- Unité d'enseignement : Méthodes pour l'analyse de données génomiques
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO1281M
Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
16 h
Travaux Dirigés (TD)
16 h
Travaux Pratiques (TP)
28 h
* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.
Compétences attestées (transversales, spécifiques) :
Cette UE a pour objectif de permettre aux étudiants d’acquérir les connaissances théoriques et pratiques pour le traitement de données génomiques, et ce pour toutes les étapes allant de l’obtention des séquences brutes à leur analyse à l’échelle du génome.
Programme de l'UE / Thématiques abordées :
Le cours se divise en 6 volets :
-
Algorithmique du texte pour l’analyse de donnés de séquençage en présence d’un génome de référence : techniques d’indexation, algorithmes d’alignement et de recherche de similarités.
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Application à l’analyse de donnés de re-séquençage illumina : contrôle qualité, trimming, mapping, SNP calling. Jeu de données : E. coli évolution expérimentale.
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Algorithmique des graphes pour l’analyse de données de séquençage sans génome de référence : graphes de Bruijn, graphes d’overlap.
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Application à l’assemblage de novo de génomes eucaryotes (hymenoptère, plante) : utilisation de plusieurs assembleurs : multi-k, hybrides, lectures longues et courtes.
-
Méthodes statistiques pour l’analyse multivariée : ACP, AFC.
-
Application en santé humaine : recherche de variants, analyse de leur impact fonctionnel.
Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Date de la dernière mise-à-jour : 18/03/2021
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