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  • Unité d'enseignement : Initiation à la bio-informatique structurale
Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : BCH3005L
    Responsabilité de l'UE :
DELEAGE GILBERT
 gilbert.deleageuniv-lyon1.fr
04.72.72.26.55
 g.deleageibcp.fr
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
18 h
Travaux Dirigés (TD)
0 h
Travaux Pratiques (TP)
12 h
Total du volume horaire
30 h
* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.
    Conditions d'accès à l'UE :
Connaissance de la structure des protéines comme enseigné dans l'UE Biomolécules-B
    Programme - Contenu de l'UE :
Introduction/Contexte

Banques de données
  • Séquences (UniProtKB, SWISSPROT)
  • Signatures
Comparaison de séquences
  • Matrices de points
  • Fasta
  • Blast
Alignements de séquences
  • Alignement 2 séquences par programmation dynamique (Global et local)
  • Alignements multiples (Clustal, Muscle..)
Profil d'identité
  • Site/signatures détection
  • PROSITE
  • Profils/Matrices
Profiles physico-chimiques
  • Hydrophobie (8 échelles)
  • Amphiphilie
  • Accessibilité au solvant
  • Flexibilité
  • Antigenicité
Prédictions de structures secondaires
  • Méthodes statistiques
  • Méthodes de similarité
  • Méthodes auto-optimisées
  • Réseaux de neurones
Utlisation de RasMol

  1. TP N°1 Banques de séquences UniprotKB - Homologies de séquences - Alignements multiples - Identifications de sites fonctionnels
  2. TP N°2 Analyse de séquences - Visualisation et manipulation de structures 3D de protéines.Utilisation de Rasmol.
  3. TP N°3 Evaluation
    Compétences acquises :
Méthodologiques :
Compétences en bioanalyse de séquences protéiques et en manipulations de structures 3D de protéines.



Techniques :
  • Annotation de séquences de protéines.
  • Design de peptides antigéniques
  • Maitrise de RASMOL

    Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Date de la dernière mise-à-jour : 04/07/2017
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