conditions d’application, robustesse, distribution de la statistique, décision et risques d’erreur), (ii) se former aux méthodes de permutation comme alternative aux tests paramétriques (iii) mettre en œuvre les méthodes appropriées face à divers jeux de données et (iv) pratiquer ces tests à l'aide du logiciel R.  

Les TDs du thème « Statistique » et d’initiation à l’ACP se font sur ordinateur en utilisant le logiciel de statistique R sur la base de jeux de données biologiques concrets. L’utilisation de R pour la modélisation mathématique de processus dynamiques (discrets ou continus) sera également illustrée lors du dernier TD des thèmes « algèbre » et « modélisation ».

BIO3028L BIO3028L Renouvellement UE Microbiologie et immuno Microbiologie et immunologie 6 0 31.5 15 9 0 0 210 35 18 0 0 olivier.diaz 65 100 0 olivier.diaz@inserm.fr 0 0
Analyse d'un questionnement en mobilisant les concepts disciplinaires
Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire
Observations, mesures, expérimentations, modélisations et interprétations en SVT
Exploitation de données à des fins d'analyse

            L’UE de Microbiologie et Immunologie présente aux étudiants des notions générales de Microbiologie et d’Immunologie adossées aux thématiques d’enseignement des collèges et lycées. L’UE est constituée de 22,5h d’enseignement de Microbiologie et de 33 h d’enseignement d’Immunologie.

La Microbiologie (Cours : 13.5h, TD 3h, TP 6h) aborde les grands thèmes de : La place des microorganismes dans le monde vivant,  le rôle des microorganismes dans l’environnement et dans notre quotidien, les procédés de fermentation domestiqués par l’homme ainsi que les relations pathologiques homme/microorganismes, dans le cadre des thématiques suivantes :

-Place et relations évolutives des microorganismes au sein des êtres vivants (notion de biodiversité).

-Caractéristiques des cellules microbiennes eucaryotes et procaryotes (cellules fongiques, bactéries et archaebactéries).

-Lois de la croissance microbienne et les facteurs limitant la croissance.

- Étude des particularités métaboliques des microorganismes impliqués dans les transformations biologiques et alimentaires : le cas de la fermentation alcoolique.

-Relations non pathologiques et pathologiques homme/microorganismes (notion d’infection microbienne)

-Antibiotiques : découverte des antibiotiques et histoire des Sciences, mode d’action, cibles et résistance

              Les cours sont adossés à des TD  (Inactivation des micro organismes) et à des travaux pratiques portant sur la découverte de la microflore de milieux et naturels (sol, air), les manipulations de base en microbiologie (utiliser le microscope, travailler stérilement, isoler une culture pure, inoculer un milieu de culture,  caractériser une bactérie, une levure, un champignon, réaliser la coloration de Gram, réaliser et interpréter un antibiogramme).

L’enseignement d’Immunologie (Cours : 18h, TD : 12h, TP : 3h) doit permettre à l’étudiant d’acquérir les bases de l'immunologie moléculaire (récepteurs de danger, de l'antigène), ainsi que les bases de l'immunologie cellulaire (cellules présentatrices de l'antigène, lymphocytes, cellules NK). Les cours porteront sur la description de l’organisation du système immunitaire (organes, cellules immunitaires, molécules effectrices), de son homéostasie (hématopoïèse et lymphopoïèse, génération du répertoire des anticorps), et des coopérations cellulaires mises en jeu lors des réponses immunitaires innées et adaptatives face aux différentes classes de pathogène (intracellulaires, intravésiculaires, extracellulaires). Les bases immunologiques du rejet de la greffe seront traitées. La réponse immunitaire face aux virus et plus particulièrement lors de l’infection par le virus du SIDA sera étudiée. La manipulation de la réponse et de la mémoire immunitaire sera abordée au travers de la vaccination, de la sérothérapie et de l’immunothérapie cellulaire (histoire et perspectives). Les TD traiteront des différents points de cours par des exercices basés sur des techniques d’études spécifique de l’immunologie et des données issues de la littérature. Des exemples de vaccination antibactérienne et antivirale seront analysés. La didactique de l’immunologie sera également abordée par l’analyse de documents provenant d’ouvrages scolaires. Enfin un TP de dosage d’antigènes par méthode ELISA sera réalisée.

 

BIO3029L BIO3029L Renouvellement UE Microbiologie 2 Microbiologie 2 6 0 30 6 14 0 0 210 35 16 0 0 nathalie.poussereau 65 60 67 40 0 0
Avoir suivi de préférence les enseignements du L2 de la la licence de biologie , tout particulièrement Microbiologie 1 abordant les connaissance de base de la microbiologie
Connaissance des microorganismes pro et eucaryotes
Manipulations et raisonnement de la microbiologie
Notions d'hygiène et sécurité en lien avec les microorganismes
Exécution d'un protocole expérimental, analyses de résultats, rédaction d'un rapport de synthèse
Gestion d'un cahier de laboratoire

Les microorganismes se caractérisent par une remarquable capacité d’adaptation à leur environnement. L’enseignement de Microbiologie 2 vise à illustrer la diversité des mécanismes cellulaires et moléculaires développés par les microorganismes pro et eucaryotes en réponse à des changements environnementaux et plus particulièrement dans le cas de stratégies infectieuses.

La mise en place et l’implication de différents éléments structurels (systèmes de sécrétion, mécanisme de mobilité, quorum sensing, synthèse pariétale et croissance…) nécessaires à ces mécanismes sont développés dans le cas des bactéries, champignons filamenteux , levures et protistes. Différents exemples de stratégies infectieuses sont présentés.

Les notions d’holobionte et de microbiote sont abordées. La description et le rôle du microbiote intestinal sont plus particulièrement traités.

Le cours est complété par des Travaux Pratiques et Dirigés qui ont pour objectif la mise en œuvre de techniques d’isolement et d’identification de bactéries (entérobactéries, coques) et de mycètes (champignons filamenteux, levures). Les techniques classiques de la microbiologie (mise en culture, isolement, observations microscopiques, tests biochimiques (galeries Api…))ainsi que des techniques de biologie moléculaire sont mises en œuvre.


BIO3030L+ Création UE VCCM Voyage au cœur des cellules microbiennes 3 0 20 0 10 0 0 210 35 16 0 0 christophe.bruel 65 70 64 30 0 0
L’équivalent de ce qui est enseigné dans l’UE de Microbiologie 1 au L2 (différences et similarités entre bactéries, levures et moisissures).
Les bases de la biologie cellulaire et de la connaissance des briques élémentaires des constituants cellulaires (acides aminés, bases nucléiques, lipides, cofacteurs principaux comme le NADH).
Compétences spécifiques :
  - Compréhension "intelligente"
        - de la nutrition des microorganismes, et de la composition des milieux de culture utilisés pour leurs croissances
        - des respirations et des fermentations, et des conditions de culture associées
        - de l'acclimatation des microorganismes aux changements de l'environnement
 
Compétences transversales :
  - Vision spatio-temporelle des acteurs du métabolisme cellulaire
  - Vision du métabolisme principal des cellules végétales et animales (conservation au cours de l'évolution)
  - Réflexion / synthèse
Comment les microorganismes transforment la manière ... depuis la nuit des temps ?
Thématiques abordées :
  - Rappels des principaux éléments et processus essentiels à la croissance microbienne
  - Disponibilité et accessibilité à la matière environnante (inorganique, organique, facilement ou difficilement assimilable)
  - Transport de la matière dans la cellule
  - Sécrétion d'acteurs spécifiques à la capture de la matière (enzymes, sidérophores)
  - Energétique cellulaire
  - Catabolisme et voies cataboliques générales ou spécifiques
  - Anabolisme primaire et secondaire, et voies anaboliques générales ou spécifiques
Optimisation / Régulation du métabolisme
BIO3031L BIO3031L Renouvellement UE Neurosens Neurosens : de la perception à l’analyse sensorielle 6 0 30 10.5 15 0 0 210 35 12 0 0 karyn.julliard brigitte.paulignan 69 100 0 0 0
•Connaître les bases moléculaires, cellulaires et anatomo-fonctionnelles du système nerveux
•Connaître les outils statistiques

L1:  De la Cellule à l’Organisme (CAO)

Connaître les fonctions sensorielles (olfaction, gustation, vision, audition, équilibration, somesthésie)

Connaître les outils d’étude des fonctions sensorielles (tests fonctionnels, tests psychophysiques, imagerie cérébrale; etc) Observation en microscopie photonique, utilisation d'atlas stéréotaxiques, recherche de documents sur le Net ou sur une base de donnée informatisée, analyses sensorielles : tests olfactif, auditif, visuel, gustatif, EMG, tests mnésiques, eye tracking. Elaboration de questionnaires d’évaluation.

Savoir décrire et expliquer:

  • Le fonctionnement intégré multi-échelle des fonctions sensorielles
  • L’intérêt  des différents outils d’étude des fonctions sensorielles (tests fonctionnels, tests psychophysiques, imagerie cérébrale; etc)
Savoir analyser et critiquer des données expérimentales (tests fonctionnels, tests psychophysiques, imagerie cérébrale; etc)
Développer la communication scientifique (communication orale et posters)
Appréhender l’intégration multi-sensorielle
Appréhender l’environnement professionnel

Objectifs Pédagogiques :

Cet enseignement donne des bases solides en neurosciences sensorielles et initie les étudiants aux méthodes expérimentales d’évaluation sensorielle. Par différentes approches méthodologiques, des données expérimentales sont acquises en TP. Sur cette base expérimentale, et en lien avec les connaissances acquises en cours, une réflexion scientifique est induite puis formalisée sous forme de poster présenté à l’oral. Cette approche concrète permet de développer les compétences techniques et intellectuelles nécessaires à la démarche scientifique.

Contenu :

CM:  

  • Présentation anatomo-fonctionnelle des différentes fonctions sensorielles: Equilibration, Somesthésie, Olfaction,   Gustation, Audition, Vision.
  • Etude du traitement central de la perception sensorielle : hédonicité, mémoire, récompense
  • Intégration sensorielle plurimodale

TD

  • Introduction à la compréhension du milieu professionnel recherche/analyse sensorielle
  • Présentation des  TP Histologiques et fonctionnels
  • Élaboration d'un questionnaire d’évaluation sensorielle
  • Analyse des résultats bruts, choix des résultats. Utilisation tests statistiques et Excel
  • Retranscription du stage de TP sous forme d'un oral avec support visuel + discussion sous forme de table ronde

TP:   Stage de 5 demi-journées, durant lequel chaque sous-groupe d'étudiants (3 à 4 étudiants par groupe) aborde  l’ensemble des modalités sensorielles: Olfaction, Audition, Gustation, Somesthésie, Equilibration, Vision.

  Pour chaque modalité les étudiants :

-réalisent une étude histologique et cytologique de la structure (observation de lames en microscopie photonique, de clichés de microscopie électronique)
-recherchent et identifient les structures centrales impliquées dans cette fonction (analyse de lames de cerveau, d'atlas, de documents via des CD ROM, le Net, la réalité virtuelle ...)
-réalisent un test fonctionnel (olfaction, gustation : test d'identification et recherche de seuils sensoriels, audition : audiogramme, exploration visuelle : eye tracking; Somesthésie : réponse électrodermale, équilibration
-étudient des pathologies (analyse de documents - imagerie cérébrale) et déduisent les régions impliquées dans ces dysfonctionnements
-mutualisent les données expérimentales ainsi recueillies par les différents sous-groupes afin de les traiter en TD

Lors du dernier TP, chaque sous-groupe doit appréhender l’étude anatomo-fonctionnelle d’une modalité et présenter une synthèse de ce travail sous forme d'un oral avec support visuel + discussion sous forme de table ronde.

BIO3033L BIO3033L Renouvellement UE Outils bases moléculaires Outils et bases moléculaires 6 0 25.5 15 15 0 0 210 35 16 0 0 chantal.diaz joelle.thomas 65 80 64 20 0 0
Génétique 1 en L1
Génétique 2B en L2
Maîtriser les concepts fondamentaux de la génétique moléculaire eucaryote conduisant à l'expression des gènes et à leur régulation.
Connaître et identifier l'ensemble des outils de détection, d'amplification et de modification des acides nucléiques.
Etre capable de manipuler des concepts abstraits (comportements de diverses molécules dans un tube) et des faits concrets (résultats expérimentaux attendus et observés).
Relier les concepts moléculaires et la compréhension du fonctionnement des gènes à des outils utilisables dans des domaines extrêmement variés, de la recherche fondamentale à la recherche appliquée en médecine, industries agroalimentaires …
Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d'une démarche expérimentale.
Interpréter des données expérimentales avec un esprit critique.
Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de génétique et de microbiologie pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

L’objectif de ce module est de présenter aux étudiants les principaux outils moléculaires utilisés actuellement en biologie pour étudier l’expression des gènes. 
Cours : Méthodes de détection et d’identification des acides nucléiques : sondes et marquage, hybridation, puces à ADN, séquençage, analyse informatique de séquences.Méthodes d’amplification et de sélection des acides nucléiques : réaction de polymérisation en chaîne (PCR),RT-PCR, qRT-PCR, clonage, banques et criblage, stratégies d’analyse de génomes entiers. Méthodes d’étude du produit de l’expression des gènes, ARN et protéines.Transfert de gènes dans des cellules en culture et dans des organismes. Invalidation ou modification d’un gène (CRISPR-Cas9).Approfondissement des connaissances sur les bases moléculaires du fonctionnement des gènes: Comment est organisé l’ADN dans la chromatine, comment se maintient-il dans une cellule, la réplication de l’ADN, la réparation des erreurs de réplication. Comment s’exprime un gène et comment l’analyser, la transcription et la traduction, les régulations post-transcriptionnelles et post-traductionnelles.

 

Travaux dirigés : Exercices d’application des différentes parties du cours. Problèmes conçus à partir d’articles scientifiques où l’étudiant doit analyser les résultats expérimentaux obtenus par les chercheurs, les analyser et en donner une interprétation. Quelques exercices ou problèmes sont rédigés en anglais pour exercer l’étudiant à la compréhension de l’anglais scientifique.

Travaux pratiques : TP en salles : utilisation d’outils moléculaires permettant d’appréhender la fonction et la structure d’un gène. L’étudiant réalise des PCR sur de l’ADN génomique et de l’ADN complémentaire, un clonage, de l’amplification du produit à cloner jusqu’à l’analyse du plasmide recombinant dans les bactéries transformées, des extractions d’ADN et une cartographie de restriction. Il analyse et interprète ses propres résultats. 

BIO3036L BIO3036L Renouvellement UE Physio Cardio-resp L3 physio / Physiologie Cardio-Respiratoire 6 0 30 9 12 4.5 0 210 35 16 0 0 delphine.baetz 66 100 0 0 0

UE recommandées : de la cellule à l’organisme (L1) et physiologie cellulaire (L2)

L’objectif de cette UE est :

1) d’acquérir des connaissances sur le fonctionnement physiologique du système cardio-respiratoire et de comprendre les régulations physiologiques mises en œuvres pour maintenir des constantes physiologiques essentielles à la vie (pression artérielle, et pression partielle en oxygène tissulaire notamment),

2) de faire la synthèse des connaissances acquises en cours et en TP pour analyser, exploiter et présenter des résultats à l’écrit.

En cours seront abordées :

1)           La fonction cardio-circulatoire selon le plan suivant : Anatomie & histologie fonctionnelle cardiaque et des vaisseaux - Propagation spatio-temporelle de l’excitation - Fonction contractile et cycle cardiaque - Echanges au niveau des capillaires - Effets et mécanismes d'action des différents systèmes de contrôle (système nerveux autonome et système hormonale) du fonctionnement de la pompe cardiaque et de la régulation de la vasomotricité et de la pression artérielle - Notions de physiopathologie cardiovasculaire.

2)           Le sang et son rôle au sein de l’organisme : Description de données élémentaires sur les rôles des cellules sanguines et de l’hématopoïèse - Rôle du sang dans les défenses de l’organisme -Rrégulation de l’hémostase.

3)           La fonction respiratoire : Description de l’anatomie fonctionnelle – Mécanique ventilatoire & ventilation alvéolaire – Circulation pulmonaire & échanges gazeux alvéolo-capillaires – Transport des gaz dans le sang – Ajustement, contrôle et régulation de la ventilation.

 

Les TD/TP ont pour objectifs d’approfondir les notions vues en cours. Ils traiteront :

En TD (13.5h) :

1) De la mise en évidence de la vasomotricité et de sa régulation par utilisation d’outils de simulation virtuelle (projets personnels avec tutorat).

2) Des notions de régulation du débit sanguin cérébral et de pathologies d’ischémie-reperfusion cérébrale (outils diagnostiques - imagerie) et des notions d’ischémie-reperfusion cardiaque et des mécanismes physiopathologiques mis en jeu.

4) De la présentation des manipulations, des analyses et de l’exploitation des résultats de TP.

En TP (12 h) :

1) De la régulation de la pression artérielle.

2) Des bases électro-physiologiques de l’ECG.

3) De l’étude de la ventilation et de son contrôle.

BIO3037L BIO3037L Renouvellement UE Physio digest et énergét Physiologie digestive et énergétique 6 0 27 4.5 18 0 0 210 35 16 0 0 damien.roussel 66 0 0 0 0
Méthodologiques :
- Détermination de la dépense énergétique - Lecture de clichés de microscopie électronique et de lames histologiques : savoir faire la relation structure-fonction - Expérimentation in vivo et in vitro - Rédaction de comptes rendus - Discussion de protocoles expérimentaux - Analyse des données - Bonnes pratiques de laboratoire.
Thématiques abordées :
- Composition corporelle et compartiments des organismes ;
- Dépense énergétique et ses variations ;
- Bioénerégétique, besoins énergétiques et leur couverture (besoins, régimes) ;
- Digestion et absorption des nutriments ;
- Métabolisme cellulaires et les relations inter-organes ;
Travaux partiques :
- Comparaison interspécifique de la dépense énergétique ;
- Absorption intestinale du glucose ;
- Régulation de la sécrétion exocrine du pancréas; anatomie fonctionnelle, histologie et ultrastructure de la sphère digestive ;
- Estimation de la puissance aérobie maximale.
BIO3038L BIO3038L Renouvellement UE PFE Physiologie fonctionnelle et endocrinologie 6 0 33 3 12 0 0 210 35 14 0 0 olga.andrini christine.berthier 66 100 0 0 0
BIO1002L de la Cellule À l'Organisme (CAO - L1)
Notions de Pharmacologie appliquée.
Etude expérimentale d'une régulation physiologique : utilisation de capteurs physiologiques; acquisition et traitement de signaux (pression et volume), méthode de mesure de la VO2 chez l'Homme.
Méthodes d'analyse et de traitement des signaux et données physiologiques.
Notion de relation structure-fonction: apprentissage détaillé des caractéristiques structurales et ultrastructurales des organes leur permettant d'assurer leur fonction physiologique; mise en évidence des similitudes et spécificités tissulaires.
Analyse de préparations histologiques par observation microscopique et par tablettes connectées.
Analyse ultrastructurale en microscopie électronique.
Rédaction de synthèses (comptes-rendus).
Le fonctionnement des mammifères est régi par des structures organisées, les organes, agencées à l'intérieur de systèmes complexes permettant notamment l'apport de substrats, le traitement des informations, l'adaptation à des conditions variées ou bien encore la procréation. Le but de l'UE de Physiologie Fonctionnelle et Endocrinologie est de replacer le rôle des biomolécules et de leurs interactions fonctionnelles dans le contexte de l'organe et de l'organisme et d'apporter ainsi des notions de physiologie animale et en particulier, humaine. Ainsi elle a particulièrement sa place dans le parcours des étudiants en Biochimie, pour qui elle est très complémentaire de l'enseignement obligatoire et auxquels elle est proposée au niveau L3. Elle peut tout à fait intéresser également des étudiants d'autres parcours comme la Bio-informatique et modélisation, la Biologie des Organismes, la Microbiologie, .... L'enseignement comprend des cours magistraux traitant des différentes grandes fonctions de l'organisme et de leur régulation nerveuse et endocrinienne, mais il s'appuie également pour une grande part sur la pratique expérimentale et l'apprentissage de méthodes d'études spécifiques aux différentes fonctions de l'organisme.

Programme:

Cours Magistraux : les échanges gazeux et leur régulation ; physiologie cardio-vasculaire ; les apports au milieu intérieur : digestion et quelques éléments de nutrition ; régulation du milieu intérieur : physiologie rénale ; le complexe hypothalamo-hypophysaire ; fonction de reproduction.

Travaux dirigés et pratiques : séances d'introduction aux travaux pratiques ; bilan, analyse et interprétation des résultats ; régulation de la pression artérielle chez le lapin; histophysiologie des organes; adaptations respiratoires à l'exercice.
BIO3039L BIO3039L Renouvellement UE Physiologie uro-génitale Physiologie uro-génitale 6 0 24 15 11 0 0 210 32 16 0 0 sylvie.ducreux 66 100 0 0 0
UE recommandée : De la cellule à l’organisme
Méthodologiques :
  • maitrise de protocoles expérimentaux
  • analyses de données biologiques
  • lecture de clichés de microscopie électronique et de lames histologiques : savoir faire la relation structure-fonction
  • travail personnel en petit groupe sur dossier thématique :
    -recherche de documentations
    -synthèse bibliographique
    -gestion de projet
    - travail de groupe
    -contruction et réalisation d'un exposé oral

Techniques :
- Utilisation d'un microscope
1. Physiologie rénale :
Mécanisme et régulation de la filtration glomérulaire
Mécanisme et régulation de la réabsorption tubulaire
Rôle du rein dans le maintien de l’équilibre hydroélectrique
Miction
Anatomie - histologie - ultrastructure

 2. Physiologie de la reproduction humaine:
Fonction testiculaire et ovarienne chez l’adulte
Folliculogénèse et cycle menstruel chez la femme
Hormones sexuelles -
Stéroïdogénèse chez l’homme et la femme
Le sperme - les mécanismes de l’érection
Fécondation - nidation - gestation
Maîtrise de la reproduction - procréation médicalement assistée
Anatomie - histologie - ultrastructure
BIO3040L Renouvellement UE RP Régulations physiologiques 6 0 30 9 18 0 0 210 35 18 0 0 claude.duchamp
BIO3043L BIO3043L Renouvellement UE Technique identif biodiv Technique d'identification de la biodiversité 6 0 3 9 43 0 0 210 35 20 0 0 sylvain.doledec 67 67 68 33 0 0
Des connaissances zoologiques et botaniques sont nécessaires pour suivre cette UE (Niveau L2).
- Aisance orale
- Communication de résultats d'étude écologique

Cette UE vise à initier les étudiants aux expertises de biodiversité qui reposent sur des inventaires et des recensements. Le but est donc d'acquérir les techniques d'identification de la faune et de la flore par un enseignement essentiellement pratique. Cet enseignement devrait mettre ces acquis méthodologiques dans la perspective de la caractérisation des habitats selon les normes typologiques en vigueur et la bioévaluation.
L'enseignement comprend une conférencespar un intervenant extérieur professionnels de l’environnement (ex. Bureau d'études) visant à monter les pratiques au quotidien, les problématiques et enjeu de l'identification de la biodiversité. Les TD portent sur des illustrations visant à expliciter l'échantillonnage et les méthodes de prélèvements en milieu naturel, les mesures de la diversité et méthodes biologiques de diagnostic en bioindication. Les travaux pratiques sont organisés en trois ateliers :
- Inventaire floristique en zone suburbaine.
- Application des méthodes biologiques normalisées pour le diagnostic de l’intégrité écologique des cours d’eau (IBGN)
- Application des méthodes biologiques aux milieux terrestres ("indice fourmi") 
Chaque atelier comprend des TPs de terrain avec récolte de matériel qui est ensuite étudiés en laboratoire.

