Le programme de cette UE concerne les bases théoriques, les méthodes, et les outils bioinformatiques mis en œuvre pour la détection et l’identification de l’ensemble des protéines exprimées par un organisme vivant. Après avoir posé les aspects théoriques des méthodes séparatives et de la spectrométrie de masse, les différentes stratégies d’analyse protéomique (bottom-up, top-down) seront présentées. Un accent particulier sera mis sur l’approche Shotgun Proteomics largement utilisée en Protéomique et illustrée par de nombreuses applications académiques et industrielles. Les différentes méthodes de quantification (relatives ou absolues) seront illustrées dans le cadre d’approches différentielles. Une analyse des données de spectrométrie de masse haute résolution en Shotgun Proteomics sera réalisée à l’aide de logiciels open-source largement utilisés par la communauté.
L’enseignement des outils bio-informatiques de cet UE repose sur l’introduction aux méthodes statistiques de traitement des données en Protéomique quantitative. Les principes d’analyses uni ou multivariées seront vus en cours et illustrés par les descriptions d’algorithmes modernes. Par la suite, une présentation des standards bio-informatiques pour l’annotation des fonctions des protéines et la représentation des interactions protéine-protéine sera effectuée. Des travaux pratiques seront conduits, sur des notebooks Python, pour 1°/ appliquer les méthodes statistiques vues en cours en les implémentant à des fins d’analyses de données issues de publications de Protéomique, 2°/ construire et analyser in silico des réseaux d’interactions protéines-protéines.
