Université Lyon 1
Arqus
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  • Unité d'enseignement : Approches quantitatives en biologie
Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : IPH2299M
    Responsabilité de l'UE :
DELANOE-AYARI HELENE
 helene.delanoe-ayariuniv-lyon1.fr
04.72.43.15.64
RIVIERE CHARLOTTE
 charlotte.riviereuniv-lyon1.fr
04.72.43.27.96
    Type d'enseignement
Nb heures *
Travaux Pratiques (TP)
24 h

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Compétences attestées (transversales, spécifiques) :
Inititation au big data généré par la génomique et protéomique, initation à la programmation sous  Python pour analyser les données automatiquement.



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English version

Introduction to big data generated by genomics and proteomics, introduction to programming with Python to analyze data automatically.
    Programme de l'UE / Thématiques abordées :

Descriptif succinct du cours.

  1. Introduction et fondamentaux de programmation
  2. Formats de donnée, navigateurs de génomes
  3. Biopython 
  4. Alignement de Séquence
  5. Pfam et Uniprot 
  6. Visualisation de variation d’expression génétique


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English version


Brief description of the course.

1.         Introduction and programming fundamentals

2.         Data formats, genome browsers

3.         Biopython

4.         Sequence alignment

5.         Pfam and Uniprot

6.         Visualization of gene expression variation

SELECT MEN_ID, `MEN_DIP_ABREVIATION`, `MEN_TITLE`, `PAR_TITLE`, `PAR_ID` FROM parcours INNER JOIN ue_parcours ON PAR_ID_FK=PAR_ID INNER JOIN mention ON MEN_ID = PAR_MENTION_FK WHERE PAR_ACTIVATE = 0 AND UE_ID_FK='24785' ORDER BY `MEN_DIP_ABREVIATION`, `MEN_TITLE`, `PAR_TITLE`
ver. 24.03.1