L'Université Lyon I propose une formation approfondie en microbiologie à travers les niveaux L2 et L3 en Sciences de la Vie, offrant une trajectoire complète pour les étudiants visant une carrière en recherche, en industrie ou en biotechnologie. Cette formation couvre tous les microorganismes, des virus, bactéries et champignons jusqu’aux protistes.
L'année de Licence 3 en Sciences de la Vie, parcours Microbiologie à l'Université Lyon I, propose une série d'unités d'enseignement spécialisées qui approfondissent et élargissent la formation reçue au niveau L2, offrant aux étudiants une préparation complète pour des carrières en recherche et en industrie. L'UE Microbiologie 2 (BIO3029L) approfondit les connaissances fondamentales en explorant les mécanismes d'adaptation des microorganismes (bactéries, champignons, protistes), notamment leur capacité à interagir avec leur environnement via les processus de sécrétion, la mobilité, le quorum sensing ou des modifications de structures pariétales. Des exemples de stratégies infectieuses développées par ces différents microorganismes sont abordés, illustrant la diversité des mécanismes d’adaptation à un hôte. L’importance des microbiotes, leurs méthodes d’étude et leurs rôles sont présentés, mettant en exergue les interactions entre microorganismes. Les travaux pratiques et dirigés permettent d’acquérir des compétences en taxonomie bactérienne et fongique. La formation s'étend également au domaine viral avec l’UE Virologie et Monde Vivant (BIO3147L), qui dévoile non seulement la fascinante diversité des virus, mais aussi leurs applications prometteuses en biotechnologie, notamment dans la thérapie génique et la conception de différents vaccins, ainsi que leur utilité face aux épidémies et pandémies. Ce dernier point est d’une importance cruciale dans un monde où des adultes ont souvent davantage d’attrait pour les opinions et interprétations que pour les faits. Pour une immersion plus profonde, évolutive et transversale dans l'univers microbien, mais également pour mieux comprendre les besoins des micro-organismes et comment les cultiver, l’UE Voyage au Cœur des Cellules Microbiennes (BIO3151L) permet aux étudiants de décrypter les processus métaboliques qui expliquent la diversité microbienne et la remarquable versatilité des microorganismes dans tous les biotopes, jusqu’aux plus extrêmes. Les travaux pratiques de cette UE permettent de mettre en évidence des concepts souvent considérés comme abstraits et/ou difficiles par les étudiants (par exemple : la respiration, le transport, la sécrétion). Durant le 1er semestre, les étudiants suivent l'UE de Biologie cellulaire (BIO3003L) pour approfondir leurs connaissances fondamentales en biologie des cellules, en mettant l'accent sur les voies de signalisation intracellulaire et le cycle cellulaire. Ceci est indispensable si ceux-ci souhaitent s’orienter dans le domaine de l’infectiologie. Cette UE explore les mécanismes complexes par lesquels les cellules reçoivent et transmettent des signaux pour réguler des processus essentiels tels que la division cellulaire, la croissance et la réponse aux stimuli environnementaux. Elle aborde également les méthodes de culture cellulaire, d'immunohistochimie et d'immunofluorescence, permettant aux étudiants de localiser des protéines spécifiques dans les tissus et les cellules et d'observer des processus intracellulaires en temps réel. Ces compétences sont renforcées par des travaux pratiques qui incluent des techniques avancées de microscopie et des expérimentations directes sur des cultures cellulaires, offrant une compréhension pratique et détaillée des dynamiques cellulaires au niveau moléculaire. L'UE Méthodes et Techniques de Microbiologie Moléculaire (BIO3152L), placée stratégiquement par l'équipe pédagogique au premier semestre de L3, permet aux étudiants d'acquérir les connaissances sur l’expression génique et la production des protéines, ainsi que l’utilisation et la manipulation des plasmides, outils essentiels permettant de modifier génétiquement les microorganismes pour leur conférer de nouvelles fonctions. Cette UE se distingue par son approche approfondie du clonage moléculaire et de la construction de plasmides, incluant des techniques de pointe comme le clonage Gibson. Les étudiants développent des compétences pratiques à travers un projet de construction plasmidique utilisant le logiciel