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Arqus
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  • Domaine : Licences du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Licence
  • Mention : Sciences de la Vie
  • Parcours : Bio-informatique, statistique et modélisation
  • Unité d'enseignement : Bio-informatique BISM
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO3129L
UE Libre pour ce parcours
UE valable pour le semestre 1 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
LACROIX VINCENT
 vincent.lacroixuniv-lyon1.fr
04.72.43.15.52
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
9 h
Travaux Dirigés (TD)
0 h
Travaux Pratiques (TP)
45 h
Durée de projet en autonomie de l'étudiant (PRJ)
0 h
Durée du stage
0 h
Effectifs Cours magistraux (CM)
210 étudiants
Travaux dirigés (TD)
35 étudiants
Travaux pratiques (TP)
18 étudiants

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Compétences attestées (transversales, spécifiques) :
Programmation python
Utilisation avertie de logiciels de bioinformatique
Travail en binomes
Implémentation d'un logiciel
Mise en place d'un pipeline
Rédaction d'un rapport d'analyse de données
    Programme de l'UE / Thématiques abordées :
Cette UE vise à former de jeunes bioinformaticiens, capable de coder en python, utiliser des logiciels standards de bioinformatique en comprenant les paramètres utilisés et en ayant une lecture critique des résultats. À la fin de l'UE, ils doivent mettre en place un pipeline d'analyse de données de séquençage nouvelle génération. Les données sont volumineuses. Ils mobilisent leur compétences en programmation. 
Un temps fort de l'UE est également le rendu d'une implémentation de l'algorithme de Needleman & Wunsch.
Dans cette UE, l'accent en mis sur l'analyse de séquences. À l'issue de cette UE, les étudiants maitrisent l'alignement de séquences.

Plus précisément, le cours est divisé en 5 parties:

1- CM introductif (6h)
2- TP programmation python (15h)
3- Implémentation de l'algorithme d'alignement de Needleman & Wunsch (3h)
4- Annotathon (12h)
5- Mise en place d'un pipeline d'analyse de données NGS (12h)

L'évaluation est faite sous forme de controle continu (1 note par partie TP) et un controle terminal (qui reprend l'ensemble du cours et des TPs et compte pour 50% de la note finale).
Date de la dernière mise-à-jour : 18/07/2017
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