Le master "Mathématiques et Applications" regroupe une grande partie de l'offre de formations recherche en Mathématiques dans la région lyonnaise. Ce master propose deux formations recherche :

- Mathématiques générales
- Mathématiques avancées, parcours cohabilité avec l'ENS

De plus, le Master accueille la deuxième année des spécialités "Compétences Complémentaires en Informatique" et "Modélisation des Systèmes Complexes".