Initiation à la bio-informatique structurale : Fiche UE : Offre de formation

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Domaine : Licences du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
Diplôme : Licence
Mention : Sciences de la Vie
Parcours : Biochimie
Unité d'enseignement : Initiation à la bio-informatique structurale

Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : BCH3005L
UE Libre pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours

Responsabilité de l'UE :

BETTLER EMMANUEL

emmanuel.bettleruniv-lyon1.fr

04.72.72.26.07

g.deleageibcp.fr

Type d'enseignement

Nb heures *

Cours Magistraux (CM)

15 h

Travaux Dirigés (TD)

0 h

Travaux Pratiques (TP)

15 h

Durée de projet en autonomie (PRJ)

0 h

Durée du stage

0 h

Effectif Cours magistraux (CM)

210 étudiants

Effectif Travaux dirigés (TD)

35 étudiants

Effectif Travaux pratiques (TP)

18 étudiants

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

Pré-requis :

Connaissance de la structure des protéines comme enseigné dans le portail SVT

Compétences attestées (transversales, spécifiques) :

Méthodologiques :
Compétences en bioanalyse de séquences protéiques et en manipulations de structures 3D de protéines.

Techniques :

Annotation de séquences de protéines.
Design de peptides antigéniques
Maitrise de ChimeraX

Programme de l'UE / Thématiques abordées :

Banques de données biologiques

Protéines, Glucides, Lipides, Acides nucléiques
Les banques spécialisées
Motifs/Signatures
Structures
Métabolisme
...

Comparaison de séquences

Matrices de points
Homologie (FASTA, BLAST...)

Alignements de séquences

Alignement 2 séquences par programmation dynamique (Global et local)
Alignements multiples (Clustal, Muscle..)

Profil d'identité

Site/signatures détection
PROSITE
Profils/Matrices

Profiles physico-chimiques

Hydrophobie (8 échelles)
Amphiphilie
Accessibilité au solvant
Flexibilité
Antigenicité

Prédictions de structures secondaires

Méthodes statistiques
Méthodes de similarité
Méthodes auto-optimisées
Réseaux de neurones

Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2022/23 :

Type	Libellé	Nature	Coef.
CT	CT : lnitiation Bio-inform structurale	Epreuve écrite (tablette, QCM)	-
CC	CC : lnitiation Bio-inform structurale	Ensemble d'épreuves diverses	-

Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :

Date de la dernière mise-à-jour : 08/02/2022