BIO3060L BIO3060L Renouvellement UE Anglais Anglais licence biosciences 3 0 20 0 0 0 0 210 35 18 0 0 veronique.rancurel@ens-lyon.fr gcenslyon@gmail.com 0 0 0 gcenslyon@gmail.com 0

 PURPOSE

This class is designed to improve students’ oral and written communication skills for the twin purposes of interdisciplinarity and popularization. Students will improve their skills through a combination of advice and exercises. The advice that students will receive is derived from the most up-to-date theoretical work and empirical studies on how audiences respond to presentations and how readers process textual information. The exercises will give students the opportunity to put into practice the advice they are given, so that they can enjoy immediate benefits from taking this class. Students should note, however, that their communication skills will significantly improve only through sustained practice long after this class is over.

 

CONTENTS

Each session will be devoted both to oral communication and to written communication. The first two classes will provide students with a general approach to and with general advice on oral and written communication, while the following seven classes will put this approach and this advice into practice through topical exercises. Finally, the last two classes will be devoted to the written and oral exams. Besides practicing their oral and written communication skills, students will also practice their reading and listening skills during each session. Students will therefore have the opportunity to improve all the skills necessary to taking the Cambridge English: C1 Advanced exam.

 

 ASSESSMENT

During the semester, students will write a critical analysis of a scientific TED Talk and will deliver a TED-like presentation introducing their field of study to a general audience. These two activities will make up their continuous assessment grade, which represents 50% of the overall grade for this class. For the final exams, students will have to summarize a key paper from their field in a way which is accessible to specialists from other disciplines, and will then have to present this paper to an audience of students and researchers from their own field. The written and oral parts will each make up half of the final exams grade, which represents the other 50% of the overall grade for this class.

BIO3073L BIO3073L Renouvellement UE Bio-informatique Programmation pour la bio-informatique 3 0 0 0 30 0 0 210 35 12 0 0 laurent.gueguen 67 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires :

• Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.

Compétences acquises : technique :

Usages digitaux et numériques :

• Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de  l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.

L’objectif de cette unité d’enseignement est d’assurer aux biologistes une certaine autonomie en bioinformatique pour le développement d’outils spécifiques à leur problématique biologique. Ceci sera fait par l'initiation à la programmation en python et R.

Cet enseignement ne vise pas simplement à ce que les étudiants maîtrisent la syntaxe de ces langages, mais aussi à ce qu’ils sachent mettre à profit les spécificités de chacun, en particulier dans les structures de données et l’utilisation des structures de contrôle. 

En ce qui concerne python, les étudiants apprendront également comment utiliser la programmation orientée-objet pour gérer des informations complexes issues de données hétérogènes, à l’image des données usuelles en biologie. En ce qui concerne R, les étudiants exploreront l’utilité de la programmation vectorielle ainsi que la richesse des représentations graphiques.

L’UE est uniquement sous la forme d’un enseignement pratique devant ordinateur. Pour illustrer l’intérêt interdisciplinaire de l’informatique, ce travail sera une occasion pour les étudiants d’appréhender des problématiques biologiques complexes. En python, il s’agira de génétique des populations, par la conception et la simulation de dynamiques évolutives mettant en jeu des mécanismes aussi réalistes que possible, à confronter avec statistiques connues.  En R, il s’agira de mise en compétition de stratégies de partage de ressources entre individus, et de gestion de risques dans l’accès à ces ressources. 

BIO3079L Renouvellement UE Intéract entre macromolec Interactions entre macromolécules 6 0 24 8 24 0 0 210 35 18 0 0 cecile.ribot
BIO3081L+ Création UE BEO Biologie et Ecologie de l'Organisme 9 0 33 10.5 20 6 0 210 35 15 0 0 yann.voituron 0 0 0 0

- Utiliser les techniques d’étude courantes des tissus animaux et interpréter les données issues de techniques d’observation classiques (microscopies), savoir relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

- Conceptualiser une démarche expérimentale en construisant des hypothèses et un protocole afin d’infirmer ou confirmer la dite hypothèse
-  Analyser des documents scientifique et developpement de l'esprit critique 

- Être initié aux concept de l’écologie et de l’éthologie (analyse du comportement animal).

En s'appuyant sur les acquis des deux premiers niveaux de la licence (biologie des organismes, physiologie, génétique des populations), ce module présente une conception systémique des fonctions d'acquisition, d'allocation et de mise en réserve de l'énergie chez les animaux. Ainsi, les postes d’allocations que sont la croissance, la survie et la reproduction seront abordées à travers différentes espèces ou groupes animaux exprimant des histoires de vie contrastées. Morphologie, comportement et physiologie sont donc abordés afin de faire comprendre la mise en place du phénotype des organismes.

Dans une première partie, les relations entre le métabolisme et la taille corporelle représentent la base conceptuelle de l'analyse des coûts énergétiques et du comportement des principales activités : thermorégulation, locomotion, perception, sécrétion animale, etc ...

Dans une seconde partie, l'UE visera à donner à l'étudiant une vision synthétique de la reproduction et du développement post-embryonnaire: stratégies, modalités, répartition et régulation, dans une perspective écologique et évolutive chez les animaux.

BIO3083L BIO3083L Renouvellement UE Ecol et gestion des popul Ecologie et Gestion des Populations 6 0 19.5 9 24 0 0 210 35 18 0 0 samuel.venner 0 0 0 0

Maîtrises des concepts et méthodes vus dans l’UE ‘Génétique et Dynamique des Populations (semestre 5, L3)

Maîtrise des concepts de la biologie des populations (structure, dynamique, génétique) pour aborder des problématiques de gestion et conservation de la biodiversité.

Maîtrise des principes de modélisation en dynamique et génétique des populations :

Modèle de génétique : prise en compte de la dépression de consanguinité (accumulation d’allèle délétère) en petites populations isolées

Modèle de dynamique des populations : fragmentation, connectivité et méta-populations

Modèles appliqués à la gestion : exemple de conservation pour des très petites populations fragmentées.

Analyse critique des modèles (leur pertinence, leurs limites, leurs sorties, leur portée en termes de gestion).

L’objectif de cette UE est d’appliquer les concepts et méthodes développés en biologie des populations à la gestion et à la conservation de celles-ci. Cette UE est étroitement liée à l’UE de « Génétique et Dynamique des populations ». Les différentes interventions de l’UE viseront à montrer aux étudiants que la gestion des populations in natura nécessite des bases scientifiques solides et en particulier la maîtrise des concepts et outils pour décrire et comprendre les structures des populations (structures spatiale, temporelle, sociale, génétique, de parenté), leurs interactions et leurs conséquences sur la dynamique éco-évolutive des populations.

Les cours montreront en particulier la nécessité d’intégrer la diversité génétique et phénotypique, la stochasticité démographique et environnementale, la fragmentation des milieux et la notion de méta-populations ainsi que les interactions interspécifiques pour évaluer la viabilité des populations, pour comprendre les phénomènes d’extinction locale et de recolonisation. Les cours introduiront les notions de biologie et de génétique de la conservation et illustreront l’utilisation de différents outils de gestion des populations dans différents contextes liés aux activités anthropiques (pression de chasse, changement climatique, fragmentation du milieu, …).

BIO3085L BIO3085L Renouvellement UE OMEE Outils moléculaires pour l'écologie et l'évolution 6 0 18 9 30 0 0 210 35 15 0 0 tristan.lefebure 67 100 0 0 0
L’objectif de cette UE est de présenter aux étudiants qui s’orientent vers une formation en écologie et en évolution les principaux outils moléculaires qui sont utilisés actuellement pour répondre à des problématiques d’écologie et d’évolution. Pour bien comprendre l’utilisation de ces outils moléculaires et leurs limites, seront revues les connaissances de base sur l’organisation de la chromatine et des génomes, ainsi que le fonctionnement des gènes et les divers mécanismes de régulation de leur expression. La démarche conduisant au choix d'un outil moléculaire pour répondre à une question en écologie et en évolution ainsi que des exemples concrets d'application seront présentés.

Des travaux dirigés et pratiques aideront les étudiants à relier connaissances théoriques et compétences techniques, élaborer un protocole expérimental, manipuler des concepts abstraits, prévoir les résultats expérimentaux attendus, analyser les résultats observés, acquérir la rigueur expérimentale etc.

Des séances de travaux dirigés constitués d’exercices d’application permettront de mieux assimiler les connaissances théoriques vues en cours. Quelques exercices sont rédigés en anglais pour exercer à la compréhension de l’anglais scientifique.

Les travaux pratiques s'attaqueront à deux problématiques : la description et l'identification moléculaire de la biodiversité du campus (« DNA barcoding »), et le suivi et la description de la structure d'une population urbaine d'amphibiens par génotypage microsatellite. Les étudiants seront les acteurs de ces travaux depuis l'échantillonnage des organismes dans le milieu, les analyses moléculaires en laboratoire, jusqu'à l'analyse bioinformatique des données.
BIO3087L Renouvellement UE Evolution Evolution 6 0 28 9 18 0 0 210 35 18 0 0 christophe.douady
BIO3089L BIO3089L Renouvellement UE Immunothérapie Immunologie et Immunothérapie 6 0 27 12 16 0 0 210 35 18 0 0 karene.mahtouk 65 0 0 0 0
  • Appréhender les acteurs de l'immunité à l’échelle cellulaire et moléculaire
  • Maitriser la dynamique de la réponse immunitaire
  • Comprendre le principe des stratégies d’immunothérapie développées à l’heure actuelle
  • Connaitre les pathologies dans lesquelles l’immunothérapie présente un intérêt thérapeutique
  • Comprendre les forces et les limites de l’immunothérapie
  • Mobiliser les concepts fondamentaux pour analyser un document de recherche en lien avec l’immunologie fondamentale ou appliquée
  • Mener en autonomie une démarche expérimentale en s'appuyant sur des technologies utilisant les outils du système immunitaire
  • Interpréter des données expérimentales en lien avec les concepts d’immunologie fondamentale et appliquée.
L’Immunothérapie consiste à manipuler le système immunitaire pour lutter contre une maladie. Cette discipline en plein essor apparait aujourd’hui comme une véritable révolution thérapeutique dans de nombreuses pathologies du système immunitaire et dans le cancer. Le double objectif de l’UE Immunologie et Immunothérapie est de permettre à l’étudiant d’acquérir des connaissances en immunologie fondamentale et de lui faire découvrir le domaine de l’immunologie appliquée au travers des principales approches d’immunothérapie. Les grands thèmes abordés seront (1) les anticorps et autres biomolécules utilisées en immunothérapie, (2) l’immunité antitumorale et l’immunothérapie des cancers, (3) la mémoire immunitaire et la vaccination, (4) les problématiques immunologiques associées à la greffe, (5) l’allergie et ses traitements. Les travaux dirigés aborderont les notions vues en cours au travers de l’analyse de documents scientifiques. Au cours des travaux pratiques, la démarche expérimentale permettra de questionner l’intérêt et les limites des anticorps monoclonaux dans le traitement des cancers. 
BIO3091L BIO3091L Renouvellement UE Protéines et protéomique Proteines, structure, fonction et regulations. Protéomique. 3 0 22 8 0 0 0 210 35 18 0 0 gilles.rautureau 64 100 0 0 0

Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires

• Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

• Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.

L’objectif est d’aborder les notions indispensables en biochimie des protéines, qui sont indispensables pour tous les biologistes, tant au niveau conceptuel que pratique au laboratoire. Ces notions sont indispensables pour les autres UE sur cursus bio de l'ENS (biologie cellulaire, MEG, épigénétique M1, …) Ce module potentialise le TP « Méthodes » du L3 S5. Le TP permettra l’application des connaissances vues en cours et le TP sera valorisé par les bases théoriques (par exemple sur l’enzymologie, la purification des protéines etc.)

Le contenu du cours :

  • Niveaux de structure
  • Repliement, entonnoir énergétique et interactions hydrophobes
  • Flexibilité et instabilité, les protéines intrinsèquement non repliées
  • Les modification post-traductionnelles
  • Purification des protéines (chromatographies affinité, échangeuse d'ions, exclusion stérique, hydrophobe...)
  • La modulation de l’activité des protéines
  • Epissage des proteines, shedding, moonlighting, crypteines
  • Protéomique et spectrométrie de masse, électrophorèse bidimensionnelle
  • Enzymologie fondamentale (Enzyme Michaelienne, Km, kcat, représentations (Hanes-Woolf, double inverse, eadie hofstee), inhibiteur (compétitif, non compétitif, incompétitif).
  • Bases de bio-énergétique (Enthalpie libre standard, Enthalpie libre, équilibre (Keq), rapport d'action de masse)
  • Interactions biomoléculaires
  • Exemples de relation structure fonction (ATP synthase, Complexe III chaine respiratoire, hexokinase I, GMP synthase, nucléotidase (ISN1) ...)
BIO3092L BIO3092L Renouvellement UE Biostatistiques Biostatistiques 3 0 10 12 6 0 0 210 35 18 0 0 marie.fablet 67 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

Observer, décrire, quantifier (approche statistique) et interpréter des données simples et complexes.

Apprentissage des outils statistiques permettant le traitement des données biologiques. Formulation de questions biologique sous forme d'hypothèses statistiques, identification des variables, des tests, établissement de plans expérimentaux pertinents.

Initiation à la modélisation.

Compétences acquises : technique :

Mise en œuvre automatique des analyses statistiques avec le logiciel R. Autonomie et capacité de critique des outils statistiques de traitement de données biologiques

Construire un plan d'expérience pertinent au regard de la problématique biologique.

 

10h CM → Concepts et théorie pour l’analyse statistique

12h TD → Mise en œuvre des différentes analyses sur des jeux de données biologiques.

6h TP → Découverte du logiciel R pour l’analyse statistique

BIO3093L BIO3093L Renouvellement UE Modélisation Modélisation des systèmes biologiques 3 0 6 24 0 0 0 210 35 18 0 0 annamaria.kiss@ens-lyon.fr julien.derr@ens-lyon.fr 66 100 0 0 0
Compétences acquises : méthodologie :
- Comprendre l’utilité de la modélisation du vivant
- Savoir formuler un modèle à partir d’une problématique biologique
- Savoir analyser les résultats d’un modèle
- Avoir une culture générale quant à l’utilisation de modèles en biologie

Compétences 
- Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires. Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant
- Exploitation de données à des fins d’analyse. Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation. Développer une argumentation avec esprit critique.
- Mise en oeuvre de méthodes et d'outils du champ disciplinaire. Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validitéExploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique.

Compétences acquises : technique :

- Savoir programmer pour implémenter un modèle
- Maitriser le langage Python (Jupyter notebook)
Compétences
- Usages digitaux et numériques Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.
- Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire. Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

Cours d'introduction : pourquoi modéliser ? (4h) 
   Exemples, utilité des modèles et d’une approche pluridisciplinaire
3 séries de TD/ordinateur : comment modéliser ?
- Dynamique des populations et épidémiologie (8h) 
- Régulation génétique (8h) 
- Ecophysiologie végétale (8h) 
Cours d’ouverture (2h) 
   Un panorama de modèles supplémentaires à des petites et grandes échelles


BIO3097L BIO3097L Renouvellement UE Physiologie-1 Physiologie, physiopathologie : de la molécule à l'organisme 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 deborah.prevot 65 30 66 70 0 0
Compétences acquises : méthodologie

Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, debiologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classificationdu vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

 Exploitation de données à des fins d’analyse·
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine despécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Développer une argumentation avec esprit critique.


Compétences acquises : technique :

 Identification d'un questionnement au sein d'unchamp disciplinaire
- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes,instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sacomplexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire,biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes,interactions avec le milieu).
- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènesmacroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

Mise en oeuvre de méthodes et d'outils du champdisciplinaire
- Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier seslimites de validité.
Cette UE permet d’aborder deux thématiques de physiologie peu ou pas explorées pendant lesannées de L1 et L2 : la nutrition et l’endocrinologie. Chacune de ces thématiques est traitée d’une partchez les végétaux (essentiellement les Angiospermes) et chez les animaux (Homme principalement).

L’objectif est de partir du niveau moléculaire et cellulaire pour arriver à appréhender les mécanismesbiologiques étudiés à une échelle plus large, celle de l’organisme.

A chaque fois que cela est pertinent, un lien avec les dérèglements pathologiques des mécanismesprésentés est effectué.

La physiologie de la nutrition humaine et de la nutrition végétale sont abordées en présentant d’unepart les principes généraux de physiologie et d’autre part en analysant des exemples précis del’homéostasie humaine et végétale.

La partie dédiée à l’endocrinologie aborde les mécanismes de la régulation du diabète et de laglycémie et la signalisation hormonale médiée par les hormones à récepteurs nucléaires. Enfin, leseffets croisés de diverses hormones végétales, notamment les stéroïdes végétaux, sur le contrôle dela croissance cellulaire et globale des plantes sont traités.
BIO3099L+ Création UE Microbiologie moléculaire Méthodes et techniques de Microbiologie moléculaire 6 0 13.5 30 6 0 0 210 35 18 0 0 erwan.gueguen@univ-lyon1.fr 65 50 64 50 0 0
- Connaissances sur la structure de l'ADN, de l'ARN et des protéines.
- Connaissances sur la transcription et la traduction dont les facteurs moléculaires impliqués.
Compétences transversales:
• Organiser son travail personnel, travailler de façon autonome et en équipe.
• Communiquer ses résultats à l’oral et à l’écrit, défendre un projet devant des contradicteurs.
• Savoir rédiger en français et en anglais un protocole expérimentale et une légende de figure.
• Utiliser ses connaissances pour résoudre un problème scientifique.
• Analyser divers types de documents et en effectuer la synthèse.
• Savoir planifier et structurer un projet expérimental.

Compétences spécifiques:
• Connaître les techniques de clonage, de modification de gène et de génomes d’organismes microbiens eucaryotes et procaryotes.
• Connaître les techniques d’analyse du contrôle de la transcription et de la traduction.
• Savoir utiliser les méthodes de recherche et d’analyse en bioinformatiques (NCBI, BlastN, BlastP, clustal W, uniprot)
• Savoir construire des amorces nucléotidiques pour amplifier par PCR un gène d’intérêt. Savoir comment modifier ces amorces pour ajouter des éléments essentiels à la détection, l’expression et le clonage d’un gène.
• Savoir mettre en œuvre une démarche expérimentale.
• Savoir choisir l’outil de biologie moléculaire adéquat en fonction de l’objectif à atteindre.
La microbiologie moléculaire s'interesse aux processus biologiques qui ont lieu dans les micro-organismes. Cette discipline nécessite l'utilisation de techniques et méthodes permettant de modifier les microbes à façon, afin d'altérer ou modifier des fonctions biologiques, ou bien en créer de nouvelles. D'autres techniques permettent de mesurer finement l'expression d'un gène, la fixation d'une protéine à l'ADN, ou encore la quantité de protéine produite. L’objectif de cette UE est de former les étudiants aux méthodes expérimentales et aux techniques de microbiologie moléculaire. 

Programme détaillé de l'UE:
- Rappel ADN procaryote vs eucaryote, signaux de transcription, traduction.Qu’est-ce que la PCR ? Comment ça marche ? Le design d’amorce. Pourquoi le clonage de gène est si important ?
- Les plasmides: organisation, naturel vs synthétique, pourquoi les utiliser ?, description des promoteurs, RBS, gène de résistance Ab, étiquette.
- La modification de plasmide in vitro: les enzymes de modification de l’ADN, carte de restriction, gel d’électrophorèse. Méthode de clonage avec ou sans ligase.
- Méthode de transfert d’ADN vers une bactérie, une levure, un champignon.
- Comment obtenir un clone d’un gène spécifique. Principe de la sélection et des cribles d’identification.
- Comment étudier la transcription d’un gène et sa régulation ? 
- Comment détecter une protéine ? Le western-blot. Description des étiquettes et des fluorophores. principe de purification avec un his-tag.
- Comment modifier la séquence d’une protéine ? Mutagenèse aléatoire ou dirigée. Principe de la PCR IVA.- Manipulation génétique d’un génome procaryote. 
- Manipulation génétique d’un génome de levure ou de champignon.

Les séances de TD approfondiront les notions vues en cours. 1 séance de TD consistera en un entrainement à un travail d’écriture en français et en anglais d’un matériel et méthode, d’une légende de figure, et d’un résultat expérimental. Les séances de TD consisteront à la création d’un projet « du gène au produit » pour lequel les étudiants devront présenter un plan expérimental permettant de modifier un microorganisme afin d’atteindre un objectif (expression hétérologue et/ou surproduction d’une protéine, fusion transcriptionnelle, traductionnelle pour purification et/ou détection par western-blot, délétion d’un gène par recombinaison homologue, Knock-in, ajout dans un plasmide d’une petite séquence)

Pendant une séances de TP de 3h, les étudiants seront formés à la recherche dans les bases de données (BLASTN, P, UNIPROT, etc etc). L'autre séance permettra la préparation du projet “du gène au produit”.
BIO3100L BIO3100L Renouvellement UE chimie/biologie Biochimie et chimie pour les biologistes 3 0 22 8 0 0 0 210 35 18 0 0 jens.hasserodt 64 50 32 50 0 0

 

  • Comprendre la nature d’une voie métabolique à l’exemple de la glycolyse et de la néoglycogénèse
  • expliquer l'importance et l'action des phosphoryle transférases
  • décrire la constitution des trois principaux bio polymères et nommer leur temps de demi-vies à l'hydrolyse spontanée
  • saisir la notion de « réactions de condensation » entre métabolites de petite taille afin les molécules constituant la cellule
  • décrire l'action du ribosome
  • décrire l'action des ADN polymérases, y compris à l'exemple du séquençage à haut débit
  • nommer les paramètres caractérisant des fluorophores utilisées en microscopie cellulaire et en qt-PCR
  • expliquer l'utilisation des protéines fluorescentes et leurs concurrents, les « protein tags »

L'intérêt  est de proposer aux étudiants un regard du biochimiste et du chémobiologiste sur sa discipline. De même, l'UE est censée d'éclaircir les concepts modernes qui sont en train de révolutionner les biosciences, à savoir le séquençage à haut débit, l'imagerie par fluorescence de molécules uniques, ou encore l'imagerie à super résolution.

Ainsi, l’UE approfondit les connaissances de la constitution chimique des protéines et des acides nucléiques, leur synthèse par la cellule, leur repliement et leur dénaturation ainsi que les facteurs thermodynamiques l¹influençant, leurs interactions ainsi que le fonctionnement de la fonction catalytique que certains entre eux exercent (enzymologie). Une partie du cours est consacrée aux aspects expérimentaux pratiques et techniques modernes qui permettent aux biologistes d¹explorer au niveau moléculaire ces mécanismes fondamentaux de la Vie.

Notamment, le cours a pour ambition d'introduire des concepts moléculaires modernes, à savoir la chimie derrière le séquençage à haut débit, ou encore l'utilisation des « protein tags » à la place des protéines fluorescentes.

BIO3109L BIO3109L Renouvellement UE Fondamentaux bio du dev Concepts fondamentaux de Biologie du Développement 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 stephane.vincent aurelie.vialette@ens-lyon.fr 65 100 0 stephane.vincent11@ens-lyon.fr 0 aurelie.vialette@ens-lyon.fr 0

Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires

Exploitation de données à des fins d’analyse

Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).

Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

Le programme de l’UE consiste à apporter aux étudiant-e-s les concepts moléculaires et cellulaires multi-échelles de la biologie du développement (molécule-cellule-tissu-organe-organisme). Pour aborder toute la diversité du développement dans le vivant, nous nous attachons à présenter divers modèles aussi bien végétaux qu’animaux. Nous couvrirons les grands concepts du développement, qu’ils soient embryonnaires ou post embryonnaire dans le cas des cellules souches, aussi bien chez dans les méristèmes que chez l’humain. Cette UE sera l’occasion d’élaborer des passerelles avec des disciplines attenantes, notamment avec l’Evo-Devo et la modélisation.

Thèmes couverts :

Morphogènes, cellules souches cérébrales, fonctionnement et évolution des méristèmes apicaux et de la racine, régénération, crête neurale, compartiments cellulaires et modélisation du développement.

BIO3110L BIO3110L Renouvellement UE Physio du système nerveux Physiologie du système nerveux : de la perception à l'action 6 0 30 11 14 0 0 210 35 12 0 0 v.pellier-monnin 69 100 0 0 0
Avoir des connaissances de base sur :
- la structure des cellules, leurs composants et leurs compartiments
- le principe de techniques de biologie cellulaire et moléculaire: immunomarquage, Western-Blot

Compétences spécifiques :

Appréhender les différentes fonctions du système nerveux avec la mise en jeu des voies sensorielles et l’élaboration de réponses physiologiques intégrées (motricité et stress)

Mobiliser les concepts fondamentaux et les approches expérimentales dans le champ des Neurosciences afin de traiter une problématique du domaine ou analyser et exploiter un document scientifique

Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle macroscopique et microscopique et faire le lien entre ces deux échelles dans le cadre d’une fonction neurophysiologique

Compétences transversales :

Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies des Sciences de la Vie (de la biologie et de la physiologie) pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche ou de présentation

Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l'informatique dans le cadre des problématiques des Sciences de la Vie

Identifier une problématique scientifique à partir de données d'observation, d'analyses, d'expérimentation et de modélisation

Découvrir et utiliser les appareillages scientifiques de laboratoire les plus courants dans le domaine des Sciences de la Vie

Identifier et exploiter les différentes étapes d’une démarche expérimentale, analyser et interpréter des données expérimentales

Identifier, sélectionner et analyser diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Développer une argumentation avec esprit critique

Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.

Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue français


Cours Magistraux

Epistémologie, histoire des neurosciences

Propriétés anatomo-fonctionnelles du système nerveux (organisation anatomo-fonctionnelle du SN et histologie du tissu nerveux)

Communication nerveuse (neurotransmission et perturbation de la transmission synaptique par différents facteurs)

Perception de l’environnement par l’organisme à travers différentes modalités sensorielles en axant sur l’audition

Adaptation de l'organisme à l'environnement à travers la somesthésie et les commandes motrices (réflexe et volontaire) du mouvement

Plasticité cérébrale

Le stress, une réponse physiologique intégrée

 

Travaux Dirigés

Eléments de didactique (préparation d’une activité pédagogique en lien avec la neurotransmission)

Exposés oraux sur le thème « Altérations du fonctionnement du système nerveux : drogues, stress, vieillissement » couplé à la présentation d'une activité pédagogique en lien avec le choix de l'exposé

 

Travaux Pratiques 

  • TP1 : Mise en évidence d'une réponse réflexe à un stimulus; Comprendre les mécanismes physiologiques à l'origine d'une réponse réflexe grâce à la mise en oeuvre de différentes activités (observations macroscopiques et microscopiques; réalisation d'électromyogrammes); élaboration d'un poster final.
  • TP2 :  Mise en évidence de l'activité motricité volontaire; Comprendre les mécanismes physiologiques à l'origine d'un mouvement moteur volontaire grâce à la mise en oeuvre de différentes activités (observations macroscopiques et microscopiques; utilisation d'atlas numériques et papier; réalisation d'électromyogrammes); élaboration d'un poster final.
  • TP3 : Mise en évidence de la réaction au stress et voyage au coeur de l'encéphale; Comprendre les mécanismes physiologiques à l'origine du stress et appréhender la gestion du stress. Repérer les structures nerveuses impliquées dans le stress et la motricité à l'aide de la réalité virtuelle (observations macroscopiques et microscopiques, enregistrement de la réponse au stress; voyage au coeur du cerveau avec un logiciel 3D)
  • TP4 : Etude d'une réponse sensorielle à travers l'audition. Comprendre les mécanismes physiologiques à l'origine de l'audition grâce à la mise en oeuvre de différentes activités (observations macroscopiques et microscopiques, réalisation d'audiogrammes, analyse de vidéos pour l'exploration fonctionnelle auditive); Elaboration d'un poster final.

BIO3112L BIO3112L Renouvellement UE Ecologie Ecologie 6 0 34.5 4 18 0 0 210 35 15 0 0 gilles.escarguel 0 0 0 0
- Connaitre les plans d'organisation des métazoaires et des végétaux
- Connaitre la réalisation des grandes fonctions  des métazoaires et végétaux

* Action en responsabilité au sein d'une organisation professionnelle :

   - Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s’adapter et prendre des initiatives – Notions

   - Respecter les principe s d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale – Notions

   - Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet – Notions

* Exploitation de données à des fins d'analyse :

   - Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation – Notions

   - Développer une argumentation avec esprit critique – Notions

* Expression et communication écrites et orales :

   - Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française – Applications

* Observations, mesures, expérimentations, modélisations et interprétations en SVT :

   - Identifier et caractériser les objets biologiques à toutes échelles (de la molécule à l'écosystème) pour en analyser les rôles et fonctionnements – Applications

   - Découvrir et utiliser les appareillages scientifiques de terrain et de laboratoire les plus courants dans le domaine des Sciences de la Vie et de la Terre - Mesurer et collecter des données de terrain - Exploiter des logiciels d'acquisition et d'analyse de données avec un esprit critique – Notions

   - Mener une démarche expérimentale : observer, formuler une problématique, Interpréter des données expérimentales et de terrain pour envisager leur modélisation, valider un modèle par comparaison de ses prévisions au résultats expérimentaux, apprécier ses limites de validité – Notions

* Analyse et traitement d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires :

   - Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies des Sciences de la Vie (de la biologie, de la physiologie et des sciences de la terre) pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche ou de présentation – Applications

   - Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies des sciences de la terre pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche ou de présentation – Applications

   - Mobiliser les concepts fondamentaux des Sciences de la Vie et de la Terre pour engager une réflexion épistémologique et didactique – Applications

   - Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l'informatique dans le cadre des problématiques des Sciences de la Vie et de la Terre – Applications

* Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire :

   - Identifier une problématique scientifique à partir de données d'observation, d'analyses, d'expérimentation et de modélisation – Notions

   - Identifier les réglementations spécifiques en laboratoire et sur le terrain et mettre en œuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité – Notions

Cette UE couvre les thèmes au programme de Collège-Lycée concernant l’Ecologie et le développement durable, notamment les flux d’énergie et de matière, la formation des sols, et l’influence de l’homme sur le milieu et la répartition des êtres vivants.

1) Notion de biomes, d’écosystème, production/consommation, chaînes et réseaux trophiques, successions écologiques, influence de l’homme (déboisement, ensemencement, chasse, pesticides, déchets, aménagement du territoire) (10,5h CM, 12h TP).

2) Le sol : pédogenèse, décomposition de matière organique, minéralisation, composants du sol, micro-organismes, réseau trophique (6h CM, 6h TP)

3) Cycles biogéochimiques (6h CM)

4) Elevage, agriculture, gestion rationnelle des ressources, comparaison écosystème/agrosystème, agriculture durable, fertilité, rendements, pratiques culturales, limites de la planète (9h CM, 4h TD)

5) Développement durable : Ecologie et développement durable, éducation à l’environnement, concept de socio-écosystème et modèle RSSD (Raisonnement Socio-Scientifique dans la perspective de Durabilité) ; application à la classe en primaire et en secondaire (3h CM)

BIO3113L Renouvellement UE Biodiversité et Evolution Biodiversité et Evolution 6 0 31.5 13.5 15 0 0 210 35 12 0 0 laurence.mouton
BIO3114L BIO3114L Renouvellement UE Organismes et enviro Organismes et environnement 6 0 31.5 6 19 0 0 210 35 12 0 0 marie-helene.segreta 67 0 0 0 0
Connaître les plans d'organisation des métazoaires et trachéophytes.
Connaître les bases de physiologie animale et végétale.
-Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s’adapter et prendre des initiatives
-Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet
-Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
-Analyser et synthétiser des donnée s en vue de leur exploitation
-Développer une argumentation avec esprit critique
-Découvrir et utiliser les appareillages scientifiques de terrain et de laboratoire les plus courants dans le domaine des Sciences de la Vie et de la Terre- Mesurer et collecter des données de terrain
-Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies des Sciences de la Vie (de la biologie, de la physiologie et des sciences de la terre) pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche ou de présentation
-Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l'informatique dans le cadre des problématiques des Sciences de la Vie et de la Terre
-Identifier une problématique scientifique à partir de données d'observation, d'analyses, d'expérimentation et de modélisation
-Identifier les réglementations spécifiques  en laboratoire et sur le terrain et mettre en œuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité
Identifier et caractériser les objets biologiques à toutes échelles (de la molécule à l'écosystème) pour en analyser les rôles et fonctionnements
Mener une démarche expérimentale: observer, formuler une problématique, Interpréter des données expérimentales et de terrain pour envisager leur modélisation, valider un modèle par comparaison de ses prévisions au résultats expérimentaux, apprécier ses limites de validité;
Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

Etude des relations entre Organismes vivants et Environnement biotique et abiotique

-        Pollution des eaux et des sols, effets sur la répartition des êtres vivants

-        Passage de la mauvaise saison chez les animaux et les végétaux

-        Parasitisme

-        Symbiose

-        Réponse des plantes aux stress abiotiques

-        Défense des plantes face aux attaques biotiques

TD d'analyses de documents
BIO3115L BIO3115L Renouvellement UE Endocrinologie Endocrinologie 3 0 15 6 8 0 0 210 35 16 0 0 caroline.romestaing 66 0 0 0 0
connaissance générales des fonctions physiologiques et des régulations endocrines (GFA 1 et 2)
Connaissances et compréhension des systèmes de communications endocrines (hormones sexuelles et pancréatiques) en conditions physiologique ou pathologique
Généralisation sur la communication hormonale illustrée par des exemples précis en accord avec le contenu des programmes de collège et lycée (6h).
Hormones sexuelles et méthodes de contraception hormonale (3h).
Le pancréas endocrine, voies de synthèses et libération d'insuline et de glucagon, régulation de la glycémie. Insulino-résistance et pathologies métaboliques (6h)

Travaux Pratiques portant sur  la Régulation de la glycémie et sur la Régulation de la Lipolyse

TD d'exploitation des résultats de TPs 

BIO3118L BIO3118L Renouvellement UE Immunométabolisme Immunométabolisme 6 0 40.5 15 0 0 0 210 35 18 0 0 olivier.diaz 65 50 64 50 0 0
Analyse d'un questionnement en mobilisant les concepts disciplinaires. Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de la biochimie, de la biologie et de la physiologie pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche ou de présentation.
Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire:Identifier une problématique scientifique à partir de données d'observation, d'analyses, d'expérimentation et de modélisation
Exploitation de données à des fins d'analyse

Cours :

- Présentation du système immunitaire : Hématopoïèse – Organes de l’immunité et dynamique cellulaire – Réponse inflammatoire – Rôle instructif des cellules dendritiques – Différents types de réponses adaptatives cellulaires et humorales face aux agents pathogènes intra et extra cellulaires.

- Biochimie structurale de l’immunité: Génétique fonctionnelle, structure et fonctions des récepteurs dangers, des molécules du CMH, des récepteurs spécifiques de l'antigène des lymphocytes T et B.

- Biochimie fonctionnelle de l’immunité: Transductions interactives en aval des récepteurs dangers, récepteurs des cellules NK, TCR, BCR et des récepteurs de cytokines, impact sur la survie, la prolifération et les fonctions des cellules du système immunitaire.

- Applications biochimiques des anticorps : Fabrication et utilisations technologiques et thérapeutiques des anticorps.

- Immuno-métabolisme : Interférences entre le système immunitaire et le métabolisme dans les pathologies inflammatoires chroniques à composante métabolique telles que l’obésité, l’athérosclérose et le diabète de type 2 – Rôles des régulations immuno-métaboliques sur la sensibilité aux infections, aux maladies auto-immunes ainsi qu’aux cancers.

Travaux Dirigés : Illustration des cours à partir d’analyse d’articles scientifiques du domaine.

BIO3119L Renouvellement UE Intro. à l'infectiologie Introduction à l'infectiologie 6 0 24 9 24 0 0 210 35 18 0 0 michele.ottmann
BIO3120L BIO3120L Renouvellement UE Dynamique gènes génomes Dynamique des gènes et des génomes 6 0 36 18 0 0 0 210 35 18 0 0 jerome.lamartine 65 100 0 0 0
- Mobiliser les concepts fondamentaux de génétique eucaryote ou bactérienne, y compris la dimension de dynamique de leurs gènes et de leurs génomes, pour traiter une problématique du domaine
- Manipuler les mécanismes fondamentaux de génétique moléculaire à l’échelle microscopique
- Interpréter des données expérimentales en génétique eucaryote ou bactérienne
L'UE DGG vise à consolider la formation des étudiants de licence en génétique, en abordant les notions de dynamique des gènes et des génomes, aussi bien dans des modèles eucaryotes (vertébrés, levures) que bactériens.
Le plan détaillé de l'UE est le suivant :

I. Cartographie des génomes, application aux maladies génétiques

  1. Cartographie génétique dans le cadre de maladies monogéniques, analyses de liaison
  2. Etude d'association dans le cas des maladies polygéniques

II. Analyse de la dynamique des génomes de vertébrés

  1. Les étapes de l'analyse des génomes : cartographie, séquençage, annotation
  2. Les projets génomes : perspective historique
  3. Analyse comparative et évolutive des génomes de vertébrés (tétraodon - fugu - génome humain)

III. Mécanismes moléculaires de la dynamique des génomes

  1. Introduction: Les lésions et réparation de l’ADN. Réparation des lésions ponctuelles
  2. Mécanismes de réparation des cassures double brins
  3. recombinaison et mutations programmées
  4. Dynamique des génomes et évolution moléculaire

IV. Dynamique et évolution des génomes de levures

  1. Introduction, rappels : cycle des levures, génome des levures, production et analyse de mutants
  2. Identification d'un gène correspondant à une mutation : transformation génétique, clonage et complémentation fonctionnelle
  3. Comment mutagénéiser un gène ?
  4. Interactions génétiques
  5. Méthodes génétiques pour l'études des interactions protéine-protéine

V. Dynamique et évolution des génomes bactériens

  1. Organisation/ structure des génomes bactériens : Les génomes bactériens, contrôle de l’expression, notion de changement de phénotype (sélection)
  2. Variabilité liée à des transferts verticaux : mutations et systèmes de réparation
  3. Plasticité liée à des transferts horizontaux : conjugaison bactérienne, génétique des phages et transformation, transformation, éléments génétiques mobiles et la transposition
BIO3122L BIO3122L Renouvellement UE DevEvoPath Développement, évolution et pathologies 6 0 33 16.5 2 0 0 210 35 18 0 0 christophe.trehin 65 100 0 0 0

Compétences acquises méthodologie :

- Mobiliser les concepts fondamentaux de la transmission de l'information génétique et du fonctionnement cellulaire pour situer les problématiques biologiques.

- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d'outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les différents niveaux d'organisation de la cellule et d'expression d'un génome

- Mobiliser les concepts fondamentaux de biologie moléculaire, de biologie cellulaire, de génétique, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Mobiliser les concepts fondamentaux de biologie moléculaire et cellulaire, de traçage génétique du
lignage cellulaire in vivo, d'analyse d'expression de gènes in situ.

Compétences acquises transversales :

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation

- Développer une argumentation avec esprit critique

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

Au travers d’approches et techniques multidisciplinaires (génétique moléculaire, biologie cellulaire, mécanique, imagerie, phylogénie, …), cette UE présente une vue détaillée et intégrée de grands principes du développement à travers les règnes. Elle montre comment la connaissance des mécanismes du développement permet (i) d’appréhender des problématiques d’évolution (évo-dévo) et (ii) de caractériser un grand nombre de pathologies. En complément à cet enseignement, cette UE propose un apprentissage à l’analyse bibliographique.

 

 I- Une partie "disciplinaire" (CM / TD / TP ; environ 38h) portant sur :

1°) les mécanismes du développement animal :

- Mécanismes génétiques et cellulaires du développement embryonnaire.

- Introduction des cellules souches.

- Croissance post-embryonnaire et évolution

- Morphogenèse

- Principes fondamentaux découverts chez des organismes modèles et conservés chez l’homme.

 

2°) les particularités et les mécanismes du développement végétal :

    - Les plantes comme modèles de laboratoire et leur transformation stable (OGM).

    - Homéostasie des cellules souches totipotentes et contrôle de la morphogénèse indéfinie.

    - Gènes et mécanique dans l'établissement des formes

 

3°) le développement et l'évolution :

    - De l’embryologie à l’évo-dévo : phylotype, hétérochronies, méthodes; Mécanismes génétiques, Processus évolutifs

 

4°) Quelques exemples de grands principes développementaux et pathologies associées :

- Asymétrie droite gauche des organes : voies moléculaires mises en œuvre et conséquences des dysfonctionnements.

- Mise en place du système nerveux et prenant l'exemple des projections de la rétine sur le tectum chez l'amphibien et l'oiseau.

- Segmentation : stratégies moléculaires utilisées chez les invertébrés et les vertébrés. Description de l'horloge de segmentation chez les vertébrés et pathologies associées à des dérèglements de cette horloge.

II- Une partie "Analyse bibliographique" (CM / TD ; environ 15h):

    - Qu’est-ce qu’un article scientifique ? Comment est-il produit? Notions de bibliométrie.

    - "Reviewing" d'un authentique manuscrit puis comparaison avec les rapports des reviewers et avec la version publiée.

    - Vulgarisation scientifique: comparaison entre un article scientifique et sa version vulgarisée

    - Analyse d’article scientifique (en anglais) évalué sous forme d’un rapport écrit et d’une présentation orale.

BIO3123L BIO3123L Renouvellement UE Bio cell et pathol Biologie cellulaire et pathologies 6 0 30 20 0 0 0 210 25 18 0 0 elise.lambert 65 100 0 0 0
De bonnes connaissances en biologie cellulaire et tissulaire sont requises (tissus fondamentaux, compartiments cellulaires...)
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire pour traiter une problématique du domaine.
- Gestion et résolution de problème dans le domaine de la Biologie Cellulaire
- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Développer une argumentation avec esprit critique
- Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique.
- Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s'adapter et prendre des initiatives.
- Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe
La cellule ainsi que son environnement correspondent à des structures en équilibre constant. En effet, la cellule perçoit, de manière continue, des signaux chimiques et mécaniques provenant des cellules ou des tissus voisins, qui déclenchent différents processus biologiques tels que la prolifération, la différenciation ou l’apoptose. Cependant, dans certains cas, la cellule est incapable de compenser les perturbations perçues, ce qui engendre le développement de pathologies. Cette UE permettra d’aborder, dans un premier temps, différents processus biologiques se rapportant à la cellule et son microenvironnement (angiogenèse, musculogenèse, …), pour ensuite comprendre différentes pathologies en lien avec la dérégulation de ces processus biologiques, telles que les maladies vasculaires et neurologiques, les myopathies et la tumorigenèse. Ces cours seront illustrés au travers de TD de 2 types : - Des TD « classiques » s’appuyant sur des figures issues d’articles scientifiques que l’étudiant aura à analyser et interpréter pour répondre à une question biologique. - Des TD « Journal club ». Au travers de ces TD, les étudiants en groupe de 4-5 et accompagnés de l’enseignant, analyseront un article scientifique complet, choisi dans la thématique de cette UE. Cet article sera également critiqué en s’appuyant sur les données bibliographiques. Le travail du groupe sera évalué sous forme de présentation orale.
BIO3124L+ Création UE TP Bio Cell TP Biologie Cellulaire 9 0 0 0 75 15 0 210 35 18 1 0 caroline.grangeasse 65 100 0 0 0

- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire pour traiter une problématique du domaine.

- Gestion et résolution de problème dans le domaine de la Biologie Cellulaire.

- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques.

- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux.

- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Développer une argumentation avec esprit critique.

 

- Expérimentation en laboratoire.

- Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.

- Réalisation de mesures et analyses de biologie cellulaire.

- Identifier les sources d’erreur.

- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

- Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique.

- Recueil et gestion des données.

- Préparation des produits et des appareils de mesures et d’analyses et contrôle de leur conformité d’étalonnage et de fonctionnement.

- Identifier les réglementations spécifiques et mettre en œuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité.

 

- Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s'adapter et prendre des initiatives.

- Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.

- Prendre du recul face à une situation.

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.


Ces Travaux Pratiques (TP) sont organisés sous la forme d’un stage continu permettant aux étudiants de s’immerger totalement dans un mini projet de recherche d’une manière similaire à un stage en laboratoire. Le phénomène de transition épithélio-mésenchymateuse (TEM) est au cœur du projet. Ce processus consiste en la conversion d’une cellule de type épithélial en une cellule mésenchymateuse ; il s’accompagne de l’activation de différentes voies de signalisation et de nombreuses modifications de l’expression génique et protéique ; il se déroule de façon physiologique au cours du développement ou de la réparation, mais aussi lors de la tumorigenèse. Lors du TP, les étudiants induisent la TEM de cellules épithéliales et doivent caractériser les modifications induites aux niveaux cellulaire et moléculaire, ainsi que caractériser la voie de signalisation induite. L’ultrastructure des tissus épithéliaux et conjonctifs est étudiée par microscopie électronique en transmission.

Dans un but de professionnalisation, les étudiants doivent mener un mini-projet avec une démarche scientifique : poser le problème, faire une recherche bibliographique, proposer des hypothèses, choisir un plan expérimental approprié, programmer et réaliser les expériences, interpréter et présenter les résultats obtenus. Des séances en amont du TP permettent de préparer le plan expérimental et le planning. Le TP est l’occasion d’acquérir les gestes techniques, les bonnes pratiques de laboratoire (culture cellulaire en laboratoire de niveau L2), de respecter les règles d’hygiène et sécurité et d’apprendre à consigner les démarches et les résultats dans un cahier de laboratoire.

Techniques mises en œuvre : Culture cellulaire, Transfection cellulaire, Western-blotting sur lysats cellulaires, Microscopie à épifluorescence, Microscopie confocale à Balayage LASER et Microscopie Electronique en Transmission.

