Université Lyon 1
Université de Lyon
Arqus
Accueil  >>  Master  >>  Biochimie - biologie moléculaire  >>  M2 Biochimie structurale et fonctionnelle  >>  Bioinformatique structurale
  • Domaine : Masters du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Master
  • Mention : Biochimie - biologie moléculaire
  • Parcours : M2 Biochimie structurale et fonctionnelle
  • Unité d'enseignement : Bioinformatique structurale
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BCH1003M
UE Libre pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
BETTLER EMMANUEL
 emmanuel.bettleruniv-lyon1.fr
04.72.72.26.07
    Contact scolarité :
Département Chimie Scolarite
 scolarite.chimieuniv-lyon1.fr
04.72.43.26.39
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
22.5 h
Travaux Dirigés (TD)
6 h
Travaux Pratiques (TP)
20 h
Durée de projet en autonomie (PRJ)
0 h
Durée du stage
0 h
Effectif Cours magistraux (CM)
210 étudiants
Effectif Travaux dirigés (TD)
35 étudiants
Effectif Travaux pratiques (TP)
12 étudiants

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Pré-requis :
- Connaissances des propriétés physico-chimiques et structurales des protéines

- Les UE suivantes de la licence Science de la vie parcours Biochimie apportent d'excellents pré-requis:
   - Initiation à la Bioinformatique génomique (S4)
   - Initiation à la Bioinformatique structurale (S5)
   - Représentation 3D des macromolécules (S6)
    Compétences attestées (transversales, spécifiques) :

- Appréhender les propriétés fonctionnelles et structurales des macromolécules biologiques
- Utiliser les concepts et les techniques de la modélisation moléculaire, de la détermination des structures et de l’analyse des relations structure/fonction de biomolécules biologiques et des assemblages supramoléculaires
- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine

    Programme de l'UE / Thématiques abordées :

Objectifs pédagogiques :

Aborder d’une manière pratique la structure des macromolécules (avec un focus particulier sur la structure des protéines) au travers du prisme de la bioinformatique.
Les différentes représentations graphiques 3D des macromolécules seront présentées (représentations, logiciels les plus utilisés).
Les points suivant seront mis en avant :
- montrer l'intérêt de la mécanique moléculaire vis-à-vis de la mécanique quantique
- construire un modèle 3D d’une protéine à partir de sa séquence primaire (modélisation moléculaire)
- optimiser une structure via l’énergétique moléculaire (minimisation, dynamique moléculaire)
- utiliser les outils permettant de comparer une structure à d’autres protéines
- rechercher et analyser les interactions avec d’autres molécules (drug design) 
- modifier la fonction d’une protéine.au travers du protein design

Les notions abordées seront approfondies lors de mises en situation réelle lors des travaux pratiques sur ordinateurs (utilisation des logiciels professionnels ChimeraX, YASARA et MOE, utilisation de la réalité virtuelle afin de permettre une meilleure perception des volumes, de la profondeur, de la 3D des structures protéiques). 

Thèmes abordés :

-               Banque de données structurales (contenu, interrogation)
-               Représentation et visualisation de la structure des macromolécules
-               Modélisation moléculaire
-               Energétique moléculaire (champ de force, minimisation, dynamique moléculaire, énergie libre)
-               Drug design
-               Protein design

Date de la dernière mise-à-jour : 08/09/2022
SELECT * FROM parcours INNER JOIN ue_parcours ON PAR_ID_FK=PAR_ID INNER JOIN mention ON MEN_ID = PAR_MENTION_FK WHERE PAR_ACTIVATE = 0 AND UE_ID_FK='5308' ORDER BY UE_ID_FK ASC, PAR_ID_FK ASC