Snapgene, et apprennent à naviguer dans les bases de données pour la recherche de séquences ADN à partir de séquences protéiques. Les projets finaux, présentés devant la promotion par les étudiants, combinent recherche bioinformatique, analyse bibliographique en anglais, compétences en présentation orale et travail d'équipe. Un accent particulier est mis sur la rédaction scientifique, avec un TD dédié en anglais et en français. Le niveau de maîtrise des techniques de modification plasmidique acquis par les étudiants à l'issue de cette UE dépasse significativement celui obtenu dans la majorité des formations équivalentes en France. L'UE introduit également les concepts de biologie de synthèse et d'ingénierie moléculaire. Cette UE est essentielle pour aborder sereinement les UEs du second semestre de génétique microbienne. L'aspect appliqué est aussi particulièrement développé dans l’UE Biotechnologies et Microbiologie Industrielle (BIO3125L) qui s'intéresse à l'emploi des microorganismes naturels ou génétiquement modifiés en vue de fabriquer de nouveaux produits d'intérêt pour la société. Les cours traitent des différents domaines d'application des fermentations microbiennes utilisées par les industries agro-alimentaires, pharmaceutiques ou chimiques (biocarburants). Les travaux dirigés permettent d'illustrer les questions relatives aux biotechnologies des microorganismes comme : l'étude des différents systèmes d'expression de protéines recombinantes, l'amélioration des milieux et conditions de cultures pour optimiser la croissance des microorganismes ou la production de métabolites/protéines, et l'utilisation d'un bioréacteur. Les travaux pratiques, réalisés sous la forme d’un mini-stage de recherche de 30 heures consécutives, ont pour objectifs de rechercher des micro-organismes de l'environnement tels que des bactéries ou des champignons produisant et secrétant naturellement des activités enzymatiques à potentiel industriel (xylanases, protéases...) ou bien des métabolites antimicrobiens en vue d'une application pharmaceutique. Enfin, des analyses biochimiques complémentaires sont effectuées pour caractériser et valider le potentiel des activités enzymatiques ou antimicrobiennes découvertes par les étudiants. L'UE Dynamique des gènes et des génomes (BIO3120L) vient compléter cet ensemble en offrant une vision intégrée de la génétique moderne. Cette UE, de 6 ECTS, associant des cours magistraux et de nombreux TDs d’application (dont un groupe en anglais pour les étudiants volontaires), tisse des liens entre les différentes échelles du vivant, des mécanismes moléculaires aux applications en santé. Les étudiants y découvrent comment la compréhension des processus génétiques, de la réparation de l'ADN aux transferts horizontaux, éclaire notre vision de l'évolution des génomes. Cette approche assure que les étudiants acquièrent une compréhension approfondie de la génétique fonctionnelle à un niveau macroscopique chez les vertébrés et à un niveau microscopique chez les modèles microbiens, faisant de cette UE une partie cruciale de leur formation théorique en génétique générale et appliquée. L'UE Écologie Microbienne (BIO3012L) examine les interactions écologiques des microorganismes, mettant en évidence leur rôle dans l'environnement naturel et les systèmes artificiels. Les thèmes comme la symbiose, la compétition et l'adaptation sont explorés, permettant aux étudiants de comprendre comment les microorganismes influencent et sont influencés par leurs écosystèmes. L’UE Approches expérimentales en génétique microbienne (BIO3153L), entièrement dédiée aux travaux pratiques, est programmée au second semestre de L3 pour s'appuyer sur les compétences acquises dans l'UE Méthodes et Techniques de Microbiologie Moléculaire, dispensée au premier semestre. Cette progression pédagogique est conçue pour que les techniques étudiées dans l’UE BIO3152L enrichissent directement les travaux pratiques de l’UE BIO3153L. Dans cette UE, les étudiants approfondissent leurs connaissances pratiques en génétique microbienne à travers 75 heures de travaux pratiques, équivalant à 9 ECTS, en étudiant Escherichia coli et Saccharomyces cerevisiae. Cette séquence d'apprentissage est optimale pour les spécialités en sciences de la vie et microbiologie, offrant une formation approfondie et exigeante, insistant sur la rigueur expérimentale et les stratégies d’analyse génétique.