BIO3125L BIO3125L Renouvellement UE Biotech et microbio indus Biotechnologies et microbiologie industrielle 6 0 12 18 30 0 0 210 35 18 0 0 hasna.boubakri mathias.choquer 0 0 0 0
-avoir une connaissance  des concepts fondamentaux de Microbiologie

-mobiliser les concepts fondamentaux de Microbiologie 

-Manipuler les concepts de concentration/dilution afin de préparer des solutions, milieux , culture, tampons…

-Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation

-Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

-Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet

L’UE de Biotechnologies et Microbiologie Industrielle (BMI) s’intéresse à l’emploi des microorganismes naturels ou génétiquement modifiés (MGM) en vue de fabriquer de nouveaux produits d’intérêt pour la société. Les cours traitent des différents domaines d’application des fermentations microbiennes utilisées par les industries agro-alimentaires (agents de saveur, alcools…), pharmaceutiques (antibiotiques, vitamines…) ou chimiques (solvants, biocarburants...). Les travaux dirigés permettent d’illustrer les questions relatives aux biotechnologies des microorganismes comme : l’étude des différents systèmes d’expression de protéines recombinantes, l’amélioration des milieux et conditions de cultures pour optimiser la croissance des microorganismes ou la production de métabolites/protéines, et l’utilisation d’un fermenteur. Les questions relatives à la biosécurité et au confinement des MGM sont également abordées. Les travaux pratiques ont pour objectifs de rechercher des micro-organismes de l’environnement (bactéries/actinomycètes ou champignons) produisant et secrétant naturellement des activités enzymatiques à fort potentiel industriel ou bien des métabolites antimicrobiens en vue d’une application pharmaceutique (voire cosmétique ou nutritionnelle).  Enfin, des analyses biochimiques complémentaires sont effectuées pour caractériser et valider le potentiel des activités enzymatiques ou antimicrobiennes découvertes par les étudiants

BIO3126L BIO3126L Renouvellement UE Microbio enviro et sanit. Microbiologie environnementale et sanitaire 6 0 15 12 28 0 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 67 70 65 30 agnes.richaume@univ-lyon1.fr 0 0
Connaissances de base en microbiologie

Cette  UE permet d’illustrer à la fois

-       le rôle des microorganismes dans la transformation de polluants organiques et inorganiques et les applications qui en sont faites dans des procédés de dépollution des sols, d’assainissement des eaux domestiques, de traitement des déchets organiques…

-       l’impact sanitaire des microorganismes dans différents domaines tels que la production végétale et l’agroalimentaire.

Les enseignements sous forme de cours magistraux fourniront les bases théoriques concernant le concept d’indicateur et les mécanismes mis en jeu dans les transformations de composés organiques, inorganiques et dans la pathogénie. Les travaux dirigés qui permettront d’illustrer les aspects environnementaux et sanitaires (conséquences et moyens de lutte) à savoir :

-       l'utilisation des microorganismes dans la dépollution des sols, le traitement des polluants métalliques, des déchets domestiques et des eaux usées

-       les microorganismes et agents pathogènes (bactéries, champignons, virus)  transmissibles via les aliments

-       les microorganismes pathogènes transmissibles via l’environnement 

-       les microorganismes pathogènes de plantes et les microorganismes bénéfiques

Les travaux pratiques permettront d’aborder concrètement le traitement biologique des eaux usées grâce au pilote de traitement des eaux usées disponible à l’Institut Génie de l’Environnement et Ecodéveloppement et l’analyse de la qualité sanitaire des eaux, la détection et l’identification de germes pathogènes dans les aliments ainsi que la lutte contre les germes pathogènes des plantes .

BIO3127L BIO3127L Renouvellement UE Biomaths BISM BioMathématiques et Modélisation BISM 6 0 24 24 12 0 0 210 35 18 0 0 christelle.lopes 0 0 0 0

L'objectif de l'U.E. « Bio-Mathématiques et Modélisation - BISM» est de permettre aux étudiants des parcours « Bio-Informatique, Statistique et Modélisation » des Licences Sciences de la Vie et  Mathématique/Informatique, de se familiariser avec les systèmes dynamiques linéaires et non linéaires basés d'une part sur des équations différentielles ordinaires (EDO) d'ordre 1 et 2 mais également sur des équations aux dérivées partielles (EDP), ainsi que leurs applications dans les différents domaines des Sciences de la Vie.

La théorie des systèmes dynamiques sera ainsi abordée à la fois de manière théorique et pratique dans le cadre d'un enseignement intégré mixte entre cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques sur informatique. Les étudiants seront confrontés à la mise en équations de phénomènes biologiques, à la résolution théoriques des équations mises en jeu, à leur implémentation informatique (sur le logiciel R) pour réaliser des simulations numériques puis à l'interprétation des résultats en termes biologiques.

Les modèles classiques de la dynamique des populations serviront de point de départ (Verhulst, Gompertz, Lotka-Volterra,...) pour aborder ensuite des modèles plus complexes de cellules excitables (FitzHugh-Nagumo) ou de communauté (modèles de chaîne trophique). La théorie de la bifurcation sera abordée.

Le découpage de l’UE est le suivant :

- Équations différentielles ordinaires (EDO) d'ordre 1 et 2 : 19,5h de CM, 19,5h de TD et 10,5h de TP sur R.

- Équations aux dérivées partielles (EDP) : 10,5h de CM/TD

BIO3128L BIO3128L Renouvellement UE Biostatistique BISM Biostatistique BISM 6 0 18 36 0 0 0 210 35 18 0 0 anne-beatrice.dufour 67 0 0 0 0
Statistiques descriptives à une et deux dimensions (paramètres de position et de dispersion, représentations graphiques), les grandes lois usuelles (lois de Gauss, Student, Fisher, Chi-Deux), les tests paramétriques classiques (t-test, anova1, régression linéaire)

L'objectif de cet enseignement est double : (1) affiner les connaissances théoriques afin de rendre les étudiants autonomes dans la compréhension de nouvelles méthodologies, (2) acquérir les compétences pratiques de l’analyse de données complexes et de leur reproductibilité via le logiciel R.

Deux grands domaines sont proposés : les tests statistiques et le modèle linéaire.
- Les tests de rang (Wilcoxon, Kruskal-Wallis), complémentaires des tests classiques, permettent d’aborder la construction d’un test : statistique du test, variable aléatoire et décision. Les tests de ré-échantillonnage permettent de s’affranchir de certaines conditions d’application des tests classiques et de proposer des outils de validation de méthode (Bootstrap, Jackniffe).
- Le modèle linéaire est étudiée à travers une présentation unifiée (théorèmes de Pythagore, de Cochran et des trois perpendiculaires).  Sont ainsi revisitées les régressions linéaires, analyses de variances et analyse de covariance.

Les travaux dirigés sous R abordent :
- le recueil et la visualisation des données ;
- les tests appariés paramétriques et non paramétriques ;
- la pratique du modèle linéaire : choix, représentations graphiques et validation.
BIO3129L BIO3129L Renouvellement UE Bio-informatique BISM Bio-informatique BISM 6 0 9 0 45 0 0 210 35 18 0 0 vincent.lacroix 67 70 27 30 0 0
Programmation python
Utilisation avertie de logiciels de bioinformatique
Travail en binomes
Implémentation d'un logiciel
Mise en place d'un pipeline
Rédaction d'un rapport d'analyse de données
Cette UE vise à former de jeunes bioinformaticiens, capable de coder en python, utiliser des logiciels standards de bioinformatique en comprenant les paramètres utilisés et en ayant une lecture critique des résultats. À la fin de l'UE, ils doivent mettre en place un pipeline d'analyse de données de séquençage nouvelle génération. Les données sont volumineuses. Ils mobilisent leur compétences en programmation. 
Un temps fort de l'UE est également le rendu d'une implémentation de l'algorithme de Needleman & Wunsch.
Dans cette UE, l'accent en mis sur l'analyse de séquences. À l'issue de cette UE, les étudiants maitrisent l'alignement de séquences.

Plus précisément, le cours est divisé en 5 parties:

1- CM introductif (6h)
2- TP programmation python (15h)
3- Implémentation de l'algorithme d'alignement de Needleman & Wunsch (3h)
4- Annotathon (12h)
5- Mise en place d'un pipeline d'analyse de données NGS (12h)

L'évaluation est faite sous forme de controle continu (1 note par partie TP) et un controle terminal (qui reprend l'ensemble du cours et des TPs et compte pour 50% de la note finale).
BIO3130L BIO3130L Renouvellement UE Ecologie et Evolution Ecologie et Evolution 3 0 16 14 0 0 0 210 35 18 0 0 nicolas.goudemand 67 50 36 50 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Développer une argumentation avec esprit critique

-- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques biologiques et physiologiques.

-Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

Compétences acquises : technique :

- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).

- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

- Identifier les sources d’erreur pour calculer l’incertitude sur un résultat expérimental.

- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française

L'objectif de cette UE sera de rappeler certains concepts importants en évolution, de présenter les outils de la phylogénie et de la génétique des populations et de proposer une introduction à l’écologie.

Nous retracerons l’essor de la discipline en présentant les expériences historiques et les principaux acteurs du domaine. Nous présenterons les mécanismes fondamentaux de l'évolution et discuterons de la structuration de la biodiversité en abordant la notion de spéciation ou encore d’évolution morphologique en incluant la paléontologie.

Nous présenterons une vue d’ensemble des méthodologies actuellement utilisées en phylogénie, de leurs atouts et défauts respectifs pour la reconstruction de l’histoire des gènes et des espèces.

Nous introduirons les concepts propres à la génétique des populations. Nous étudierons comment la variabilité génétique se transmet et les mécanismes responsables de la divergence génétique des individus et des populations. Nous verrons également comment les populations se maintiennent dans un environnement variable.

Enfin nous introduirons l’écologie à partir des préoccupations environnementales actuelles et au travers d’études comparatives entre des écosystèmes anthropisés et non anthropisés. Nous montrerons comment les outils précédemment introduits en phylogénie et génétique des populations peuvent être utiles dans ce cadre.

Cette UE est ouverte aux étudiants des autres parcours de Biologie de Lyon 1 après accord des responsables de parcours et du responsable d’UE.

 

-Concepts en Evolution (12h, 6h CM, 4h TD)

-Phylogénie (6h, 4h CM, 2h TD [+ 2h TD commun Ecologie])

-Génétique des populations (6h, 4h CM, 2h TD [+ 2h TD commun Ecologie])

-Ecologie (8h, 4h CM, 2*2h TD communs avec Phylogénie et Génétique des populations)

BIO3131L+ Création UE TP génétique, épigén, dev TP de génétique, épigénétique et développement 9 0 0 0 60 15 0 210 35 18 0 0 beatrice.horard 65 100 0 beatrice.horard@ens-lyon.fr 0 0

- Analyse d’un questionnement en mobilisant des concepts fondamentaux : Mobiliser les concepts fondamentaux et techniques de génétique, biologie moléculaire et cellulaire pour répondre à une problématique

- Mise en œuvre de méthodes et d'outils de génétique et biologie moléculaire : maitriser les étapes d’une démarche expérimentale

- Exploiter des données à des fins d’analyse : stimuler et développer le sens de l’analyse critique et de la réflexion

- Expression et communication écrite et orale : initier aux techniques de communication scientifique (orale et écrite) 

- Action en responsabilité au sein d’un groupe professionnel : construire un projet collectif, travailler en autonomie en respectant les principes d’éthique et sécurité.

- Identifier les champs professionnels en relation avec les acquis de la mention/du parcours : identifier et valoriser ses compétences en lien avec son projet professionnel.


Cette UE est une initiation à la recherche telle qu’elle peut être menée dans un laboratoire, elle constitue une formation pré-professionnalisante aux métiers de la recherche

Le principal objectif de cette UE est de favoriser l’assimilation des connaissances théoriques acquises tout au long de la mention par une démarche d’investigation scientifique. Pour cela, elle impliquera les étudiants dans un processus de découverte scientifique. En autonomie, les étudiants seront amenés à rassembler des informations sur la question de recherche posée et à construire des hypothèses de travail à partir des informations collectées et de documents fournis par l’enseignant.  Guidés par l’enseignant, ils effectueront en salle de TP des expériences pour vérifier si leur hypothèse est correcte et analyseront les données expérimentales générées. Dans une dernière phase, les étudiants rédigeront un rapport sous forme d’article scientifique dans lequel ils mettront en relation les hypothèses et les résultats obtenus. Cette dernière phase permet de stimuler le sens de l’analyse face à une situation/problème, de développer l’esprit critique et de stimuler la réflexion pour la construction d’un savoir scientifique.

Ce module d'apprentissage par investigation questionne la transmission de l’information génétique lors de la fécondation dans le règne animal. Elle questionne aussi l’impact de l’information épigénétique portée par les gamètes sur la formation et le développement du zygote après la fécondation. Cette problématique est abordée par la caractérisation d’un mutant de stérilité mâle chez la drosophile.

Le volume horaire, relativement important, inclut :

  • ~15h heures de travail en autonomie (PrJ) pour préparer les séances en salle de TP et l’évaluation finale ( rédaction d'un rapport).  Des activités encadrées seront proposées visant à découvrir les outils et la méthodologie de collecte d’informations scientifiques, à construire des hypothèses de travail et à préparer à la communication orale et écrite de résultats scientifiques.
  • 60h en salle de TP de la plateforme de génétique pour mener la partie expérimentale durant laquelle diverses approches seront mises en œuvre (génétique classique, extraction d’ADN et d’ARN, PCR, RT-PCR, immunofluorescence, microscopie épifluorescence sur tissus fixés ou vivants).
BIO3132L BIO3132L Renouvellement UE Prat. rech et com. scient Pratique de la recherche et communication scientifique 3 0 0 15 0 15 4 210 35 18 0 0 julien.derr@ens-lyon.fr 0 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :
pratique de la recherche bibliographique
pratique de la recherche (questionnements autour d’une problématique, expérimentation, traitement de données)
organisation d’idées et communication de celles ci

Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires
Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation. 

Exploitation de données à des fins d’analyse
Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
Développer une argumentation avec esprit critique

Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire
Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).

Mise en oeuvre de méthodes et d'outils du champ disciplinaire
Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation. validité.
Identifier les sources d’erreur pour calculer l’incertitude sur un résultat expérimental

Positionnement vis à vis d’un champ professionnel
Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder.
Caractériser et valoriser son identité, ses compétences et son projet professionnel en fonction d’un contexte.
Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.

Action en responsabilité au sein d’une organisation professionnelle
Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s’adapter et prendre des initiatives.
Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.
Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique

 

Compétences acquises : technique :
pratique de la recherche dans un domaine d’intérêt
mise en forme de résultats et communications de ceux ci
préparation de présentation orale en anglais

Usages digitaux et numériques. 
Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe


Expression et communication écrites et orales.
Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française. Communiquer par oral et par écrit, de façon claire et non-ambiguë, dans au moins une langue étrangère.

Mise en oeuvre de méthodes et d'outils du champ disciplinaire.
Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.
Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique

Visites de laboratoire et organisation de tables rondes avec des chercheurs de ceux ci

Prospection et choix d’un sujet de stage

Travail de recherche bibliographique sur le sujet du stage

préparation d’une soutenance bibliographique orale en anglais

Semaines de stage de recherche

Rédaction d’un rapport, et préparation d’une soutenance de stage orale

BIO3134.1L+ Création ENS Pratiques expérimentales Compétences fondamentales en biologie expérimentale 0 0 20 0 70 0 0 210 35 18 0 0 fabien.mongelard nathalie.alazard-da
BIO3134L+ Création UE Pratiques expérimentales Compétences fondamentales en biologie expérimentale 9 0 20 0 150 0 0 210 35 12 0 0 fabien.mongelard nathalie.alazard-da
BIO3135L BIO3135L Renouvellement UE Ecologie Ecologie : des organismes aux populations 3 0 19 11 0 0 0 50 35 18 0 0 jean-pierre.moussus 67 80 66 20 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Développer une argumentation avec esprit critique.

- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques biologiques et physiologiques.

- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).

Compétences acquises : technique :

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe

- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

- Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique.

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

Les principaux thèmes biologiques abordés seront l’écologie de l’organisme animal et végétal, l’écologie comportementale et enfin l’écologie des populations. Le cours de clôture donnera un aperçu de l’intégration de ces divers concepts dans la biologie de la conservation.

Cette unité d’enseignement a pour objectif de préparer l’étudiant à la compréhension du fonctionnement des entités complexes que sont les communautés biologiques et les écosystèmes. Pour cela, il est indispensable qu’il maîtrise les concepts liés à la relation entre l’organisme et son environnement abiotique, c'est-à-dire comment il l’exploite (notion de ressource) mais aussi comment ces contraintes environnementales ont sélectionné différents traits dans les populations. La compréhension du fonctionnement des communautés suppose également que l’étudiant ait acquis au préalable les notions fondamentales relatives à l’interaction entre un organisme et ses congénères dans le cadre de la population. A cette échelle, les approches éthologiques et démographiques sont complémentaires pour comprendre l’évolution des effectifs de la population et sa structure spatiale. D’un point de vue pratique, il est aussi nécessaire de familiariser l’étudiant avec les principales méthodes de recueil de données démographiques mais aussi à l’utilisation de ces données dans une démarche de modélisation simple. Les concepts présentés dans le cadre de cette unité d’enseignement peuvent être appliqués à la résolution de problèmes de conservation de populations et d’espèces dans un contexte de perturbations anthropiques et ce lien fort sera présenté en guise de conclusion à cette formation.

Les objectifs détaillés sont les suivants :

  • Comprendre l’écologie de l’organisme animal en particulier la notion de ressource et leur allocation, les stratégies de reproduction, de thermorégulation ainsi que les corrélations entre conditions environnementales abiotiques et les traits dans les populations.
  • Comprendre l’écologie de l’organisme végétal, principalement l’équilibre hydrominéral et les adaptations des cycles de développement aux conditions environnementales.
  • Comprendre les fondements éthologiques de l’approvisionnement et de la gestion des ressources par un organisme animal.
  • Comprendre les fondements éthologiques des interactions entre congénères au sein d’une population, notamment dans le cas d’organismes adoptant une vie sociale.
  • Comprendre les mécanismes démographiques à l’origine des variations temporelles de l’effectif d’une population.
  • Comprendre l’interaction entre la population et le paysage, c'est-à-dire la structure spatiale de la population, en intégrant l’échelle de la métapopulation et le processus de dispersion.
  • Acquérir les principales méthodes de suivi démographique.
  • Acquérir les bases de modélisation de la dynamique temporelle d’une population.
BIO3136L BIO3136L Renouvellement UE Neurone et comportement De la cellule neuronale au comportement 3 0 22 8 0 0 0 210 35 18 0 0 marion.richard 69 100 0 0 0
Cette UE s'adresse à des étudiants souhaitant aborder un domaine en plein développement pour une éventuelle spécialisation ultérieure ainsi qu'aux étudiants souhaitant acquérir les concepts généraux des Neurosciences. Cette UE s’appuie sur les concepts introduits au Sem5 dans l’UE « Introduction au développement et aux Neurosciences ».

Compétences acquises : méthodologie :

-       Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de neurobiologie, neurosciences intégratives et neurosciences cognitives pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

-       Identifier et choisir une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser le fonctionnement cérébral et identifier les bases neurales du comportement chez différentes espèces animales et l’humain.

-       Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

-       Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

-       Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

-       Développer une argumentation avec esprit critique

Compétences acquises : technique :

-        Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

Les neurosciences visent à décrypter le fonctionnement du système nerveux grâce à des approches expérimentales multidisciplinaires : depuis les niveaux les plus élémentaires à l'échelle de la cellule neuronale (Neurobiologie moléculaire) jusqu'aux approches intégrées du comportement (Neurosciences intégratives et cognitives). Les objectifs de cet enseignement sont la présentation des grandes thématiques qui constituent les neurosciences et l'acquisition des bases méthodologiques et théoriques de la discipline. Notamment, l’UE développera les concepts généraux du développement cérébral, de la différenciation neuronale et du traitement de l’information nerveuse, du niveau élémentaire d’intégration des afférences jusqu’aux niveaux cognitifs les plus élevés.

Elle permettra de familiariser les étudiants avec les modèles utilisés et les approches développées pour comprendre et modéliser la mise en place et le fonctionnement du système nerveux sous-tendant le comportement en conditions physiologiques normales et pathologiques.

 

Parmi les thèmes abordés :

- Neurogenèse embryonnaire et relations avec le retard mental (causes génétiques et environnementales), apports des modèles animaux (drosophile, poisson, poulet, souris) dans la compréhension des mécanismes fondamentaux et physiopathologiques de la neurogenèse.

- Le traitement intégré des informations sensorielles : de la détection en périphérie à la perception (ex. de l'olfaction et de la vision)

- Intégration multi-modale des informations sensorielles

- Apprentissage, mémoire et circuit de la récompense

- Introduction aux concepts et outils des neurosciences cognitives (modélisation des processus à partir de l’étude du comportement et de l’utilisation de marqueurs physiologiques)

 

 Un approfondissement sera proposé en M1 dans le cadre de l'UE « Le cerveau : développement-plasticité-cognition » et en M2 dans l’UE « Neurosciences cellulaires et cognitives ».

BIO3139L BIO3139L Renouvellement UE Biodiversité Biodiversité : des gènes aux espèces 3 0 6 14 10 0 0 210 35 18 0 0 cyril.charles 65 50 67 50 0 0

Compétences acquises : méthodologie :
-Savoir analyser des résultats d’expériences.
-Savoir présenter un article scientifique.
-Savoir construire un projet de recherche.

Compétences acquises : technique :
-Savoir construire et analyser une phylogénie à partir de séquences ADN.
-Savoir construire une matrice de caractères.

L'UE "Biodiversité : du gène à l'espèce" a pour objectif de présenter l’évolution du vivant et les techniques d'étude de la biodiversité. Cette UE permet d'étudier l'évolution à la fois à l'échelle des gènes, des populations et des espèces. Les objets d’études vont donc des séquences nucléotidiques aux populations en passant par les organismes. Elle aborde diverses techniques adaptées à ces différentes échelles et permet de mettre en pratique, d'élargir et d'approfondir des thèmes abordés au cours de l'UE obligatoire d’évolution et génétique des populations. Elle est construite autour de trois axes principaux, l’évolution morphologique, la phylogénie et les interactions (entre indivdus et entre espèces).

Thèmes couverts :

Axe 1 « Evolution morphologique »

              Thème 1.1 : Anatomie comparée des mammifères.

              Thème 1.2 : Innovations au cours de l’histoire évolutive des plantes.

