TP Génétique fonctionnelle chez un modèle bactérien : Fiche UE : Offre de formation

Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO1254M

Responsabilité de l'UE :

VIANNEY ANNE

anne.vianneyuniv-lyon1.fr

04.72.43.13.67

Type d'enseignement

Nb heures *

Travaux Pratiques (TP)

60 h

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

Compétences attestées (transversales, spécifiques) :

- Suivi d’un mini projet de recherche depuis son démarrage, gestion de différentes expériences en parallèle sur 2 semaines et demi, présentation de résultats sous forme d’un poster scientifique, recherche bibliographique, analyse de banque de données

- Utiliser tous les outils techniques courants de biologie: biologie moléculaire, biochimie, biologie cellulaire, génie génétique et les outils bioinformatiques associés , pour résoudre une problématique en microbiologie, de la molécule à la communauté de cellules.

- Travailler en équipe et en réseau ainsi qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet

Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources dans son domaine de spécialité pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

- Communiquer à l'oral

Programme de l'UE / Thématiques abordées :

L’objectif est mettre en œuvre des approches de génétique fonctionnelle chez un organisme modèle procaryote (Escherichia coli). Les TP sont organisés sous la forme d’un projet de recherche concernant une voie de signalisation (phosphorelai RcsCB), connue pour contrôler différents processus bactériens (mobilité, formation de biofilm et virulence des bactéries pathogènes). Les étudiants travailleront sur leur propre matériel génétique : ils réaliseront une mutagénèse aléatoire chez une souche d’E. coli portant une première mutation responsable d’un défaut de mobilité flagellaire. La banque de mutants sera criblée afin d’isoler une insertion compensatrice (‘mutant suppresseur’). A partir des mutants originaux ainsi obtenus, les étudiants chercheront à valider le lien entre cette mutation compensatrice et le phénotype obtenu, à tester si elle pourrait affecter la voie de signalisation RcsCB et à identifier le(s) gène(s) mutés (vectorette-PCR et séquençage). Les étudiants devront alors interroger les banques de données afin de proposer une hypothèse de travail permettant d’expliquer le rôle du gène identifié dans la fonction biologique étudiée (la mobilité bactérienne) et le lien éventuel avec le phosphorelai RcsCB ou une autre voie d’intérêt. De plus, le fonctionnement du phosphorelai RcsCB sera exploré grâce à la mutagénèse ciblée du régulateur transcriptionnel RcsB. Les résultats seront restitués sous forme de poster scientifique avec présentation orale. Techniques : Mutagénèses (aléatoire par transposition de gènes chromosomiques, dirigée de gènes plasmidiques), Western blot, extraction d’ADN chromosomique et plasmidique, PCR, vectorette-PCR, CRISPRi ; Interrogation de banques de données, analyse de séquences.

Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :

Date de la dernière mise-à-jour : 22/03/2019