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Biochimie
>>
Initiation à la bio-informatique structurale
Domaine
:
Licences du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
Diplôme
:
Licence
Mention
:
Sciences de la Vie
Parcours
:
Biochimie
Unité d'enseignement
:
Initiation à la bio-informatique structurale
Nombre de crédits de l'UE :
3
Code APOGEE :
BCH3005L
UE
Obligatoire
pour ce parcours
UE valable pour
le semestre 5
de ce parcours
Responsabilité de l'UE :
DELEAGE GILBERT
gilbert.deleage
univ-lyon1.fr
04.72.72.26.55
g.deleage
ibcp.fr
Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
18 h
Travaux Dirigés (TD)
0 h
Travaux Pratiques (TP)
12 h
Total du volume horaire
30 h
* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.
Conditions d'accès à l'UE :
Connaissance de la structure des protéines comme enseigné dans l'UE Biomolécules-B
Programme - Contenu de l'UE :
Introduction/Contexte
Banques de données
Séquences (UniProtKB, SWISSPROT)
Signatures
Comparaison de séquences
Matrices de points
Fasta
Blast
Alignements de séquences
Alignement 2 séquences par programmation dynamique (Global et local)
Alignements multiples (Clustal, Muscle..)
Profil d'identité
Site/signatures détection
PROSITE
Profils/Matrices
Profiles physico-chimiques
Hydrophobie (8 échelles)
Amphiphilie
Accessibilité au solvant
Flexibilité
Antigenicité
Prédictions de structures secondaires
Méthodes statistiques
Méthodes de similarité
Méthodes auto-optimisées
Réseaux de neurones
Utlisation de RasMol
TP N°1 Banques de séquences UniprotKB - Homologies de séquences - Alignements multiples - Identifications de sites fonctionnels
TP N°2 Analyse de séquences - Visualisation et manipulation de structures 3D de protéines.Utilisation de Rasmol.
TP N°3 Evaluation
Compétences acquises :
Méthodologiques :
Compétences en bioanalyse de séquences protéiques et en manipulations de structures 3D de protéines.
Techniques :
Annotation de séquences de protéines.
Design de peptides antigéniques
Maitrise de RASMOL
Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2019-2020 :
Type
Libellé
Nature
Coef.
CT
Contrôle Terminal
CT : lnitiation Bio-Inform structurale
Ecrit session 1 / Ecrit session 2
2.1
CT
Contrôle Terminal
CT : lnitiation Bio-Inform structurale
TP session 1 / Ecrit session 2
0.9
Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Biochimie
(au semestre 5 [UE Obligatoire])
[mention : Sciences de la Vie]
Bio-informatique, statistique et modélisation
(au semestre 5 [UE Optionnelle])
[mention : Sciences de la Vie]
Bio-informatique, statistique et modélisation
(au semestre 5 [UE Optionnelle])
[mention : Sciences de la Vie]
Date de la dernière mise-à-jour : 04/07/2017
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