Axe 2 « Spéciation et phylogénie »

              Thème 2.1 : Phylogénie et phylogéographie

              Thème 2.2 : Spéciation

Axe 3 « Interactions et évolution »

              Thème 3.1 : Sélection sexuelle

              Thème 3.2 : Co-évolution

BIO3142.1L+ Création ENS Travaux expérim. avancés Travaux expérimentaux avancés 0 0 0 0 90 0 0 210 35 18 0 0 kathrin.gieseler laurent.pays
BIO3142L+ Création UE Travaux expérim. avancés Travaux expérimentaux avancés 9 0 0 0 160 0 0 210 35 12 0 0 kathrin.gieseler laurent.pays
BIO3143L+ Création UE Virosphere Virologie et monde vivant 3 0 18 6 0 0 0 210 35 18 0 0 michele.ottmann 65 80 64 20 0 0
Cette UE fait suite aux enseignements de virologie dispensés dans l'UE Microbiologie 1 de L2.
Des rappels seront effectués au début du cours.
- Replacer les virus dans le monde vivant
- Décrire la structure et la fonction de chaque élément de la particule virale 
- Décrire les différentes étapes du cycle viral de virus nus et enveloppés.
- Citer le principe et la composition des différents types de vaccins viraux,
- Expliquer les bases de la variabilité virale et donner des exemples.
- Expliquer comment les virus peuvent être utilisés en biotechnologie.
- Proposer une technique d'étude pour répondre à une question scientifique

Thèmes abordés:
- Classifications et diversité virale 
- Structure,
- Cycle viral 
- Virologie structurale 
- Métagénomique virale 
- Epidémiologie moléculaire virale 
- Vectorologie
- Vaccins viraux
- Méthodologie d'études 

BIO3144L+ Création UE C3P&CE Communautés plantes présentes, passées & conditions extrêmes 6 0 20 10.5 19.5 0 0 210 35 12 0 0 bernard.gomez anne-kristel.bitteb 67 50 68 50 bernard.gomez@univ-lyon1.fr 0 anne-kristel.bittebiere@univ-lyon1.fr 0
Bases en biologie végétale, botanique et écologie
Compétences spécifiques :
- Acquérir les concepts d'écologie végétale
- Comprendre l'évolution des plantes et les dynamiques de leurs écosystèmes.
- Comprendre les adaptations des plantes vivant dans des conditions extrêmes
Compétences transversales :
- Méthodes d'échantillonnage de la végétation
- Instruments pour l'observation et l'acquisition des données
- Méthodes d'étude de la morphologie foliaire et de ses microstructures
Différents organismes et biocénoses actuelles et d’autres aujourd'hui disparus sont présentés afin de mieux appréhender les communautés végétales à différentes échelles spatiale et temporelle (écologie, macroécologie, paléoécologie et évolution). Plus précisément, il s’agit de faire le lien avec les contraintes de leur habitat (climat, sol, feu, etc.). L’accent est mis sur les méthodes d’échantillonnages et de quantifications des associations végétales permettant de mesurer les relations des plantes entre elles et avec leur milieu de vie. Plusieurs caractères morphologiques et micromorphologiques sont présentés pour leurs utilisations pour estimer l’écophysiologie et les climats du passé (analyse de la marge foliaire, CLAMP, indices stomatiques, densité nervuraire, etc.) qui servent également aujourd'hui de références aux discussions sur leurs évolutions futures. Sont détaillés également des exemples de communautés extrêmes (cryophytes, ombrophytes, hydrophytes, xérophytes, pyrophytes, etc.) avec des plantes emblématiques et exotiques qui poussent en conditions hostiles.
BIO3150L+ Création UE NCo Neurosciences cognitives 6 0 30 9 13.5 0 0 210 35 18 0 0 karyn.julliard irene.cristofari 69 80 16 20 0 0
•Connaître les bases moléculaires, cellulaires et anatomo-fonctionnelles du système nerveux
•Connaître les outils statistiques et bio-informatiques
•Connaître les contours et les paradigmes des neurosciences cognitives abordés à partir d’exemples choisis: langage, comportement, mémoire, apprentissage, attention et perception sélective ; interactions sociales…
•Savoir décrire et expliquer :
  1. Le fonctionnement intégré multi-échelle du SN à travers une ou deux fonctions cognitives 
  2. L’intérêt  des différents outils d’étude des fonctions cognitives (tests comportementaux; imagerie cérébrale; etc)
•Savoir analyser et critiquer des données expérimentales (imagerie cérébrale, EEG, comportements, etc)
•Appréhender les méthodes de simulation des fonctions cognitives (modélisation computationnelle)

Les CM seront  constitués de deux parties  :

  1. Après une partie historique présentant les différents courants (le behaviriosme, l’anti-naturalisme, le cognitivisme, une dizaine d’heure sera consacrée à une partie  introductive,  centrée autour d’ un  socle  de cours  portant  sur  les  disciplines  fondamentales  des  sciences cognitives et présentant les concepts  et  les méthodes d’investigation et les outils utilisés (neuroanatomie, neurophysiologie, neuropsychologie, imagerie cérébrale structurelle et fonctionnelle, lésions, neurochirurgie fonctionnelle, approches écologiques, psychologie cognitive, modélisation), Objectif:   donner   aux   étudiants   les   connaissances   nécessaires   pour   choisir   une   méthode d'imagerie   en   fonction   de   la   question   scientifique   posée,   et   d'intégrer   les   limitations méthodologiques au raisonnement scientifique. Contenu: EEG, MEG, TMS, IRM anatomique et fonctionnelle, PET
  2. Les cours suivants présenteront le fonctionnement intégré multi-échelle du SN à travers différentes fonctions cognitives ainsi que leurs structures impliquées dans ces fonctions. Ces points seront abordés aussi bien chez l ’animal que chez l’humain. Certaines thématiques fortes relevant des neurosciences cognitives seront étudiées plus en détail en y associant des pathologies . Ainsi seront traités les fonctions mnésiques (pathologies: Alzheimer),l’attention et la perception sélective (pathologies trouble de l’attention hyperactivité), le langage (pathologie: Dyslexie) et les fonctions exécutives (pathologie: troubles des fonctions exécutives) , la Cognition sociale (douleur sociale, empathie, altruisme, confiance) et la Cognition numérique (pathologie: la dyscalculie). Les méthodes d’étude qui ont abouti à développer les « Neurosciences Naturalistic » seront également introduites avec chez l'humain  l’intérêt de l’utilisation des Virtuel lab et chez l'animal, le développement de méthodes d’élevages et d’étude des animaux dans des conditions plus "écologiques" pour étudier des fonctions cognitives.
BIO3151L+ Création UE NEIGE Neuropatho : influences des gènes et de l’environnement 6 0 21 10.5 16 0 0 210 35 18 0 0 v.pellier-monnin frederic.moret 69 80 65 20 0 0

Connaissances de base sur :

- les gènes, les mutations, la transmission de l’information génétique et des caractères héréditaires

- la structure des cellules, leurs composants et leurs compartiments

- la structure, fonction des neurones et cellules gliales et la neurotransmission

- le système immunitaire

- le principes de techniques de biologie cellulaire et moléculaire (Immunomarquage, Western-blot, séquençage)


Compétences spécifiques :

Maîtriser les concepts d'influences multifactorielles sur diverses pathologies du système nerveux (facteurs génétiques, environnementaux, liés à l'âge) et les thérapies possibles

Compétences transversales :

Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biologie cellulaire, de génétique, de physiologie, de neurosciences, d’immunologie, de biologie du développement pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

Identifier et exploiter les différentes étapes d’une démarche expérimentale, interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation

Identifier, sélectionner et analyser diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation; Développer une argumentation avec esprit critique

Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement normal et pathologique à travers différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes)

Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

Objectifs pédagogiques

Les pathologies du système nerveux sont nombreuses et complexes et concernent un nombre important d’enfants et d’adultes. A titre d’exemple, on peut citer les retards mentaux et troubles DYS, les troubles du spectre autistique, les maladies neurodégénératives telles que les pathologies Parkinson, Alzheimer, sclérose en plaques et l’ataxie de Friedreich. Les causes de ces pathologies sont multifactorielles et associées à des facteurs génétiques, environnementaux et liés à l’âge. Pour bon nombre d’entre-elles, il n’existe encore aucune thérapie permettant de les guérir efficacement, ou de les compenser. Egalement, pour certains patients, l’origine de leur pathologie neurologique, cognitive ou psychiatrique demeure inconnue.

Comprendre les causes de ces pathologies est donc un enjeu majeur de santé publique, mais aussi un véritable défi pour les équipes de chercheurs, tant le système nerveux est complexe. Ces maladies ont-elles leur origine dans notre environnement, notre hygiène de vie, des infections ou nos gènes ? L’enjeu de l’enseignement dispensé dans l’UE « Neige » sera de répondre à certaines de ces questions.

Les objectifs de l’UE sont : (1) d’illustrer les aspects multifactoriels des pathologies du système nerveux (génétique, nutritionnel, infectieux, inflammatoire, composés chimiques, stress, vieillissement) à travers des exemples de mécanismes physiopathologiques (neurodéveloppementaux, neurodégénératifs) ; (2) d’explorer les approches expérimentales mises en œuvre pour identifier les causes de ces pathologies et comprendre leur mise en place et (3) d’aborder de possibles stratégies thérapeutiques (thérapie génique, hygiène de vie).

Cette UE s’articulera autour de cours magistraux qui introduiront ces thèmes et de présentations de travaux scientifiques par les étudiants sous forme de posters dans le cadre d’un mini-congrès. La préparation de ces présentations-posters sera guidée en TD/TP en petits groupes.


BIO3152L+ Création UE DST Dessiner Sa Trajectoire 3 0 8 3 15 0 0 210 35 18 0 0 brigitte.paulignan v.pellier-monnin 0 0 0 0
Aucun

Identifier et situer les champs professionnels en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder

Connaître

•les sites web professionnels en lien avec la recherche de stage, d’emploi
•les associations professionnelles pertinentes pour le déploiement d’une carrière
•les sites web et associations liées à la poursuite d’étude après la licence (master, école doctorale, associations d’étudiants…)

Savoir

•Caractériser et valoriser son identité, ses compétences et son projet professionnel en fonction d’un contexte
•Argumenter sur ses compétences professionnelles et ses qualités
•Cibler et contacter des professionnels
•Se comporter dans un environnement professionnel
•Développer sa communication professionnelle

CM:   Classe inversée: Présentation finale par les étudiants des métiers accessibles après une licence de biologie liés à différentes fonctions dans différents organismes (public, privé, associatif) et des formations qui y conduisent.

TD :   Préparation/organisation des sous-groupes :  5 secteurs d’activité seront proposés (R&D; communication; commerce et marketing; production; Informatique et gestion des données)

Identifier les outils et la démarche à mettre en œuvre pour la réalisation de la classe inversée

TP :   Suivi de l’évolution de la mise en place de la classe inversée

•  Les thématiques sont attribuées aléatoirement (ou par affinité si cela est faisable) au sein des sous-groupes

•  Au final

o  une banque de données sous forme écrite (papier ou électronique) permettra au travers de plusieurs chapitres de cerner un métier dans un contexte professionnel.

o  une représentation sera construite avec les métiers découverts dans l’année, ces métiers seront associés au niveau de formation

BIO32002L+ Création UE Microbes et Immunité 2 Microbes et Immunité : nouveaux concepts 3 0 14 16 0 0 0 210 35 18 0 0 chloe.journo nathalie.davoust-nat 65 75 64 25 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

- Appréhender ce qu'est une connaissance scientifique, comment elle est élaborée et en quoi elle est relative et vouée à évoluer.

- Stabiliser les connaissances essentielles à tout biologiste tout en acquérant une maîtrise plus approfondie des thématiques d'intérêt.

- Acquérir des connaissances scientifiques actuelles et de pointe (veille scientifique).

- S’exprimer et communiquer des résultats scientifiques et des concepts à l’écrit et à l’oral, en anglais et en français, de manière structurée, concise et informative, en utilisant des supports pertinents.

- Construire sa relation au savoir à l'ère numérique.

- Être rigoureux.

- Être travailleur et persévérant.

- Être exigeant envers soi-même.

- Avoir l’esprit critique vis-à-vis de résultats scientifiques.

- Savoir travailler en équipe et être solidaire.

Fiche RNCP

Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

Compétences acquises : technique :

- Mettre en relation des champs disciplinaires varies de la biologie et des sciences en général.

- Comprendre des données et des résultats produits par d’autres, un article de recherche (texte et figures), un séminaire scientifique.

- Replacer une étude de cas dans un contexte théorique, en confrontant les nouvelles informations à des modèles établis et connus.

- Effectuer une synthèse sur un sujet donné.

- Avoir un esprit synthétique.

Fiche RNCP

 - Exploitation de données à des fins d’analyse

- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques biologiques et physiologiques.

 - Expression et communication écrites et orales

Cette UE a pour but de consolider et compléter les connaissances fondamentales acquises au S5 dans les domaines de l'immunologie, de la bactériologie et de la virologie. Les cours magistraux seront complétés par des TD permettant aux étudiants de se former à l'analyse de données expérimentales et à la rédaction scientifique. Un travail de groupe viendra compléter l’UE afin d’aborder des notions transversales à la microbiologie et à l’immunologie : chaque groupe de 3 ou 4 étudiants traitera une question particulière, soit du point de vue du pathogène, soit de son hôte (ex : les macrophages : réservoir pour certaines bactéries intracellulaires, cibles de l’infection par certains virus, acteurs de la réponse immunitaire innée).

Bactériologie

Facteurs de virulence (mobilité, facteurs d'adhésion, systèmes de sécrétions et leurs substrats, acquisition du fer, facteurs d'échappement au système immunitaire).

Virologie

  • Virologie à l’échelle des organismes :

* réplication in vivo et contrôle de l‘infection, 

* physiopathologie, 

  • Virologie à l’échelle des populations : 

* épidémiologie des infections virales,

* écologie virale.

Immunologie

  • Réponse immunitaire dans un contexte d’infection bactérienne ou virale : de la détection à l’élimination du pathogène. Notion de coévolution du système immunitaire en fonction des pathogènes rencontrés.
  • Réponse immunitaire dans un contexte non infectieux : exemples choisis (immunologie des tumeurs ou neuro-immunologie).

Travail de groupe

Traiter un thème unique, avec 3 points de vue : immunologie, bactériologie, virologie. Travail par petit groupe (3 ou 4 étudiants) puis par groupes de 9 à 12 étudiants puis restitution en classe entière. Les points de vue seront confrontés sous la forme d’un débat argumenté au moment de la restitution finale.

BIO3200L+ Création UE Microbes et Immunité 1 Microbes et Immunité : concepts fondamentaux 3 0 18 12 0 0 0 210 35 16 0 0 chloe.journo antoine.corbin 65 75 64 25 0 0

Compétences acquises : méthodologique :

- Appréhender ce qu'est une connaissance scientifique, comment elle est élaborée et en quoi elle est relative et vouée à évoluer.

- Stabiliser les connaissances essentielles à tout biologiste tout en acquérant une maîtrise plus approfondie des thématiques d'intérêt.

- Etre rigoureux.

- Etre travailleur et persévérant.

- Etre exigeant envers soi-même.

- Avoir l’esprit critique vis-à-vis de résultats scientifiques.

- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

Compétences acquises : technique :

- Comprendre des données et des résultats produits par d’autres, un article de recherche (texte et figures), un séminaire scientifique.

- Replacer une étude de cas dans un contexte théorique, en confrontant les nouvelles informations à des modèles établis et connus.

Exploiter des données à des fins d’analyse

Cette UE a pour but d'apporter à l'ensemble des étudiants du cursus les connaissances fondamentales indispensables dans les domaines de l'immunologie, de la bactériologie et de la virologie. Les cours magistraux (cf ci-dessous) sont complétés par des TD leur permettant de se confronter et de se former à l'analyse de données expérimentales, qui seront l'occasion de présenter les techniques spécifiques au domaine disciplinaire.

Bactériologie : 

- Les bactéries : diversité, structure cellulaire, identification et diagnostic

- Relations positives entre l’Homme et les bactéries : le microbiote

- Relation de pathogénie entre l’Homme et les bactéries 

-  Stratégies d’infection développées par les bactéries pathogènes : mobilité ; adhésion ; invasion par les bactéries intracellulaires facultatives, vie intravacuolaire ou cytosolique ; multiplication bactérienne ; échappement au système immunitaire

-  Lutte contre les maladies bactériennes : antibiotiques et antibiorésistance ; phagothérapie et immunothérapie

Virologie : 

- Panorama général de la virologie :

* Définitions, place des virus dans le monde vivant, diversité,

* Génétique et évolution, mécanismes de la réplication virale,

* Modalités d'interaction avec l'hôte au niveau cellulaire et au niveau de l'organisme entier

* Mécanismes généraux de la pathogénicité

- Exemple de famille virale : Les rétrovirus et HIV

Immunologie : 

- Panorama général de l’immunologie : 

* Les cellules et les organes de l’immunité : observations histologiques

* Immunité innée : de la réponse inflammatoire à la capture des antigènes

* Immunité adaptative : cellules et récepteurs de l’immunité adaptative, coopération cellulaire et mécanismes effecteurs

* Mémoire immunitaire et vaccination

- Ouverture sur l’immunité au cours de l’évolution.

BIO3201L+ Création UE Microbiologie moléculaire Microbiologie moléculaire : génétique et ingénierie 3 0 22 8 0 0 0 210 35 18 0 0 erwan.gueguen nathalie.alazard-da 64 100 0 0 0

Usages digitaux et numériques

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.

Notamment : TD biologie synthétique sur informatique

 Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires

• Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

Notamment : Base de l’UE : compréhension du fonctionnement d’un microorganisme pour pouvoir aborder les techniques d’ingénierie qui en sont dérivées.

Exploitation de données à des fins d’analyse

- Développer une argumentation avec esprit critique.

Notamment : Réflexions sur l’implication de l’utilisation de la biologie synthétique, des vecteurs viraux etc.

 Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire

• Identifier les réglementations spécifiques et mettre en œuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité.

Notamment : La classification des microorganismes, la règlementation spécifique seront abordées.

 Expression et communication écrites et orales

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

- Communiquer par oral et par écrit, de façon claire et non-ambiguë, dans au moins une langue étrangère.

Notamment : Les questions seront posées en français et les réponses attendues seront en français, des données originales en anglais seront étudiées en cours, TD et pendant l’examen.

Action en responsabilité au sein d’une organisation professionnelle

Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.

Notamment : Questionnement sur l’utilisation de la biologie synthétique, des vecteurs viraux et des mutations gains de fonction en recherche.

La microbiologie moléculaire a pour objectif de caractériser le fonctionnement des microorganismes au niveau des interactions entre les molécules qui les constituent et celles de leur environnement. Aujourd’hui, la génétique fonctionnelle couplée à la création de techniques modernes de biologie moléculaire permet de modifier “à façon” les micro-organismes et ainsi de pouvoir comprendre de plus en plus précisément leur fonctionnement, mais aussi de les modifier pour créer des fonctions biologiques améliorées pour relever les défis actuels et à venir en santé, environnement ou énergie. Dans cette UE seront présentés les mécanismes fondamentaux du fonctionnement de bactéries et virus au niveau moléculaire, afin de pouvoir ensuite aborder le potentiel et les limites en termes d’outils de biotechnologie. 

Les objectifs de l’UE sont de:
1- Comprendre l’organisation génétique des génomes bactériens et viraux et la régulation de l’expression de leurs gènes. Comprendre les mécanismes moléculaires qui permettent à une protéine d’être produite au bon moment et localisée au bon endroit afin d’exercer sa fonction.

2- Comprendre les techniques modernes de génétique et biologie moléculaire permettant de modifier une bactérie ou un virus à façon.

3- Les connaissances acquises en 1 et 2 permettront d’introduire les bases de la biologie synthétique des bactéries et de l’utilisation de virus modifiés et de vecteurs viraux que les étudiants mettront en pratique au cours de travaux dirigés.


BIO3203L+ Création UE La cellule, introduction Introduction aux fondamentaux de biologie cellulaire 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 christine.meige stephane.vincent 65 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

Exploitation de données à des fins d’analyse
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Développer une argumentation avec esprit critique.

Compétences acquises : technique :

Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire
- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).
-Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

 Mise en œuvre de méthodes et d'outils du champ disciplinaire
- Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

Expression et communication écrites et orales
-Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

Mise en œuvre de méthodes et d’outils du champ disciplinaire
-Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
-Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

Cette UE aborde des thématiques de la biologie des cellules eucaryotes indispensables au bagage scientifique de tout étudiant en biologie quelle que soit sa spécialisation ultérieure. Son objectif est d’apporter des bases et des concepts solides sur trois processus majeurs qui orchestrent la vie des cellules eucaryotes : la signalisation, le cycle cellulaire et l’apoptose. Un accent particulier sera mis sur les approches expérimentales et sur les techniques ayant permis les grandes avancées conceptuelles dans ces trois thématiques. Le cas échéant, l’analyse d’exemples relevant de la pathologie cellulaire illustreront les concepts abordés. Sur le plan méthodologique, nous nous focaliserons sur les techniques de microscopies actuellement utilisées en biologie cellulaire

BIO3204L+ Création UE Dynamique des cellules Dynamique intracellulaire et comportements collectifs 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 christine.meige stephane.vincent 65 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires
Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

Exploitation de données à des fins d’analyse
Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
Développer une argumentation avec esprit critique.

Compétences acquises : technique :

Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire
 Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).
Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

Mise en œuvre de méthodes et d'outils du champ disciplinaire
 Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

Expression et communication écrites et orales
Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

Mise en œuvre d méthodes et d’outils du champ disciplinaire
Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

Cette UE présente les dynamiques cellulaires à plusieurs échelles, pour passer progressivement des flux de molécules à l’organisation de la cellule et son intégration au sein des tissus. Nous nous focaliserons en premier lieu sur l’importance des échanges membranaires dans la génération de l’architecture cellulaire. Spécifiquement, nous étudierons le trafic et comment l’identité des compartiments cellulaires est maintenue dans le cadre d’échanges moléculaires incessants. Nous étudierons ensuite l’élaboration de la polarité apico-basale et de la polarité planaire. Finalement, nous mettrons en perspective l’action du cytosquelette sur les propriétés mécaniques des tissus, en particulier dans le cas de la migration collective. Nous discuterons des implications pathologiques survenant lorsque ces processus sont affectés, tels que l’apparition de métastases.

BIO3205L+ Création UE UE libre 3 ECTS UE LIBRE 3 ECTS LICENCE BIOSCIENCES 3 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 delphine.galiana-ar dominique.baas
BIO3206L+ Création UE UE libre 6ECTS UE LIBRE 6 ECTS LIENCE BIOSCIENCES 6 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 delphine.galiana-ar dominique.baas
BIO3207L+ Création UE Génomique Génomique : organisation et évolution des génomes 3 0 16 6 8 0 0 50 35 18 0 0 jean-nicolas.volff 67 100 0 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires

-    Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

-    Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.

Exploitation de données à des fins d’analyse

-    Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

-    Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

-    Développer une argumentation avec esprit critique.

 

Compétences acquises : technique :

 Expression et communication écrites et orales

-    Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

Mise en œuvre de méthodes et d'outils du champ disciplinaire

-    Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.

-    Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.

-    Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.

-    Identifier les sources d’erreur pour calculer l’incertitude sur un résultat expérimental.

-    Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique.

Les récents développements des méthodes d’analyse des génomes ont révolutionné notre manière d’aborder la biologie et généré une quantité de données sans précédent sur la structure et la diversité de l’information génétique. Dans le cadre de cette UE, les différentes méthodes d’analyses des génomes seront présentées, en mettant l’accent sur les développements technologiques les plus récents et les applications qui en découlent. Les éléments structuraux des génomes et leur variabilité seront étudiés dans une approche intégrée faisant le lien avec les différents processus biologiques auxquels ils sont soumis. Les étudiants participeront activement au cours en constituant des dossiers sur les applications et les perspectives de la génomique. Des travaux pratiques sur machine permettront une initiation à la génomique fonctionnelle en utilisant des méthodes bioinformatiques de manipulation de données à haut débit et d’annotation de séquences génomiques.

 

Les objectifs de l’UE sont les suivants :

-    Approcher les différentes méthodes d’analyse des séquences d’ADN et des génomes et leur évolution, avec une initiation pratique aux méthodes bio-informatiques.

-    Comprendre les différents mécanismes assurant la réplication, la réparation et la recombinaison de l’ADN chez les procaryotes et les eucaryotes.

-    Identifier les différents éléments structuraux constituant les génomes et comprendre leur organisation et leurs interactions.

-    Illustrer la variabilité de l’architecture des génomes en relation avec les processus biologiques affectant l’ADN et les contraintes imposées par l’environnement.

-    Effectuer en groupe un travail de synthèse écrit et une restitution orale sur un sujet imposé lié à la génomique.

 

L’UE est organisée en cours magistraux,  travaux pratiques et travaux dirigés.

-    Cours magistraux : cartographie physique et génétique, méthodes de séquençage à haut débit, annotation des génomes, applications de la génomique (médecine, agronomie, etc.) ; biologie de l’ADN (réplication, réparation, recombinaison) ; structure comparative des génomes bactériens et eucaryotes, contenu en bases, gènes à protéines, gènes à ARN, introns, éléments transposables et autres séquences répétées, chromosomes sexuels ; réarrangements génomiques, transfert horizontal, taille des génomes, duplication de gènes et de génomes.

-    TP sur machine : initiation pratique à la génomique fonctionnelle basée sur l’analyse de données brutes de séquençage haut débit. Détection des sites de fixation d'un facteur de transcription dans un génome (ChIP-seq) ; mesure de l'expression des gènes d’un génome (RNA-seq).

-    TD : Liens fonctionnels entre la structure des génomes, la réplication et la transcription.

