Objectifs pédagogiques :
Aborder d’une manière pratique la structure des macromolécules (avec un focus particulier sur la structure des protéines) au travers du prisme de la bioinformatique.
Les différentes représentations graphiques 3D des macromolécules seront présentées (représentations, logiciels les plus utilisés).
Les points suivant seront mis en avant :
- montrer l'intérêt de la mécanique moléculaire vis-à-vis de la mécanique quantique
- construire un modèle 3D d’une protéine à partir de sa séquence primaire (modélisation moléculaire)
- optimiser une structure via l’énergétique moléculaire (minimisation, dynamique moléculaire)
- utiliser les outils permettant de comparer une structure à d’autres protéines
- rechercher et analyser les interactions avec d’autres molécules (drug design)
- modifier la fonction d’une protéine.au travers du protein design
Les notions abordées seront approfondies lors de mises en situation réelle lors des travaux pratiques sur ordinateurs (utilisation des logiciels professionnels ChimeraX, YASARA et MOE, utilisation de la réalité virtuelle afin de permettre une meilleure perception des volumes, de la profondeur, de la 3D des structures protéiques).
Thèmes abordés :
- Banque de données structurales (contenu, interrogation)
- Représentation et visualisation de la structure des macromolécules
- Modélisation moléculaire
- Energétique moléculaire (champ de force, minimisation, dynamique moléculaire, énergie libre)
- Drug design
- Protein design
