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  • Domaine : Masters du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Master
  • Mention : Biologie moléculaire et cellulaire
  • Parcours : Infectiologie appliquée
  • Unité d'enseignement : TP Génétique fonctionnelle chez un modèle bactérien
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO1254M
UE pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
VIANNEY ANNE
 anne.vianneyuniv-lyon1.fr
04.72.43.13.67
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
0 h
Travaux Dirigés (TD)
0 h
Travaux Pratiques (TP)
72 h
Total du volume horaire
72 h
* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.
    Programme - Contenu de l'UE :

L’objectif est mettre en œuvre des approches de génétique fonctionnelle chez un organisme modèle procaryote (Escherichia coli). Les TP sont organisés sous la forme d’un projet de recherche concernant une voie de signalisation (phosphorelai RcsCB), connue pour contrôler différents processus bactériens (mobilité, formation de biofilm et virulence des bactéries pathogènes). Les étudiants travailleront sur leur propre matériel génétique : ils réaliseront une mutagénèse aléatoire chez une souche d’E. coli portant une première mutation responsable d’un défaut de mobilité flagellaire. La banque de mutants sera criblée afin d’isoler une insertion compensatrice (‘mutant suppresseur’). A partir des mutants originaux ainsi obtenus, les étudiants chercheront à valider le lien entre cette mutation compensatrice et le phénotype obtenu, à tester si elle pourrait affecter la voie de signalisation RcsCB et à identifier le(s) gène(s) mutés (vectorette-PCR et séquençage). Les étudiants devront alors interroger les banques de données afin de proposer une hypothèse de travail permettant d’expliquer le rôle du gène identifié dans la fonction biologique étudiée (la mobilité bactérienne) et le lien éventuel avec le phosphorelai RcsCB ou une autre voie d’intérêt. De plus, le fonctionnement du phosphorelai RcsCB sera exploré grâce à la mutagénèse ciblée du régulateur transcriptionnel RcsB. Les résultats seront restitués sous forme de poster scientifique avec présentation orale. Techniques : Mutagénèses (aléatoire par transposition de gènes chromosomiques, dirigée de gènes plasmidiques), Western blot, extraction d’ADN chromosomique et plasmidique, PCR, vectorette-PCR ; Interrogation de banques de données, analyse de séquences.

    Compétences acquises :
Méthodologiques :

Suivi d’un mini projet de recherche depuis son démarrage, gestion de différentes expériences en parallèle sur 2 semaines et demi, présentation de résultats sous forme d’un poster scientifique, recherche bibliographique, analyse de banque de données : Les étudiants constituent leur propre banque de mutants aléatoires, qu’ils auront à cribler pour poursuivre l’analyse de mutants d’intérêt jusqu’à la caractérisation des gènes touchés. Quelques semaines après le TP, les résultats seront présentés et discutés avec comme support un poster scientifique. Ces résultats devront être connectés à une analyse bibliographique et déboucher sur une hypothèse de travail permettant d’envisager une suite au projet de recherche.



Techniques :

Mutagénèse aléatoire (par transposition), mutagénèse dirigée, criblage phénotypique de bactéries, extractions d’ADN chromosomique et plasmidique, Western blot, Vectorette PCR,  analyse de banque de données, analyse de séquences nucléiques et protéiques, manipulation de bactéries (conditions stériles) et de virus (bactériophages).


    Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2018-2019 :
TypeLibelléNatureCoef. 
CTContrôle TerminalCT : TP Genet fonct modele bacterienOral / Soutenance4.5
CCContrôle ContinuCC : TP Genet fonct modele bacterienContrôle Continu1.5
Date de la dernière mise-à-jour : 30/08/2017
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