-    Dossiers présentés par les étudiants : phylogénomique, paléogénomique/ADN ancien, génomique et agronomie, métagénomique, transcriptomique, épigénomique, ingénierie des génomes, génomique et cancer, génomique et maladies génétiques, génomique personnelle : aspects sociétaux.

BIO3208L+ Création UE Génomique fonctionnelle Expression et sauvegarde de l'information génétique 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 fabien.mongelard 64 50 65 50 0 0

Compétences acquises : méthodologie :

– Usages digitaux et numériques

- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.

- Exploitation de données à des fins d’analyse

- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Développer une argumentation avec esprit critique.

 - Expression et communication écrites et orales

- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

- Communiquer par oral et par écrit, de façon claire et non-ambiguë, dans au moins une langue étrangère.

Compétences acquises : technique :

– Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires

- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.

- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.

- Identification d'un questionnement au sein d'un champ disciplinaire

- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).

- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.

L’UE vise à consolider et actualiser les connaissances de bases des mécanismes de réplication et réparation des génomes eucaryotes, et de l’expression des gènes. L’UE est en forte interaction avec les travaux pratiques du premier semestre, et permet de faciliter l’abord des mécanismes moléculaires présentés dans de très nombreuses autres UE.

Programme :

-Génome: structure physique, organisation fonctionnelle (8h)

-Réplication, en lien avec le cycle cellulaire et sa régulation (4h)

-Réparation, en lien avec les phénomènes pathologiques et l’évolution (4h)

-Les mécanismes de l’expression des gènes et leurs contrôles (16h)

              Transcription

              Mécanisme post-transcriptionnels

              Traduction

              Mécanisme post-traductionnels

BIO3209L+ Création UE Devo/neuro Introduction au développement et aux neurosciences 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 stephane.vincent11@ens-lyon.fr anne.didier@univ-lyon1.fr 65 50 69 50 0 0

Développement

  • Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires
  • Exploitation de données à des fins d’analyse
  • Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité́) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu)
  • Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.
    • Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation

Neurosciences :

Compétences acquises : méthodologie :

  • Analyse d'un questionnement en mobilisant des concepts disciplinaires 

-Connaître et comprendre les principaux niveaux d’étude du système nerveux et les disciplines associées

-Connaître les principes généraux de l’organisation du système nerveux sur les plans anatomique et fonctionnel et comment ont été acquises les connaissances

-Connaître et comprendre le fonctionnement de circuits nerveux simples

  • Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de neuroscience pour analyser un document de recherche.

Compétences acquises : technique :

  • Connaître et comprendre le principe des approches les plus courantes utilisées en neurosciences

L’UE permet d’acquérir un socle de connaissance minimal qui est approfondi dans la suite du parcours, dans les UEs de la trajectoire Neurosciences en M1 (Cerveau, Développement, Plasticité, cognition) et en M2 (System neuroscience, from molecule to cognition). Côté développement, cet enseignement sera suivi par une UE optionnelle au S6 «Concepts fondamentaux de Biologie du Développement », puis en M1 avec l’UE « Biologie du développement : nouveaux concepts et approches » pour finir avec l’UE de M2 « Mechanisms of Development in plants and animals »

 

Développement :

Le programme de l’UE consiste à introduire les concepts fondamentaux de la biologie du développement. Nous présenterons l’embryogenèse des principaux modèles et les cellules souches chez les végétaux et les animaux. Au niveau des savoir-faire les étudiant-e-s devront apprendre à utiliser les outils génétiques adaptés à chaque modèle.

Thèmes couverts :

Patterning, morphogenèse, croissance, cellules souches intestinales, particularité des cellules souches végétales, introduction à la modélisation en développement. 

Neurosciences :

 -Présentation de l’organisation anatomo-fonctionnelle du système nerveux, des différents niveaux d’études du système nerveux

-Illustration par les mécanismes nerveux sous-tendant la motricité et l’intégration sensori-motrice

- Introduction aux grandes étapes du développement du système nerveux. 

- mécanismes par lesquels les cellules neurales sont induites, se spécialisent et se diversifient dans le tube neural in vivo

- méthodes de production des cellules neurales in vitro et leurs perspectives thérapeutiques dans les maladies neurodégénératives

 

BIO3334L+ Création UE BMR Biologie et Médecine Régénérative 6 0 24 24 0 0 0 210 35 18 0 0 christophe.Marcelle
BIO3888L+ Création UE AEGM Approches Expérimentales en Génétique Microbienne 9 0 0 0 75 0 0 210 35 16 0 0 alexandre.soulard 65 100 0 0 0

Compétences transversales :
 

- Rigueur expérimentale
- Analyser des résultats
- Suivre un protocole expérimental élaboré
- Planifier plusieurs expériences
- Rédiger un compte rendu et communiquer ses résultats.

Compétences spécifiques :

- Appliquer les concepts théoriques de la génétique microbienne procaryote et eucaryote
- Manipuler de micro-organismes eucaryotes et procaryotes (repiquage, répliques, sélection, croisements, transformation etc.)
- Réaliser des tests  phénotypiques et de croissance
- Analyse génétique (génétique classique, génétique inverse, complémentation fonctionnelle, croisements de levures, lien génotype <=> phénotype, etc.)
- Utiliser des approches de microbiologie moléculaire (PCR, clonage, mutagénèse, etc.)

Cette UE de travaux pratiques a pour but de mettre en application les concepts de base de la génétique microbienne à travers l'étude de deux microorganismes modèles ; la bactérie Escherichia coli et la levure Saccharomyces cerevisiae.
 
Les TPs se déroulent sur trois semaines divisées en deux parties égales (37,5h) sur chaque thématique. Le programme de chaque partie est le suivant :

Génétique bactérienne :

le TP sera dédié à étudier les déterminants génétiques du catabolisme du lactose par la bactérie E. coli. Pour cela, les étudiants effectueront une mutagénèse aléatoire du chromosome d'E. coli. Des mutants incapables de cataboliser le lactose seront recherchés. Différentes approches seront utilisées afin de localiser les mutations :

-conjugaison 
-test d'auxotrophie
-test de complémentation 

Génétique de la levure :  

Cette partie est axée sur l'analyse génétique de la signalisation du galactose et du contrôle du régulon GAL chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Ceci sera réalisé à travers 4 axes :
 
1. Recherche et analyse de mutants Gal- (tests phénotypiques, groupes de complémentation, allélisme, dominance récessivité)
2. Clonage d'un gène par complémentation fonctionnelle d'une mutation " gal" (test de stabilité, transformation, analyse de plasmide, etc.)
3.  Inactivation du gène GAL1 (PCR, transformation, sélection, vérification)
4. Mise en évidence d'interactions protéines-protéines par double hybride

BIO4000M+ Création UE Trends in BioMed Research Trends in Biomedical Research 6 0 24 24 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.marcelle 65 100 0 0 0
A good knowledge of chapter 1-22 of Molecular Biology of the Cell (6th Edition) is preferable. 
- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.
- Travailler en équipe ainsi qu’en autonomie au service d’un projet.
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de la biologie pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la biophysique, de la biochimie et de l'informatique dans le cadre des problématiques des sciences de la vie.
- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l'échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Développer une argumentation avec esprit critique.

Cette UE offrira aux étudiants un accès unique et une rencontre directe avec certains des chercheurs parmis les plus éminents dans le domaine biomédical. L'unité sera divisée en blocs indépendants de 6 heures. Chacun comprendra un cours d'introduction sur un sujet contemporain lié au sujet développé par l'intervenant. Suivra un tutoriel permettant d'analyser les articles publiés par l'orateur et d'organiser un entretien post-conférence. Chaque intervenant donnera ensuite sa visio-conférence, suivie d'un entretien organisé par les étudiants.

This unit will provide students with a unique access and first-hand encounter with some of the world’s most prominent researchers in the biomedical field. The unit will be divided into independent blocks of 6 hours. Each will comprise an introductory course on a contemporary subject related to the speaker’s interests. A tutorial will follow to analyze articles published by the speaker and to organize a post-conference interview. Each speaker will then give his/her visio-conference, followed by an interview organized by the students.

 

BIO4001M+ Création UE Model Organisms Practicum Model Organisms Practicum 12 0 0 15 105 0 0 210 35 18 1 0 kathrin.gieseler christophe.marcelle 65 100 0 0 0
- Être capable de concevoir une expérience avec des contrôles solides.
- Être capable de collecter, analyser, interpréter, illustrer et présenter des données.
- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l'échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.
- Identifier et mener en autonomie les différentes étapes d'une démarche expérimentale.
- Utiliser les appareillages scientifiques de laboratoire les plus courants dans les domaines des sciences de la vie.
- Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.
- Identifier les sources d'erreur pour calculer l'incertitude sur un résultat expérimental. 
- Exploiter des logiciels d'acquisition et d'analyse de données avec un esprit critique.
- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Développer une argumentation avec esprit critique.

- Be able to design an experiment with sound controls.
- Be able to collect, analyze, interpret, illustrate and present data.
- Manipulate fundamental mechanisms at the microscopic scale, model macroscopic phenomena, link a macroscopic phenomenon to microscopic processes.
- Identify and carry out independently the different steps of an experimental approach.
- Use the most common scientific laboratory equipment in the life sciences.
- Interpret experimental data to consider their modeling.
- Validate a model by comparing its predictions with experimental results and assess its limits of validity.- Identify sources of error to calculate the uncertainty of an experimental result. 
- Use data acquisition and analysis software with a critical mind.
- Identify the process of production, dissemination and valorization of knowledge.
- Identify, select and critically analyze various resources in his/her field of specialization to document a subject and synthesize these data for use.
- Analyze and synthesize data in order to use them.
- Develop an argument with critical thinking.
Ce stage de quatre semaines initiera les étudiants à un large éventail de modèles animaux (C elegans, drosophile, poisson zèbre, poulet et souris) et à leur utilisation dans la recherche biomédicale. L'objectif du stage sera d'exposer les étudiants à des situations de laboratoire, d'encourager leur créativité, tout en favorisant leur rigueur scientifique. Les étudiants auront accès à un certain nombre d'outils qui leur permettront de concevoir leur propre projet de recherche. Les expériences comprendront des approches fonctionnelles in vivo et l'analyse des résultats, notamment à l'aide de techniques d'imagerie avancées, y compris l'imagerie in vivo. A la fin du stage, une présentation des résultats sera donnée sous forme de poster, en présence d'un large public. Un rapport écrit sous forme d'une demande de financement sera demandé en fin de stage. 

This four week-long practicum will introduce students to a vast array of animal models (C elegans, Drosophila, Zebrafish, chicken and mouse) and their use in leading-edge biomedical research. The goal of the practicum will be to expose students to laboratory-like situation, to encourage their creativity, while at the same time promoting their scientific rigor. Students will have access to a number of tools that will allow them designing their own research project. Experiments will encompass functional approaches in vivo, and analyses of results, notably using advanced imaging techniques, including live imaging. At the end of the practicum, a presentation of the results will be given in a poster format, attended by a wide audience. A written report in the form of a grant application will be also asked.

BIO4002M+ Création UE Microfluidics Microfluidics 3 0 12 8 4 0 0 210 35 18 1 0 sylvain.monnier 28 50 65 50 0 jean-paul.rieu@univ-lyon1.fr 0

Curiosity and attraction for multidisciplinary sciences

Basic course of General Physics for Life Science students

An introductive course to biology for Physics students

*know the potential, advantages and principles of microfabrication of diagnostic and culture-on-chip devices

*know basic notions of fluid mechanics and surface chemistry and biomaterials used for microsystems

Microfluidics is nowadays found in various areas, from fundamental research labs to day to day medical devices. They indeed provide convenient platforms to study chemical and biochemical analysis at high throughput and with low sampled volume, or perform in vitro cell or organ on chip culture with a highly controlled environment. Over the last few years, applications toward cancer or development biology have been on the rise. In this course, we introduce the basic principles at play in such systems as well as their fabrication techniques and applications to life sciences.

We discuss methods, tools, and measuring devices to create microfluidic systems. Different types of lithography methods are presented with hands-on experiences for creating simple devices. We discuss fluid behaviors at the micron scale in microchannels as well as the components for controlling fluid flow. We also discuss applications to cellular analysis including nucleic acids analysis, DNA hybridization and sequencing, and protein analysis.

The practical implementation of the methods will be illustrated by a visit of the NanoLyon clean room facility, and of the prototyping platform of iLMTech series, and by a Practical Lab in pairs.
BIO4003M+ Création UE Internship 1 Internship 1 6 0 0 12 0 0 7 210 35 18 1 0 jean-paul.rieu christophe.marcelle 65 100 0 0 0

Intégration dans une équipe de recherche et travail en équipe.Veille et analyse bibliographique, synthèse de données dans le but de les transmettre.
Tenue d’un cahier de laboratoire.
Maîtrise des bonnes pratiques de laboratoire.
Respect des principes éthiques, de déontologie et de responsabilité environnementale.
Utilisation de techniques de biologie moléculaire et cellulaire et de génétique.
Conception, planification et réalisation de protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire et de la génétique.
Utilisation autonome des outils numériques de la recherche en biologie moléculaire et cellulaire et en génétique.
Gestion d’études complexes qui nécessitent de proposer des hypothèses, des approches stratégiques nouvelles.
Restitution de résultats expérimentaux et analyse de leur significativité.
Echange, en anglais, lors de discussions scientifiques avec ses paires.
Communication scientifique, à l’écrit et à l’oral, en anglais.

Integration into a research team and teamwork.
Monitoring and bibliographic analysis, synthesis of data in order to transmit them.
Keeping of a laboratory notebook.
Mastery of good laboratory practices.
Respect of ethical principles, deontology and environmental responsibility.
Use of molecular and cellular biology and genetics techniques.
Design, planning and execution of experimental protocols in the field of molecular and cellular biology and genetics.
Independent use of digital tools for research in molecular and cellular biology and genetics.
Management of complex studies that require proposing new hypotheses and strategic approaches.
Reporting of experimental results and analysis of their significance.
Exchange, in English, during scientific discussions with peers.
Scientific communication, written and oral, in English.

Cette unité d'enseignement consistera en un stage de 7 semaines dans un laboratoire local/national. Un rapport final et une presentation orale seront demandés à la fin du stage. 

This unit will consist of a 7 week-long internship in a local/national laboratory. A final written report and an oral presentation will be requested after completion of the work.  

BIO4004M+ Création UE Internship 2 Internship 2 12 0 0 12 0 0 12 210 35 18 1 0 christophe.marcelle jean-paul.rieu 65 100 0 0 0
Intégration dans une équipe de recherche et travail en équipe.Veille et analyse bibliographique, synthèse de données dans le but de les transmettre.
Tenue d’un cahier de laboratoire.
Maîtrise des bonnes pratiques de laboratoire.
Respect des principes éthiques, de déontologie et de responsabilité environnementale.
Utilisation de techniques de biologie moléculaire et cellulaire et de génétique.
Conception, planification et réalisation de protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire et de la génétique.
Utilisation autonome des outils numériques de la recherche en biologie moléculaire et cellulaire et en génétique.
Gestion d’études complexes qui nécessitent de proposer des hypothèses, des approches stratégiques nouvelles.
Restitution de résultats expérimentaux et analyse de leur significativité.
Echange, en anglais, lors de discussions scientifiques avec ses paires.
Communication scientifique, à l’écrit et à l’oral, en anglais.

Integration into a research team and teamwork.
Monitoring and bibliographic analysis, synthesis of data in order to transmit them.
Keeping of a laboratory notebook.
Mastery of good laboratory practices.
Respect of ethical principles, deontology and environmental responsibility.
Use of molecular and cellular biology and genetics techniques.
Design, planning and execution of experimental protocols in the field of molecular and cellular biology and genetics.
Independent use of digital tools for research in molecular and cellular biology and genetics.
Management of complex studies that require proposing new hypotheses and strategic approaches.
Reporting of experimental results and analysis of their significance.
Exchange, in English, during scientific discussions with peers.
Scientific communication, written and oral, in English.

Cette unité consistera en un stage de 10 à 12 semaines dans un laboratoire local/national ou international. Un rapport écrit final sera demandé trois semaines après la fin du stage. Une session de posters à laquelle participera un large public sera organisée à la fin du stage. Possibilité de choisir des laboratoires locaux, nationaux ou internationaux (de préférence partenaires).

This unit will consist of a 10-12 week-long internship in a local/national or international laboratories. A final written report will be requested three weeks after completion of the work. A poster session attended by a wide audience will be organized at the end of the internship. Possibility to choose local, national or international (preferably partners) laboratories.

BIO4005M+ Création UE Cellular Decisions Cellular Decisions 6 0 24 24 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.marcelle 65 100 0 0 0
A good knowledge of chapter 1-22 of Molecular Biology of the Cell (6th Edition) is preferable.
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de la biologie pour traiter une problématique ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la biophysique, de la biochimie et de l'informatique dans le cadre des problématiques des sciences de la vie.
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation


- Mobilize the fundamental concepts and technologies of biology to address a problem or analyze a research or presentation document.
- Mobilize the concepts and tools of mathematics, biophysics, biochemistry and computer science in the context of life science.
- Identify, select, and critically analyze a variety of resources in one's field of specialization to document a topic and synthesize these data for use.

Cette UE permettra de présenter les travaux de chercheurs locaux/nationaux parmis les plus éminents dans le domaine biomédical. L'unité sera divisée en blocs indépendants de 6 heures. Chacun comprendra un cours d'introduction sur un sujet contemporain lié aux sujet de l'intervenant. Suivra un tutoriel permettant d'analyser les articles publiés par l'orateur et d'organiser un entretien post-conférence. Chaque intervenant donnera ensuite sa visio-conférence, suivie d'un entretien organisé par les étudiants.

This unit will present the work of some of the most prominent local/national researchers in the biomedical field. The unit will be divided into independent blocks of 6 hours. Each will comprise an introductory course on a contemporary subject related to the speaker’s interests. A tutorial will follow to analyze articles published by the speaker and to organize a post-conference interview. Each speaker will then give his/her visio-conference, followed by an interview organized by the students.

 

BIO4006M+ Création UE Scientific Communications Scientific Communications 6 0 12 38 0 0 0 210 35 18 1 0 violaine.see 65 100 0 0 0
Etre capable de faire une présentation claire d'un projet, de critiquer un article, de déchiffrer un CV, d'écrire une demande de budget convaincante. 

To be able to make a clear presentation of a project, to review an article, to decipher a CV, to write a convincing grant application.
Cette unité comprendra quelques exposés sur les principes généraux qui sous-tendent l'excellence dans les présentations orales (par exemple, concours de présentation de 3 minutes, ou format plus long), les communications écrites (rédaction d'articles, rédaction de demandes de subvention, création d'affiches), la lecture critique de la littérature scientifique (revue de manuscrits) et l'utilisation intelligente des outils bibliographiques. La majeure partie de l'UE sera constituée d'exercices visant à appliquer ces principes.


This unit will include few lectures on the general principles underlying excellence in oral presentations (e.g., 3-minute presentation competition, or longer format), written communications (article writing, grant writing, poster building), critical reading of the scientific literature (manuscript review), and intelligent use of bibliographic tools. The bulk of the UE will be exercices to apply those principles
BIO4007M+ Création UE Regenerative Medicine Trends in Regenerative Medicine 3 0 12 6 0 0 0 210 35 18 1 0 christophe.marcelle 65 100 0 0 0
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation

- Identify, select, and critically analyze a variety of resources in their field of expertise to document a topic and synthesize this data for use.
- Analyze and synthesize data for use
Quelques notions de biologie régénérative seront abordées
Avancées récentes dans le domaine de la Médecine Régénérative (par exemple: coeur, muscle, cerveau)
Participation d'intervenants extérieurs 

Some notions of regenerative biology will be discussed
Recent advances in the field of Regenerative Medicine (for example: heart, muscle, brain)
Participation of external speakers
BIO4008M+ Création UE Review writing Review writing for beginners 6 0 3 47 0 0 0 210 35 18 1 0 violaine.see christophe.marcelle 65 100 0 0 0
- Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Développer une argumentation avec esprit critique.
- Communiquer en anglais par écrit, de façon claire et non-ambiguë.

- Identify, select, and critically analyze a variety of resources in their field of expertise to document a topic and synthesize this data for use.
- Analyze and synthesize data for use.
- Develop an argument with critical thinking.
- Communicate in English in a clear and unambiguous manner.
A la fin de cette unité, les étudiants auront rédigé une revue (environ 20 pages) sur un sujet spécifique (typiquement celui du stage de S4). Les meilleures revues seront prises en considération pour une publication dans une revue scientifique à comité de lecture. 

At the end of this unit, students will have written a review (about 20 pages) on a specific topic (typically that of the internship in S4). Best reviews will be considered for publication in a peer-reviewed scientific journal. 
BIO4009M+ Création UE Technical Workshops Technical Workshops 9 0 0 0 75 0 0 210 35 18 1 0 emilie.delaune christophe marcelle 65 100 0 0 0
- Utiliser des technologies de pointe dans le domaine des sciences du vivant, dont certaines à l'interface entre le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire et les domaines des sciences numériques, de l'optique, ou de la biophysique.
- Concevoir, planifier et réaliser des projets expérimentaux
- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés
- Communiquer en anglais
L'UE propose 3 ateliers techniques à choisir parmi une liste d'ateliers optionnels, correspondant à un haut niveau de spécialisation technique, en réponse à des besoins spécifiques liés à un projet de recherche. Dans certains ateliers, les étudiants sont amenés à pratiquer une approche pluridisciplinaire, à l'interface entre le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire et les domaines des sciences numériques, de l'optique, ou de la biophysique
BIO4010M+ Création UE Internship 3 Internship 3 30 0 0 12 0 0 25 210 35 18 1 0 christophe.marcelle jean-paul.rieu 65 100 0 0 0
Intégration dans une équipe de recherche et travail en équipe.Veille et analyse bibliographique, synthèse de données dans le but de les transmettre.
Tenue d’un cahier de laboratoire.
Maîtrise des bonnes pratiques de laboratoire.
Respect des principes éthiques, de déontologie et de responsabilité environnementale.
Utilisation de techniques de biologie moléculaire et cellulaire et de génétique.
Conception, planification et réalisation de protocoles expérimentaux dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire et de la génétique.
Utilisation autonome des outils numériques de la recherche en biologie moléculaire et cellulaire et en génétique.
Gestion d’études complexes qui nécessitent de proposer des hypothèses, des approches stratégiques nouvelles.
Restitution de résultats expérimentaux et analyse de leur significativité.
Echange, en anglais, lors de discussions scientifiques avec ses paires.
Communication scientifique, à l’écrit et à l’oral, en anglais.

Integration into a research team and teamwork.
Monitoring and bibliographic analysis, synthesis of data in order to transmit them.
Keeping of a laboratory notebook.
Mastery of good laboratory practices.
Respect of ethical principles, deontology and environmental responsibility.
Use of molecular and cellular biology and genetics techniques.
Design, planning and execution of experimental protocols in the field of molecular and cellular biology and genetics.
Independent use of digital tools for research in molecular and cellular biology and genetics.
Management of complex studies that require proposing new hypotheses and strategic approaches.
Reporting of experimental results and analysis of their significance.
Exchange, in English, during scientific discussions with peers.
Scientific communication, written and oral, in English.
Stage de 6 mois dans un laboratoire local/national/international
Un rapport de stage sera demandé à la fin de la période de 6 mois. Une soutenance devant un jury sera organisée.  

