Objectifs pédagogiques :
Donner aux étudiants les bases nécessaires pour comprendre, traiter et interpréter les interactions entre protéines et molécules du vivant.
Thèmes abordés :
Rappels sur les protéines et les interactions :
Rappels sur les propriétés physicochimiques des acides aminés et des protéines (avec un rappel sur leur structure primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire) permettant de présenter les différents types d’interactions faibles intermoléculaires (liaison H, liaisons ioniques, liaisons de Van der Waals). Quelques exemples d’interactions protéine/protéine et protéine/acide nucléique seront présentés afin d’illustrer ces notions.
Analyse quantitative :
Rappel sur la fonction de saturation et la représentation de Scatchard. Méthode de détermination des constantes de dissociation (Approches linéaires et non-linéaires). Comprendre l'IC50 dans les différents mécanismes d'inhibition. Détermination de KI.
Partie structurale :
Bases moléculaires des interactions : étudier et analyser les interactions au sein de complexes protéine-ligand, protéine-protéine, protéine-acide nucléique à l’échelle atomique par des approches de biologie structurale telles que la cristallographie aux rayons X, la RMN et la cryo-microscopie électronique. Pour chaque approche seront présentés de façon succincte les bases théoriques, les principales étapes et les avantages/désavantages inhérents à chaque technique. Les champs d’application de la biologie structurale pour déterminer et comprendre les réseaux d’interactions protéiques seront ensuite abordés par le biais d’exemples.
Méthodes d’analyses :
Bases théoriques des méthodes de caractérisation des interactions protéine/protéine. Les techniques telles que le CD (Dichroïsme Circulaire), la fluorescence (marquage, stabilité par TSA (Thermal Shift Assay), anisotropie…), la résonance plasmonique de surface (Surface Plasmon Resonance/Biacore), la calorimétrie isotherme à titrage (ITC : Isothermal Titration Calorimetry), le MST (MicroScale Thermophoresis), la NanoDSF (Differential Scanning Fluorimetry) seront introduites et détaillées. Ces méthodes d’analyses biophysiques seront illustrées par des exemples concrets de caractérisation des interactions protéine/protéine.
