Université Lyon 1
Université de Lyon
Arqus
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  • Domaine : Masters du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Master
  • Mention : Biologie
  • Parcours : M2 Biosciences et santé
  • Unité d'enseignement : Evolution moléclaire, bioinformatique
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO1482M
    Responsabilité de l'UE :
BADOUIN HELENE
 helene.badouinuniv-lyon1.fr
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
18 h
Travaux Dirigés (TD)
24 h
Travaux Pratiques (TP)
6 h
Durée de projet en autonomie de l'étudiant (PRJ)
0 h
Durée du stage
0 h
Effectifs Cours magistraux (CM)
210 étudiants
Travaux dirigés (TD)
35 étudiants
Travaux pratiques (TP)
18 étudiants

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Compétences attestées (transversales, spécifiques) :

Compétences acquises : méthodologie :

RNCP34270BC01 Usages avancés et spécialisés des outils numériques: Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale; Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines

RNCP34270BC02 Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés: Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation

RNCP34270BC03 Communication spécialisée pour le transfert de connaissances: Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation

Compétences acquises : technique :

RNCP34270BC01 Usages avancés et spécialisés des outils numériques: Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la mention;

Savoirs méthodologie :

Rappels des outils et concepts utilisés en évolution moléculaire (génétique des populations, bioinformatique, test de neutralité,…)

Savoirs techniques :

Introduction, par des TPs, aux modèles et aux méthodes bioinformatiques utilisées pour analyser les séquences génomiques: détection de transferts horizontaux d’éléments transposables; next-generation sequencing et transcriptomique; méthode comparative moléculaire: évolution des séquences et traits d'histoire de vie; détection de sélection dans les séquences codantes.

    Programme de l'UE / Thématiques abordées :

L’évolution moléculaire consiste en l’étude des processus évolutifs et de la généalogie du vivant (phylogénie) à l’aide de marqueurs moléculaires. Cette discipline est essentielle à la compréhension de l’organisation des génomes, et à la recherche de régions fonctionnelles. Elle est au coeur de l'analyse bioinformatique des séquences génomiques. Dans ce module, nous nous focaliserons sur les recherches actuelles concernant la dynamique des génomes et en particulier sur les facteurs qui influencent cette dynamique et comment ces facteurs peuvent varier en fonction de l’écologie de l’organisme ou de ses traits d'histoire de vie.  Des applications en bioinformatique seront présentées, portant entre autres sur la caractérisation des régimes sélectifs opérant sur les séquences codantes, ou sur la reconstruction des phénotypes, des paléoenvironnements ou de la paléoécologie des espèces ancestrales le long des phylogénies, à partir des traces laissées par ces facteurs causaux dans les génomes des espèces modernes.

Sujets abordés en cours 

  • Modélisation des processus évolutifs : de la génétique des populations à la divergence inter-spécifique; équilibre mutation/dérive/sélection; modèles d'évolution des séquences.
  • Rôle de la recombinaison dans l'évolution des génomes ; biais de conversion génique; PRDM9
  • Évolution des chromosomes sexuels
  • Modèles d'évolution de la taille des génomes
  • Rôle et impact des éléments transposables dans l'évolution des génomes - régulation épigénétique
  • Relations entre les traits moléculaires (composition en base - taux d'évolution) et traits d'histoire de vie (masse, longévité, durée de génération, système d'appariement) à l'échelle intra et interspécifique.  
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