6-month internship in a local/national/international laboratory. An report will be required at the end of the 6-month period. A defence before a jury will be organized. 
BIO7771+ Création UE SSPMA Strategies for Studying Plants : metabolites analysis 3 0 15 6 0 0 0 210 35 18 0 0 gilles.comte 64 50 67 50 0 0
Advanced knowledge in plant biology, biochemistry and metabolism. Basic knowledge in chemistry
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP31802BC02)
This course will enable students to understand the various methodologies for characterizing plant metabolites and more particularly to approach the characterization of biomarkers and metabolites in the light of knowledge of metabolic pathways,
- Contributions of the knowledge of primary and secondary metabolism on the interpretation of UV spectrometric data, mass spectrometry, HRMS, fragmentation, homo and heteronuclear mono and bidimensional NMR, coupled techniques (MS GC, LC HRMS, etc...)
- Integration of databases and metabolic networks in the characterization of metabolites
BIO7772+ Création UE METAFLUX Metabolic fluxes 3 0 15 6 0 0 0 210 35 18 1 0 gilles.comte 64 50 67 50 0 0
Advanced knowledge in plant biology, biochemistry and metabolism
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP31802BC02)
Lectures and applied courses are dealing on the integration of primary and specialized metabolism in plants in a temporal dimension (fluxomic). This will require addressing the different indirect methodologies to measure real speed metabolic reactions in the integral biological system (intracellular flow, intratissular). For this purpose, the following points will be addressed
- Isotopic labelling strategies (13C, 18O, etc…)
- Detailed Isotopomeres analysis and isotope incorporation into metabolites by NMR and mass spectrometry
- Metabolic flux maps and metabolic networks
BIO7773+ Création UE BiotechV Biotechnologies végétales 3 0 15 6 0 0 0 210 35 18 0 0 florence.piola 64 50 66 50 0 0
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP31802BC02)
L'UE comprend des CM et des TD visant à présenter les biotechnologies végétales avec les fondements théoriques ( totipotence cellulaire, croissance et développement végétal in vitro, mécanismes moléculaires...), les méthodes (en constante évolution) et les applications fondamentales (identifications de gènes et de fonction) et appliquées (amélioration des plantes). Les TD permettent l'analyse de données issues d'expérimentations et de manipulations de biotechnologies végétales.
BIO7774+ Création UE TIB Techniques for Integrative Biology 6 0 36 0 0 0 0 210 35 18 1 0 florence.piola gilles.comte 64 50 67 50 0 0
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP31802BC02)
Integrative biology is an interesting and innovative approach to understand the functioning of plant organisms considered as systems and apprehended in their entirety by integrating the different biological compartments. "Omic" approaches offer the possibility to explore without preconceived ideas the biological processes existing at the different scales of plant organisms. Nevertheless, in addition to the intellectual challenge of understanding the complexity of living organisms in their wholeness, there is a major technical challenge for data acquisition, exploitation and integration. This course will present the different "omics" techniques implemented for plant organisms (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, fluxomics, interactomics, phenomenomics...) allowing data acquisition and integration.
BIO7775+ Création UE PhyPHea Phytobiome and Plant Health 3 0 15 6 0 0 0 210 35 18 1 0 celine.lavire 67 50 68 50 0 0
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP31802BC02)
This course deals with the notions of microbiome and holobiont in the specific context of plants (phytobiome) and addresses the influence of the environment on the health of plants and their associated microbiota The following points will be addressed
- How the plant organism is able to influence its microbiota, both in terms of composition and functioning.
- What is the impact of the microbiota on the functioning of the plant
- Influence of this cooperative behavior on the ability to respond to environmental stresses
BIO7776+ Création UE PIA Project in Industry or Academic lab 27 0 0 27 0 0 24 210 35 18 1 0 gilles.comte 67 100 0 0 0
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP31802BC02)
The academic or industrial project takes the form of a 5-month internship under the responsibility of an internship supervisor whose designation is validated by the master's pedagogical committee. The student is integrated into a team in which he/she develops the problematic that has been entrusted to him/her. This project can have two different objectives. A fundamental research objective aimed at preparing the student to pursue a doctoral degree and a more applied research objective aimed at leading to the professionalization of the student at the end of his/her degree. The project is evaluated on the basis of a scientific report and an oral presentation. An important part of the evaluation is based on the relevance of the answers provided to the jury's questions: mastering of the concepts and methods used, justification of the scientific approach, ability to analyze the experimental results, perspectives envisaged, ....
BIO7777+ Création UE SWPH Scientific Watch for Plant Health 3 0 0 30 0 0 0 210 35 18 1 0 celine.lavire 67 100 0 0 0
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés (RNCP31802BC02)
The objective of this course is to provide students with the basis for reflection on which the strategic approaches implemented in research, whether fundamental or applied, public or industrial, are based. This course will be composed of an important part of scientific seminars conducted by researchers from both the public and private sectors. In addition, the students will have to produce a scientific survey on the basis of an innovative or prospective topic and they will have to establish a correlation with the scientific seminars they have attended.
BIO9002+ Création UE microbio env. Microbiologie environnementale 3 0 12 0 18 0 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 67 100 0 0 0
Bases de microbiologie

 

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l'avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d'études, comme base d'une pensée originale

En s'appuyant sur des rappels généraux à propos des micro-organismes dans l’environnement (structure, fonction, métabolisme…), sont illustrés

- la forme de vie particulière des microorganismes au sein des biofilms

-  le rôle des micro-organismes dans les cycles géochimiques (CetN), les conséquences sur le fonctionnement des écosystèmes et l'illustration par des applications

-  les interactions bactéries /polluants organiques et inorganiques et la réponse microbienne (bio-dégradation, assimilation, transformation)

Au cours des TP, en utilisant comme matériel biologique du compost, les étudiants illustreront diverses notions abordées en CM comme la diversité microbienne, la succession microbienne, différentes activités microbiennes…Les étudiants seront aussi  amenés à développer des expérimentations pour caractériser différents paramètres biologiques de l’écosystème compost.


BIO9003+ Création UE Outils et Meth. Outils et méthodes 3 0 15 5 10 0 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 67 100 0 0 0

 

- Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l'avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d'études, comme base d'une pensée originale

 

Spécifiques :

Statistiques : 

-    Savoir-faire : mener le recueil des données
-    Savoir-faire : mener une étude descriptive des données (résumé numérique, graphiques)
-    Savoir-être : être critique vis à vis des données, détecter les valeurs aberrantes, valider les données,
-    Savoir : évaluer la significativité des observations, connaître les fluctuations d’échantillonnage et autres erreurs
-    Savoir-faire : utiliser des modèles statistiques simples (tests, régression linéaire)
-    Savoir-faire : rédiger une étude statistique avec une mise en forme qui valorise les données


Statistiques :

Les objectifs de l’enseignement consistent à fournir des outils permettant à de futurs managers en environnement :
1) d’élaborer une stratégie d’acquisition de données pertinentes,
2) d’en faire une interprétation non équivoque et généralisable
3) de valider des données

Le contenu de l'enseignement des statistiques est le suivant :
Place de l’outil statistique : intérêt et nécessité dans l’analyse et l’exploitation des données.
Principaux indicateurs.
Lois usuelles.
Indicateurs de symétrie et d’aplatissement.
Intervalles de confiance.
Détection des valeurs aberrantes à travers plusieurs méthodes.
L’échantillonnage : les différents types et les critères de choix.
Description d’une série statistique : choix des graphes pertinents, des indicateurs et mise en œuvre.
Résumés numériques.
BIO9004+ Création UE Gest Trait Eau Gestion et traitement de l'eau 3 0 20 0 10 0 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 67 80 31 20 0 0

 

-Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d'une demande ou d'une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

L’objectif est de permettre la maîtrise des principales réglementations associées au domaine de l’eau, la mise en œuvre des méthodologies de diagnostic et des technologies de traitements associées, d’acquérir les connaissances nécessaires pour aider un maître d’ouvrage, de développer l’esprit d’analyse et l’esprit critique face aux stratégies mises en œuvre dans les domaines de la gestion de l’eau.

Contenus :

Sont abordés :

- le fonctionnement des milieux aquatiques, les techniques de caractérisation,  de mesure et de diagnostic

- les filières de traitements des eaux résiduaires et les différentes étapes du traitement

- l’étude d'un cours d'eau péri-urbain

- les problématiques de l’assainissement pour les collectivités territoriales

- les filières extensives de traitement des eaux usées domestiques (bases de fonctionnement et

- de dimensionnement, performances, gestion et coût des systèmes).

- l’assainissement non collectif, les techniques alternatives appliquées aux eaux pluviales, l’exploitation des réseaux d’assainissement

 


BIO9005+ Création UE SSP Sites et sols pollués 3 0 20 0 10 0 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 67 70 31 30 0 0

-Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d'une demande ou d'une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

L’objectif est de permettre la maîtrise des principales réglementations associées à la gestion des sols pollués :  mécanismes de transfert des polluants dans les sols et les nappes, mise en œuvre des méthodologies de diagnostic de pollution, et des technologies de traitements des sols, d’acquérir les connaissances nécessaires pour aider un maître d’ouvrage, de développer l’esprit d’analyse et l’esprit critique face aux stratégies mises en œuvre dans les domaines de la gestion des sols pollués .

Contenus :

-       Connaître la place et l’importance du diagnostic dans les démarches de gestion des sites et sols pollués (SSP),son déroulement (sécurité, étude documentaire, investigations de terrain, interprétation),  étape par étape,

-       Connaître les différentes techniques liées à la reconnaissance des sols, des eaux souterraines et superficielles, de l’air du sol et de l’air ambiant (forages, échantillonnage, analyses, etc),

-       Interpréter les résultats d’un diagnostic de pollution et construire un schéma conceptuel,

-       Connaître la notion de risque et les enjeux et conséquences liés à la réalisation d’une étude SSP.

-       Connaitre  les méthodes de dépollutions et leur mise en oeuvre

-     Maitriser les notions clé de  la gestion des sites et sols pollués du point de vue des enjeux financiers et techniques

L'enseignement répose sur des retours d’expériences et des études de cas ainsi qu'une visite d'un chantier de dépollution.

BIO9006+ Création UE Déchets Economie circulaire et déchets 3 0 20 0 10 0 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :
- Connaitre les enjeux de la gestion des déchets
- Connaitre les filières de traitement et d'élimination
- Savoir mettre en place une gestion des déchets conforme et vertueuse
- Garantir le respect des cadres réglementaires régissant la gestion des déchets

Transversales :
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés
Rédiger et mettre en place des procédures, et en assurer le suivi

Généralités sur les déchets - typologie

Cadre réglementaire

Collecte et gestion des déchets industriels et urbains

Filières de tri, valorisation, traitement, élimination

L'enseignement inclus des retours d’expériences, des études de cas et des visites de site.

BIO9007+ Création UE Règlementation Règlementation enviornnementale 3 0 12 0 18 0 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :
- Comprendre le contexte industriel, les activités/matériels, etc. auxquels s'appliquent certaines réglementations
- Savoir faire le lien entre les principales problématiques environnementales et les activités/installations industrielles
- Savoir expliquer les grandes lignes de la réglementation environnementale
- Savoir restituer les principales responsabilités environnementales des entreprises et sensibiliser aux grands enjeux environnementaux
-  Comprendre la notion d’ICPE, l’articulation avec d’autres statuts particuliers (projets soumis à évaluation environnementale, IOTA, INB…)
-   Savoir utiliser la nomenclature ICPE, appréhender ces évolutions récentes, les liens avec le règlement européen « produits chimiques » (CLP)
- Identifier le régime de classement d’un exploitant et en comprendre les enjeux (dossiers et procédures)
- Comprendre et savoir appliquer les exigences réglementaires découlmant du statut d'ICPE
- Connaître le contenu d’une déclaration, d’un dossier d’enregistrement, les points clés et de vigilance
-  Connaître les différentes pièces et études d’un dossier de demande d’autorisation d’exploiter, intégrer les spécificités des études d’impact et de danger,
 - Comprendre le processus d’évaluation environnementale et son périmètre étendu au-delà des ICPE
- Connaitre le déroulement de la procédure d’autorisation environnementale et les parties prenantes 
-  Connaître les principaux interlocuteurs/acteurs du domaine des ICPE, leurs missions

Transverses:
- S’investir dans une démarche de management Intégré Qualité Sécurité Environnement (QSE) et  veiller sur le respect permanent des normes 
- Détecter les non-conformités internes et externes, quantifier leurs risques, dégager des mesures curatives, corrective et/ou préventives et proposer des solutions alternatives adaptées au contexte de l’entreprise ;
- Garantir le respect des cadres réglementaires régissant le fonctionnement et les relations avec les différentes institutions représentatives et les organismes tierce partie ayant des missions inhérentes à la QSE

 

Notions des droit de l'environnement / des ICPE

  • Compréhension du contexte industriel, des activités/matériels, etc. auxquels s'appliquent certaines réglementations
  • Grandes lignes de la réglementation environnementale
  • Responsabilités environnementales des entreprises

Les ICPE

  • La réglementation ICPE
  • L’articulation avec d’autres statuts particuliers (projets soumis à évaluation environnementale, IOTA, INB…)
  • Les principaux interlocuteurs/acteurs du domaine des ICPE, leurs missions
  • La nomenclature ICPE, les évolutions récentes, les liens avec le règlement européen « produits chimiques » (CLP), les régimes de classement
  • Les enjeux du classement 
  • Les prescriptions sur le terrain
  • Le contenu d’une déclaration et le processus de déclaration
  • Le contenu  d’un dossier d’enregistrement, les points clés et de vigilance et le déroulement de la procédure d'enrgistrement
  • Les différentes pièces et études d’un dossier de demande d’autorisation d’exploiter; les spécificités des études d’impact et de danger, le déroulement de la procédure d’autorisation environnementale et les parties prenantes
  • Le processus d’évaluation environnementale et son périmètre étendu au-delà des ICPE
BIO9008+ Création UE Manag.environ. Management environnemental 3 0 20 0 10 0 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :

- Connaître le référentiel ISO 14001

- Savoir mettre en place et faire vivre un Système de Management Environnemental (SME)

- S’investir dans une démarche de management Intégré Qualité Sécurité Environnement (QSE) et  veiller sur le respect permanent des normes  

- Mettre en œuvre les orientations QSE définies par la direction 

- Rédiger et mettre en place des procédures, et en assurer le suivi 

- Planifier des actions visant à améliorer les systèmes de management QSE et procéder à des évaluations permanentes

- Garantir le respect des cadres réglementaires régissant le fonctionnement et les relations avec les différentes institutions représentatives et les organismes tierce partie ayant des missions inhérentes à la QSE  

- S'adapter en permanence aux nouvelles réglementations et aux différents projets

- Piloter l’amélioration continue au travers d’actions correctives et de prévention   

Transversales :
Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

- Les systèmes de management

- Les normes de systèmes de management (ISO 9001, ISO 14001, ISO 45001) et la certification

- Les points communs des normes de système de ²mg : le PDCA, le leadership, les processus support

- Les spécificités de l’ISO 14001 :
  • analyse des aspects environnementaux
  • maîtrise opérationnelle
  • gestion des situations d'urgence
  • surveillance environnementale
- Les audits de systèmes de management
BIO9009EC1+ Création UE UE1 S3 ERIU Projet Professionnel M1 3 0 20 10 0 0 0 210 35 18 0 0 pascal.allemand 67 100 0 0 0
Il s'agira de traiter un sujet en lien avec les thématiques du master, en situation professionnelle.
BIO9009EC2+ Création UE UE2 S3 ERIU Apprentissage de l'entreprise M1 27 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 pascal.allemand 0 0 0 0

Objectifs : 

Intégrer le contexte (historique, culturel), les métiers, l'organisation et les pratiques d’une entreprise, d'une collectivité etc.

Mettre en pratique les compétences acquises pour conduire des missions professionnelles de longue durée par :

-la compréhension des objectifs et enjeux de celles-ci

-la progression dans l’efficacité de réalisation, notamment grâce à la durée d’immersion en entreprise, et les échanges avec les professionnels (pairs, tuteurs, ienseignants ...)

- l’intégration des données/personnes/outils existant dans l’organisme d'accueil, facilitant leur mise en œuvre 

Présenter le résultat et permettre à l’entreprise de capitaliser sur ce qui a été réalisé

 

 Contenus :

Missions dans le domaine de l’environnement (eau, sol, déchets …), de la Sécurité, ou de l’HSE/QSE 

La réalisation des missions est suivie, planifiée, grâce à un reporting fait auprès des tuteurs entreprise/collectivité et académique.

Ce suivi permet une éventuelle progression/réorientation, notamment lors des entretiens avec les tuteurs et à l’occasion de(s) visite(s) du tuteur académique

Leur présentation/livraison auprès de l’organisme d'accueil et de la formation : mémoire, soutenance, présentations lors de réunions en entreprise …
BIO9010+ Création UE PINP Préparation à l'insertion profesionnelle 3 0 10 20 0 0 0 210 35 18 0 0 Marie-France.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :
- Connaissance des métiers
Transversales :
- Rédaction de CV, lettre de motivation, réponse à annonces, candidatures spontanées
- Communication
- Appui à la transformation en contexte professionnel
- Usages avancés et spécialisés des outils numériques
- Gérer des contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles
- Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif
- Exposition des métiers de cadre en environnement-pollution des sols, déchets-économie ciruclaire et assainissement, les compétences clé associées.
- Recherche d'interlocuteurs dans les métiers et rédaction de portraits,  ....
- Organisation d'évènements : conférences,  tables-rondes, ....

- Recherche de stage/emploi correspondant aux métiers visés :
  • identifier les annonces correspondant au(x) métier(s) visé(s),
  • décrypter les attentes d'une annonce,
  • rédiger un CV, une lettre de motivation tenant compte de ces attentes  dans le description de son parcours et motivations
BIO9011+ Création UE PPP Projet pré-professionnalisant 3 0 10 10 10 0 0 210 35 18 0 0 Marie-France.lafon 67 70 31 30 0 0
Avoir suivi le MOOC Gdp
Spécifiques :
Réalisation d'un diagnostic et/ou d'un audit pour apporter des conseils.
Application de la règlementation du secteur en matière de : qualité, hygiène, sécurité et environnement
Utilisation des outils du QSE (évaluation des risques et impact, diagnostics, ...)
Transversales :
Usages numériques
Exploitation de données à des fins d’analyse
Expression et communication écrites et orales
Positionnement vis à vis d’un champ professionnel
Maîtrise des différentes techniques d'information et de communication
- évaluation des risques chimiques
- évaluation des enjeux environnementaux et sécurité
- réalisation d'analyse environnementale
- réalisation d'analyse de risques sécurité
- réalisation d'étude déchets
- réalisation de bilans carbones
- réalisation de documents de sensibilisation (accueil, tri des déchets, sécurité, ...) sous format affiches, vidéos ou livrets
- rédaction de parties de dossier ICPE (dimensionnement incendie, évaluation du milieu et des risques, ...)
BIO9012+ Création UE Stage pro1 Stage professionnel M1 24 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 pascal.allemand 67 100 0 0 0

-Analyser les tableaux de bord,l'efficacité et/ou l'efficience des actions entreprises et améliorer les indicateurs de performance du système.

-Analyser ses actions en situation professionnelle, s'autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité

-Respecter les principes d'éthique,de déontologie et de responsabilité environnementale

Objectifs :

 Intégrer rapidement le contexte (historique, culturel), l'organisation, les métiers et les pratiques d’une entreprise, d'une collectivité ...

Mettre en pratique les compétences acquises pour mener à bien des missions professionnelles par :

      --> la compréhension des enjeux de celles-ci

      --> l’intégration des données/personnes/outils existant dans l’entreprise, facilitant leur mise en œuvre

 Présenter le résultat et permettre à l’organisme d'accueil de capitaliser sur ce qui a été réalisé

 Contenus :

Missions dans le domaine de l’environnement (eau, sol, déchets …), de la Sécurité, ou de l’HSE/QSE validées par l’ingénieur d’étude en charge des stages.

La réalisation des missions, avec un reporting fait auprès des tuteurs entreprise et ig2e et leur présentation/livraison auprès de l’entreprise/la collectivité, et de la formation : mémoire, soutenance, présentations lors des échanges tutueur entreprise/tuteur ig2e/étudiant.

BIO9101+ Création UE Démarche scientifique Démarche scientifique 3 0 15 5 10 20 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 67 50 31 50 0 0
connaissances et notions de base en biologie-écologie
Spécifiques pour la diagnose :
- Acquérir les concepts et la sémantique d’une culture scientifique environnementale
- Identifier et évaluer l’intérêt et la vulnérabilité des différents milieux vivants.
- Apprécier les effets des activités humaines sur les milieux naturels
- Etre capable de mettre en perspective des informations à portée environnementale et systémique


Spécifiques pour la partie sur l'air :
- Décrire l’atmosphère (différentes couches atmosphériques, leurs propriétés, …)
- Citer les sources et donner l’évolution des teneurs des principaux polluants atmosphériques
- Expliquer le devenir des polluants présents dans l’atmosphère (transport et réactivité)
- Comprendre l’impact environnemental de ces polluants à l’échelle locale, régionale et planétaire
- Choisir un dispositif approprié pour le suivi de ces polluants dans l’air
Diagnose :
- Cadre législatif des études d’environnement : champ d’action de l’écologue
- Notions et terminologies en écologie (notions de biosphère, écosystème, facteur écologique,...)
- Facteurs abiotiques (lumière, eau, climat,…)
- Facteurs biotiques (facteurs trophiques, productivité et production primaires, relations inter- et intraspécifiques,…)
- Flux d’énergie et cycle de la matière dans les écosystèmes et perturbation anthropique de ceux-ci (pollution
de l’air, effet de serre, changement climatique,…)
- Etude de cas, exemple de fonctionnement de quelques types de systèmes anthropisés (fonctionnement
d’un observatoire autoroutier, impact d’un grand barrage, fonctionnement d’un écosystème limnique)


Qualité de l'air :
Caractéristiques et composition de l’atmosphère,
Principales sources de polluants atmosphériques
Devenir de ces polluants dans l’atmosphère
Méthodes de mesure des polluants atmosphériques
Les réseaux de surveillance de la qualité de l’air
Les problèmes environnementaux à l’échelle locale, régionale et planétaire
Les méthodes de traitement des polluants de l’air
BIO9102+ Création UE Securité Sécurité et gestion des risques au travail 6 0 50 0 10 0 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :
- Connaitre les risques sécurité
- Comprendre et être capable de mettre en œuvre les méthodologies d’analyse et de gestion des risques  au poste de travail
- Identifier les différents domaines de risques et mobiliser les outils méthodologiques et opérationnels dans la mise en œuvre des procédures et le suivi de leur application
- Etude et évaluation des mesures de prévention et de protection et leurs coûts financiers

Transversales :

- Mobiliser les outils de diagnostics et d’analyse des risques et les adapter à une variabilité de situations
- Structurer et prioriser les actions pour anticiper les risques et mieux les maîtriser
Gestion des risques professionnels :
  • Analyses des risques
  • Gestion des accidents du travail et des maladies professionnelles
  • Identification des risques santé/sécurité au poste de travail (dont sécurité machine, ergonomie, risques chimiques, risques amiante, …)
  • Gestion, maîtrise et prévention de ces risques : facteurs techniques, organisationnels et humains
  • Identification, analyse et prévention des risques industriels (incendie, explosion, …)
Le référentiel MASE
BIO9103+ Création UE Risques indus. Risques industriels 3 0 20 0 10 10 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :
Connaitre les risques environnement et sécurité
Connaitre la réglementation relative aux risques environnement et sécurité
Savoir analyser, évaluer, hiérarchiser et mettre en place les outils de maitrise,  prévention et gestion des risques environnement et sécurité

-Identification, analyse et prévention des risques industriels (incendie, explosion, …)
-Analyses de risques dans les études des dangers
-Outils de modélisations
-Outils de prévention/gestion des risques

- Exemples et cas pratiques



 

BIO9104+ Création UE Manag.environ.2 Management environnemental 2 3 0 20 0 10 10 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :

- Connaître les référentiels ISO 9001 et ISO 45001

- Savoir mettre en place et faire vivre un Système de Management de la Qualité  et/ou de la Sécurité (SMS/SMQ)

- S’investir dans une démarche de management Intégré Qualité Sécurité Environnement (QSE) et  veiller sur le respect permanent des normes  

- Mettre en œuvre les orientations QSE définies par la direction 

- Rédiger et mettre en place des procédures, et en assurer le suivi

Management de la qualité  : les spécificités de l'ISO 9001

Management de la sécurité et de la santé au travail : les spécificités de l'ISO 45001

BIO9105+ Création UE Outils Outils législatifs et administratifs 3 0 24 0 6 0 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 01 50 05 50 0 0

Objectifs :

- Connaître, savoir interpréter, anticiper et intégrer à la stratégie d’entreprise le droit de l’environnement, le droit des personnels en Sécurité au travail
- Connaître l’environnement économique et juridique de l’entreprise, des collectivités, appréhender les techniques nécessaires aux fonctions de gestion, et les outils d’aide à la décision

Contenu :

- Comprendre les règles générales de droit, le rôle des différentes institutions au regard de l’élaboration et de l’application du droit (français, communautaire, international).

