* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.
Afin de bien appréhender les concepts et connaissances qui seront vus dans cette UE, il est nécessaire de connaître la structure des macromolécules biologiques (protéines, sucres, lipides, acides nucléiques…) telles qu’abordées dans les UE de Biomolécules en Licence SV parcours Biochimie. Il est essentiel de connaître les banques de données protéiques (Uniprot…) ainsi que les outils courants d’analyse des séquences protéiques comme vus dans l’UE Initiation à la Biochimie Structurale (IBIS) en L3 parcours Biochimie. De solides connaissances sont importantes en biochimie structurale afin de maîtriser les notions de structure 3D des macromolécules, d’interactions entre résidus (liantes et non liantes).
Cette UE va vous permettre de développer vos connaissances autour de la prédiction et l’analyse de structures 3D des macromolécules et vous apportera des compétences autour de l’ingénierie moléculaire des protéines in-silico.
Vous verrez les diverses banques de données, outils et méthodes bioinformatique permettant la prédiction de structure 3D de protéines, leur analyse dynamique. Vos étudierez comment les protéines interagissent avec d’autres partenaires et les bases de la conception de molécules à visée thérapeutique. Enfin vous aborderez les notions de protein-design ouvrant la voie à la création de nouvelles fonctions enzymatiques.
1. Introduction, présentation de l’UE et des CM/TD/TP
2. Rappel sur les structures des protéines
3. Les banques de données structurales
4. Détermination de la structure 3D d'une protéine (expérimentale)
5. Comparaison de structures 2D/3D
6. Modélisation moléculaire (IA)
7. Comparaison et superposition de structures 3D
8. Analyse dynamique des protéines
9. Docking
10. Drug design
11. Protein design