Université Lyon 1
Arqus
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  • Domaine : Masters du domaine SCIENCES ET TECHNOLOGIES
  • Diplôme : Master
  • Mention : Sciences du vivant
  • Parcours : M2 Frontiers in biology
  • Unité d'enseignement : Approches quantitatives en biologie
Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : IPH2299M
UE Libre pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
0 h
Travaux Dirigés (TD)
0 h
Travaux Pratiques (TP)
24 h
Durée de projet en autonomie (PRJ)
0 h
Durée du stage
0 h
Effectif Cours magistraux (CM)
210 étudiants
Effectif Travaux dirigés (TD)
35 étudiants
Effectif Travaux pratiques (TP)
18 étudiants

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Compétences attestées (transversales, spécifiques) :
Inititation au big data généré par la génomique et protéomique, initation à la programmation sous  Python pour analyser les données automatiquement.



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English version

Introduction to big data generated by genomics and proteomics, introduction to programming with Python to analyze data automatically.

    Programme de l'UE / Thématiques abordées :

Descriptif succinct du cours.

  1. Introduction et fondamentaux de programmation
  2. Formats de donnée, navigateurs de génomes
  3. Biopython 
  4. Alignement de Séquence
  5. Pfam et Uniprot 
  6. Visualisation de variation d’expression génétique


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English version



Brief description of the course.

1.         Introduction and programming fundamentals

2.         Data formats, genome browsers

3.         Biopython

4.         Sequence alignment

5.         Pfam and Uniprot

6.         Visualization of gene expression variation

SELECT MEN_ID, `MEN_DIP_ABREVIATION`, `MEN_TITLE`, `PAR_TITLE`, `PAR_ID` FROM parcours INNER JOIN ue_parcours ON PAR_ID_FK=PAR_ID INNER JOIN mention ON MEN_ID = PAR_MENTION_FK WHERE PAR_ACTIVATE = 0 AND UE_ID_FK='24785' ORDER BY `MEN_DIP_ABREVIATION`, `MEN_TITLE`, `PAR_TITLE`