- Connaître les principales règles de gestion des entreprises et des collectivités : connaître l’environnement économique et juridique de l’entreprise/des collectivités, appréhender les techniques nécessaires aux fonctions de gestion, connaître des outils d’aide à la décision

 - Connaître les thématiques principales et les règles fondamentales du droit du travail et de l’environnement afin (1) d’identifier les réglementations HSE applicables à un organisme, (2) de faire la veille juridique HSE d’un organisme,(3) d’analyser la conformité réglementaire d’un organisme au regard des textes qui lui sont applicables pour anticiper et intégrer la réglementation à la stratégie d’entreprise et proposer des actions/projets de mise en conformité

BIO9106+ Création UE PPDD Politiques publiques et développement durable 3 0 9 0 21 0 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 23 50 24 50 0 0

Objectifs :

Capacités à définir les stratégies au sein des entreprises, des collectivités et des établissements publics, à concevoir, mettre en œuvre et évaluer les politiques par rapport aux critères du développement durable.

Connaître les enjeux d’une gestion durable des ressources (énergie, …), les outils de diagnostic et d’action.

En matière de politiques publiques , il s'agit de comprendre et d'analyser les politiques publiques environnement/développement durable, le jeu des acteurs associés : institutionnels, …), les stratégies du développement durable dans les négociations internationales et les politiques industrielles.

En matière de développement durable et d' éthique au travail, il s'agit de comprendre les notions de développement durable, de valeurs dans le monde de l’entreprise, connaître les objectifs et les procédures de mise en place de politiques de développement durable, de politiques RSE (Responsabilité Sociétale des Entreprises) et être capable d’intégrer ces notions dans son propre mode de management

BIO9107+ Création UE Option Tech. Optionnelle Technique 6 0 40 12 8 10 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 67 50 35 50 0 0

Cette UE, destinée plus spécifiquement aux étudiants ayant un projet professionnel orienté vers des métiers nécessitant des compétence techniques plus poussées,  vise (1) à approfondir les connaissances dans des domaines déjà abordés lors de la première année de master ou du cursus antérieur, (2) à acquérir des bases de Géotechnique et connaitre les techniques géophysiques utilisées couramment pour l'environnement, et (3)  à utiliser et maitriser les outils de SIG.

1) Afin d'approfondir les enseignements des UE environnementalistes (SSP, Gest Trait Eau ou Déchets) : 
Il s'agit de travailler à partir
de cas pratiques fournis par un/des professionnels afin d'établir des diagnostics, proposer des solutions techniques compatibles avec la réglementation et les meilleures technologies disponibles dans ces différents domaines

2) Les enseignements concernent

a- les principes de la télédétection afin d'être capable d'appréhender des images hyperspectrales et de les interpréter dans le cadre d'application à la surveillance de la végétation.
- la mécanique des sols et les différentes caractéristiques physiques afin de modéliser et prédire les phénomène de tassements et le comportement mécanique ultérieur.

- Les méthodes de prospection géophysique (avantage et limites) pour l'investigation du sous-sol.

3) Les objectifs des enseignements concernant  la cartographie et le SIG sont de comprendre le fonctionnement d’un outil de cartographie, d’être capable d’utiliser et de construire un SIG autour d’une problématique environnementale simple. Sont abordées plus précisément les connaissances de base des projections cartographiques, les bases de données géoréférencées, l’utilisation d'un SIG (outils de requêtes spatiales et attributaires, outils de jointures, outils de fusion) et la construction d'un SIG autour d'un problème environnemental.



BIO9108+ Création UE Option Manag. HSE Optionnelle Management HSE 6 0 40 12 8 10 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :

- Savoir intégrer les Systèmes de Management de la Qualité (SMQ), de la Santé-Sécurité au Travail (SMSST) et de l'Environnement (SME)

- Faire vivre un SMI (système de management intégré)

- S’investir dans une démarche de management Intégré Qualité Sécurité Environnement (QSE) et  veiller sur le respect permanent des normes  

- Mettre en œuvre les orientations QSE définies par la direction 

- Rédiger et mettre en place des procédures, et en assurer le suivi

- Savoir planifier et réaliser des audits intégrés

Intégration des systèmes QSE

Autres référentiels

Retour d'expériences en management QHSE

Approfondissement des outils et Techniques d’audit - Application par mise en situation d'audit

BIO9109EC1+ Création UE ECUE S4 ERIU Projet professionnel M2 3 0 20 10 0 15 0 210 35 18 0 0 pascal.allemand
BIO9109EC2+ Création UE ECUE 2 S4 ERIU Apprentissage de l'entreprise M2 27 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 pascal.allemand
BIO9110+ Création UE Stage pro 2 Stage professionnel M2 24 0 0 0 0 0 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 67 80 31 20 0 0

-Analyser les tableaux de bord,l'efficacité et/ou l'efficience des actions entreprises et améliorer les indicateurs de performance du système.

-Analyser ses actions en situation professionnelle, s'autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité

-Respecter les principes d'éthique,de déontologie et de responsabilité environnementale

Objectifs :

 Intégrer rapidement le contexte historique, culturel et les pratiques d’une entreprise, d'une collectivité etc.

Mettre en pratique les compétences acquises pour mener à bien des missions professionnelles par :

      --> la compréhension des enjeux de celles-ci

      --> l’intégration des données/personnes/outils existant dans l’organisme d'accueil, facilitant leur mise en œuvre 

Présenter le(s) résultat(s) et permettre à l’entreprise de capitaliser sur ce qui a été réalisé

 Contenus :

organisation et réalisation des missions confiées dans le domaine de l’environnement (eau, sol pollués, déchets/économie circulaire …), de la Sécurité, ou de l’HSE

La réalisation des missions, avec un reporting fait auprès des tuteurs entreprise et ig2e et leur présentation/livraison auprès de l’entreprise et de la formation : mémoire, soutenance, documents de suivi des missions, présentations lors des échanges tutueur entreprise/tuteur ig2e/étudiant.

BIO9111+ Création UE insertion pro Insertion professionnelle et projet 6 0 20 40 0 0 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 67 80 31 20 0 0

Objectifs : 

Intégrer le contexte historique, culturel et les pratiques d’une entreprise, collectivité etc., en comprendre l'organisation, les interfaces et les métiers/missions exercées .

Mettre en pratique les compétences acquises pour conduire des missions professionnelles de longue durée par :

-la compréhension des objectifs et enjeux de celles-ci

-la progression dans l’efficacité de réalisation, notamment grâce à la durée d’immersion en entreprise

- l’intégration des données/personnes/outils existant dans l'organisme d'accueil, facilitant leur mise en œuvre

 Présenter le résultat et permettre à l’entreprise de capitaliser sur ce qui a été réalisé 

Contenus :

Missions dans le domaine de l’environnement (eau, sol, déchets …), de la Sécurité, ou de l’HSE.

La réalisation des missions est suivie, planifiée, grâce à un reporting fait auprès des tuteurs entreprise et ig2e.

Ce suivi permet une éventuelle progression/réorientation, notamment lors des entretiens avec le tuteur entreprise et à l’occasion de(s) visite(s) du tuteur ig2e

Leur présentation/livraison auprès de l’entreprise et/ou collectivité et de la formation : mémoire, soutenance, présentations lors de réunions en entreprise …
BIO9200+ Création UE Préparation remédiation Préparation et remédiation 0 0 18 18 0 0 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 31 50 67 50 0 0
Spécifiques :
Savoir réaliser des calculs de concentrations et de quantités de matières
Savoir utiliser le matériel de laboratoire à bon escient
Savoir préparer des solutions de concentrations connues avec rigueur
Savoir effectuer des dilutions
Remise à niveau selon le profil de l'apprenant :
Chimie : calculs de concentration / quantité de matière, dilution, écriture des réactions chimiques, les différentes familles de composés, ...
Science du vivant
Introduction à l'environnement
BIO9203+ Création UE Microbiologie Microbiologie appliquée à l'environnement 3 0 18 5 12 0 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 67 100 0 0 0

Le rôle des micro-organismes dans le fonctionnement des écosystèmes et leur utilisation en tant que bio-indicateurs abordé dans cette UE permet

-  d'appréhender la diversité fonctionnelle du monde microbien

-  de présenter le rôle des microorganismes la transformation de composés organiques et de comprendre le rôle des microorganismes dans le devenir de substances polluantes

Les TP-TD permettent d'illuster l'utilisation des microorganismes à des fins de dépollution, d'aborder la notion de bioindicateurs. Les techniques d’analyses microbiologiques de dénombrement et d’identification des indicateurs bactériens de contamination d’une eau sont mises en oeuvre en utilisant une installation pilote de traitement de l'eau.
BIO9204+ Création UE Compléments scientifiques Compléments scientifiques 3 0 15 5 10 0 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 67 100 0 0 0
Spécifiques :
savoir calculer en tout point d’un réseau la vitesse et la pression de l’eau, pour des écoulements en charge.
savoir calculer les pertes de charge linéaires et singulières dans un réseau, et les hauteurs nettes d’élévation des pompes.
L'objectif de cet enseignement est de :
- Comprendre les bases de l’hydrostatique (notamment pression et poussée dans un réservoir ou un barrage)
- Comprendre les bases de l’hydraulique en charge (écoulements en conduites industrielles, réseaux d’eau potable, notions de pertes de charge linéaires et singulières)
- Comprendre les bases du fonctionnement d’une pompe (circuit de pompage, couplage de pompes, turbo-pompes).
Le programme de l'UE est :
Rappels préliminaires (définitions, caractéristiques physiques des liquides, cavitation)
Hydrostatique : principe fondamental, pression absolue et relative, forces de pression
Hydrodynamique : le théorème de Bernoulli et ses applications
Hydrodynamique : calcul des  pertes de charges linéaires et singulières
Hydrodynamique : fonctionnement d’une pompe dans un réseau
BIO9205+ Création UE Eau Traitement de l'eau 6 0 50 15 0 0 0 210 35 18 0 0 agnes.richaume 67 80 31 20 0 0
Spécifiques :
Savoir différencier et comprendre le traitement des stations d’épuration ; files eaux et boues
Avoir des repères  sur l’adéquation  entre la filière de traitement à installer et les objectifs de traitement demandés.
Etre critique vis à vis de l’exploitation courante d’une installation de traitement des eaux usées
Etre capable d’analyser un dysfonctionnement sur une filière de traitement et d’identifier son origine.

L’objectif est de permettre la maîtrise des principales réglementations associées au domaine de l’eau/assainissement, de la mesure/diagnostic, à mise en œuvre des mesures de gestion et  technologies de traitements associées, d’acquérir les connaissances nécessaires pour aider un maître d’ouvrage, de développer l’esprit d’analyse et l’esprit critique face aux stratégies mises en œuvre dans ces domaines.

 Contenus :

- les techniques de caractérisation, de mesure et de diagnostic

-les filières de traitements des eaux résiduaires et les différentes étapes du traitement, les problématiques de l’assainissement pour les collectivités territoriales,

-les filières extensives de traitement des eaux usées domestiques (bases de fonctionnement et de dimensionnement, performances, gestion et coût des systèmes).

-l’assainissement non collectif, les techniques alternatives appliquées aux eaux pluviales, l’exploitation des réseaux d’assainissement

BIO9206+ Création UE Déchets/Sols pollués Etude et gestion : sols pollués, déchets-économie circulaire 6 0 50 15 0 0 0 210 35 18 0 0 pascal.allemand 67 80 31 20 0 0

-Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux,les problématiques et la complexité d'une demande ou d'une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

-S'adapter en permanence  aux nouvelles réglementations et aux différents projets

Objectifs :

L’objectif est de permettre la maîtrise des principales réglementations associées au domaine des déchets/économie circulaire et des sites et sols pollués, la mise en œuvre des méthodologies de caractérisation/de diagnostic et les technologies de traitements associées, d’acquérir les connaissances nécessaires pour aider un maître d’ouvrage, de développer l’esprit d’analyse et l’esprit critique face aux stratégies mises en œuvre dans ces domaines. 

Contenus :

Sont abordés dans le domaine des sites et sols pollués :

- Connaître la place et l’importance du diagnostic dans les démarches de gestion des sites et sols pollués (SSP), le déroulement d’un diagnostic (sécurité, étude documentaire, investigations de terrain, interprétation),  étape par étape,

- Connaître les différentes techniques liées à la reconnaissance des sols, des eaux souterraines et superficielles, de l’air du sol et de l’air ambiant (forages, échantillonnage, analyses, etc),

- Comprendre la notion de risque et les enjeux et conséquences liés à la réalisation d’une étude SSP

- le transfert des polluants dans les sols et les nappes

- les méthodes de dépollution

 Sont abordés dans le domaine des déchets et de l'économie circulaire :
- Les principes de l''économie circulaire et de la fonctionnalité

- Le cadre réglementaire, les typologies et nomenclature déchets, les filières REP

- La prévention, la collecte et la gestion - les grandes lignes et enjeux sur un territoire, intégrant des notions de prévention/économie circulaire/fil

- Les procédés de tri, valorisation et traitement

 Ces thèmes font l’objet de retours d’expérience.

BIO9207+ Création UE Outils pour enviro Outils pour l'environnement 6 0 50 15 0 0 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 67 100 0 0 0
Statistiques :
-    Savoir-faire : mener le recueil des données
-    Savoir-faire : mener une étude descriptive des données (résumé numérique, graphiques)
-    Savoir-être : être critique vis à vis des données, détecter les valeurs aberrantes, valider les données,
-    Savoir : évaluer la significativité des observations, connaître les fluctuations d’échantillonnage et autres erreurs
-    Savoir-faire : utiliser des modèles statistiques simples (tests, régression linéaire)
-    Savoir-faire : rédiger une étude statistique avec une mise en forme qui valorise les données
Gestion de Projet :
-    Savoir-faire : maîtriser les compétences clé de la gestion de projet, afin de les mettre en pratique dans le cadre des projets tutorés et des missions en entreprise
-    Savoir-faire : Identifier les différents profils de projet en entreprise
-    Savoir-être : Organiser des réunions efficaces
-    Savoir-faire : Maîtriser le cycle de projet et gérer les risques
-    Savoir-faire :Définir les lots et les responsabilités
-    Savoir-faire :Budgéter et piloter le projet
Au sein de cet Ue, seront dispensés les enseignements de statistiques et de gestion de projet.

Statistiques :
  • Place de l’outil statistique : intérêt et nécessité dans l’analyse et l’exploitation des données. Principaux indicateurs.
  • Lois usuelles.
  • Indicateurs de symétrie et d’aplatissement.
  • Intervalles de confiance.
  • Détection des valeurs aberrantes à travers plusieurs méthodes.
  • L’échantillonnage : les différents types et les critères de choix.
  • Description d’une série statistique : choix des graphes pertinents, des indicateurs et mise en œuvre.
  • Résumés numériques.
Gestion de projet :
  •  Notions fondamentales : Qu’est-ce qu’un projet ? -- Les organigrammes projets -- Les profils de projet -- La dualité projet-opérations -- Coût global et investissement -- Le pilotage et la gouvernance des projets
  •   L'essentiel pour démarrer un projet : Les parties prenantes du projet -- Matrice SWOT -- Etre efficace en équipe avec le PDCA -- Animation et efficacité des réunions -- La répartition des tâches -- Jalonner un projet et l'effet tunnel
  • Outils avancés : Les lots et les responsabilités  -- La matrice RACI -- La planification -- Le montage global d'un projet -- Le cycle de projet et les méthodes agiles
  • Gestion des risques : Définir efficacement les objectifs d'un projet  -- Identifier les menaces  -- Prioriser les risques  -- Prévenir et analyser les risques d'un projet  -- Management, les bons comportements  -- Assurer un suivi des risques
 
BIO9208+ Création UE Sécurité Réglementation Sécurité, gestion des risques, réglementation 9 0 80 10 0 0 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 70 31 30 0 0
Spécifiques :
Connaitre les risques environnement et sécurité
Connaitre la réglementation relative aux risques environnement et sécurité
Savoir analyser, évaluer, hiérarchiser et mettre en place les outils de maitrise,  prévention et gestion des risques environnement et sécurité



Transversales :
  • Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation
  • Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s’adapter et prendre des initiatives.
  • Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
  • Bases de gestion des risques (y compris risques au travail, risques industriels et risques naturels)
  • Identification, analyse et gestion des risques santé/sécurité au poste de travail (dont ATEX, risque chimique, sécurité machine, ergonomie…)
  • Risque incendie :  les modalités d’identification, de prévention et de protection associées
  • Réglementations importantes liées à la sécurité du travail, aux ICPE, à la gestion des produits dangereux
  • Evaluation des risques chimiques
  • Bases des systèmes de management
BIO9209+ Création UE Projet tutoré Projets tutorés pré-professionnalisant 6 0 15 0 0 0 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 80 31 20 0 0
Avoir suivi l'enseignement de Gestion de Projet
Spécifiques :
Réalisation d'un diagnostic et/ou d'un audit pour apporter des conseils.
Application de la règlementation du secteur en matière de : qualité, hygiène, sécurité et environnement
Utilisation des outils du QSE (évaluation des risques et impact, diagnostics, ...)
Transversales :
Usages numériques
Exploitation de données à des fins d’analyse
Expression et communication écrites et orales
Positionnement vis à vis d’un champ professionnel
Maîtrise des différentes techniques d'information et de communication
- évaluation des enjeux environnementaux et sécurité
- réalisation d'analyse environnementale
- réalisation d'analyse de risques sécurité
- réalisation d'étude déchets
- réalisation de bilans carbones
- réalisation de documents de sensibilisation (accueil, tri des déchets, sécurité, ...) sous format affiches, vidéos ou livrets
BIO9210+ Création UE Stage Stage en milieu professionnel 15 0 15 0 0 0 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 67 80 31 20 0 0
Spécifiques :
  • Appliquer les connaissances et compétences acquises dans le contexte professionnel
  • Intégrer les contextes (historique, culturel), l'organisation, les métiers et les pratiques d’une entreprise, d'une collectivité ...
  • Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s’adapter et prendre des initiatives. 
  • Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.
  • Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
  • Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique
  • Présenter le résultat et permettre à l’entreprise de capitaliser sur ce qui a été réalisé
Transversales :
  • Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.
  • Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
  • Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
  • Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

- Missions dans le domaine de l’environnement (eau, sol, déchets …), de la Sécurité, ou de l’HSE/QSE validées par l’ingénieur d’étude en charge des stages

- Reporting fait auprès des tuteurs entreprise et ig2e

- Présentation des résultas acquis et des compétenses acquises : mémoire et soutenance

BIO9211+ Création UE Projet tutoré Application de la gestion de projet 6 0 10 0 0 0 0 210 35 18 0 0 marie-france.lafon 67 80 31 20 0 0
Spécifiques :
Connaissances métier
Transversales :
Réaliser un CV, une  lettre de motivation, une réponse à annonces, des candidatures spontanées
Communiquer par oral et par écrit, de façon claire et non-ambiguë, dans au moins une langue étrangère.
Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder. 
Caractériser et valoriser son identité, ses compétences et son projet professionnel en fonction d’un contexte.
Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s’adapter et prendre des initiatives.
Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique.
- Les métiers de technicien en environnement-pollution des sols, déchets-économie ciruclaire et assainissement, les compétences clé associées.
- La recherche d'interlocuteurs dans les métiers et l'organisation de portraits, conférences,  tables-rondes, ....

- La recherche de stage/emploi correspondant aux métiers visés :
  • identifier les annonces correspondant au(x) métier(s) visé(s),
  • décrypter les attentes d'une annonce,
  • rédiger un CV, une lettre de motivation tenant compte de ces attentes  dans le description de son parcours et motivations
BIO9212+ Création UE Période en milieu pro Missions en milieu professionnel 15 0 20 0 0 0 0 210 35 18 0 0 corinne.ferronato 67 80 31 20 0 0
Spécifiques :
  • Appliquer les connaissances et compétences acquises dans le contexte professionnel
  • Intégrer les contextes (historique, culturel), l'organisation, les métiers et les pratiques d’une entreprise, d'une collectivité ...
  • Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s’adapter et prendre des initiatives. 
  • Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.
  • Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
  • Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique
  • Présenter le résultat et permettre à l’entreprise de capitaliser sur ce qui a été réalisé
Transversales :
  • Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.
  • Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation.
  • Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
  • Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.

- Missions dans le domaine de l’environnement (eau, sol, déchets …), de la Sécurité, ou de l’HSE/QSE validées par l’ingénieur d’étude en charge des stages

- Reporting fait auprès des tuteurs entreprise et ig2e

- Présentation des résultas acquis et des compétenses acquises : mémoire et soutenance

BIOstage1CGG+ Création UE Stage de découverte stage de découverte du milieu professionnel 9 0 0 3 0 0 0 210 35 18 0 0 gaetan.lesca charles.edery 47.04 0 0 0 0

-  Connaître toutes les composantes du métier de conseiller en génétique et médecine prédictive (CGMP)

-  Connaître les sites d’exercice en termes de spécialités et compétences

-  Exercer en situation réelle avec une tutrice ou un tuteur

-  Gérer toutes les phases d’une consultation de conseil génétique

-  Connaître l’exercice CGMP dans toutes les spécialités médicales (adulte, enfant, DPN)

-  Savoir appliquer les réglementations éthiques (gestion des documents nécessaires)

-  Savoir gérer une réunion de RCP (recommandations suite à consultation)

-  Connaître les bases d’une expérimentation en recherche clinique

Stage plein temps de deux mois en milieu professionnel avec si possible mi-temps en clinique et mi-temps en laboratoire

 

BIOstage2CGG+ Création UE Stage bio à clinique Stage de la biologie à la clinique 9 0 0 3 0 0 0 210 35 18 0 0 jerome.lamartine 47.4 60 65 40 0 0
- Utiliser les technologies de génétique moléculaire
- Maitriser les différentes techniques et méthodologies spécifiquement employées en diagnostic moléculaire des maladies génétiques
- Communiquer par oral et par écrit, en français ou en anglais
- Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité
- Respecter les principes d’éthique, de déontologie
Le stage  "de la biologie à la clinique"  se déroule en milieu professionnel (Centre de diagnostic prénatal, laboratoire ou service hospitalier de génétique, oncogénétique, cytogénétique médicale, biologie moléculaire ou plate forme de génomique médicale). Il vise à aborder par la pratique des thématiques biologiques étudiées dans les enseignements du S1 et S2 du parcours conseiller en génétique (génétique moléculaire, cytogénétique, diagnostic prénatal, onco ou neuro-génétique, médecine génomique).