Université Lyon 1
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  • Unité d'enseignement : Méthodes pour l'analyse de données transcriptomiques
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO1286M
    Responsabilité de l'UE :
BADOUIN HELENE
 helene.badouinuniv-lyon1.fr
LACROIX VINCENT
 vincent.lacroixuniv-lyon1.fr
04.72.43.15.52
    Contact scolarité :
BENKADOUR CHRYSTELL
 chrystell.benkadouruniv-lyon1.fr
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
30 h
Travaux Dirigés (TD)
0 h
Travaux Pratiques (TP)
30 h
Durée de projet en autonomie (PRJ)
0 h
Durée du stage
0 h
Effectif Cours magistraux (CM)
210 étudiants
Effectif Travaux dirigés (TD)
35 étudiants
Effectif Travaux pratiques (TP)
18 étudiants

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Compétences attestées (transversales, spécifiques) :
À l'issue de cette UE, les étudiants sont capables de:
- maitriser les concepts de transcription, épissage, gène, régulation de la transcription
- bonne compréhension des protocoles RNAseq (bulk et single cell), ChipSeq, ATAC-seq, HiC
- savoir plannifier une expérience RNAseq (choix de la technologie de séquençage à utiliser, profondeur de séquençage, nombre de réplicats biologiques/techniques)
- savoir mettre en place un pipeline d'analyse de données RNAseq et ChipSeq avec des outils standards
- savoir proposer des pipeline alternatifs et/ou des paramétrages alternatifs d'un pipeline pour évaluer la robustesse des résultats obtenus
- savoir recouper/intégrer les résultats d'analyses RNAseq avec d'autres données -omiques pour répondre à une question biologique
- savoir restituer clairement les résultats d'une analyse de données transcriptomique
- maîtriser un navigateur de génomes (IGV, UCSC Genome Browser)
- savoir visualiser/explorer des graphes d'assemblage (CytoScape)
    Programme de l'UE / Thématiques abordées :
L'UE est composée des interventions de: 
Hélène Badouin (RNAseq + intégration autres données -omiques)
Vincent Lacroix (RNAseq + épissage + assemblage de novo)
Nicolas Parisot (métagénomique)
Anamaria Necsulea (ChipSeq, ATAC-seq, HiC)
Olivier Gandrillon et Laurent Modolo (single cell RNAseq)
Date de la dernière mise-à-jour : 14/03/2024
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