Le programme de Biostatistique (environ 80% du volume des enseignements) comprend: rappels sur les statistiques descriptives et l'estimation d'une moyenne, d'une proportion, ponctuelle et par intervalle de confiance - principe d'un test d'hypothèse - risques de 1e et 2e espèce, puissance - tests de conformité (moyenne observée/théorique, fréquence observée/théorique) - tests d'homogénéité (2 moyennes observées, 2 fréquences observées) - tests du khi-deux - Modèles d'analyse de la variance à un et deux facteurs contrôlés- corrélation et régression linéaire simple.
L'objectif est de mettre en place une démarche conceptuelle robuste sous-jacente à la pratique des principaux tests (cours), et d'apprendre à l'utiliser pour résoudre des problématiques simples sur des données biologiques (TD/TP). Les séances de TD sur machine permettent de manipuler des jeux de données conséquents et de s'initier au logiciel R (mise en forme des résultats et tests statistiques). Une mise en situation concrète, en groupes de TP, permet de manipuler les risques de première et de deuxième espèce en statistique, et de comprendre leurs liens, et leur sensibilité à différents paramètres (taille d'échantillon, écart entre H0/Ha).
Une initiation à la Bioinformatique présente à la fois d'un point de vue théorique et pratique les outils bioinformatiques les plus utilisés en génomique et leurs applications en santé et écologie : prédiction de gènes, alignement de séquences par BLAST, navigation dans les bases de données Uniprot, Ensembl, KEGG. Les travaux pratiques ont pour but d'initier les étudiants à l'utilisation de logiciels existants, ainsi qu'à l'analyse critique des résultats prédits, avec un accent mis sur les notions de sensibilité et précision.