Le parcours Microbiologie de L3 propose aussi cinq Unités d'Enseignement (UE) optionnelles en L3 Microbiologie, chacune offrant des spécialisations distinctes adaptées aux intérêts et aspirations professionnelles des étudiants. L’UE Stage en conduite de projet (BIO3008L) développe des compétences pratiques en gestion de projet à travers un stage, permettant aux étudiants de renforcer leur capacité à analyser des problèmes, mettre en œuvre des solutions, et présenter leurs résultats de manière structurée. L'UE Microbiologie environnementale et sanitaire (BIO3126L) explore le rôle des microorganismes dans les processus environnementaux et leur impact sanitaire, avec des travaux pratiques sur le traitement biologique des eaux usées et l'analyse sanitaire. Cette UE a également pour vocation à aider les étudiants dans leurs choix futurs de poursuite en master en donnant un éclairage sur les différents masters portés par l'établissement, ainsi que leurs débouchés professionnels. L'UE Introduction à l'infectiologie (BIO3119L) se distingue par son approche pédagogique innovante qui fusionne des enseignements théoriques en pédagogie inversée avec de la pédagogie de projet via la conception et la réalisation d’une exposition destinée au grand public. Cette UE adopte une méthode intégrée qui, en plus des connaissances scientifiques, aborde les dimensions historiques, économiques, politiques et socio-culturelles des maladies infectieuses, offrant ainsi un cadre d'apprentissage multidimensionnel. En outre, les étudiants sont impliqués dans l'organisation d’une conférence suivie d’une table ronde à l’occasion du vernissage de l’exposition, leur permettant ainsi de développer des compétences en communication scientifique et en coordination, tout en favorisant l'interaction entre académiques, professionnels de la santé et le public. Cette approche holistique souligne l'importance de l'engagement public et de la communication efficace dans le domaine de l'infectiologie. L'UE Interactions entre macromolécules (BIO3079L) vise à approfondir les connaissances sur le rôle fondamental des interactions entre macromolécules, notamment les interactions protéine-protéine, protéine-acide nucléique, acide nucléique-acide nucléique et protéine-lipide. Elle permet également d’explorer les approches méthodologiques et techniques utilisées pour les étudier. La moitié de l'UE est consacrée à des travaux pratiques, au cours desquels les étudiants apprennent à sélectionner les outils les plus adaptés pour analyser et résoudre des problématiques scientifiques liées aux interactions protéines/protéines dans divers microorganismes. Grâce à cette UE, les étudiants renforcent leurs bases en biochimie, essentielles à la recherche en microbiologie moléculaire. Enfin, l'UE Approches statistiques et bioinformatique du vivant (BIO3001L) combine biostatistique et bioinformatique, équipant les étudiants pour analyser des données biologiques complexes, un atout pour les carrières en génomique et études environnementales et de santé. Chaque UE permet ainsi une spécialisation qui complète la formation en microbiologie tout en ouvrant des perspectives variées dans la recherche, l'industrie ou la santé publique.
L'un des points forts de ce parcours de L3 est l'accent mis sur la formation pratique, avec un total remarquable de 179,5 heures de travaux pratiques réparties sur sept UEs obligatoires. Cette approche expérimentale permet aux étudiants d'acquérir une solide expérience technique et une maîtrise des outils et méthodes essentiels en microbiologie, les préparant efficacement aux exigences du monde professionnel, tant dans la recherche que dans l'industrie. Toutes ces UEs travaillent en synergie pour fournir une formation robuste et diversifiée, préparant les étudiants à appliquer leurs connaissances dans des situations réelles. L'intégration des compétences à travers ces différentes UEs permet aux étudiants de développer une compréhension holistique de la microbiologie, essentielle pour des carrières en recherche scientifique, en santé publique, et en industries biotechnologiques.
