Dans cette UE, les étudiant.e.s manipulent différents types de matrices et d’échantillons (ex. ADN environnementaux, échantillons d’eau ou de sol) pour développer des approches allant de la génomique à la métagénomique (ex. reconstruction de génomes mitochondriaux ou bactériens, description des communautés piscicoles par eDNA, caractérisation de communautés microbiennes environnementales). Les étudiant.e.s sélectionnent les approches de biologie moléculaire adaptées à leur question biologique / application, et réalisent les extractions, contrôles qualité et préparation de librairies de séquençage (Illumina et Nanopore). Dans le cas des librairies Nanopore, les étudiant.e.s réalisent eux-même le séquençage.
Ces approches seront développées avec une grande part d’autonomie, afin de préparer les étudiant.e.s au développement de protocoles de biologie moléculaire au cours de leurs stages et postes futurs.
Les données de séquençage acquises lors de cette UE seront analysées au S3 dans l’UE Ateliers d'Analyses en Génomique Environnementale.
Cette UE nécessite des prérequis en biologie moléculaire, qui sont enseignés dans l’UE TAD (S1).
