Université Lyon 1
Université de Lyon
Arqus
Accueil  >>  Licence  >>  Sciences de la Vie  >>  L3 ACCES SANTE / Physiologie  >>  Approches statistiques et bioinformatique du vivant
  • Domaine : Licences du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
  • Diplôme : Licence
  • Mention : Sciences de la Vie
  • Parcours : L3 ACCES SANTE / Physiologie
  • Unité d'enseignement : Approches statistiques et bioinformatique du vivant
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO3001L
UE Obligatoire pour ce parcours
UE valable pour le semestre 6 de ce parcours
    Responsabilité de l'UE :
HAUDRY ANNABELLE
 annabelle.haudryuniv-lyon1.fr
 raquel.tavaresuniv-lyon1.fr
    Contact scolarité :
KHADLY ILHAM
 ilham.khadlyuniv-lyon1.fr
04.72.15.33.90
    Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
18 h
Travaux Dirigés (TD)
9 h
Travaux Pratiques (TP)
27 h
Total du volume horaire
54 h

* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.

    Conditions d'accès à l'UE :
UE recommandée : Biostatistiques et bioinformatique
    Programme - Contenu de l'UE :
Ce module de 6 crédits est constitué de deux unités d'enseignement de 3 crédits chacune, l'une portant sur l'acquisition des outils statistiques de base en biologie et l'autre axée sur l'acquisition des outils bioinformatiques de base en génomique, protéomique et phylogénie moléculaire. Chacune des deux unités d'enseignement peut être suivie indépendamment. L'objectif du module de statistiques est de permettre à l'étudiant d'analyser des données expérimentales simples : * remise à niveau: principe des tests d'hypothèse * comparaison de moyennes, ANOVA 1, ANOVA 2 * corrélation, régression linéaire simple * tests non paramétriques correspondant aux situations ci-dessus * test de Chi-2 Les travaux dirigés seront consacrés au choix et à la mise en oeuvre de ces méthodes dans le cadre de la résolution de problèmes biologiques. Des travaux pratiques seront effectués sur machine en utilisant un logiciel de statistiques. Le programme pédagogique proposé en bioinformatique repose sur l'utilisation des logiciels les plus usités en génomique : recherche d'information dans les banques de séquences, techniques d'annotation de séquences (identification de gènes, identification de régions de régulation, recherche par similarité), utilisation de données d'expression. Phylogénie : notions fondamentales (familles multigéniques, orthologie / paralogie), comparaison des méthodes, reconstruction phylogénétique. Ce module de 6 crédits est constitué de deux unités d'enseignement de 3 crédits chacune, l'une portant sur l'acquisition des outils statistiques de base en biologie et l'autre axée sur l'acquisition des outils bioinformatiques de base en génomique, protéomique et phylogénie moléculaire. Chacune des deux unités d'enseignement peut être suivie indépendamment. L'objectif du module de statistiques est de permettre à l'étudiant d'analyser des données expérimentales simples : * remise à niveau: principe des tests d'hypothèse * comparaison de moyennes, ANOVA 1, ANOVA 2 * corrélation, régression linéaire simple * tests non paramétriques correspondant aux situations ci-dessus * test de Chi-2 Les travaux dirigés seront consacrés au choix et à la mise en oeuvre de ces méthodes dans le cadre de la résolution de problèmes biologiques. Des travaux pratiques seront effectués sur machine en utilisant un logiciel de statistiques. Le programme pédagogique proposé en bioinformatique repose sur l'utilisation des logiciels les plus usités en génomique : recherche d'information dans les banques de séquences, techniques d'annotation de séquences (identification de gènes, identification de régions de régulation, recherche par similarité), utilisation de données d'expression. Phylogénie : notions fondamentales (familles multigéniques, orthologie / paralogie), comparaison des méthodes, reconstruction phylogénétique.
    Compétences acquises :
Méthodologiques :
Principes de l'échantillonnage et des tests d'hypothèses correspondant à différentes structures de données.

Techniques :
Pratique de l'analyse de données : choix de tests statistiques, pratique, interprétation ; manipulation d'un logiciel d'analyse de données. Mise en place d'une stratégie d'utilisation des outils bioinformatiques dans le cadre d'un problème biologique donné (choix des banques de données biologiques, choix des logiciels, choix des paramètres associés aux logiciels)
    Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2021-2022 :
TypeLibelléNatureCoef. 
CTContrôle TerminalCT : StatistiquesEcrit session 1 / Ecrit session 22.1
CCContrôle ContinuCC : Statistiques BioinformatiqueContrôle Continu2.4
CTContrôle TerminalCT : BioinformatiqueEcrit session 1 / Ecrit session 21.5
    Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Date de la dernière mise-à-jour : 04/07/2017
SELECT * FROM parcours INNER JOIN ue_parcours ON PAR_ID_FK=PAR_ID INNER JOIN mention ON MEN_ID = PAR_MENTION_FK WHERE PAR_ACTIVATE = 0 AND UE_ID_FK='233' ORDER BY UE_ID_FK ASC, PAR_ID_FK ASC