Description de la formation :
Nous savons maintenant que notre compréhension de la biodiversité reste très parcellaire à l’échelle globale. En effet, des environnements sont difficilement accessibles (eg. fonds océaniques), des branches entières du vivant restent inexplorées (eg. archées), la plupart des associations symbiotiques sont peu connues (eg. microbiomes), et même pour les pans de biodiversité les mieux connus, nos outils de suivi de la biodiversité sont mal adaptés face aux défis des changements actuels et à venir. Dans ce cadre, l'essor récent de la génomique, et en particulier les possibilités de séquencage haut-débit, offre une large palette d’outils et de méthodes pour décrire la biodiversité, étudier son fonctionnement et comprendre son évolution. L’objectif du parcours GE est de former des étudiant.e.s aux outils de la génomique pour répondre aux défis écologiques actuels.
Le contenu pédagogique du parcours GE@lyon vise à apporter et combiner les compétences scientifiques de trois disciplines différentes : l’écologie, la génomique et la bioinformatique. Ces disciplines seront toutes trois abordées dans des enseignements du S1, S2 et S3; dans un effort de continuité pédagogique. Un objectif fort du parcours est la prise d’autonomie pour conduire des projets de génomique environnementale. Cette autonomie sera acquise lors de stages et de projets tutorés d’une part, et d’autre part au travers de trois UE qui se succéderont (terrain et échantillonnage au S1 ; préparation des échantillons, biologie moléculaire et séquençage au S2 ; analyses bioinformatiques et communications des résultats sous forme d’article au S3) apportant ainsi une expérience complète aux étudiants en menant à bien de manière collaborative un projet de recherche de son initiation à sa valorisation. Dans toutes les UEs, l’accent sera mis sur la compréhension et la mise en pratique des approches enseignées (TD, TP). Les compétences bio-informatiques nécessaires pour mener des projets de génomique environnementale seront apportées aux étudiant.e.s au cours du master (pas de pré-requis en informatique pour rentrer dans ce parcours).
