Université Lyon 1
Université de Lyon
Arqus
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  • Domaine : Masters du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Master
  • Mention : Biochimie - biologie moléculaire
  • Parcours : Biochimie structurale et fonctionnelle
  • Unité d'enseignement : Introduction à la biologie des systèmes
Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : BCH1011M
UE Obligatoire pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
RICARD-BLUM SYLVIE
 sylvie.ricard-blumuniv-lyon1.fr
04.72.44.82.32
    Contact scolarité :
BENKADOUR CHRYSTELL
 chrystell.benkadouruniv-lyon1.fr
04.72.43.29.59
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
21 h
Travaux Dirigés (TD)
9 h
Travaux Pratiques (TP)
0 h
Total du volume horaire
30 h

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Conditions d'accès à l'UE :
Licence Sciences et Technologies mention Biochimie ou Biologie ou niveau équivalent
    Programme - Contenu de l'UE :

Objectifs : Cette UE est une introduction à la biologie des systèmes qui étudie les systèmes complexes et leurs propriétés. L' exemple choisi pour montrer les différences entre une approche réductionniste et une approche systémique est celui des interactions biomoléculaires. En effet de nombreuses biomolécules exercent leur fonction en interagissant avec d'autres molécules. L'étude des interactions est donc une étape indispensable, après le séquençage du génome humain et parallèlement à l'exploration du protéome, pour élucider les mécanismes de nombreux processus biologiques. Cette UE abordera les différents aspects des interactions (définition, caractérisation, rôles biologiques) ainsi que l'intégration des données obtenues à l'échelle d''un organisme pour établir des réseaux d'interactions (interactomes) fonctionnels et dynamiques.

 

- Les interactions moléculaires : rôles structuraux et biologiques, caractérisation (cinétique, affinité, thermodynamique)

- Les méthodes d’étude des interactions : rappels sur les méthodes bas débit, les méthodes haut débit (rappel sur la méthode du double hybride étudiée dans une autre UE obligatoire du M1, TAP-MS, LUminescence-based Mammalian intERactome, Protein Complementation Assay, Bimolecular fluorescence complementation

- Prédictions des interactions à grande échelle (in silico)

- bases de données d’interactions, curation, vocabulaire contrôlé, ontologies

- La biologie des systèmes, approche globale versus approche réductionniste, les systèmes complexes et les propriétés émergentes, systèmes multi-échelles, dynamique spatio-temporelle des systèmes biologiques,

- Les différents types de réseaux

- Contextualisation des réseaux d’interactions (intégration de données)

- Analyse topologique, structurale et fonctionnelle des réseaux d’interactions basée sur des exemples de réseaux d’interactions protéine-protéine

 

Travaux Dirigés 

- Curation d’un article décrivant des interactions identifiées expérimentalement par plusieurs méthodes

- Interrogation de bases de données d'interactions

- Construction de réseaux d'interactions à partir des données extraites de la curation de la littérature et des bases de données

- Analyses topologique, structurale et fonctionnelle des réseaux d’interactions à l’aide de Cytoscape et de ses applets

 

    Compétences acquises :
Méthodologiques :
Les connaissances acquises par les étudiants concerneront les interactions non covalentes, les méthodes d''étude nécessaires à leur caractérisation, leur implication tant sur le plan fondamental (rôle biologique) que sur le plan biotechnologique (utilisation pour la conception de médicaments). L'intégration des données obtenues dans des systèmes biologiques ainsi que leur utilisation pour établir des cartes d''interaction et définir des réseaux fonctionnels permettront aux étudiants de se familiariser avec le concept de biologie intégrative. Compétences méthodologiques : connaissance des différentes méthodes utilisées pour étudier les interactions y compris celles qui sont applicables à haut débit, utilisation des bases de données pour trouver des informations sur les interactions établies par une biomolécule donnée, "lecture" et interprétation des cartes d''interactions.

Techniques :
cf. le programme de l'UE
    Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2020-2021:
TypeLibelléNatureCoef. 
CTContrôle TerminalCT : Biologie de systemesEcrit session 1 / Ecrit session 23
    Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Date de la dernière mise-à-jour : 06/05/2020
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