Université Lyon 1
Arqus
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  • Unité d'enseignement : Initiation à la bio-informatique structurale
Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : BCH3005L
    Responsabilité de l'UE :
BETTLER EMMANUEL
 emmanuel.bettleruniv-lyon1.fr
04.72.72.26.07
 g.deleageibcp.fr
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
15 h
Travaux Pratiques (TP)
15 h

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Pré-requis :
Connaissance de la structure des protéines comme enseigné dans le portail SVT
    Compétences attestées (transversales, spécifiques) :
Méthodologiques :
Compétences en bioanalyse de séquences protéiques et en manipulations de structures 3D de protéines.

  
Techniques :
  • Annotation de séquences de protéines.
  • Design de peptides antigéniques
  • Maitrise de ChimeraX

 

 

    Programme de l'UE / Thématiques abordées :
Banques de données biologiques
  • Protéines, Glucides, Lipides, Acides nucléiques
  • Les banques spécialisées
  • Motifs/Signatures
  • Structures
  • Métabolisme
  • ...
Comparaison de séquences
  • Matrices de points
  • Homologie (FASTA, BLAST...)
Alignements de séquences
  • Alignement 2 séquences par programmation dynamique (Global et local)
  • Alignements multiples (Clustal, Muscle..)
Profil d'identité
  • Site/signatures détection
  • PROSITE
  • Profils/Matrices
Profiles physico-chimiques
  • Hydrophobie (8 échelles)
  • Amphiphilie
  • Accessibilité au solvant
  • Flexibilité
  • Antigenicité
Prédictions de structures secondaires
  • Méthodes statistiques
  • Méthodes de similarité
  • Méthodes auto-optimisées
  • Réseaux de neurones
Date de la dernière mise-à-jour : 08/02/2022
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ver. 24.03.1