Bases de données pour la bioinformatique : Fiche UE : Offre de formation

Domaine : Masters du domaine SCIENCES ET TECHNOLOGIES
Diplôme : Master
Mention : Bio-informatique
Parcours : M2 Bio-informatique moléculaire: méthodes et analyses
Unité d'enseignement : Bases de données pour la bioinformatique

Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : INF1151M
UE Libre pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours

Responsabilité de l'UE :

DUCHATEAU FABIEN

fabien.duchateauuniv-lyon1.fr

04.72.44.58.25

Type d'enseignement

Nb heures *

Cours Magistraux (CM)

10.5 h

Travaux Dirigés (TD)

7.5 h

Travaux Pratiques (TP)

12 h

Durée de projet en autonomie (PRJ)

0 h

Durée du stage

0 h

Effectif Cours magistraux (CM)

210 étudiants

Effectif Travaux dirigés (TD)

35 étudiants

Effectif Travaux pratiques (TP)

18 étudiants

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

Pré-requis :

Bases de la programmation en Python (UE POO du M1 Bioinformatique)

Compétences attestées (transversales, spécifiques) :

Modélisation et conception de bases de données

Différentes catégories de base de données :

- modèle relationnel + langage d'interrogation SQL

- modèle arbre (XML) + langages d'interrogation XPath / Xquery

- modèle document (JSON) + langage d'interrogation de MongoDB

- modèle graphe (RDF) + langage d'interrogation SPARQL

Intégration de données

Programme de l'UE / Thématiques abordées :

L'objectif de l'UE BDBIO est de présenter différents modèles de données (relationnel, arbre, graphe, document) ainsi que les langages d'interrogation qui permettent de manipuler les données stockées. L'UE se termine par un introduction à l'intégration de données, qui consiste à fournir un accès uniforme à des données hétérogènes généralement représentées par des modèles différents. Un mini-projet permet de mettre en pratique ces aspects intégration sur les modèles étudiés.

Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :

Date de la dernière mise-à-jour : 20/10/2022